가. 2011. 1. 12.자 별지 목록 부가가치세 부과처분 기재 중 2005년 1기 부가가치세 부분,

나. 2013. 3. 20.자 별지 목록 부가가치세 가산세 부과처분 기재 중 2005년 1기 내지 2007년 2기 부가가치세 가산세에 관하여，각 정당한 세액란 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4는 원고가， 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. BBB의 가공거래 등

(1) 원고는 정보통신시스템의 개발， 운영 및 관리 등을 영위하는 법인이다.

(2) 원고는 2009. 11.경 : "영업사원인 BBB가 거래처의 발주서를 위조하거나 거래처 담당자로 하여금 허위의 발주서를 작성하게 하는 방식으로 서버 등 전산장비의 가공거래 하였다."는 사실을 적발하고， 2009. 12. 24. 피고에게 2008년 1기 내지 2009년 2 기 부가가치세합계 OOOO원을 수정 신고ㆍ납부하였다.

나. 부가가치세 부과처분 등

(1) 서울지방국세청장은 2010. 4. 20.부터 2010. 12. 18.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고，피고에게 "수정 신고한 거래 외에 2005년 1기 내지 2009년 2기 부가가치세 OOOO원의 매입거래와 OOOO원의 매출거래를 가공으로 신고하였다"는 과세자료를 통보하였다.

(2) 이에 따라 피고는 2011. 1. 12. 가공 매출거래에 관한 부가가치세 매출세액을 취소하고，"매입거래 중 2005년 1기 내지 2008년 2기 부가가치세에 관하여 CCC 주식회사(이하 'CCC'라고 한다) 등 9개 업체로부터 아래와 같이 OOOO원의 전산장비를 매입하고， 이에 관한 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 받은 거래(이하 '이 사건 거래'라고 한다)에 관한 매출처 외에 실매입처를 소명하지 못하였다"는 이유로， 매입세액 공제를 부인하여 별지 목록 기재와 같이 부가가치세 합계 OOOO원(가산세 포함)을 경정 ・ 고지하였다. 또한 피고는 같은 날 가공 매출거래에 관한 매출원가를 손금불산입하여 2005 내지 2009 사업연도의 법인세 OOOO원을 경정 ・ 고지하고， 원고의 대표이사에게 OOOO원을 상여처분 하는 소득금액변동 통지를 하였다.

순번

매입처

공급일자

공급가액

1

CCC

2005. 6. 30.

OOOO원

2

2005. 8. 10.

OOOO원

3

2005. 9. 28.

OOOO원

4

2006. 7. 28.

OOOO원

5

2006. 7. 28.

OOOO원

6

2006. 9. 29.

OOOO원

7

2006. 10. 13.

OOOO원

8

2006. 10. 31.

OOOO원

9

2007. 2. 26.

OOOO원

10

2007. 2. 28'

OOOO원

11

2007. 3. 30'

OOOO원

12

2007. 4. 30

OOOO원

13

CCC

2007. 5. 31.

OOOO원

14

2007. 5. 31

OOOO원

15

2007. 5. 31

OOOO원

16

2007. 7. 31

OOOO원

17

2007. 8. 31.

OOOO원

18

2007. 8. 31.

OOOO원

19

2007. 9. 28

OOOO원

20

2007. 12. 31.

OOOO원

21

2007. 12. 31.

OOOO원

22

2007. 12. 31.

OOOO원

23

DDD 주식회사

(이하 'DDD'이라 한다)

2008. 2. 29.

OOOO원

24

2008. 2. 29.

OOOO원

25

2008. 3. 31.

OOOO원

26

2008. 3. 31.

OOOO원

27

2008. 4. 30.

OOOO원

28

2008. 6. 30.

OOOO원

29

EEE 주식회사

(이하 'EEE'이라 한다)

2007. 6. 30.

OOOO원

30

2007. 6. 30.

OOOO원

31

2007. 6. 30.

OOOO원

32

2007. 8. 31.

OOOO원

33

FFF 주식회사

(이하 'FFF'이라 한다)

2008. 5. 16.

