양도계약'이라 한다)을 체결함과 동시에 장외거래를 통해 이 주식을 이

양해각서에서 정한 이 사건 거래가격으로 SSWOWOW에 모두 양도하였고, 그 결과

SSWOWOW는 이미 보유하고 있던 ABC 지분(14.2%)과 합하여 ABC의 최대주

주(지분율 40.9%)가 되었다.

라. 서울지방국세청장은 2015. 2. 23.부터 2015. 4. 15.까지 원고에 대한 세무조사를

실시한 결과, 원고와 SSWOWOW 사이의 이 사건 주식 거래를 시가가 불분명한 특

수관계자 사이의 경영권이 수반된 주식의 거래로 보아 이 사건 양도계약일인 2010.

11. 22.을 평가기준일로 하여 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개

정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 제2호에 따라 상속세 및 증여세법(2011. 12.

31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속세및증여세법'이라 한다) 제63조 제1항 및

제3항에 따라 '평가기준일 이전 2개월간 최종가액 평균액'에 최대주주 등이 보유한 주

식에 대한 할증평가(30%)액을 가산한 1주당 57,064원(총 85,596,000,000원)을 이 사건

주식의 시가로 평가한 후, 특수관계자 사이에 이 사건 주식을 시가보다 저가에 거래하

여 원고의 소득금액이 부당하게 감소된 것으로 보아 이 사건 주식의 평가액

(85,596,000,000원)과 거래가액(50,296,500,000원)의 차액 35,299,500,000원을 익금에

산입한 후 변경된 법인세 과세표준 내역을 피고에게 통지하였다.

마. 이에 따라 피고는 2016. 2. 11. 원고에게 2010 사업연도 법인세 12,661,455,640

원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 '이 사건 종전 처분'이라 한다).

바. 원고는 이 사건 종전 처분에 불복하여 2016. 4. 6. 조세심판원에 심판청구를 하

였는데, 조세심판원은 2017. 7. 26. '이 사건 주식의 평가기준일을 주요 거래조건이 확

정되고 거래당사자간 구속력 있는 합의가 이루어졌다고 보이는 이 사건 양해각서 체결

일인 2010. 10. 26.로 보아 위 주식의 시가를 재산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정

하라'는 결정을 하였고, 피고는 위 결정에 따라 원고에 대한 이 사건 종전 처분을

2,019,679,430원(가산세 포함)으로 감액경정하였다(이하 위와 같이 감액경정된 이 사건

종전 처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함,

이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고와 SSWOWOW는 이 사건 주식을 거래함에 있어 자본시장과 금융투자업에

관한 법률을 적용하여 산정한 가격에 경영권 프리미엄(15%)을 가산하는 방법에 의해

이 사건 거래가격을 산정하였는바, 위 거래가격은 이 사건 주식의 객관적인 교환가치

를 적정하게 반영하고 있어 시가에 해당한다.

그럼에도 피고는 이 사건 주식의 시가가 불분명하여 상속세및증여세법상의 보충적 평가방법

에 따라 위 주식의 시가를 산정하여야 함을 전제로, 원고의 SSWOWOW에 대한 이

사건 주식의 양도가 법인세법에서 부당행위계산부인 대상인 '자산을 시가보다 낮은 가

액으로 양도'한 경우에 해당하는 것으로 보아 이 사건 처분을 하였다.

설령 원고가 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우에 해당한다고 하

더라도, 이 사건 주식의 매도와 관련한 원고의 경영상의 목적, 원고와 SSWOWOW

의 이 사건 거래가격 산정 방법 및 경위 등을 고려할 때 이 사건 주식의 거래는 경제

적 합리성이 인정되어 법인세법상의 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다.

따라서 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) ABC는 SS그룹 임직원의 교육을 담당하고 있는 SS인력개발원에서 분사하

여 2000. 5. 4. 설립되어 2006. 11. 16. 코스닥 시장에 상장된 법인으로, 경영, 리더쉽,

금융, 외국어, IT 등 직무능력 향상에 필요한 e-러닝서비스를 SS그룹 계열사를 포함

한 국내 기업에 제공하는 사업을 영위하고 있다.

2) 이 사건 양해각서가 체결되기 전인 2010. 6. 30. 기준 ABC의 주식 보유 현황

은 아래 표 기재와 같다.

