구 국세기본법(2003. 12. 30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것) 제55조 는 불복이라는 제목으로 제1항 , 제3항 에서 위 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 등을 청구할 수 있고, 위 처분이 국세청장이 조사·결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 심사청구 또는 심판청구에 앞서 이의신청을 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제66조 제1항 , 제4항 은 이의신청은 대통령령이 정하는 바에 의하여 불복의 사유를 갖추어 당해 처분을 하거나 하였어야 할 세무서장에게 하거나 당해 세무서장을 거쳐 소관 지방국세청장에게 하여야 하고, 이의신청을 받은 세무서장과 지방국세청장은 이의신청심의위원회의 심의를 거쳐 이를 결정하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제6항 은 위와 같은 결정을 함에 있어 심사청구에 대한 결정절차( 제64조 제1항 단서, 제2항 ) 및 결정( 제65조 )의 규정을 준용하도록 규정하고 있다.

과세처분에 관한 불복절차과정에서 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이 할 수는 없다 ( 대법원 1978. 1. 31. 선고 77누266 판결 , 대법원 1990. 10. 23. 선고 89누6426 판결 등 참조).

원심은 그 채용 증거를 종합하여, 원고는 수원지방법원 99타경118532호 로 진행된 경매절차에서 주식회사 나산유통(이하 ‘나산유통’이라 한다) 소유의 토지 및 건물 등을 경락받아 2002. 10. 15. 경락대금 325억 원을 완납한 사실, 나산유통은 2002. 10. 15. 원고에게 위 경락대금 중 부가가치세 과세대상인 건물 등의 경락대금 172억 2,500만 원(이하 ‘이 사건 경락대금’이라 한다)의 110분의 10에 상당하는 1,565,909,091원이 부가가치세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)으로 기재된 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부한 사실, 원고는 2002. 11. 25. 피고에게 이 사건 세금계산서에 기하여 부가가치세 조기환급신고를 하여, 2002. 12. 9. 피고로부터 이 사건 매입세액 1,565,909,091원을 환급받은 사실, 한편 피고는 이 사건 경락대금에는 이 사건 매입세액에 해당하는 부가가치세가 포함되어 있지 않다는 이유로, 2002. 12. 14. 원고에 대하여 이 사건 매입세액에 상당하는 부가가치세를 부과하는 이 사건 경정처분을 한 사실, 이에 원고는 2003. 3. 10. 피고에게 이 사건 경정처분에 대하여 이 사건 경락대금에는 이 사건 매입세액에 해당하는 부가가치세가 포함되어 있어 이 사건 매입세액은 매입세액 공제대상이 된다는 사유로 이의신청을 한 사실, 피고는 2003. 3. 12. 이 사건 경정처분을 직권으로 취소한 다음, 2003. 3. 21. 위 이의신청에 대하여 처분청인 피고가 당해 처분에 대한 원고의 주장이 이유 있다고 판단하여 직권시정하였고, 그로 인하여 당해 처분이 없다는 이유로 각하결정을 한 사실, 그 후 피고는 이 사건 매입세액은 매입세액 공제대상이 아니라는 서울지방국세청의 감사지적에 따라, 2005. 2. 22. 원고에 대하여 다시 종전 처분인 이 사건 경정처분과 동일한 내용의 이 사건 재경정처분을 한 사실을 인정한 다음, 원고의 이의신청에 대한 피고의 2003. 3. 21.자 각하결정은 국세기본법상 이의신청에 대한 결정에 대하여 기속력을 인정하는 명문의 규정이 없을 뿐만 아니라 인용결정이 아니어서 관계행정청을 기속하는 효력이 없다는 이유로, 이 사건 재경정처분은 적법하다고 판단하였다.

그러나 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 이 사건 경정처분에 대한 이의신청절차에서 원고의 이의신청 사유가 옳다고 인정하여 이 사건 경정처분을 직권으로 취소하였음에도, 특별한 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분인 이 사건 경정처분을 되풀이하여 한 이 사건 재경정처분은 위법하다.

그럼에도 원심은, 이와 달리 이 사건 재경정처분이 적법하다 판단하고 말았으니, 이러한 원심판결에는 재처분 제한에 관한 법리를 오해한 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

그러므로 나머지 상고이유에 대하여 판단할 필요 없이 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.