OOOO원

34

2008. 5. 16.

OOOO원

35

2008. 5. 16.

OOOO원

36

2008. 5. 16.

OOOO원

37

GGG 주식회사

(이하 'GGG'이라 한다)

2007. 11. 30.

OOOO원

38

2007. 11. 30.

OOOO원

39

2007. 11. 30.

OOOO원

40

HHH

2006. 6. 30.

OOOO원

41

2006. 10. 25.

OOOO원

42

III 주식회사

(이하 'III'이라 한다)

2006. 1. 31.

OOOO원

2006. 10. 31.

OOOO원

43

2007. 6. 29.

OOOO원

44

2007. 6. 29.

OOOO원

45

2007. 11. 30.

OOOO원

46

2007. 11. 30.

OOOO원

47

2007. 11. 30.

OOOO원

48

2007.11. 30.

OOOO원

49

50

2007.11. 30.

OOOO원

55

2008. 7. 22.

OOOO원

2008. 7. 30.

OOOO원

53

JJJ

2007. 6. 28

OOOO원

54

주식회사 KKK

(이하'KKK'라 한다)

2008. 3. 18

OOOO원

55

2008. 3. 18

OOOO원

합계

OOOO원

(3) 이에 불복하여 원고는 2011. 3. 25. 심판청구를 하였는데， 2012. 9. 20. 조세심판원으로부터 법인세 부과처분과 소득금액변동통지에 관하여 "원고가 이 사건 세금계산서상 매입금액에 상당하는 전산장비를 실제로 매입하여 LL 등에 매출하였다고 보는 것이 합리적이다"는 이유로 인용결정을， 부가가치세 부과처분에 관하여 기각결정을 각 받았다.

다. 가산세 재부과고지

피고는 이 사건 소 계속 중 2013. 3. 15. 가산세를 직권취소하고， 2013. 3. 20. 별지 목록 부가가치세 가산세 부과처분 '부과금액'란 기재와 같이 가산세를 재부과고지하였다(이하 2011. 1. 12.자 부가가치세와 2013. 3. 20.자 부가가치세 가산세를 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 5， 10호증， 을 제1， 3호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 사실과 다른 세금계산서에 관하여

이 사건 세금계산서에는 거래처， 공급받는 자인 원고의 등록번호와 성명이 기재되어 있고， 원고는 이 사건 세금계산서상 공급가액과 동일한 대금을 실제 지급하였으므로， 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다. 설령 사실과 다른 세금계산서라 할지라도 피고가 이를 증명할 책임이 있다.

(2) 제척기간에 관하여

사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에 해당하지 아니하므로， 5년의 부과제척기간이 적용된다. 따라서 2005년 1기 부가가치세에 관하여는 2011. 1. 12.을 기준으로， 2005년 1기 내지 2007년 2기 부가가치세 가산세에 관하여는 2013. 3. 20.을 기준으로 5년의 부과제척기간이 각 도과하였다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) BBB의 가공거래 등

(가) BBB는 1996. 1. 1.부터 2009. 12. 15.까지 대외전산장비 공급사업(C&C;) 팀에서 영업사원으로 전산장비의 수주， 구입， 입출고 관리， 재고 관리， 세금계산서 발 행， 대금 수급업무를 전담하였다.

(나) 대외전산장비 공급사업은 다음과 같은 절차로 진행된다.

1) BBB는 수주를 하기 위해 전산장비의 매입처로부터 원가를 산정 받아 이윤을 계상한 다음 발주 받고자 하는 회사에 견적서를 제출하여 발주를 받는다.

2) 매입처로부터 전산장비를 납품받아 조립하여 매출처에 납품하거나， 매입처 로 하여금 전산장비를 직접 매출처에 납품하도록 한다(전산장비가 해당 매입처와 매출처에 납품되었는지， 어떤 물품이 납품되었는지는 BBB만이 알 수 있다).

3) 거래처 담당자들은 매출처로부터 물품대금을 지급받으면， BBB가 지정한 매입처에 송금하였다.

