2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 1987. 4. 10. ○○시 ○○동 792 답 2,023㎡, 792-2 답 20㎡ 중 각 1/2지분을 취득하여 보유하면서 1994. 12. 21.경부터 ○○군 ○○읍 ○○리 84-2 ○○빌라 401호에 거주해오다가, 2015. 2. 2. AAA도시개발 주식회사(이하 '소외 회사'라고 한다)에게 위 토지지분을 8억 원에 매도하는 내용의 매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라고 한다)을 체결하고, 2015. 9. 30. 소외 회사에게 소유권이전등기를 마쳤다.

나. ○○시장은 2015. 10. 30. '소외 회사가 ○○시 ○○동 792 외 32필지에 시행 예정인 ○○시 ○○동 BBB아파트 신축공사에 관한 주택건설사업계획(이하 '이사건 사업계획'이라고 한다)이 승인되었기에 구 주택법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로전부개정되기 전의 것) 제16조 제8항의 규정에 따라 이를 고시한다'는 주택건설사업계획 승인 고시(이하 '이 사건 사업계획 승인 고시'라고 한다)를 하였다.

다. ○○시장은 이 사건 사업계획 승인 고시에서, BBB 공동주택용지 기반시설 조성을 위한 도시계획시설(도로) 사업(이하 '이 사건 도시계획시설사업'이라고 한다)과 관련하여 '다른 법률의 의제사항'으로 '도시관리계획 결정(지구단위계획), 도시계획시설사업 시행자지정 및 실시계획인가'를, '국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 고시사항'으로 '도시관리계획 결정(지구단위계획) 및 지형도면 고시에 관한 사항, 도시계획시설사업 시행자지정에 관한 사항, 도시계획시설사업 실시계획인가에 관한 사항'을 열거하였다. 이에 따라 ○○시장은 이 사건 사업계획 승인 고시에 이 사건 매매계약대상 토지인 ○○시 ○○동 792 답 2,023㎡ 중 503㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)를 비롯하여 이 사건 도시계획시설사업에 편입되는 일대의 토지들을 기반시설인 도로로 지정하는 취지의 지구단위계획에 관한 도시관리계획 결정(변경) 조서와, 소외 회사를 이 사건 도시계획시설사업에 관한 시행자로 지정하고, 사업주체는 도로를 신설하여 관리청인 ○○시에 무상귀속한다는 내용 등으로 이 사건 도시계획시설사업에 관한 실시계획을 인가하였다는 사항을 함께 고시하였다. 나아가 위 고시에서는 이 사건 토지 등 위 도로에 사용될 토지에 관한 '수용 또는 사용할 토지조서 및 소유권 이외의 권리 명세서'도 함께 작성되어 고시되었다.

라. 원고는 2015. 11. 30. 이 사건 매매계약에 따른 2015년 귀속 양도소득세264,530,310원을 신고.납부하였다.

마. 원고는 2016. 3. 29. 피고에게 이 사건 토지가 위와 같이 ○○시장이 고시한 도시계획시설 사업에 편입되었고, 이는 구 조세특례제한법(2015. 8. 28. 법률 제13498호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조에서 정한 공익사업용 토지에 해당되므로 장기보유특별공제 및 현금보상에 따른 15%의 감면을 적용받아야 한다는 이유로, 이 사건 토지 중 원고의 1/2 지분에 해당하는 부분에 관한 양도소득세 27,679,074원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

바. 그러나 피고는 2016. 5. 13. 이 사건 토지의 매수인인 소외 회사는 민간건설업자로 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호가 규정한 공익사업의 사업시행자에 해당하지 아니하여 감면대상이 아니고, 같은 이유로 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호를 적용할 수 없어 이 사건 토지가 비사업용토지에 해당한다는 이유로 원고의 경정청구를 기각하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2017. 2. 2. 기각되었다.

