2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 000-9번지 대 573.8㎡, 같은 동 000-13 대 1,062㎡, 같은 동 000-14 대 495.8㎡ 및 같은 동 000-13, 같은 동 000-14 양 지상 철근 콘크리트조 경사 슬래브지붕 2층 근린생활시설 및 위락시설 2,130.54㎡(이하 통틀어 '이사건 부동산'이라 한다)에서 △△호텔을 운영하다가, 2008. 2. 22. 이 사건 부동산을 □ □ □ □주식회사(이하 '□ □ □ □'이라 한다)에 현물출자하고, □ □ □ □로부터 동 회사의 23,981주를 주당 발행가액 27,175원에 취득하였다.

나. 원고는 2009. 5. 31. 양도소득세 확정신고를 하면서 이 사건 부동산에 대하여

자산평가액 3,512,758,080원, 부채평가액 2,912,358,000원, 순자산가액 600,400,080원, 신주취득가액은 평가액을 주당 27,175원으로 하여 651,683,675원(= 23,981주×27,175원)으로 각 산정하여 신주취득가액 651,683,675원이 순자산가액 600,400,080원 이상에 해당한다고 주장하면서 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제28조 제1항 제2호에 따라 2008년 귀속 양도소득세 이월과세를 신청하고, 관할세무서는 이를 받아들였다.

다. 그러나 감사원은 2011. 10. 17.부터 다음 달 24.까지 ○○지방국세청에 대한 감사를 실시하여 이 사건 부동산에 대하여 자산평가액 3,512,758,080원에서 공제하여야 할 부채평가액 2,912,358,000원 중 물상보증채무 800,000,000원(이하 '이 사건 물상보증채무'라 한다)은 ◇◇◇◇주식회사의 채무로서 위 현물출자 이후에도 □ □ □ □에 인수되지 않았으므로 이 사건 부동산에 대한 순자산가액 산정 시 공제하는 부채에 해당하지 않는다는 이유로, 원고의 신주취득가액 651,683,675원이 소멸하는 사업장의 순자산가액 1,400,400,080원보다 적어 이월과세 대상에 해당되지 않는다는 취지로 관할세무서에 시정요구 하였고, 피고는 이에 따라 2012. 6. 7. 원고에 대하여 2008년 귀속양도소득세 526,652,020원(= 본세 396,247,000 + 가산세 130,405,020)을 결정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

라. 이에 불복하여 원고는 2012. 8. 14. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2012. 12. 5. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 을 제1 내지 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 모두 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

㉠ 원고는 법원으로부터 이 사건 부동산의 현물출자로 인하여 소멸되는 사업장의

순자산가액을 650,000,000원(= 이 사건 부동산의 시가 3,500,000,000원 - 차입금

부채 2,050,000,000원 - 물상보증채무 800,000,000원)으로 하여 인가를 받았을 뿐만아니라 소멸 사업장의 순자산가액을 가능한 그대로 존속 법인이 승계하게 함으로써 존속 법인의 자본 충실을 도모하고자 하는 구 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제1항의 규정취지에 비추어 보면, 이사건 부동산의 순자산가액을 산정함에 있어 이 사건 물상보증채무 800,000,000원을공제하여야 하므로 결국 원고가 이 사건 부동산의 현물출자로 인하여 취득하는 지분의 가액 651,683,675원이 현물출자로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액650,000,000원 이상인 경우에 해당하므로 이 사건 처분은 위법하다.

㉡ 가사 이 사건 처분 중 본세 부분이 적법하다 하더라도 피고가 당초 원고에 대

하여 양도소득세 이월 과세를 적용하였고, 감사원의 시정요구를 받아 뒤늦게 이 사건 처분을 한 점 등에 비추어 볼 때 원고에게 이 사건 본세납부의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이어서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 피고 주장의 요지

피고는 다음과 같이 주장하면서 원고의 경우 이월과세의 요건을 모두 충족하지 못

하였므로, 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

㉠ 원고는 ○○ ○○구 ○○동 000-9 대 573.8㎡(이하 '이 사건 000-9 토지'라

한다)를 포함한 이 사건 부동산을 현물출자를 원인으로 하여 □ □ □ □에 소유권이전등기를 마쳐주었음에도, 원고가 현물출자한 부동산의 평가액 3,512,758,080원은 이사건 000-9 토지를 제외하고 평가한 것이므로 위 토지의 가액을 포함하여 평가하면 원고가 취득한 주식의 가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상에 해당한다고 할 수 없다.

㉡ 이 사건 물상보증채무는 종국적인 부담으로 지급하여야 할 것이 확실시 되는

경우에 한하여 부채에 해당하므로 소멸하는 사업장의 순자산가액에서 공제하여야 할 성질의 것이 아니다.

