가. 피고가 2014. 12. 1. 원고에 대하여 한

1) 2012년 1기 부가가치세 본세 00,000,000원의 부과처분 및 가산세 000,000,000원의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분

2) 2012년 2기 부가가치세 가산세 000,000,000원의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분

3) 2013년 1기 부가가치세 본세 0,000,000원의 부과처분 및 가산세 000,000,000원의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분

4) 2013년 2기 부가가치세 가산세 000,000,000원의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분

5) 2012년 귀속 법인세 0,000,000원의 부과처분

을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2014. 12. 1. 원고에 대하여 한 2012년 1기 부가가치세 341,368,410원(가산세 포함), 2012년 2기 부가가치세 가산세 525,022,260원, 2013년 1기 부가가치세 444,400,320원(가산세 포함), 2013년 2기 부가가치세 가산세 429,576,370원, 2012년 귀속 법인세 3,273,970원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2014. 12. 1. 원고에 대하여 한 2013년 1기 부가가치세 444,400,320원(가산세 포함), 2013년 2기 부가가치세 가산세 429,576,370원의 각 부과처분을 취소한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각한다.

가. 원고는 2012. 3. 13.부터 2014. 7. 2.까지 BBB시 BB로240번길 26, 915호(BBB동, BBBBB)에서 비철금속 도매업을 영위해 오면서, 2012년 1기부터 2013년 2기까지 발급한 공급가액 합계 약 000억 0,000만원의 각 매출세금계산서와 같은 기간 수취한 공급가액 합계 약 000억 0,000만원의 각 매입세금계산서(이하 위 각 매출 및 매입세금계산서를 합하여 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 기초로 부가가치세 및 법인세를 신고・납부하였다.

나. 피고는 이 사건 세금계산서가 모두 실물거래 없이 발급된 허위세금계산서라는 이유로 2014. 12. 1.원고에 대하여 아래와 같이 2012년 1기 부가가치세 341,368,410원(가산세 포함), 2012년 2기 부가가치세 가산세 525,022,260원, 2013년 1기 부가가치세(가산세 포함) 444,400,320원, 2013년 2기 부가가치세 가산세 429,576,370원, 2012년 귀속 법인세 3,273,970원을 증액경정・고지하는 이 사건 처분을 하였다.

1) 2012년 1기 부가가치세 본세 및 가산세 : 341,368,410원

① 부가가치세 본세 : 00,000,000원(매입세액이 매출세액을 초과한 환급세액)

② 허위세금계산서 발급 가산세 : 000,000,000원

00,000,000,000원(가공매출 0,000,000,000원 + 가공매입 0,000,000,000원) × 2%

③ 초과환급신고 가산세 : 0,000,000원

00,000,000원 × 40%

④ 초과환급불성실 가산세 : 0,000,000원

00,000,000원 × 3/10,000 × 859일(경과일수)

2) 2012년 2기 부가가치세 가산세 : 525,022,260원

① 허위세금계산서 발급 가산세 : 000,000,000원

00,000,000,000원(가공매출 00,000,000,000원 + 가공매입 00,000,000,000원) × 2%

② 기납부세액 00,000,000원 공제

3) 2013년 1기 부가가치세 본세 및 가산세: 000,000,000원

① 부가가치세 본세: 0,000,000원

② 허위세금계산서 발급 가산세: 000,000,000원

00,000,000,000원(가공매출 00,000,000,000원 + 가공매입 00,000,000,000원) × 2%

③ 초과환급신고 가산세: 0,000,000원

④ 초과환급불성실 가산세: 000,000원

4) 2013년 2기 부가가치세 가산세: 000,000,000원

① 허위세금계산서 발급 가산세: 000,000,000원

00,000,000,000원(가공매출 00,000,000,000원 + 가공매입 00,000,000,000원) × 2%

② 기납부세액 00,000,000원 공제

5) 2012년 귀속 법인세: 0,000,000원

다. 원고는 이 사건 처분에 대한 이의신청을 거쳐 2015. 7. 7. 조세심판원에 심판청

구를 하였으나 2016. 3. 4. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증, 을2, 9, 11호증, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 세금계산서는 각 기재된 대로 실제 거래가 이루어졌으므로 허위세금계산서가 아니다. 설령 일부 매입세금계산서의 공급자가 실제와 다른 경우가 있었다고 하더라도, 원고는 거래상대방을 믿고 정상적인 방법으로 거래하였으므로 그 매입세금계산서의 허위성을 인식할 수 없었던 선의・무과실의 거래당사자에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 조세법률주의와 실질과세원칙에 반하여 위법하다.

