2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 ☆☆서부화물역 건설 및 운영사업을 위하여 ☆☆광역시(지분 47.37%), 철도청(지분 47.37%, 그 후 철도청이 한국철도공사로 전환되어 한국철도공사가 철도청의 권리의무를 승계하였다) 및 주식회사 청구(지분 2.1%, 이하 '청구'라고 한다) 등의 투자 로 1995. 12. 8. 설립되고 1996. 11. 28. 사업자등록을 마친 법인으로서, 사업용 자산을 건설하여 오던 중 감사원의 청산권고결정에 따라 2006. 3. 31. 주주총회의 해산결의를 거친 후 2006. 4. 10. 해산등기를 완료하고, 2006. 4. 18. 해산결의일인 2006. 3. 31.을 폐업일자로 한 폐업신고서를 피고에게 제출하였다.

나. 원고는 2006. 4. 11. 피고에게 매출과표가 '0'인 2006년 제1기분 부가가치세 확정

신고서를제출하였다.

다. 피고는 2006. 6. 12. 원고에 대한 부가가치세 환급에 대한 현지확인결과, 원고가 사업에 공할 목적으로 취득한 자산 중 건물(이하 '이 사건 건물'이라고 한다), 건설 중인 자산(이하 '이 사건 건설 중인 자산'이라고 한다) 및 구축물(이하 '이 사건 구축물'이라고 한다)은 사업개시 전 폐업으로 폐업일인 2006. 3. 31.자를 기준으로 잔존재화에 해당되어 부가가치세를 신고하여야 함에도 2006년 제1기분 부가가치세 확정신고시 이를 신고누락하였다는 사유로, 2006. 8. 21. 원고에게 2006년 1기분 부가가치세 2,008,141,610원을 경정ㆍ부과하였고, 그 후 2006. 12. 11. 직권으로 235,318,420원을 감액하였다(이하 위와 같이 감액하고 남은 부가가치세 1,772,823,190원에 대한 부과 처분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

라. 원고는 이의신청을 거쳐 이 사건 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2007. 5. 30. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6, 7, 8, 12, 15, 16호증, 을 제1 내지 10호증의 각 기재 및 영상(위 호증 중 가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전 체의 취지

2. 관계법령

별지관계법령기재와같다.

3. 이 사건 건물부분에 대한 판단

가. 원고의 주장

폐업시 잔존 재화에 대한 부가가치세는 원고가 소유권을 가지고 있는 재산에 대하여 부과되어야 하는데, 이 사건 건물은 국유철도사업에 직접 필요로 하는 부분에 해당하는 시설물로서 2002. 11. 26. 준공과 동시에 국가가 그 소유권을 원시적으로 취득하였으므로, 원고가 소유권을 가지지 않는 이 사건 건물에 대한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 인정사실

(1) 철도청, ☆☆광역시 및 청구는 1995. 7.경 '☆☆서부화물역 건설운영 사업추진협약'(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결한 다음, 1995. 12. 8. 위 사업추진을 위해 공동출자로 철도소운송사업, 소화물 일괄운송사업 및 복합운송주선사업 등을 목적으로 하는 원고를 설립하였다.

(2) 철도청, ☆☆광역시 및 청구는 이 사건 협약 체결 당시 ☆☆서부화물역 시설 중 철도기본시설(기본선로 및 역무시설)은 그 준공 후 철도청의 소유로 무상귀속시키기로 약정하였다(이 사건 협약서 제10조 제1항).

(3) 철도청장은 1997. 4. 4. 원고에게 점용목적을 '☆☆서부화물역 건설 및 부대시설 의 설치'로 하고 점용기간을 '공사 착공일부터 1997. 12. 31.까지'로 하여, ☆☆서부화물역 건설 사업부지로 사용될 국공유재산인 ☆☆ 서구 ★★동 260-1 외 253필지 218,130㎡(이하 '사업부지'라고 한다)에 대한 점용을 허가하였다.