㉢ 원고는 ○○ ○○구 ○○동 000-13 대 1,062㎡, 같은 동 000-14 대 495.8㎡

에 관하여 그 지상 5층 건물에 관하여 아무런 지료를 받지 않고 있었으므로, 위 각 토지 중 위 5층 건물의 통상적인 이용에 필요한 부분은 임대업에 사용된 임대용부동산이라고 볼 수 없음에도 원고는 위 각 토지를 □ □ □ □에 임대사업용 토지로 현물출자하였으므로, 이는 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항의 '사업의 동일성이유지'되는 경우라 할 수 없다.

다. 관계법령

별지와 같다.

라. 판단

1) 이 사건 처분 중 본세 부분에 관한 판단

일반적으로 과세처분취소소송에 있어 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세관청

에 있으나, 조세특례제한법 제31조에서 규정하는 중소기업통합에 의한 양도소득세 이월과세 요건을 충족하고 있다는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 납세의무자에게 입증책임이 있다고 보아야 할 것이다(대법원 2005. 12. 23. 선고 2005두8443 판결, 대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 원고가 이 사건 부동산을 현물출자를 원인으로 하여 송림산업

개발에 양도하였으므로, 이 사건 부동산의 양도가 조세특례제한법 제31조에 의한 중소기업 통합에 대한 이월과세규정의 요건을 충족하는지 여부에 관하여 살펴보면, 앞에서 인정한 사실에다가 앞서 거시한 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 조세특례제한법 제31조 제1항, 같은 법 시행령 제28조 제1항에 의하면, 중소기업 간의 통합으로 인한 양도소득세 이월과세의 요건으로 ① 중소기업자가 그 사업에 관한 주된자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이유지될 것, ② 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 통합법인의 주주 또는 출자자일 것, ③ 통합으로 인하여 소멸하는사업장의 중소기업자가 통합으로 인하여 취득하는 주식 등의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상일 것을 규정하고 있는 점, 원고는 이 사건 부동산에 대하여 자산평가액은 3,512,758,000원, 부채평가액 2,912,358,000원, 순자산가액 600,400,080원으로 하여 이월과세를 신청하였던 점, 위 자산평가액 3,512,758,000원에는 이 사건 000-9 토지의 가액 평가는 제외되었던 점, 이 사건 000-7 토지의 가액은 이 사건 현물출자 당시 860,000,000원이었던 점 등에 비추어 보면, 원고가 취득한 주식의 가액 651,683,675원은 소멸하는 사업장의 순자산가액 1,460,400,080원(= 원고 주장의 순자산가액 600,400,080원 + 이 사건 539-7 토지의 가액 860,000,000원)에 미치지 못함은 계산상 명백하므로, 나머지 점에 관하여 나아가 살펴볼 필요 없이 원고는 중소기업 간의 통합으로 인한 양도소득세 이월과세의 요건을 충족시키지 못한다.

이에 대하여 원고는, □ □ □ □이 원고로부터 이 사건 000-9 토지를 증여받은 것으로 인정되어 2008년 분 귀속의 법인세를 모두 납부하였으므로 이는 이중과세에 해당한다는 취지로 주장하므로 살피건대, 증여세와 양도소득세는 납세의무의 성립요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하는 것이어서 과세관청이 각 부과처분을 함에 있어서는 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 할 것으로, 위 규정들의 요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느 한 쪽의 과세만 가능한 것은 아니라 할 것인바(대법원 1999. 9. 21. 선고98두11830 판결 참조), ▷▷세무서가 이 사건 000-9 토지의 양도와 관련하여 이를□ □ □ □에 대한 증여로 보아□ □ □ □에게 법인세를 부과하면서 동시에 피고가 원고에게 양도소득세를 부과하였다 하여 이를 실질과세의 원칙이나 공평과세의 원칙에 반한다고 할 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 이 사건 처분 중 가산세 부분에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다. 따라서 일반적으로 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 이상 이러한 가산세의 정당한 사유는 가산세의 면제사유라고 할 것이므로, 납세의무자가 그 존재에 대하여 주장・입증책임을 부담한다고 보는 것이 타당하다(대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건 처분 중 가산세 부분의 적법 여부에 관하여 보건대,

원고 주장과 같이 피고가 당초 원고에 대하여 양도소득세 이월 과세를 적용하였음에도 감사원의 시정요구를 받아 뒤늦게 이 사건 처분을 하였다는 점만으로는 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 달리 원고가 양도소득세 본세납부의무를 알지 못한 것에 정당한 사정이 있다는 점을 인정할 만한 아무런 증거가 없는 이 사건에서 원고의 위 주장도 받아들이기 힘들다.

3. 결 론

그러므로 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.