나. 관계법령

별지1 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련법리 등

구 부가가치세법 제22조 제3항은 재화 또는 용역을 공급하지 않거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 수수하는 경우 및 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자나 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 수수하는 경우에 허위세금계산서 발급 가산세를 부과하도록 규정하고 있다.

또한 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득・수익・계산・행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 그러므로 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 그 공급주체가 세금계산서 발행명의자와 다른 소위 '위장거래'로 발급된 세금계산서도 앞서 본 '사실과 다르게 기재된 세금계산서'에 해당한다. 그리고 이 경우 어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 등의 이유로 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문이 규정하고 있는 '사실과 다르게 기재된 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

다만, 사업자가 그러한 세금계산서를 교부받았다고 하더라도 그 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없는 등의 특별한 사정이 있다면 그 매입세액을 매출세액에서 공제 내지 환급받을 수 있고, 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 증명하여야 한다(대법원 2013. 7. 25. 선고 2013두6527 판결 등 참조).

2) 매출세금계산서 부분

이 사건 세금계산서 중 원고가 각 매출세금계산서를 발급한 업체는 주식회사 CCC(이하 '주식회사'기재 생략), DDDD, EEEEE, FFFF 등 4개 업체이다.

"을3, 5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 주된 매출처인 CCC의 경우, 원고가 매출처란에 'CCC'을 기재하고 그 바로 옆에 향후 폐동 등을 실제로 공급할 업체명을 부기하는 방식으로 2차 매출처를 미리 정하여 계량증명서를 발급하면, CCC이 2차 매출처에 그대로 매출세금계산서를 발급하는 방식으로 거래가 이루어진 사실(즉 CCC은 이른바 도관업체로서의 역할을 수행한 것으로 보인다. 실제로 CCC은 폐동을 적재할 수 있는 야적장 등 필수설비를 갖추지 못하였다), 나머지 3개의 매출처의 경우도 실제 공급받은 사업자가 폐동 등에 대한 검수를 거쳐 확정한 계근량을 토대로 매출처가 실제 공급받은 사업자에게 매출세금계산서를 발급하였고, 원고는 이후 이보다 단가를 낮추어 해당 매출처에 매출세금계산서를 발급한 사실을 각 인정할 수 있다.",위 인정사실에 의하면, 이 사건 세금계산서 중 각 매출세금계산서는 모두 실제 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 발급된 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 것이다[한편 원고는 CCC이 특정범죄가중철벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 관하여 혐의없음(증거불충분) 처분을 받은 점(갑11호증)을 들어 원고와 CCC의 사이의 세금계산서가 사실에 부합하는 세금계산서라고 주장하나, 위 혐의없음 처분은 CCC의 거래처 등에 대한 조사가 충분히 이루어지지 못하였다는 등의 이유에 기한 것으로서, 위 각 증거에 의하여 적어도 이 사건 세금계산서 부분에 있어서는 위와 같이 사실과 다른 세금계산서라고 판단하기에 충분하므로 원고의 위 주장은 이유없다.

3) 매입세금계산서 부분

가) 이 사건 세금계산서 중 원고가 매입세금계산서를 발급받은 업체는 GGGG 등 28개 업체이다. 그 중 HHHH 등 21개 업체와의 거래는을1, 3, 12호증(가지번호 포함)의 기재에 변론 전체의 취지를 더한여 인정되는 아래의 사실들에 의하면, 해당 매입세금계산서들이 실제 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 발급된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 수 있다.

① HHHH

HHHH의 사업장에는 계근대가 설치되어 있지 않고, 동일 소재지의 고물상업체인 IIII 사업주 JJJ은 HHHH이 취급하는 비철금속을 거의 보지 못했다고 진술하였다.