(다) 원고가 MMM 등에 매출한 전산장비는 최종소비자인 LL 등에 설치되었고， 이 사건 거래처에는 전산장비 납품대금이 모두 지급되었다.

(2) 유통경로의 확인 등 (가) 유통경로의 확인 31건 중 1건의 거래에서 확인되는 전산장비의 일련번호로 유통경로를 조사한 결과， 원고는 B공사를 위해 JJJ로부터 매입한 전산장비를 LL의 A공사에 납품하였고， 다른 공사를 위해 매입한 전산장비를 B공사에 납품한 것으로 나타났다.

(나) 세무조사 결과

서울지방국세청 직원이 2010. 4. 20.부터 2010. 12. 18.까지 원고에 대한 세무조사를실시하고，이사건거래에관하여아래와같이기재된조사서를작성하였다.

○ 이 사건 거래 중 순번 1, 2, 3항의 거래(이하 "순번 ○할 거래"라 한다)에 관하여

- CCC의 매입처가 PP 또는 PP 총판으로부터 전산장비를 구입한 자료가 없는 NNN이다순번 9. 10항의 거래에 관하여

- 거래흐름상 서버 등을 서버제조사(PP 듬)와 PP 총판에서 매입한 거래처가 없다.

○ 순번 11항의 거래에 관하여

- 거래흐름상 서버 등을 서버제조사(PP 등)와 PP 총판에서 매입한 거래처가 없다.

- CCC의 매입처인 QQQ의 거래명세서상 전산장비 품목은 OL58001나， CCC의 매출처인 원고의 거래명세서상 전산장비의 품목은 RX4640으로 변경되고 있다

○ 순번 12항의 거래에 관하여

- 거래흐름상 서버 등을 서버제조사(PP 등)와 PP 총판에서 매입한 거래처가 없다.

- CCC의 매출거래명세서상 전산장비 품목은 RX464001나， CCC의 매출처인 원고의 매출거래명세서상 전산장비 품목은 RX7640으로 바뀌고 있다.

○ 순번 13항의 거래에 관하여

- CCC가 RRR에서 전산장비를 매입하여 원고에게 판매한 거래로 전산장비의 거래형태가 거래처로부터 발주를 받아 발주내용에 따라 거래처에 발주를 하는 것으로 이 거래흐름은 원고가 MMM로부터 발주를 받아 여러 거래처를 거쳐 다시 원고에게 발주를 하고 있다

○ 순번 19. 32항의 거래에 관하여

- 전산장비의 거래형태가 거래처로부터 발주를 받아 발주내용에 따라 거래처에 발주를 하는 것으로 원고가 MMM로부터 발주를 받아 여러 거래처를 거쳐 다시 원고에게 발주를 하고 있다

○ 순번 24항의 거래에 관하여

- DDD의 매입처인 CCC와 주식회사 NNN(이하 'NNN'라 한다)의 매출거래명세표상 전산| 장비가 RX4640과 RX7640 8Core으로 기재되어 있으나 DDD의 매출처인 원고의 매출거래명세표에는 RX7640 4Core로 기재되어 있다.

- NNN의 매입처 중 서버의 제조사 PP 또는 PP 총판이 없다.

○ 순번 26항의 거래에 관하여

- 거래흐름상 서버 등을 서버제조사(PP 등)와 PP 총판에서 매입한 거래처가 없다.

○ 순번 34 내지 36항의 거래에 관하여

- 원고가 MMM로부터 발주를 받아 FFF에 발주한 것으로, FFF에 의하면 "매입처에서 매출처에 직납하였고， 전산장비가 납품되었음을 매출처인 원고에서 유선과 서류상으로 확인받았다"고 진술하고 있으나， DDD에 의하면 BBB가 거래처 등을 지정하여 통보하면 그에 따라 세금계산서 등 제반 서류작업을 하였고 이 과정에서 전산장비를 확인한 사실이 없다고 진술하고 있다.

- DDD의 매입처 중에 전산장비의 제조사와 총판이 없다.

○ 순번 37. 38. 39항의 거래에 관하여

- GGG의 세금계산서상 납품지 LL가 소명한 설치장소가 일치하고 있지 않다.