인정 근거갑 제1, 2, 3, 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 제1심법원 및 이 법원의 ○○시장에 대한 각 사실조회결과, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

○○시장은 소외 회사를 이 사건 도시계획시설사업의 사업시행자로 지정하였고, 사업시행을 위하여 이 사건 토지 등에 관한 수용 또는 사용할 토지조서 및 소유권 이외의 권리 명세서까지 작성하였으며, 나아가 이와 같은 내용이 포함된 이 사건 도시계획시설사업의 실시계획을 인가.고시하였다. 따라서 이 사건 토지는 공익사업을 위한토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 '토지보상법'이라고 한다)이 정한 공익사업에 해당하는 도시계획시설(도로)의 신설을 위한 것이다. 그렇다면 원고는 이 사건 매매계약을 통해 구 조세특례제한법 제77조에 따른 공익사업에 필요한 토지로 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는 이 사건 토지를 공익사업의 시행자에게 양도한 것이므로, 이 사건 매매계약에 관한 양도소득세를 산정함에 있어 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액이 공제되어야 하고, 나아가 구 조세특례제한법 제77조가 규정한 감면규정이 적용되어야 한다. 그러므로 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법에 따른 세액 감면 주장에 관한 판단

가) 이 사건의 주요 쟁점

구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호는, 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2015. 12. 31. 이전에 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의15에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 제77조제2항은 거주자가 같은 조 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 2년 이상 보유한 같은 조 제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지 등을 2015.12. 31. 이전에 양도하고 해당 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고를 법정신고기한까지 한 경우로서 사업자가 그 토지 등의 양도일로부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에도 대통령령이 정하는 바에 따라 같은 조 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 살피건대, 원고가 소외 회사에 대한 이 사건 사업계획 승인고시 이전에 이 사건 토지를 취득하여 이를 2년 이상 보유하면서 거주해오다가 2015. 9. 30. 소외 회사에게 양도하였고, 소외 회사는 2015. 10. 30. 이 사건 사업계획 승인고시와 함께 이루어진 도시계획시설사업 시행자지정 및 실시계획인가 고시에 따라 이사건 토지를 대상으로 한 이 사건 도시계획시설사업의 시행자로 지정되었으며, 원고는 위 양도일이 속한 과세기간의 법정신고기한 내인 2015. 11. 30. 과세표준신고를 하였던 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 따라서 이 사건에서의 주요 쟁점은 결국 원고의 이 사건 토지 지분 양도행위가 구 조세특례제한법 제77조 제2항, 제1항 제1호에서 규정하고 있는 '토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도'한 경우에 해당하는지이다.

나) '토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지' 및 '공익사업시행자' 해당여부

토지보상법 제1조는 그 목적에 관하여 '이 법은 공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모하는 것을 목적으로 한다'고 규정하고 있다. 그리고 토지보상법 제2조 제2호, 제4조 제2호는 '공익사업'을 '관계 법률에 따라 인가를 받아 공익을 목적으로 시행하는 도로에 관한 사업' 등으로, 같은 법 제2조 제3호는 '사업시행자'란 '공익사업을 수행하는 자'라고 정의하고 있다. 나아가 토지보상법은 제19조 제1항에서 '사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다'고 하여 공익사업시행자의 토지수용권을 인정하되, 같은 법 제20조 제1항에서 '사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다'고 규정하고 있다.

그런데 이 사건 토지는 이 사건 도시계획시설사업에 따라 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 '국토계획법'이라고 한다) 제2조 제6호 가목, 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(2018. 11. 13. 대통령령 제29284호로 개정되기 전의 것, 이하'구 국토계획법 시행령'이라고 한다) 제2조 제1항 제1호가 규정한 '기반시설'인 '도로'중 일부로써, 이 사건 사업계획 승인 고시와 함께 이루어진 ○○시장의 도시계획시설사업 실시계획인가(의제) 고시의 내용과 같이 이 사건 도시계획시설사업의 대상이 되었음은 분명하다.

위와 같은 관계 법규의 내용과 사정들, 그리고 위 거시 증거들에 의하여 인정할수 있는 아래와 같은 사정들을 종합해보면, 이 사건 도시계획시설사업은 토지보상법 제2조 제2호, 제4조 제2호 소정의 '관계 법률에 따라 인가를 받아 공익을 목적으로 시행하는 도로에 관한 사업'으로 토지보상법이 적용되는 공익사업에 해당하고, 소외 회사는 원고로부터 이러한 공익사업에 필요한 토지인 이 사건 토지 지분을 양수한 이후 이 사건 도시계획시설사업의 사업시행자로 지정됨으로써 토지보상법 제2조 제3호 소정의 '공익사업을 수행하는 자'인 '사업시행자'의 지위에 있다고 인정된다(이와 같이 이 사건 도시계획시설사업이 토지보상법상의 공익사업에 해당하고, 소외 회사가 그 사업시행자에 해당한다고 보는 이상, 나아가 소외 회사가 토지보상법의 개별 규정에 따라 이 사건 토지에 대한 구체적인 수용 권한을 실제로 취득.행사하였는지 여부는 결론에 영향을 미치지 못한다고 판단된다).