② KKKKKN

KKKKKK은 2011. 5. 12. 개업 후 2012. 10. 31. 직권폐업되었다. KKKKKK은 자기자본 없이 매출처들로부터 판매대금이 입금되면 이를 곧바로 매입처에 송금하였고, 매입처들은 대금을 수령한 즉시 이를 현금으로 출금하는 등 KKKKKK은 독립적인 거래당사자로서의 실체를 갖추지 못하였다.

③ OOOO

OOOO은 매출처에서 보내온 전자 계근표를 팩스로 송부받아 그 매출물량을 토대로 매입물량을 역으로 계산하여 수동 양식의 계근표를 작성하고 사진 등을 조작하여 증빙자료를 구비하였다. OOOO 대표 OOO은 조세범칙조사 심문 과정에서 "본인은 비철관련업계에서 종사한 이력이 없고 실질적인 경영은 OOO이 모두 하였는데, 실제 물량 흐름과 세금계산서 수취・발행의 차이 및 매입・매출 거래가 실거래였는지에 대하여 문제점을 인지하고 OOO에게 여러 차례 이야기하였으나 시정하지 못했다."라고 진술하였다.

④ LL메탈

LL메탈의 사업장은 폐문 상태로 사업을 영위한 흔적이 없고, 인근에 위치한 고철상인 LL자원 직원은 LL메탈의 사업장에 실제 운반차량이나 집게차가 드나들거나 사업이 운영되는 모습을 본 적이 없다고 진술하였다.

⑤ MMM

MMM는 2013. 1. 9. 개업하여 2014. 4. 30. 폐업하였고, MMM의 사업장은 2013. 3.경 MM세무서의 현장확인 당시 및 2013. 5.경 MM세무서 조사 당시 모두 폐문부재 상태였으며, MMM의 대표이사 MMM은 비철도매업을 운영할 만한 자력이 없는 사람으로 조사되었다.

⑥ NNNN무역

NNNN무역은 2012. 4. 2.설립되어 2013. 6. 30. 직권폐업되었다. NNNN무역은 2012. 2기 부가가치세 과세기간 동안 매출처로부터 대금을 지급받는 즉시 이를 매입처로 송금하였고, 대금을 송금받은 매입처는 그로부터 5~10분 내에 이를 모두 현금으로 출금하였다. NNNN무역은 2012. 4. 2. NN리 000-00번지를 임차하여 사업장으로 등록하였으나, 위 사업장은 사무실, 계근대, 창고 등 사업장으로 볼 만한 시설이 전혀 설치되지 않은 나대지 상태이다.

⑦ PP메탈

PP메탈은 2012. 1. 30. 개업하고 2014. 4. 14.폐업하였다. PP메탈은 개업 후 한동안 비철관련 거래실적이 전무하다가 2013. 4. 17.경부터 비철거래가 급증하였는데, 중부지방국세청의 2013년 2기 부가가치세(자료상 혐의)조사 결과 PP메탈 대표 오PP는 비철관련 업계에서 종사한 경력이 없고, 폐동 도매업을 영위할 만한 재력이 없으며 실제 폐동 매입을 증명할 수 있는 자료를 제시하거나실 매입처를 밝히지 못한는 것으로 확인되었다. PP메탈은 카스코리아라는 계량프로그램을 이용하여 계량증명서를 발급하였는데, 위 계량프로그램은 실제 계근 없이도 무게와 날짜, 시간을 임의로 설정한 계량증명서 발행이 가능하였고, 오PP는 실제 계근 없이 허위로 계량증명서를 발행하였다고 시인하였다.

⑧ QQ메탈

QQ메탈의 사업장인 QQ시 QQ구 QQ동 000 에는 소량의 고철이 적재되어 있을 뿐 화물차량 등의 출입 등 실제로 폐동 등을 거래한 흔적이 확인되지 않았다. QQ메탈은 매출처로부터 대금을 지급받는 즉시 이를 매입처로 송금하였고, 대금을 송금받은 매입처도 곧바로 이를 모두 현금으로 출금하였으며, QQ메탈에 매출세금계산서 등을 발급한 거래업체 등의 조사에서 실물 거래가 이루어지지 않았음이 확인되었다.