○ 순번 40항의 거래에 관하여

- HHH가 CCC에서 전산장비를 RX4440으로 매입하여 원고에게 납품할 때 전산장비가 DL580과 DL320으로 변경되고 있다.

○ 순번 41항의 거래에 관하여

- 거래흐름상 서버 등을 서버제조사(PP 등)와 PP 총판에서 매입한 자료가 없다.

○ 순번 44항의 거래에 관하여

- 거래흐름상 서버 등을 서버제조사(PP 등)와 PP 총판에서 매입한 거래처가 없다.

- III의 매출거래명세서상 전산장비 품목은 RX464001나， III의 매출처인 원고의 매출거래명세서상 전산장비 품목은 RX7640으로 바뀌고 있다.

○ 순번 53항의 거래에 관하여

- JJJ은 PP 총판으로 CCC와 QQQ에서 전산장비를 매입할 이유가 없어 자체적으로 조사하여 수정신고하였다.

○ 순번 54. 55항의 거래에 관하여

- 원고가 KKK에 Sigtran 6Pack 소프트웨어 개발을 의뢰하여 납품받은 것으로 실거래를 확인하기 위하여 최종적으로 소프트웨어를 개발하였을 것으로 판단되는 SSS에 확인한바， "개발은 하지 않고 MMM에 인적 용역만 제공하였다"고 진술하고 있어 이에 대하여 MMM에 확인한바， 다른 거래처에 소프트웨어 개발을 의뢰한 사실이 없으며 또한 인적 용역을 제공받은 사실도 없다고 진술하였다.

- 원고의 세금계산서 품목에는 Sigtran 6PackOI라고 기재되어 있으나， MMM의 세금계산서에는 컴퓨터 주변기기로 기재되어 있다.

- MMM의 매입거래명세서상에 Sigtran 6Pack라는 소프트웨어 품목이 없다.

(다) 순번 9， 10항 거래

이전 거래 흐름은 다음과 같다.

일시

2006. 12. 29.

거래처

III

품목

HPrx4640 Server(견적서)

HPDL580 Server(매출세금계산서)

금액

OOOO원

OOOO원

→

2007. 1. 31.

EEE

HPrx4640 Server(세금계산서 등 관계서류)

OOOO원

→

2007. 2. 26.

2007. 2. 28.

CCC

HPrx4640 Server(세금계산서 등 관계서류)

OOOO원

OOOO원

→

(3) BBB와 거래처 관계자들의 세무조사 과정에서 진술

(가) BBB의 진술

○ 가공매입처는 DDD(WWW) III(eee) TTT(XXX)， KKK(YYY) CCC(ZZZ)， HHH(aaa)， UUU(bbb) ， VVV(ccc)로 알고 있고， 괄호 안의 사람은 영업담당자이다.

○ 상기 거래처와 거래한 내용이 전부 가공은 아니다.

○ 판매를 못하는 장부상 재고들을 처리하기 위해 가공거래를 만들었다.

(나) CCC 대표이사 ddd의 진술

○ PP 서버 관련 판매와 영업은 2005. 3.경 WWW 이사가 입사한 이후 활성화되어 영업이 이루어졌다.

○ 원고가 매입처와 매출처， 매출단가， 매입단가를 지정하여 통보하면 정해진 대로 거래를 진행하였다. 원고가 지정을 해 준 매입처로 발주서를 보낸다.

○ 원고가 지정해 준 매입처로부터 원고가 직납을 받았을 경우에는 유선상으로 직납을 받았다고 원고가 통보하면 매출세금계산서를 발행하고 거래명세서를 원고의 영업부 직원으로부터 서명을 받아서 경리쪽에 세금계산서를 접수하였다. 직납을 받았다고 하는 경우에는 실물확인은 하지 못하였다.

○ 매입처가 원고이고， 매출처가 NNN, TTT, QQQ, III인 경우에도 원고에서 매출처를 지정해 주어서 거래가 이루어졌고 모두 직납 거래로 원고로부터 통보받았다. 실물 확인은 직접 하지 못하였다.