(4) 원고는 2002. 11. 7. 사업부지 위에 철도역사를 주된 용도로 하는 이 사건 건물을 완공하고, 같은 달 26. ☆☆광역시 서구청장으로부터 사용승인을 받은 후, 2003. 1. 6. 과 2004. 8. 25. 철도청에게 이 사건 건물을 철도청 앞으로 무상귀속하겠다는 통보를 하였음에도, 2004. 8. 26. 이 사건 건물에 관하여 원고 앞으로 소유권보존등기(이하 '이 사건 보존등기'라고 한다)를 마쳤다.

(5) 이에 철도청에 대한 권리의무의 귀속주체인 대한민국은 원고를 상대로 이 사건 보존등기의 말소등기절차를 이행하라는 소(☆☆지방법원 2006가합15711호)를 제기하였는데, 위 법원은 2008. 12. 4. '이 사건 건물은 철도기본시설 또는 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설물이므로 2002. 11. 26. 준공과 동시에 대한민국이 소유권을 원시적으로 취득하였다'고 보아 '원고는 대한민국에게 이 사건 보존등기의 말소등기절차를 이행 하라'는 내용의 판결을 선고하였고, 그 후 위 판결은 확정되었다.

(6) 한편원고는물동량변화와민간자본유치곤란등의주변환경변화로위사업추진에어려움이생기자2006. 3. 31.에열린정기주주총회에서해산을결의하여현재청산절차가진행중이다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 9, 12, 13호증, 을 제8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

국유철도의 운영에 관한 특례법 제24조 제1항 및 제2항, 제26조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면, 철도청장은 철도재산에 건물 기타의 시설물을 설치하고자 하는 자에게 시설물의 종류 및 기간 등을 정하여 점용허가를 할 수 있고, 점용허가를 받은 자가 설치하는 시설물 중 국유철도사업에 직접 필요로 하는 부분이 있는 경우에는 그 부분은 준공과 동시에 무상으로 국가에 귀속되며, 무상으로 국가에 귀속될 부분은 점용허가를 할 때 이를 명시하여야 하는바, 위 규정에 비추어 보면, 점용권자가 설치하는 시설물 중 국유철도사업에 직접 필요로 하는 부분은 민법 제187조의 규정에 따라 등기 없이도 준공과 동시에 국가가 그 소유권을 원시적으로 취득하고, 그 후 사정변경으로 위 시설물이 일시적으로 국유철도사업에 사용되지 않게 되었다 하더라도, 일단 국가에게 귀속된 위 시설물의 소유권이 다시 점용권자에게 회복되는 것은 아니다.

앞서 본 것처럼, 철도청, ☆☆광역시 및 청구가 이 사건 협약을 체결할 당시 ☆☆서 부화물역 시설 중 철도기본시설(기본선로 및 역무시설)은 그 준공 후 철도청의 소유로 무상귀속시키기로 약정하였고 이 사건 건물의 주된 용도가 철도역 사이므로, 이 사건 건물은 그 용도에 비추어 철도기본시설 또는 국유철도사업에 직접 필요로 하는 부분에 해당하는 시설물인 점이 명백하여 2002. 11. 26. 준공과 동시에 국가에 무상귀속되어 국가가 그 소유권을 원시취득하였다고 판단되므로, 이 사건 건물이 폐업당시 잔존재화 에 해당됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

또한 부가가치세법 제12조 제1항 제18호에 의하면 위와 같이 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화에 대해서는 부가가치세의 면세대상임에도, 피고는 원고가 이 사건 건물에 대한 소유권을 먼저 취득한 후 폐업한 다음 이를 국가에 기부채납하였다고 보아 원고에게 이 사건 건물에 대한 부가가치세를 부과하였으므로 이 점에 있어서도 이 사건 처분은 위법하다.

