BBBBB 주식회사

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고 AA전자 주식회사(이하 '원고 AA전자'라 한다)는 전자제품 제조업을 영위하는 회사로 2008 사업연도까지 조세특례제한법의 중소기업으로서 조세특례를 받다가2009년 규모의 확대로 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항 본문,제1항 단서에 따라 2009 사업연도부터 2012 사업연도까지 유예기간의 적용을 받게 되었다.

나. 원고 AA전자는 2012 사업연도 기준으로 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업인데, 2012. 11.경 원고 BBBBB 주식회사(이하 '원고 BBBBB'라 한다)가 발행한 주식 162,500주(지분율 50%)를 신규로 취득하여 2012. 12. 31. 기준 원고 BBBBB의 최대주주가 되었다.

다. 원고 AA전자는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 2012 사업연도에도 중소기업 유예기간에 해당된다고 보아 2013. 3. 31. 피고에게 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제132조 제1항의최저한세율 8%를 적용하여 법인세를 신고・납부하였고, 원고 BBBBB도 중소기업에적용하는 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세율 7%를 적용하여 2013. 3. 31.피고에게 법인세를 신고・납부하였다.

라. 피고는 2012. 12. 31. 기준으로 원고들이 관계기업으로서 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호, 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제2호 다목에 정한 기준을 충족하지 못하여, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 중소기업 유예기간이적용되지 않는다고 판단하고, 2014. 9. 4. 일반 법인에게 적용되는 최저한세율 11%를적용하여 원고 AA전자에게 2012 사업연도 법인세 488,319,810원을, 원고 BBBBB에게 2012 사업연도 법인세 196,773,526원을 각 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고들은 이에 불복하여 2014. 11. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015.4. 3. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호, 제1항 제3호에 의하면 중소기업의 실질적 독립성이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합하지 않은 기업에 해당하는 경우 중소기업 유예기간이 적용되지 않는다.

그런데 2012 사업연도 당시 구 중소기업기본법 제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업에 해당하는지 여부를 판단하는 별도의 기준이 구 조세특례제한법 시행령 등에 마련되어 있지 않았으므로 해당 규정의 문언대로 구 중소기업기본법 시행령 제2조, 제3조의2제1항에 따라 이를 판단하여야 할 것인데, 원고 AA전자가 2012. 11.경 비로소 원고BBBBB의 주식을 취득하였으므로 직전 사업연도 말일인 2011. 12. 31. 원고들이 지배종속관계에 있었다고 볼 수 없어 2012 사업연도에는 원고들이 구 중소기업기본법시행령 제3조 제1항 제2호 기준을 충족하고 있었다.

그럼에도 피고는 위 규정의 문언의 범위를 벗어나 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 신설된 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제8항, 국세청 예규 등을 소급적용하여'과세연도 종료일 현재'를 기준으로, 즉 해당 사업연도 말인 2012. 12. 31.을 기준으로원고들의 지배종속관계 여부를 판단하고 이 사건 처분을 하였으므로 이는 조세법률주의, 소급과세금지원칙에 반하는 위법한 처분이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리 등

가) 헌법 제38조는 "모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다."고규정하고, 제59조는 "조세의 종목과 세율은 법률로 정한다."고 규정함으로써 조세법률주의를 채택하고 있다. 이러한 조세법률주의의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석・적용하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미한다(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 판결 참조). 또한 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을적용할 수 없다는 것을 의미한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2008두2736 판결 등 참조).

나) 구 조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하고있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 '실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것'을 요구하고있다. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 '제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다'고 규정하면서, 단서 제3호로 중소기업이 '제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우'에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제4항은 '제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수・자기자본・자본금・매출액・자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다'고 규정하고 있었으나, 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조는 '중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지' 여부에 관한 판단의 기준시기를 규정하고 있지 않았다.

한편 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항은 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업이라고 하면서 제2호에 '소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의어느 하나에 해당하지 아니하는 기업'을 규정하고 있고, 다목으로 '관계기업에 속하는기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본또는 자산총액이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에해당하는 기업'을 들고 있다. 구 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호는 ' 관계기업 이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의집단을 말한다'고 정의하고 있고, 구 중소기업기본법 시행령 제3조의2 제1항 본문은'지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업과 그 다른 국내기업의 관계를 말한다'고 규정하고 있다.

2) 이 사건의 경우

앞서 본 규정에 의하면, 2012 사업연도 당시에는 구 조세특례제한법 시행령 제2조

제2항 단서 제3호, 제1항 제3호가 '관계기업' 관련하여 해당 법규에 직접 그 의미를 정하지 않은 채 구 중소기업기본법 시행령에서 정한 바를 따르고 있었고, 상시 사용하는종업원수, 자기자본, 매출액, 자산총액, 자본금의 경우 그 판단기준을 구 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제2항 내지 제7항에서 별도로 규정한 것과 달리 구 중소기업기본법시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 해당하는지 여부와 관련하여 조세특례제한법상 별도의 판단기준을 정하고 있지도 않았다. 이후 구 조세특례제한법 시행규칙이 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되면서 제2조 제8항으로 '영 제2조제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다'는 규정이 신설되면서비로소 조세특례제한법상 별도의 판단기준이 마련된 것이다.

피고의 주장처럼 중소기업기본법 적용을 위한 중소기업의 범위 확정과 조세 부과를위한 범위 결정에는 차이가 있어서 조세 부과를 위한 경우 중소기업기본법 시행령과달리 '해당 사업연도 말'을 기준으로 하는 것이 합리적이라고 볼 여지가 있기는 하지만, 앞서 본 것처럼 이는 관련 규정의 문언의 범위를 벗어난 확장・유추적용으로 허용될수 없다.

또한 2012 사업연도 법인세 성립 이후에 신설된 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제8항, 국세청 예규 등은 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 '관계기업'과 관련하여 구 중소기업기본법 시행령에서 정한 바를 따르던 기존의 해석을벗어나 새로운 판단기준을 규정한 것이므로 이를 이미 과세요건이 종결된 2012 사업연도 법인세 부과에 소급하여 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에도 반한다.

그러므로 이 사건에서 보건대, 원고 AA전자가 2012. 11. 원고 BBBBB의 주식

50%를 취득한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고들의 사업연도가 매년 1월 1일부터 12월 31일까지인 점은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고들은 2013. 1. 1.부터 관계기업이 될 수 있고, 2012년도에는 관계기업이 될 수 없음이 명백함에도 피고는 2012.12. 31.을 기준으로 원고들의 관계기업 해당여부를 판단하여 중소기업에 적용하는 법인세 최저한세율의 적용을 배제하고 이 사건 처분을 하였으므로, 이는 조세법률주의,소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.