3) 원고는 2010. 10. 22.을 기준시점으로 하여 자본시장과 금융투자업에 관한 법률

(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것, 이하 '자본시장법'이라 한다) 제165

조의4, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령(2012. 6. 29. 대통령령 제23924호로

개정되기 전의 것, 이하 '자본시장법 시행령'이라 한다) 제176조의5 제1항의 합병가액

결정방식을 고려하여 아래 표 기재와 같이 최근일(2010. 10. 22.) 최종시세가액, 최근 1

주일 가중평균 최종시세가액, 최근 1개월 가중평균 최종시세가액을 산술평균한 가격(1

주당 29,157원)에 경영권 프리미엄 15%를 반영하는 방식(이하 '이 사건 거래가격 산정

방식'이라 한다)으로 산정한 이 사건 주식의 1주당 가액 33,531원을 이 사건 거래가격

으로 하였다.

- 주된 평가방법으로 사용된 DCF Method(현금흐름할인법)를 적용할 경우 ABC의 주식가치(2010.6. 30. 기준) 평가결과는 아래와 같다.

- ABC의 100% 주식가치는 1,709억 원 ~ 1,872억 원의 범위로 산출되었고, 할인율을 12.48%, 영구성장률을 2.5%로 가정할 경우 1,785억 원으로 산출되었다.

- ABC의 1주당 주식가치는 30,368원 ~ 33,266원으로 평가되었고, 할인율을 12.48%, 영구성장률을2.5%로 가정할 경우 31,708원으로 산출되었다.

4) 원고와 SSWOWOW의 이 사건 주식 거래 관련 담당자는 2010. 10. 14.경부

터 이메일 등을 통해 경영권 프리미엄을 포함한 위 주식의 거래가격 결정을 위해 논의

하였고, 2010. 10. 18.자 이메일에서 2010. 10. 22. 종가를 기준으로 이 사건 거래가격

산정방식으로 이 사건 주식의 거래가격을 산정하는 방안에 대한 논의가 이루어졌다.

5) 한편 원고는 삼정회계법인에게 ABC의 주식가치평가를 의뢰하여 2010. 10.

19. 삼정회계법인으로부터 평가보고서(이하 '이 사건 평가보고서'라 한다)를 받았는데,

위 평가보고서의 주된 내용은 아래와 같다.

6) 2010. 10. 26. 개최된 원고의 이사회에서 SSWOWOW에 이 사건 주식을 이

거래가격에 처분하기로 하는 안건이 승인되었고, 원고와 SSWOWOW는 같은

날 이 사건 양해각서를 체결한 후 이를 금융감독원 전자공시시스템에 공시하였다.

7) 2010. 6. 30.부터 2010. 12. 30.까지의 주요 시점에 한국거래소에서 형성된 크레

듀 주식의 1주당 가격은 아래와 같다.

8) 피고는 2015. 4. 20. 기획재정부에 이 사건 주식 거래와 관련하여 시가 평가방

법 및 평가기준일에 대하여 질의하였는데, 기획재정부장관은 2016. 11. 18. 아래와 같

이 회신하였다.

9) 피고는 이 사건 처분을 위해 상속세및증여세법 제63조의 보충적 평가방법에 따라 이 사

건 주식의 시가를 산정함에 있어, 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 양해각서 체결일

인 2010. 10. 26.을 기준시점으로 하고, 그 전후 각 2개월 동안의 종가평균은 49,540원

으로 산정되나, 위 기획재정부장관의 회신에 따라 이 사건 양해계약서를 체결한 시점

의 이전 2개월 동안의 종가평균인 28,681원에 원고를 포함한 SS그룹 계열사가 크레

듀 발행주식 총수의 100분의 50을 초과한 주식(60.5%)을 보유하고 있음을 이유로 상증

세법 제63조 제3항에 따라 100분의 30을 가산한 37,285원(= 28,681원 × 130%)을 이

사건 주식의 1주당 가액으로 결정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 8, 10, 11호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재,

변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법령 등

가) 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제

52조 제1항은 '특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의

부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산

에 관계 없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다'고 규정하고 있고,

제2항은 '제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수

관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격

(시가)을 기준으로 한다'고 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호는

법인세법 제52조 제1항의 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하

나로 '자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우'를 들고 있고, 제2항은

'제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래에 대

하여 이를 적용한다'고 규정하고 있다.