4. 이사건건설중인자산부분에대한판단

가. 독립적인 재화로서의 재산적 가치가 있는지 여부

(1) 원고의 주장

재산적 가치가 없는 재화는 부가가치세법상 과세대상이 되지 않는데, 이 사건 건설 중인 자산 대부분은 사업부지에 대한 토지조성원가로서 그 토지의 가치를 증대시키는 데 이미 지출되어 토지조성공사 완료시점에 이마 그 토지에 부가되어 재산적 가치가 소멸하였으므로, 부가가치세법상 과세대상이 되지 않는다.

(2) 판단

부가가치세법 제1조 제1항 및 제2항에 의하면, 부가가치세는 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 과세대상으로 하고 있다.

별지 이 사건 건설 중인 자산내역의 기재에 의하면, 이 사건 건설 중인 자산(총 원가가 15,152,437,703원이다)은 용역비(원가 합계가 1,494,535,819원으로서 설계용역비 와 감리비로 구성되어 있다), 기초토목공사(원가 합계가 10,433,371,915원으로서 청구 하천수로시공비ㆍ토공ㆍ개천내기공ㆍ연약지반처리공ㆍ배수공ㆍ부대공ㆍ폐기물처리비ㆍ평가실험비ㆍ전주이설비ㆍ기타) 및 지상구조물(원가 합계가 3,224,529,969원으로서 포 장공ㆍ조경공ㆍ옹벽ㆍ방음벽공ㆍ울타리공ㆍ승강장)로 이루어져 있고, 이 사건 건설 중 인 자산 대부분은 사업부지상에 아스팔트를 이루고 있음은 앞서 본 것과 같다.

위 인정사실에 비추어 보면, 사업부지에 대한 토지조성원가라고 할 수 있는 용역비와 기초 토목공사비를 합한 원가(11,927,907,734원)가 이 사건 건설 중인 자산의 총 원가 중 약 78.7%를 차지하고 있으므로 위와 같은 토지조성원가는 토지와 분리될 수 없어 독립적인 재화로서의 재산적 가치가 없다고 판단되고, 지상구조물 또한 토지와 분리되어서는 그 재산적 가치를 상실한다고 판단된다.

따라서 이 사건 건설 중인 자산은 독립적인 재화가 아니거나 또는 독립적인 재산적 가치가 없어 부가가치세의 과세대상이 아니라고 할 것이므로, 이 사건 건설 중인 자산 이 폐업당시 재산적 가치가 있는 잔존재화에 해당됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법 하다.

나. 무상귀속대상으로서 부가가치세의 면세대상인지 여부

(1) 원고의 주장

설령 이 사건 건설 중인 자산이 독립적인 재산으로서의 재산적 가치를 가진다고 하더라도, 이 사건 건설 중인 자산은 처음부터 국가에게 무상귀속되는 대상이었고 그 후 한국철도공사사장이 실제로 무상귀속결정을 하였으므로, 이 사건 건설 중인 자산은 부가가치세법 제12조 제l항 제18호에 따른 부가가치세의 면세대상이다.

(2) 판단

당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제11호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 건설 중인 자산은 앞서 본 것처럼 이 사건 건물과 같이 철도기본시설 또는 국유철도사업에 직접 필요로 하는 부분에 해당하는 시설물인 사실, 원고는 폐업일 이후 2007. 1. 30. 한국철도공사사장으로부터 '사업부지상의 이 사건 건설 중인 자산에 대한 원상회복의무를 면제한다'라는 내용의 무상귀속결정을 받은 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 건설 중인 자산 또한 이 사건 건물처럼 준공 후 국가에 무상귀속되어 국가가 그 소유권을 원시취득하는 대상인 점이 이 사건 협약체결 당시 이미 예정되어 있었을 뿐만 아니라, 원고의 폐업일 이후 국가가 그 소유권을 무상귀속하는 결정까지 하였으므로, 이 사건 건설 중인 자산은 무상귀속대상이라고 할 것이고, 이와 달리 원고의 폐업일 당시 이 사건 건설 중인 자산이 준공되지 않았다거나 원고가 사업추진의 어려움으로 폐업하였다는 사정만으로는 이 사건 건설 중인 자산이 무상귀속대상이 아니라고 할 수는 없다.