⑨ RRRRRR자원

RRRRRR자원은 원고로부터 대금을 지급받은 당일 또는 익일 매입처인 OOOOOO, OOOO메탈, OO자원에게 이를 송금하였고, 위 매입처들은 받은 대금을 당일 또는 익일에 전액 현금으로 인출한 것으로 조사되는 등 RRRRRR자원은 독립적인 거래당사자로서의 실체를 갖추지 못하였다.

⑩ SS메탈

SS메탈은 2013. 5. 7.개업하고 2014. 8. 13. 폐업하였다. 과세관청의 조사 당시 SS메탈의 사업장에는 컨테이너 1동, 창고, 계근대 및 집게차, PC 2대 등이 있었는데, 창고 안에는 소량의 폐동선 무더기와 집게차가 관리되지 않은 상태로 방치되어 있었고, 계근대는 녹이 슬고 일부 파손되어 있었으며, PC에 설치되어 있는 계근 프로그램은 작동하지 않았다. 중부지방국세청의조사결과 SS메탈의 대표 조SS은 비철관련 유통업을 영위할 만한 자력이 없는 것으로 확인되었다.

⑪ TT산업

TT산업은 2012. 9. 3.개업하였다가 2014. 1. 11. 폐업하였다. TT산업 대표 설TT은 2014년 초경 과세관청의 거래질서관련 조사 당시 소재가 파악되지 않았고, 세금계산서 등에 TT산업의 주 매입처로 기재된 TT금속 역시 사업장 방문조사 결과 실제 거래를 할 수 있을 만한 장비등이 확인되지 않았다.

⑫ UU메탈

UU메탈은 2013. 4. 30.개업하여 2014. 4. 28. 폐업하였다. UU메탈은 매출처로부터 대금을 지급받는 즉시 이를 매입처로 송금하고, 대금을 송금받은 매입처는 이를 즉시 현금으로 출금하거나 또 다른 매입처에 송금하였으며, 과세관청의 조사 결과 UU메탈 대표자 성UU은 비철관련 유통업을 영위할 만한 자력이 없는 것으로 확인되었다.

⑬ VV메탈

과세관청의 조사 당시 VV메탈의 사업장에는 비철 등이 전혀 적재되어 있지 않았고, 사무실 내에는 컴퓨터 1대와 팩스 1대가 설치되어 있었으나 계근표 등 사업관련 자료가 전혀 비치되어 있지 않았다. VV메탈에서 제출한 계근표는 전산으로 발행되는 것이 아니엉서 계근 시간을 임의로 작성할 수 있었는데, VV메탈의 사업장 보안경계・해제시간과 VV메탈 발행 계근표에 기재된 계근시간 대조 결과 보안경계시간에 계근한 것으로 기재된 계근표가 다수 발견되었다.

⑭ WW산업

WW산업은 2013. 6. 20. 설립되어 2013. 10. 25. 폐업하였는데, 위 기간 동안 폐동등을 매입하였다는 근거자료가 전혀 없음에도 매출액으로 약 000억 원을 신고하고 그에 대한 부가가치세 00억 0,000만원을 체납하였다. WW산업은 매출처들로부터 대금을 수령하는 즉시 제3자에게 송금하였다.

⑮ XXXXX

중부지방국세청의 조사 결과 XXXXX는 폭탄업체로부터 폐동을 매입하여 2차 간판업체로 판매하는 도관 역할을 하였고, 원고로부터 대금을 수령한 즉시 XX자원에 이를 송금한 것으로 확인되었다.

⑯ YY메탈

중부지방국세청의 조사 결과 YY메탈은 원고로부터 대금을 수령한 즉시 YY자원 등에 송금하는 등 간판업체 역할을 수행한 것으로 확인되었다.

⑰ ZZ산업

중부지방국세청의 조사 결과 ZZ산업은 원고로부터 대금을 수령한 즉시 ZZ메탈 등에 송금하는 등 간판업체 역할을 수행한 것으로 확인되었다.

⑱ OOO메탈

중부지방국세청의 조사 결과 OOO메탈은 원고로부터 대금을 수령한 즉시 OO메탈 등에 송금하는 등 간판업체 역할을 수행한 것으로 확인되었다.

⑲ 신의금속

중부지방국세청의 조사 결과 OO금속은 원고로부터 대금을 수령한 즉시 세금계산서상 매입처 등에 송금하는 등 간판업체 역할을 수행한 것으로 확인되었다.