또한, 법인세법 시행령 제89조 제1항은 '법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거

래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래

한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는

그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가

는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다'고 규정하고 있고, 법인세법 시행

령 제89조 제2항은 '법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각

호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다'고 규정하면서, 제2호에서는 '상속세 및

증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평

가한 가액'을 들고 있다. 한편 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 가목에서는 '자본시장과

금융투자업에 관한 법률 제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권

상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전・이후 각 2개월 동안 공표된 매일의

한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액으로 한다'고 규

정하고 있고, 나목에서는 '자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제13항 제2호에

따른 코스닥시장 상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자

지분에 대해서는 가목을 준용한다'고 규정하고 있다.

나아가 상속세및증여세법 제63조 제3항에서 '제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적

용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주

주 또는 출자자(이하 '최대주주 등'이라 한다)의 주식 등에 대해서는 제1항 제1호 및

제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100

분의 20을 가산하되, 최대주주 등이 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초

과하여 보유하는 경우에는 100분의 30을 가산한다'고 규정하고 있다.

나) 한편, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호는 법인세법 제52조가 규정하고

있는 부당행위계산 부인대상의 하나로 출자자 등 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가

보다 낮은 가격으로 양도한 때를 들고 있고, 법인세법 시행령 제89조 제1항은 그 시가

의 범위에 관하여 '당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정

다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래

된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다'고 규정하고 있는데, 여기서 부당행위계산

"의 부인이 되는 저가양도의 기준으로 규정되어 있는시가'라고 함은, 일반적이고 정상",적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하고(대법원 1997. 11. 14. 선고 97

누195 판결 참조), 법인세법 제52조에서 규정한 부당행위계산부인은 법인이 특수관계

에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법

인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써

조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에

정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제

도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합

리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무

에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건

전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지의 여

부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2018. 3. 15. 선고 2017두63887 판결 등 참조).

2) 원고의 주장에 대한 판단

가) 먼저 이 사건 주식의 시가에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취

지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고가 원고와 SSWOWOW

사이의 이 사건 주식 거래와 관련하여 상속세및증여세법상의 보충적 평가방법에 따라 위 주식

의 시가를 평가하여야 함을 전제로 하여 이 사건 주식의 1주당 가격을 37,285원으로

산정한 것은 적법하다고 할 것이다.

① 이 사건 주식의 거래는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률상 SS그룹 계

열사인 원고가 보유하고 있던 ABC 발행의 이 사건 주식 150만주를 같은 SS그룹

계열사로서 법인세법상 특수관계에 있는 SSWOWOW에게 한국거래소를 통하지 않

고 장외거래를 통해 양도한 것이고, 이 사건 주식의 거래로 인하여 SSWOWOW는

이미 보유하고 있던 지분(14.2%)과 합하여 ABC의 최대주주(지분율 40.9%)가 되었으

므로, 위 주식 거래는 경영권 프리미엄이 수반된 거래에 해당한다.

② 법인세법 시행령 제89조에서 시가는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인

이 특수관계자 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우 그 가격이고, 주

권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래

일의 한국거래소 최종시세가액이라고 규정하고 있는데, 한국거래소가 아닌 장외에서

이루어지고, 경영권 프리미엄을 수반하는 이 사건 주식의 거래와 유사한 상황에서 원

고와 특수관계자 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 존재하지 않고, 한국거래

소 최종시세가액 또한 소액주주간의 위 거래소 거래를 통해 형성된 가격으로서 경영권

프리미엄이 포함되어 있지 않은 가격에 불과하므로 이를 이 사건 주식의 거래에 있어

시가로 볼 수도 없다.