따라서 이 사건 건설 중인 자산 또한 이 사건 건물과 마찬가지로 부가가치세법 제12조 제1항 제18호에 따른 부가가치세의 면세대상이라고 판단되므로, 이 점에 있어서도 이 사건 처분은 위법하다.

다. 장부가액을기준으로이사건건설중인자산의시가를산정할수있는지여부

(1) 원고의주장

설령 이 사건 건설 중인 자산에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있다고 하더라도, 부가가치세의 과세표준이 되는 이 사건 건설 중인 자산의 시가는 피고가 직접 조사하여 객관적이고 합리적인 가액을 산출하거나 공신력 있는 감정기관의 감정에 근거하여야 함에도, 피고는 원고의 폐업일 당시 대차대조표나 원고가 심사청구시 제출한 명세표에 기재된 액수(이하 '장부가액'이라고 한다)를 막연히 이 사건 건설 중인 자산의 시가로 보고 이 사건 처분을 하였다. 따라서 피고는 이 사건 처분의 과세표준이 되는 시가를 잘못산정하였다.

(2) 피고의주장

이 사건 건설 중인 자산의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 부가가치세법 제13조 제1항 제4호에 따라 폐업하는 경우의 재고 재화에 대한 시가로 산정하여야 하는데, 그 시가가 불분명한 경우에는 부가가치세법 시행령 제50조 제1항 제2호에 따라 소득세법 시행령 제98조 제3항에 의한 가격으로 산정하여야 한다. 소득세법 시행령 제98조 제3항은 법인세법 시행령 제2항 제2호를 준용하고 있고, 법인세법 시행령 제2항 제2호는 다시 상속세 및 증여세법(이하 '상속세및증여세법'이라고 한다) 제61조 제6항을 준용하고 있다. 상속세및증여세법 제61조 제6항 및 상속세및증여세법 시행령 제51조 제4항은 '폐업당시 시가가 불분명한 경우의 시설물 및 구축물에 대한 과세표준은 다시 건축하거나 다시 취득할 경우에 소요되는 가액인 재취득가액으로 산정해야 한다'라고 규정하고 있다. 이 사건 건설 중인 자산의 경우 그 재취득가액은 원고의 폐업일 당시까지 투입된 재화 및 용역의 합계이고, 이를 가장 객관적이고 합리적으로 반영한 가액이 원고의 대차대조표 등 의 장부상에 기재된 장부가액이다. 따라서 피고가 이 사건 건설 중인 자산에 대하여 산정한 시가는 적정하다.

(3) 판단

회사의 폐업 당시 잔존 재화에 대한 부가가치세 과세표준을 결정함에 있어, 과세관청이 직접 조사나 공신력 있는 감정기관의 시가감정 등을 통하여 정상거래가격을 산정 하려는 노력 없이, 그 회사가 폐업 당시 재고 재화의 시가를 산정한다는 인식 없이 작성ㆍ제출한 가결산서에 기재된 장부가액을 그대로 시가로 보고, 이를 기초로 잔존 재화에 대한 부가가치세의 과세표준을 산정하는 것은 위법하다(대법원 1996. 10. 11. 선고 95누18666 판결 등 참조). 즉, 폐업시 잔존 재화의 시가가 불분명한 경우에는 부가 가치세법 시행령 제50조 제1항, 소득세법 시행령 제98조 제3항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항, 상속세및증여세법 제61조 제1항, 상속세및증여세법 시행령 제51조의 규정을 순차로 적용하여 그 시가를 산정하여야 하고, 위 각 규정에 의해서도 시가의 산정이 어려운 경우에는 보충적으로 그 시가에 갈음하여 객관적으로 합리적인 방법에 따라 그 가액을 평가하여야 할 것이므로, 부가가치세법 시행령 제50조 제1항 규정에 따른 시가의 산정이 어려운 사건에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 대차대조표상에 기재된 장부가액을 폐업 당시의 잔존 재화의 시가라거나 그 시가에 갈음하여 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액이라고 할 수는 없다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두8372 판결 등 참조).