① 이 사건 도시계획시설사업은 BBB 공동주택단지 주변을 둘러싸는'도로'를 신설하는 것이다. 이 사건 도시계획시설사업 내용상 공동주택용지 내에 도로를 개설하는 것이 일부 포함되어 있어 공동주택을 위한 기반시설을 조성한다는 목적도 함께 갖고 있기는 하지만, 그 주된 내용은 해당 주택단지의 주민들 이외에 다수의 공중이 이용하는 공공시설인 도로를 신설하는 것이다.

② ○○시장은 앞서 본 바와 같이 이 사건 사업계획 승인 고시를 하면서 '수용 또는 사용할 토지조서 및 소유권 이외의 권리 명세서'까지 작성하여 함께 고시하였는바, 이는 이 사건 토지를 포함한 이 사건 도시계획시설사업 대상 토지에 관하여 토지보상법에 따른 협의매수 또는 수용 절차가 적용될 수 있음을 전제로 한 것으로 볼 수밖에 없다.

③ ○○시장은 이 사건 사업계획 승인 대상인 공동주택용지가 아닌, '도로'로 사용될 부지에 대하여만 이 사건 도시계획시설사업의 대상으로 편입하였다. 소외 회사는 이 사건 토지 등 도로에 편입된 토지에 관하여는 공동주택용지로 사용할 수 없고 오직 공익목적의 도로 부지로써 이 사건 도시계획시설사업을 진행해야 한다. 심지어 이 사건 도시계획시설(도로)의 시행자 지정(또는 지정의제)과 그 실시계획인가를 받지 않으면 소외 회사로서는 이 사건 사업계획 승인에 따른 공동주택개발사업을 하면서도 그에 필수적인 공공기반시설인 이 사건 도시계획시설사업과 같은 내용의 도로 개설을 할 수도 없다.

④ 소외 회사의 경우 이 사건 도시계획시설사업에 관하여 별도로 사업시행자지정 및 실시계획 인가 신청을 할 수 있었고, 이 법원의 ○○시장에 대한 사실조회결과에 첨부된 관련기관(부서) 협의사항을 고려하여 보면 만일 소외 회사가 이 사건 도시계획시설사업 시행자지정과 실시계획인가 신청을 하였을 경우, 특별한 사정이 없는한 그 지정과 인가를 받아 국토계획법 제86조, 제95조, 제96조에 근거하여 토지보상법이 정한 절차에 따라 이 사건 토지 등 도로에 편입될 부지를 협의매수하거나 수용할 수 있는 지위를 취득할 수 있었을 것으로 보인다. 그런데 앞서 본 바와 같이 명시적으로 '국토계획법상 기반시설로 인가된 도시계획시설(도로)'에 관한 '사업시행자'로 지정받은 소외 회사가 '해당 도로 부지'를 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지로써 양수한 것인지 여부에 따라 그 도로 부지의 매매에 관하여 구 조세특례제한법 제77조에 의한 양도소득세 감면을 받을 수 있는지가 문제된 이 사건에서(이 점에서 '주택법에 따라 사업계획승인을 받은 사업시행자인 민간주택개발사업자'가 공동주택부지를 개발함에 있어 토지보상법에 따라 '해당 공동주택부지'를 '수용할 권한'이 있는지 여부 또는 '해당 공동주택부지의 매매'에 관하여 구 조세특례제한법 제77조에 따른 양도소득세 감면이 가능한지 여부가 문제된 경우와는 다르다), 단지 소외 회사가 별도의 신청 절차를 거치지 않은 채 이 사건 사업계획 승인 고시를 통해 이 사건 도시계획시설사업의 시행자 지위를 받았다는 사정만으로 별도의 신청에 의한 경우와 다르게 취급할만한 사정은 엿보이지 않는다.⑤ 뒤에서 보는 바와 같이, 구 조세특례제한법 제77조 제2항은 공익사업의 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 공익사업에 필요한 토지를 양도한 경우에도 이후 해당 사업자가 공익사업의 시행자 지정을 받으면 일정한 요건 하에 동일하게 그 토지에 관한 양도소득세를 감면받을 수 있도록 규정하고 있다. 그렇다면 '공익사업에 필요한 토지'를 '공익사업을 시행할 사업자'에게 양도하였다는 요건을 갖춘 이상 양도 당시에 토지보상법에 따른 구체적인 수용권한이 실제 있느냐는 문제되지 않는다고 봄이 상당하다.