③ 원고는 이 사건 거래가격이 이 사건 주식의 객관적인 교환가치를 반영한 가

격으로서 시가에 해당한다고 주장하나, ㉠ 원고가 적용한 자본시장법 시행령 제176조

의5 규정은 주권상장법인이 다른 법인과 합병하려는 경우 합병가액을 산정하기 위한

것이지 이 사건 주식의 거래에 있어서와 같이 시가가 불분명한 경우에 그 주식의 가치

를 평가하기 위한 것이 아닌 점, ㉡ 원고는 삼정회계법인으로부터 받은 이 사건 평가

보고서상의 주식 가치 등을 고려하여 경영권 프리미엄 15%를 결정하였다고 주장하나,

위 평가보고서는 그 평가기준일을 이 사건 주식 거래 시점과 상당한 차이가 있는

2010. 6. 30.로 하고 있을 뿐만 아니라, 위 평가보고서에서 주식 가치 평가를 위하여

사용한 현금흐름할인법(DCF Method) 역시 기업의 미래 현금흐름에 할인율을 적용하여현재 시점에서의 자본가치를 추정하는 가치평가방법으로 경영권 프리미엄을 포함한 이사건 주식의 시가 산정을 위한 적절한 방법으로 보이지 않는 점, ㉢ 원고와 SSWOWOW 사이의 이 사건 주식 거래 직후 주가가 이 사건 거래가격에 비해 현저히 상승하였을 뿐만 아니라(이 사건 양해각서 체결 다음날의 종가는 33,450원이고, 이 사건 양도계약 체결일의 종가는 74,000원이며, 그로부터 이틀 후인 2010. 11. 24.에는 종가가96,000원에 달하였다), 아래에서 보는 바와 같이 상속세및증여세법상의 보충적 평가방법을 적용하여 산정한 이 사건 주식의 평가액은 1주당 64,402원으로 이 사건 거래가격의 약 2배에 달하는 점 등을 고려할 때, 이 사건 거래가격이 원고와 SSWOWOW의 이 사건주식 거래와 관련하여 위 주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 보기어려우므로, 원고의 위와 같은 주장은 받아들일 수 없다.

④ 결국 이 사건 주식은 그 시가가 불분명한 경우에 해당하므로, 법인세법 시행

령 제89조 제2항 제2호에 따라 상속세및증여세법 제63조 제1항을 준용하여 평가한 가액을 시

가로 보아야 할 것인데, 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호에서는 상장법인의 주식을 평가

기준일 이전・이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액의 평균액으

로 하도록 규정하고 있고, 상속세및증여세법 제63조 제3항에서 제1항 제1호를 적용함에 있어

최대주주 등의 주식에 대해서는 제1항 제1호에 따라 평가한 가액에 그 가액의 100분

의 20을 가산하되, 최대주주 등이 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초과

하여 보유하는 경우에는 100분의 30을 가산하도록 하고 있으므로, 이 사건 거래와 관

련한 이 사건 주식의 시가는 이 사건 양해각서 체결일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안의 종

가평균 49,540원에 30/1001)을 가산한 64,402원이 되는데, 피고가 이 사건 처분을 위해

산정한 이 사건 주식의 가격은 그 범위 내에 있다.

나) 결국, 원고는 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가격에 특수관계자인 SS에스

디에스에게 양도하였고, 원고가 주장하는 이 사건 주식의 매도와 관련한 경영상의 목

적 등만으로 위와 같은 주식의 저가 양도에 경제적 합리성이 있다고 보기 어려우므로,

원고의 SSWOWOW에 대한 이 사건 주식 양도는 법인세법 제52조, 법인세법 시행

령 제88조 제1항 제3호의 '특수관계에 있는 자에게 자산을 무상 또는 시가보다 낮은

가액으로 양도하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우'에 해

당한다. 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장

은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 2016. 2. 11. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 2,019,679,430원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 광고대행업 등을 목적으로 하는 상장법인으로 독점규제 및 공정거래에 관한 법률상 SS그룹 계열사이다. 원고는 주식회사 ABC(2016. 3. 11. 주식회사 XXXXX로 상호가 변경되었다. 이하 'ABC'라 한다) 발행 주식 150만주(지분율 26.7%, 이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 보유한 최대주주였다.

나. 원고는 2010. 10. 26. 법인세법상 특수관계자인 SSWOWOW 주식회사(이하 'SSWOWOW'라 한다)와 이 사건 주식을 2010. 10. 22.을 기준으로 상호 합의한 가격인 1주당 33,531원(이하 '이 사건 거래가격'이라 한다)으로 하여 합계 50,296,500,000원에 SSWOWOW에게 매도하기로 하는 양해각서(이하 '이 사건 양해각서'라 한다)를 체결하였다.

다. 원고는 2010. 11. 22. SSWOWOW와 이 사건 주식에 관한 양도계약(이하 '이

심급 사건

참조조문

참조판례