⑳ OO메탈

중부지방국세청의 조사 결과 OO메탈의 세금계산서 상 주매입처인 OO산업, OO자원이 폭탄업체로 확인되었고, 조사 당시 00억 0,000만 원의 세금을 체납하고 있었다.

㉑ OO금속

중부지방국세청의 조사 결과 OO금속은 매출처들로부터 받은 대금을 즉시 폭탄업체로 확인된 매입처에 지급하였고, 가공거래로 확정된 과세자료도 다수 있으며, 조사 당시 0억 0,000만 원의 세금을 체납하고 있었다.

나) 다만 이 사건 세금계산서상 원고의 매입업체들 중 GG메탈 등 7개 업체는, 갑3내지 8, 을1, 3, 4, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래의사실들에 의하면, 해당 매입세금계산서들이 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① GG메탈

GG메탈 대표 채GG은 원고에게 발급한 세금계산서 등에 관한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 사건에서 '실제 폐동 거래를 위한 장비를 갖추고 매출세금계산서에 대한 매도대금 등을 지급받았으며 매입부분의 증빙을 위하여 허위의 매입세금계산서를 교부받았을 뿐'이라는 등의 이유로 허위 매출세금계산서 발급부분에 관하여 무죄의 판결을 받았다(서울중앙지방법원 2014. 1. 23. 선고 2013고합000 판결, 서울고등법원 2014. 5. 15. 선고 2014노000 판결, 대법원 2014. 9. 26. 선고 2014도0000 판결).

② OO메탈

OO메탈 대표 박OO은 원고와의 거래경위에 관하여 '원고와 DD메탈이 같은 회사라고 믿고 폐동을 공급한 다음 원고에게 세금계산서를 발행해 준 것'이라고 진술하였다. 그러나 원고는 폐동을 매입할 경우 DD메탈 사업장을 함께 이용한 것으로 보이고, 단지 OO메탈 측에서 DD메탈과 원고를 구분하지 않은 채 폐동을 공급한 후 원고에게 세금계산서를 발급한 사정만을 들어 위 세금계산서가 사실과 다르다고 단정할 수는 없으며, 그 외 태산메탈이 발급한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 인정할 만한 증거가 없다.

③ OO금속

원고는 OO금속과의 거래사실에 관하여 OO금속 사업장에서 폐동 상・하차 전후의 차량의 중량을 기재한 계량표, 원고의 사업장에서 입고된 폐동을 계근하고 하차하는 과정을 담은 사진 등을 제출하였고, 이러한 자료들은 OO금속이 원고에게 교부한 세금계산서의 내용과 부합한다.

④ AA금속

AA금속 대표 박AA은 원고에게 발급한 세금계산서 등에 관한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 등 사건에서 '실제 폐동 거래를 위한 장비를 갖추고 거래하였으며 매입부분의 증빙을 위한 허위세금계산서를 교부받았다고 하여 매출 자료의 신빙성을 배척하기는 어렵다'는 등의 이유로 허위 매출세금계산서 발급 부분에관하여 무죄의 판결을 받았다[서울중앙지방법원 2014. 7. 17. 선고 2013고합0000, 2014고합000(병합), 000(병합) 판결, 서울고등법원 2014. 12. 18. 선고 2014노0000 판결).

⑤ DD메탈

DD메탈은 2012년 1기부터 2013년 1기까지 발급받은 매입세금계산서에 관한 부가가치세 및 법인세 부과처분취소 사건(수원지방법원 2016구합00000)에서 2016. 9. 6.'DD탈이 매입처들로부터 허위세금계산서를 수취한 위장거래업체로 보기 어렵다'는 등의 이유로 승소판결을 받은 바 있을 뿐이고, 그 무렵 지산메탈이 원고에게 발급한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 인정할 만한 증거가 없다.

⑥ OO비철

중부지방국세청의 조사 결과 OO비철의 사업장이 원고의 사업장으로부터 약 90km 떨어진 지역에 있다는 정도의 사정만 확인되었을 뿐, 달리 제일비철이 발급한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 인정할 만한 증거가 없다.

