청구법인은 강원도 원주시 OO읍 OO리 OOOOO에서 군납용 건빵등을 제조하는 법인으로서 강원도 원주시 OO동 OOOOOOO 대지 2,654㎡와 동 지상건물 1,832㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 제조업을 영위하다가 1990.5.26 현재의 위치로 공장을 이전하고 쟁점부동산은 1991.3월부터 청구외 주식회사 OOOO 가구에 임대보증금 100,000,000원을 받고 창고로 임대한 사실이 있다.

처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 위 주식회사OOOO가구에 임대한 사실에 대해 쟁점부동산을 임대용 부동산으로 보고 해당 사업년도말 현재의 부동산가액에 대한 임대수입금액비율이 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제11호에 정한 비율에 미달하는 것으로 보아 비업무용부동산에 해당하는 것으로 판정하여 이에 관련된 지급이자를 손금불산입하고, 기타 손금 추인사항을 반영하여 1995.7.1 청구법인에게 1991.1.1～1991.12.31 사업년도분 법인세 77,991,060원 및 1992.1.1～1992.12.31 사업년도분 법인세 17,584,130원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1995.7.31 심사청구를 거쳐 1995.10.20 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 당초 쟁점부동산에서 군납용 건빵제조를 계속하여 오던 중 1990.5.26 강원도 원주시 OO읍 OO리 OOOOO OO농공단지로 공장을 이전하게 됨에 따라 쟁점부동산을 매각하고자 하였으나 여의치 않아 주식회사 OOOO가구에 1991.3.1부터 임대한 후 1992.5.27일부터는 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제11호의 규정에 의거 비업무용부동산으로 자체 판정하여 법인세법 제18조의3 제1항의 규정에 의한 지급이자를 손금불산입하여 납세의무를 성실히 이행하였음에도, 처분청에서는 1991.3.1일부터 쟁점부동산이 비업무용 부동산에 해당되는 것으로 보아 과세하였으나 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제3호의 규정에 의하면 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 업무용부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업·폐업 또는 이전일로부터 2년이 경과되지 아니한 것은 비업무용 부동산으로 보지 아니하도록 되어있어서 1992.5.26까지는 비업무용부동산에 해당되지 아니하므로 과세처분이 부당하다.

(2) 설령 비업무용부동산으로 본다고 하여도 1991사업년도의 경우 1991.3.1이후 비업무용부동산의 적수가 1991.3.1이후 차입금적수보다 크므로 지급이자중 총 차입금적수분의 1991.3.1이후 차입금적수에 해당하는 지급이자만을 손금불산입액으로 하여 141,300,084원을 손금불산입해야 하고, 또한 국세청예규 및 국세청장의견과 같이 공장 이전일로부터 2년이 경과하는 시점에서 소급하여 비업무용 해당여부를 판정한다면 미납부가산세는 판정시점 귀속 법인세 신고일 이후부터 적용해야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 법인이 사업장을 이전함에 따라 비업무용이 된 부동산은 2년간은 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제3호에 규정하고 있으나 2년이 경과된 후에도 계속하여 다른 용도로 사용하는 때에는 다른용도로 사용하는 날부터 소급하여 당해용도를 기준으로 비업무용 해당여부를 판정하는 것이고, 당청 법 집행기준에 있어서도 법인이 사업의 일부 또는 전부를 이전함에 따라 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제3호의 규정에 의거 비업무용에서 제외된 부동산으로서 같은 규칙 같은호의 규정에 의한 기간이 경과한 경우 당해 기간이 경과한 날부터 비업무용 부동산으로 보아 같은법 제18조의 3의 규정을 적용하는 것이나 기존의 사업시설을 당해기간이 경과한 후에도 계속하여 다른 용도에 사용하는 때에는 다른 용도에 사용한 날부터 소급하여 당해 용도를 기준으로 비업무용 해당여부를 판정하는 것(법인 46012-1011, 1994.4.6)이므로 1991.2.4일 주식회사OOOO가구에 임대한 쟁점부동산을 1991.2.4일부터 비업무용부동산에 해당되는 것으로 본 처분은 정당하다고 판단된다.

(2) 지급이자 손금불산입액의 경우 청구인 주장과 같이 계산하여도 총 차입금적수가 감소되므로 거의 동일한 금액이 계산되나 법인세법시행령 제43조의2 제4항에 의해 계산한 당초처분이 타당하고, 미납부가산세도 법인세법 제41조 제1항에 의거 계산한 당초처분이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 공장이전후 2년내에 구공장을 임대한 경우 곧바로 임대용부동산으로서 비업무용부동산에 해당여부를 판단하는지 여부와 지급이자 손금불산입액 계산 및 가산세 적용이 적당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 법인세법 제18조의3 제1항은 『다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(....생략.....)은 각사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가 상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것

2. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산(부동산을 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 것』이라고 규정하고 있다.

같은법시행령 제43조의2 제1항은 『법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 말한다.