⑥ 원고와 소외 회사가 이 사건 매매계약을 체결하는 과정에서 이 사건 토지만 특정하여 도로로 편입될 것임을 전제로 매도한 것인지 여부를 확인할 수 있는 객관적인 증거는 없으나, 앞서 본 이 사건 매매계약의 시점, 이 사건 도시계획시설사업에 관한 시행자 지정 및 실시계획 인가의 경위, 이 사건 토지의 현황과 이 사건 사업계획대상인 공동주택부지와의 관계 등을 고려할 때, 이 사건 토지는 이 사건 매매계약 체결 당시에 이미 위 공동주택부지가 아니라 이 사건 도시계획시설사업의 대상 부지로 편입되어 궁극적으로 수용될 위험이 상존하였다고도 볼 수 있다. 그러므로 이 사건 토지 지분에 관하여만 구 조세특례제한법 제77조 제2항, 제1항 제1호에 따라 양도소득세를 감면한다 하더라도 그것이 다른 공동주택부지에 관한 양도소득세 부과처분과 견주어 조세평등주의에 위반된다고 단정할 수는 없다.

따라서 이를 지적하는 원고의 위 주장은 이유 있다.

다) 구 조세특례제한법 제77조 제2항 소정의 '양도' 해당 여부

피고는 이 사건 토지의 양도가 수용 또는 협의매수에 의한 것이 아니어서 구 조세특례제한법 제77조 제2항에서 규정한 '양도'에 해당되지 않는다는 취지로 주장한다.

앞서 본 것처럼 이 사건 토지의 양도는 원고와 소외 회사 사이의 사법상 매매계약에 의하여 이루어졌는데, 구 조세특례제한법 제77조 제2항이나 제1항 제1호에서는'토지의 양도'라고만 규정하고 있을 뿐 '수용 또는 협의매수에 의한 취득'이라고 한정하고 있지 않다. 또한 위 규정의 취지는 공익사업이 원활하게 수행될 수 있도록 지원함과 아울러 토지소유자의 입장에서는 협의매수에 응하지 않더라도 결국에는 자신의 토지가 공익사업으로 수용되는 불이익을 감수할 수밖에 없다는 점을 감안하여 양도소득세 부담을 완화해 준다는 차원에서, 공익 증진과 과세 공평의 조화를 꾀하려는 것이라고 볼 수 있다. 나아가 구 조세특례제한법 제77조 제2항은 거주자가 공익사업의 시행자로 지정되기 전으로 토지보상법에 따라 협의매수 또는 수용절차를 진행할 수 없는 사업자에게 공익사업에 필요한 토지 등을 양도한 경우에 까지도 일정 요건을 갖추면 마찬가지로 같은 법 제77조 제1항에 따라 양도소득세를 감면받을 수 있도록 규정하고 있다. 이러한 구 조세특례제한법 규정의 문언 및 취지에 비추어볼 때, 구 조세특례제한법 제77조 제2항의 '양도'에는 토지보상법에 따른 수용 또는 협의매수 뿐만 아니라 공익사업의 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 공익사업에 필요한 토지를 사법상 매매계약의 형식으로 양도한 경우도 포함한다고 해석함이 타당하다.

따라서 이와 다른 피고의 위 주장은 이유 없다.

라) 구 조세특례제한법 시행령 제72조 제4항의 감면신청서 제출의 필요 여부

피고는 원고의 양도소득세 감면 절차와 관련하여, 구 조세특례제한법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제4항은 구 조세특례제한법 제77조 제2항에 따른 공익사업용 토지 양도 시 양도한 자에 대한양도소득세 감면 절차를 규정하고 있는데, 원고는 소외 회사가 이 사건 도시계획시설사업의 사업시행자로 지정받은 날로부터 2개월 이내에 세액감면신청서를 제출하지 않아 위 시행령이 정한 절차를 이행하지 않았으므로, 구 조세특례제한법 제77조 제2항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 없다는 취지로도 주장한다.