⑦ OO비철유통

OO비철유통은 2009년 2기부터 2010년 1기까지 발급받은 매입세금계산서에 관한 부가가치세 등 부과처분취소 사건(의정부지방법원 2012구합0000)에서 2013. 10. 15. 'OO비철유통이 매입처들로부터 허위세금계산서를 수취한 위장거래업체로 보기 어렵다'는 등의 이유로 승소판결을 받은 바 있을 뿐이고, 우남비철유통이 원고에게 발급한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 인정할 만한 증거가 없다.

다) 나아가 원고가 사실과 다른 매입세금계산서를 발급받은 부분에 관하여 선의‧무과실이었는지에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고의 실질적인 운영자인 전OO은 오랫동안 비철금속 관련 영업을 영위해왔기 때문에 폐동 등의 공급구조, 유통경로, 거래형태 및 자료상의 실태와 위험성에 관하여 충분히 인식하고 있었을 것으로 보이는 점, ② 사실과 다른 세금계산서를 발급한 것으로 확인된 매입처 중 상당수는 사업장을 제대로 갖추지 않아 원고의 대표자가 각 매입처의 사업장을 직접 방문하여 계근대, 야적장, 운송차량 등 기본설비를 갖추고 있는지 여부를 확인하였더라면, 해당 매입처로부터 수취한 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 쉽게 알 수 있었을 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 선의‧무과실이었다고 보기 어렵다.

4) 정당세액의 계산

가) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 등 참조).

나) 사실과 다른 세금계산서로 보기 어려운 GG메탈 등 7개 업체에 관한 매입세금계산서의 금액은 별지2 표 기재와 같은바, 이를 반영하여 정당세액을 계산하면 다음과 같다.

① 2012년 1기 부가가치세 가산세 000,000,000원: 이 사건 처분에서는 부가가치세세 00,000,000원(매입세액이 매출세액을 초과한 환급세액)이 인정되었으나, 별지2기재와 같이 매입세액 0,000,000,000원 추가로 인정되어 매입세액 초과가 발생하지 않으므로 부가가치세 본세로 인정될 금액은 없음. 이에 따라 초과환급신고 가산세, 초과환급불성실 가산세도 없음. 허위세금계산서 발급 가산세는 000,000,000원[= (00,000,000,000원 –0,000,000,000원) × 2%]

② 2012년 2기 부가가치세 가산세 000,000,000원: 허위세금계산서 발급 가산세는 00,000,000원[= (00,000,000,000원 –00,000,000,000원) × 2%]이고, 여기서 기납부세액 00,000,000원을 공제하면 000,000,000원

③ 2013년 1기 부가가치세 가산세 000,000,000원: 이 사건 처분에서는 부가가치세 본세 0,000,000원이 인정되었으나, 매입세액 0,000,000,000원이 추가로 인정되어 매입세액 초과가 발생하지 않으므로 부가가치세 본세로 인정될 금액은 없음. 이에 따라 초과환급신고 가산세, 초과환급불성실 가산세도 없음. 허위세금계산서 발급 가산세는 000,000,000원[= (00,000,000,000원 –0,000,000,000원) × 2%]

④ 2013년 2기 부가가치세 가산세 000,000,000원: 허위세금계산서 발급 가산세는 000,000,000원[= (00,000,000,000원 –000,000,000원) × 2%]이고, 여기서 기납부세액 00,000,000원을 공제하면 000,000,000원

⑤ 2012년 귀속 법인세는 아래와 같이 0원으로 계산됨(법인세 과세처분은 가공매입이 가공매출보다 크다는 전제에서 이루어졌으나, 이 사건에서 가공매입이 가공매출보다 작아지게 되었으므로 법인세 부과 부분이 없음)

3. 결론

그렇다면 원고의 청구 가운데 2012년 1기 부가가치세 본세 00,000,000원의 부과처분 및 가산세 000,000,000원을 초과하는 부분의 부과처분, 2012년 2기 부가가치세 가산세 000,000,000원을 초과하는 부분의 부과처분, 2013년 1기 부가가치세 본세 0,000,000원의 부과처분 및 가산세 000,000,000원을 초과하는 부분의 부과처분, 2013년 2기 부가가치세 가산세 000,000,000원을 초과하는 부분의 부과처분, 2012년 귀속 법인세 0,000,000원의 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고 나

머지 청구는 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 쌍

방의 항소를 각 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경한다.