1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산

3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산

4. 법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산

5. 업무에 적합한 시설기준을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련정도가 적은 부동산』이라고 규정하고 있으며,

같은조 제3항은 『제1항의 규정에 의한 비업무용부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다.』고 규정하고 있고, 같은조 제4항은 『법 제18조의 3 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액”이라 함은 다음의 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 취득과 동시에 비업무용부동산 등에 해당하는 자산의 경우에는 그 취득에 소요된 차입금의 이자는 제33조의 규정에 의한 자본적지출로 보지 아니하며, 다음 산식중 자산가액의 합계액에 비업무용부동산 등을 취득하기 위하여 지출한 금액을 합산한다.

지급이자 ×』이라고 규정하고 있다.

법인세법시행규칙 제18조제3항은 『령 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.』고 규정하고, 그 제11호에 『임대(....생략....)에 쓰이고 있는 부동산으로서 다음 각호의 1에 해당하는 것

가. 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산.

다만, 소득세법시행령 제15조 제5항의 규정에 의한 고급주택외의 주택 및 그 부속토지와 법령의 규정 또는 법령에 의한 주무부장관의 승인 등에 의하여 임대료가 제한된 부동산을 제외한다』고 규정하고 있다.

법인세법시행규칙 제18조 제4항은 『다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항은 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다』고 규정하고, 그 제3호에 『법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 업무용부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업·폐업 또는 이전일로부터 2년이 경과되지 아니한 것』을 열거하고 있다.

한편, 법인세법 제41조 제1항 본문은 『정부는 제38조의 규정에 의하여 각사업년도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 게기하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.(단서 생략)』고 규정하고,

그 제3호에 『제30조 또는 제31조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액(이하 “미납부세액”이라 한다) 100원에 대하여 금융기관의 대출이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액. 다만, 그 금액이 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 한다』고 열거하고 있다.

다. 비업무용부동산과 관련한 규정의 체계를 살펴보면, 법인세법시행규칙 제18조 제3항 각호에서 일단 부동산의 용도별로 비업무용부동산 판정기준을 열거하고, 같은조 제4항에서 세부적으로 비업무용부동산에서 제외되는 경우를 열거하고 있다. 따라서 법인이 보유하고 있는 부동산이 법인세법시행규칙 제 18조 제3항 각호의 규정에 해당하는 경우에는 일단 비업무용부동산으로 보지만 그 부동산이 같은조 제4항 각호에서 규정한 사유에도 해당하는 경우에는 “제3항의 규정에 불구하고” 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것임을 알 수 있다.

또한, 법인이 상당한 기간동안 업무에 직접 사용하여 온 부동산이라 할지라도 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전하는 경우에는 상당기간 업무에 직접 사용하지 못하거나 본래의 용도가 아닌 다른 용도로 사용하게 됨으로 인하여 비업무용부동산에 해당하게 되는 경우가 발생하는데 이 경우 부동산을 사용치 않고 그냥 보유하는 경우에는 비업무용부동산으로 보지 아니하고 이를 좀더 효율적으로 활용하기 위해 임대하는 경우에는 수입금액비율 미달을 이유로 비업무용부동산으로 보게 되는 모순점도 있는 바,

법인세법시행규칙 제18조 제4항 제3호의 규정에서는 이 경우 휴업·폐업 또는 이전일로부터 2년이 경과되지 아니한 부동산을 법인이 비록 동 기간내에 토지등의 효율적 이용을 위하여 다른 용도로 사용한다고 할지라도 그 다른 용도를 기준으로 하여 법인세법시행규칙 제18조 제3항 각호의 규정에 의거 비업무용부동산 해당여부를 판정하지 않도록 규정한 것으로 판단된다.

라. 청구법인의 경우 쟁점부동산에서 제조업을 영위하다가 1990.5.26 현재소재지로 공장을 이전한 사실 및 1991.3.1부터 주식회사OOOO가구에 임대보증금 100,000,000원에 임대한 사실등에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없으므로 심리를 생략하고,

쟁점부동산의 경우 임대용 부동산으로서 일단 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제11호 가목의 규정을 적용받게 되나, 아울러 청구법인은 1990.5.20 공장이전을 하였으므로 같은조 제4항 제3호의 규정을 함께 적용받게 된다고 할 것인데, 앞에서 살펴본 바와 같이 법인세법시행규칙 제18조 제3항과 제4항이 동시에 적용되는 경우에는 “제3항의 규정에 불구하고” 제4항의 규정에 의하여 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것이므로, 청구법인이 공장을 이전한 1990.5.26부터 2년간인 1992.5.26까지는 비업무용부동산에서 제외된다는 청구주장이 타당한 것으로 판단되고 비업무용부동산에 해당함을 전제로 하여 관련 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다고 판단된다(지급이자 손금불산입액 계산방법과 미납부가산세 적용에 대한 주장은 판단의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다).

마. 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.