이 사건 건설 중인 자산의 시가가 불분명하여 피고가 원고의 장부가액으로 그 시가를 산정한 것은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 피고가 위와 같이 시가를 산정한 것이 위 법리에 비추어 적정한지에 대하여 본다.

법인세법 시행령 제89조 제2항은 '시가가 불분명한 잔존 재화의 시가는, 우선 부동산가격공시 및 감정명가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우에는 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)에 의하고(제1호), 다음으로 이러한 가액이 없는 경우에는 상속세및증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동 법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다'라고 규정하고 있으므로, 과세관청인 피고로서는 위 규정에 따라 우선 이 사건 건설 중인 자산의 시가에 대하여 감정평가법인의 감정을 거치는 등의 방법으로 정상거래가격을 산정하려는 노력을 하였어야 함에도 불구하고 이를 하지 않았고, 설령 이 사건 건설 중인 자산의 시가 감정이 불가능하거나 어렵다고 하더라도, 피고는 위에서 살핀 각 규정에 따라 순차적으로 그 시가를 산정하여야 하고, 이마저도 어려운 경우에는 보충적으로 그 시가에 갈음하여 객관적으로 합리적인 방법에 따라 그 가액을 평가하여야 할 것이나, 피고는 위와 같은 과정을 거쳐 정상거래가격을 산정하려는 노력 없이 원고가 폐업 당시 재고 재화의 시가를 산정한다는 인식 없이 작성ㆍ제출한 대차대조표나 명세표에 기재된 장부가액을 막연히 이 사건 건설 중인 자산의 시가로 보고 그 과세표준을 산정하였다.

따라서 이 사건 건설 중인 자산에 대한 부가가치세의 과세표준이 되는 시가가 잘못 산정되었으므로, 이 점에 있어서도 이 사건 처분은 위법하다.

5. 이사건구축물부분에대한판단

가. 원고의주장

(1) 이 사건 구축물은 화단이 설치되어 있는 부분으로서 타인 소유의 토지에 정착되어 분리사용이 불가능하므로, 이 사건 건설 중인 자산과 마찬가지로 재산적 가치가 없어 부가가치세의 과세대상이 되지 않는다.

(2) 이사건구축물은이사건건설중인자산에서본것과같은사유로국가에무상귀속되므로부가가치세의면세대상이된다.

(3) 이 사건 구축물은 부가가치세법 시행령 제49조 제1항이 규정한 목적사업인 과세 사업에 공한 자산이라고 보기 힘들므로 위 규정에 따라 이 사건 구축물에 대한 과세표준을 산정할 수 없다.

나. 판단

이 사건 구축물은 앞서 본 것처럼 이 사건 건물의 사방을 둘러싸면서 나무가 식재되어 있는 화단으로서 사업부지인 토지에 정착되어 있어 이 사건 건설 중인 자산과 마찬가지로 토지와 분리해서는 독립적인 재산적 가치가 없다고 판단되고, 또한 이 사건 구축물은 국가에 무상귀속된 이 사건 건물의 부대시설로서 이 사건 건물과 일체를 이루고 있는 것으로 보이므로 이 사건 건물과 마찬가지로 부가가치세법 제12조 제1항 제18호에 따른 부가가치세의 면세대상이라고 판단되므로, 이 사건 구축물이 폐업당시 재산적 가치가 있는 잔존재화에 해당됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

6. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.