(다) DDD 대표이사 WWW의 진술

○ BBB가 거래처, 거래일자, 품목, 단가, 수량 등을 지시하면 그대로 세금계산서와 거래명세서, 인수증 등을 작성하였고， 물건의 인수를 확인한 적은 없다.

○ BBB의 지시에 의해 발생한 거래들은 물건을 확인하지 않고 인수증에 서명만 하지만 기타 거래들은 물건을 확인하고 인수증을 작성한다.

(라) EEE 전무이사 fff의 진술

○ BBB가 매입처와 매출처를 지정하여 거래가 이루어졌으나 결제가 정상적으로 이루어지고, 원고에서 전산장비를 정상적으로 납품받았다는 확인서 등을 받았기 때문에 아무 문제가 없는 거래로 생각하였다.

○ 물품 확인은 담당 영업직원이 한 일이라 알 수 없다.

(마) III 대표이사 eee의 문답서

세무공무원 ggg이 작성한 문답서에는 "BBB가 매입처와 매출처를 지정하여 통보하여 주면 그때 따라 행하였다."고 기재되어 있으나 eee은 문답서에 날인을 거부하였다.

(바) KKK 전 영업부장 hhh의 진술

○ BBB가 매입처 매출처 품목 단가 결제조건 등을 지정하여 전화로 통보하여 거래를 진행하였고， 세금계산서 매입・매출일자를 통보하여 주면 거래처에 전화로 연락하여 세금계산서를 발행하였다.

○ 거래과정에서 서버 등 관련물품을 확인한 사실은 없다.

(사) TTT， QQQ， RRR에서 각 근무한 XXX의 진술

○ 1998년부터 2006. 2.경까지 TTT에서 2006. 6.경부터 2008.2.경까지 QQQ에서, 2008. 3.경부터 2008. 12.경까지 RRR에서 각 근무하였다.

○ TTT， QQQ， RRR에는 서버 영업을 담당하는 직원은 없었고， BBB가 매입처， 매출처와 단가, 품목을 지정하여 알려주면 그에 따라 세금계산서, 발주서, 거래명세서 등을 형식상 주고받았다.

(아) HHH 시스템사업부 상무 aaa의 진술

○ BBB가 iii 주식회사에서 매입하여 DDD과 QQQ에 매출을 일으키라고 얘기를 해서 그렇게 했다.

○ 거래 품목이 jj프로젝트와 LLL 프로젝트에 사용되었는지 확인한 사실은 없다.

(4) BBB에 대한 형사재판 등

(가) BBB는 2011. 12. 28. 서울서부지방법원{2010고합147， 2011고합182(병합)} 으로부터 아래와 같이 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 등으로 징역 4년 및 벌금 11억 원의 판결을 선고받았고， 2012. 5. 17. 서울고등법원(2012노 113)으로부터 항소기각 판결을 선고받았다.

○ 유죄부분

- 허위세금계산서를 교부받은 행위

BBB는 영리의 목적으로 2008. 7. 25.경 사실은 III로부터 부가가치세법의 규정에 의한 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 공급가액 OOOO원으로 기재된 세금계산서 1장을 교부받은 것을 비롯하여 그때부터 2009. 7. 30.까지 총 18장 공급가액 합계 OOOO원의 세금계산서를 재화나 용역의 공급 없이 각 교부받았다

- 허위세금계산서를 교부한 행위

BBB는 영리의 목적으로 2009. 2. 27.경 사실은 III에 부가가치세법의 규정에 의한 재화나 용역을 공급한 사실이 없음에도 공급가액 OOOO원으로 기재된 세금계산서 1장을 교부한 것을 비롯하여 그때부터 2009. 8. 28 까지 총 12장 공급가액 합계 OOOO원의 세금계산서를 재화나 용역의 공급 없이 각 교부하였다.

○ 무죄부문(이유무죄)

- 허위세금계산서를 교부받은 행위

BBB는 영리의 목적으로 2005. 9. 21 경 사실은 TTT로부터 부가가치세법의 규정에 의한 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 공급가액 OOOO원으로 기재된 세금계산서 1장을 교부받은 것을 비롯하여 그때부터 2009. 9. 30.까지 총 38장 공급가액 합계 OOOO원의 세금계산서를 재화나 용역의 공급 없이 각 교부받았다.