구 조세특례제한법 시행령 제72조 제4항은 '구 조세특례제한법 제77조 제2항에 따라 공익사업용 토지 등을 양도한 자가 양도소득세를 감면받으려는 경우에는 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자가 해당 사업시행자로 지정받은 날부터 2개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 해당 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다'고 규정하고 있다. 살피건대, 구 조세특례제한법 제77조 제2항 소정의 양도소득세 감면은 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이고, 그 감면신청에 관한 구 조세특례제한법 시행령 제72조 제4항의 규정은 납세의무자로 하여금 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 구 조세특례제한법 제77조 제2항 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 법인세 등을 감면하여야 한다고 해석함이 타당하다(대법원 2004. 11. 12. 선고 2003두773 판결등 참조).

따라서 이와 다른 전제에 있는 피고의 위 주장은 이유 없다.

마) 소결론

그렇다면 원고는 구 조세특례제한법 제77조 제2항, 제1항 제1호가 규정한 대로 공익사업에 필요한 토지를 공익사업의 시행자에게 양도하였다고 할 것이므로 이 사건양도에 관하여 세액 감면(9,813,756원)이 적용되어야 한다. 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분 중 구 조세특례제한법상 세액 감면에 관한 부분(원고의 2015년도 귀속 양도소득세 27,679,074원 중 17,865,318원을 초과하는 부분)은 위법하다.

2) 구 소득세법상 장기보유 특별공제액 공제 주장에 대한 판단

가) 관련 법리

구 소득세법 제95조 제1항, 제2항에 의하면, 일정한 자산을 3년 이상 보유한 후 양도한 경우 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 산정하도록 하면서, 같은 법 제104조의3에 따른 '비사업용 토지'는 장기보유 특별공제의 대상에서 제외하고 있다. 그리고 같은 법 제104조의3 제1항은 '비사업용 토지'로 '논.밭 및과수원'(제1호) 등을 규정하면서, 다만 '관련 법령에 따라 소유할 수 있는 농지'(제1호 가목 단서)나 '소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로 특별시・광역시 등 도시지역에 편입된 날로부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 않은 농지'(제1호 나목 단서) 등은 예외적으로 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

나아가 구 소득세법 제104조의3 제2항은 '제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우'에는 일정한 요건에 따라 그 토지를 다시 '비사업용 토지'로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있고, 그 위임을 받아 마련된 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호는 '토지보상법 등에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지' 등을 규정하고 있다.

이러한 관련 법령의 규정을 체계적으로 해석해 보면, 논(답)은 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하여 장기보유 특별공제의 대상에서 제외되나, 법률에 따른 부득이한 사유가 있어 그로 인하여 위와 같은 비사업용 토지에 해당하는 경우, 즉 '토지보상법등에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지'에 대하여는 다시 이를 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아서 장기보유 특별공제를 인정하여 소득금액을 산출하여야한다.

나) 판단

위 법리에 비추어 이 사건 토지의 양도에 관하여 본다. 앞서 든 증거들에 변론전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 토지는 '답'에 해당하고, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가, 나목에서 규정한 예외사유에도 해당되지 않아 원칙적으로 '비사업용 토지'인 점, ② 원고가 이 사건 토지를 소외 회사에게 양도한 것이 앞서 본 것처럼 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 양도한 경우에 해당한다고는 하더라도, 실제 소외 회사와 이 사건 토지에 관하여 사법상 매매계약을 체결하였을 뿐 토지보상법 제3, 4장이 규정한 바에 따라 '협의에 의한 취득 또는 수용' 절차를 거치지는 않은 점, ③ 토지보상법에 따른 공공용지의 협의매수를 원인으로 한 소유권이전등기를 함에 있어서는 그 등기원인을 '공공용지의 협의매수'로 기재하나, 이 사건 토지의 양도에 있어서는 그 등기원인이 '매매'로 기재되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 토지의 양도가 원고가 주장하는 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에서 규정하고 있는 사유, 즉 '토지보상법 등에 따라 협의매수 또는 수용된 경우'에 해당한다고 할 수 없으므로, 이를 '비사업용 토지'로 보지 않는 예외적인 경우라고 인정할 수 없다.

따라서 이 사건 토지의 양도에 관하여 장기보유 특별공제액을 공제하지 않은 이 사건 처분은 적법하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 부분은 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하다. 따라서 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 일부를 취소하고 이 사건 처분 중 일부를 취소하며, 원고의 나머지 항소는 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.