- 허위세금계산서를 교부한 행위

BBB는 영리의 목적으로 2005. 6. 29.경 사실은 kkk 주식회사에 부가가치세법의 규정에 의한 재화나 용역을 공급한 사실이 없음에도 공급가액 OOOO원으로 기재된 세금계산서 1장을 교부한 것을 비롯하여 그때부터 2009. 4. 15.까지 총 34장 공급가액 합계 OOOO원의 세금계산서를 재화나 용역의 공급 없이 각 교부하였다.

- 무죄이유

재화 또는 용역을 공급함이 없이 세금계산서가 교부되었을 가능성이 있다고 의심은 되나， 여러 사정에 비추어 실물 거래가 전혀 존재하지 않았다고 단정하기 어렵고， 일부 그러한 세금계산서가 존재할 가능성이 있다고 보이기는 하나 그 중 어느 세금계산서가 그에 해당하는지를 특정할 수 있는 아무런 증거가 없다.

(나) 검찰은 이 사건 거래에 관하여 허위세금계산서 교부를 이유로 공소를 제기 하였다가，1심에서 공소장 변경으로 철회하였다.

인정근거 다툼 없는 사실， 갑 제6. 7호증 을 제2， 4， 5호증(가지번호 각 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 사실과 다른 세금계산서에 관하여

(가) 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것， 이하 '부가가치세법'이라 한다) 제17조 제2항 제1의2호는 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에도 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일 치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두26695 판결 참조). 한편 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로， 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이다. 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용 인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허 위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여， 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기 가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두6100 판결 참조).

(나) 돌이켜 이 사건에서 보건대， 원고가 MMM 등에 매출한 전산장비가 최종소비자인 LL 등에 설치된 점，전산장비 납품대금이 이 사건 거래처에 모두 지급된 점 등을 고려할 때，원고가 이 사건 세금계산서상 매입금액에 상당하는 전산장비를 실제로 매입한 것으로 보인다.

그러나 ① CCC 등 거래처 담당자들은 "BBB의 지시에 따라 세금계산서를 발행하고， 발주서 등의 내용을 변경하였으며，실물을 확인하지 않은 채 거래하였다"고 진술하고 있는 점，② 일부 물품의 일련번호에 의하면 이 사건 거래처가 아닌 매입처에서 매입한 전산장비가 최종소비자인 LL 등에 납품된 점，③ 서울지방국세청 직원 작성의 조사서에 의하면， 거래흐름상 서버 등을 서버제조사 등에서 매입한 거래처가 없는 등 이 사건 세금계산서의 진정성을 의심할 만한 여러 가지 정황이 보이는 점，④ 순번 9， 10항 거래와 관련하여 III이 2006. 12. 28. EEE에 송부한 견적서의 품목은 'PPrx4640 Server'로 기재되어 있으나， III이 2006. 12. 29. EEE에 발행한 매출세금 계산서의 품목은 'PPDL580 Server'로 기재되어 있는 점，⑤ BBB가 이 사건 거래를 포함하여 형사재판 받은 거래를 담당하였고， 형사재판에서 허위세금계산서 발행사실에 따라 유죄판결을 받은 점(단， 이 사건 거래는 증거불충분으로 공소철회 되었을 뿐이다) 등을 고려할 때， 이 사건 세금계산서는 허위임이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 있으므로， 납세의무자인 원고가 거래상대방이 허위가 아니라는 점에 관하여 장부와 증 빙 등 자료로 증명하여야 한다. 그런데 원고가 주장하는 매입거래의 상대방이라는 점 에 관한 거래사실확인서류(갑 제11호증의 1 내지 8)의 각 기재는 "거래처 담당자들이 실물을 확인하지 않고 매출처에 전산장비를 직송하는 방식으로 거래하였다"는 진술 등에 비추어 그대로 믿기 어렵고， 갑 제6 내지 9， 11， 12， 13호증(가지번호 각 포함)의 각 기재만으로 이를 인정하기 부족하며(이 사건 거래에 관한 공소철회는 가공거래에 관한 입증의 어려움 때문에 이루어진 것으로 보이고， 이 사건 거래가 사실이라는 점을 전제로 한 것은 아니다) 달리 이를 인정할 증거가 없으므로，이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(다) 따라서 사실과 다른 세금계산서가 아님을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 제척기간에 관하여

(가) 사기 기타 부정한 행위의 의미

국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 일부 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호，제3호，동 시행령(2009. 2. 6. 대통령령 제21316로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제l항 제l호，부가가치세법 제19조 제1항에 의하면，부가가치세 부과의 제척기간은 원칙적으로 5년이고，다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 이를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 10년이 된다.

한편 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 말하는'사기 기타 부정한 행위'는 조세범처벌법 제9조의 '사기 기타 부정한 행위'와 동일한 의미로서 조세의 부과 징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 말한다. 따라서 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 한 것으로 인정되려면 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 적극적 행위를 함으로써 과세관청의 과세요건 사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 하는 것이어야 하고，단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다(대법원 2012. 6. 14. 선고 2010도9871 판결 참조).

(나) 2005년 1기 부가가치세의 제척기간

법인세 부과처분 및 소득금액변동통지에 관한 조세심판원의 결정에 의하면，원고가 이 사건 세금계산서상 매입금액에 상당하는 전산장비를 실제 매입한 사실을 인정하고 있고，재화나 용역의 공급이 없는 가공거래와 다른 점(위장거래에서는 가공거래와 달리 실질적인 재화의 공급이 있어 가공경비를 계상하는 등의 방법으로 포탈ㆍ공제 될 부가가치세가 존재하지 않는다)，BBB는 장부상 재고를 처리하기 위해 다른 거래처에 요구하여 이 사건 세금계산서를 작성 받은 것으로，조세포탈의 의도로 작성되지 않은 점，이 사건 세금계산서에 따른 부가가치세는 납부된 점 등을 고려할 때，거래상대방이 달리 기재된 이 사건 세금계산서가 과세관청에 제출되었다는 사정만으로 원고 가 조세포탈의 의도를 가지고 과세관청의 과세요건 사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 하였다고 단정할 수 없으므로，부가가치세 부과의 제척기간은 5년이다

따라서 2005년 1기 부가가치세는 과세기한 종료일인 25일의 다음날인 2005. 7. 26.로부터 5년이 경과한 2011. 1. 12. 부과되었으므로，제척기간 도과로 무효이다.

(다) 2005년 1기 내지 2007년 2기 부가가치세 가산세의 제척기간

가산세는 본세에 부과하여 징수되는 제재적 성질의 조세이므로，그 성질상 본세의 부가제척기간을 동일하게 적용받게 된다.

따라서 2005년 l기 부가가치세 가산세는 부가가치세를 부과할 수 있는 날 인 2005. 7. 26.，2005년 2기 부가가치세 가산세는 같은 2006. 1. 26.， 2006년 1기 부가가치세 가산세는 같은 2006. 7. 26.， 2006년 2기 부가가치세 가산세는 같은 2007. 1. 26.， 2007년 1기 부가가치세 가산세는 같은 2007. 7. 26.， 2007년 2기 부가가치세 가산세는 같은 2008. 1. 26.부터 각 5년이 경과한 2013. 3. 20. 부과되었으므로， 2005년 1기 내지 2007년 2기 부가가치세 가산세 부과처분은 제척기간 도과로 무효이다.

(라) 소결

제척기간 도과로 무효인 위 각 부가가치세 및 부가가치세 가산세는 취소사유에도 해당하므로，그 취소를 구하는 원고의 위 주장은 위 범위 내에서 이유 있어 취소되어야 한다(다만，2005년 1기 내지 2007년 2기 부가가치세 가산세에 관하여는 원고가 구하는 바에 따라 각 정당한 세액란 금액을 초과하는 부분만을 취소한다).

3.결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고，나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여，주문과 같이 판결한다.