2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 9. 1. 원고에 대하여 한 별지 과세처분 내역 기재 각 부과처분 내지 징수처분을 모두 취소한다.

가. 조세특례제한법 시행령의 개정 경과

구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은

제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 두고 있는데, 구 조세특례제한법 제5조의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있고, 제2항은 중소기업이 그 매출액이 1,000억 원 이상이 되는 등 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간(이하 '중소기업 유예기간'이라 한다)에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유 중 하나로 '제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우'(제3호)를 들고 있다.

한편 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)은 제2조 제1항 제3호 후단에 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 (다)목의 '관계회사(이후 관계기업으로 명칭이 변경됨, 이하 편의상 '관계기업'이라 한다)에 속하는 기업'에 대한 규정을 두어, '관계기업에 속하는 기업'들의 경우에는 위 중소기업기본법 시행령 제7조의2(이후 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정된 중소기업기본법 시행령부터는 제7조의4로 조문이 이동되었다)에 따라 산정한 전체 매출액이 위 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 매출액 기준인 합계 1,000억 원을 초과하지 않을 것(이하 '관계기업 규모기준'이라 한다) 등 일정요건을 충족하는 경우에 한하여 위 (다)목의 규정에 적합한 중소기업에 해당하는 것으로 보고 있으며, 이후 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법시행령'이라고만 한다)도 동일한 취지로 규정하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제22583호, 2010. 12. 30.) 제1조 단서에서 관계기업 규모기준을 도입하는 내용의 개정규정을 2012. 1. 1.부터 시행한다고 규정하였다. 결국, 2012. 1. 1.부터는 관계기업 규모기준을 충족하지 못할 경우에는, 조세특례제한법에 따른 세제혜택의 대상이 되는 중소기업의 범위에서 제외될 뿐 아니라 중소기업 유예기간 적용도 배제하게 되었다.

나. 원고와 주식회사 가가가(이하 '가가가'라 한다)의 지위 및 매출액 원고는 2002. 3. 30. 설립되어 배합사료의 제조 및 판매를 주로 영위하고 있는 법인이고, 외부감사대상기업인 주식회사 가가가(이하 '가가가'라 한다)는 원고 설립 당시부터 현재까지 원고의 총 발행주식 800,000주 중 480,000주(지분율 60%)를 소유하고 있다. 원고와 가가가의 2009년부터 2013년까지의 사업연도별 매출액 추이 및 합계는 다음과 같다.

<표생략>

다. 원고의 법인세 등 신고 및 피고의 부과처분

1) 원고는 2012 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하여 그때부터 중소기업에 해당하지 아니하게 되지만 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 해당 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 유예기간이 적용된다고 보아 2012년부터 2015년까지의 중소기업 기준의 최저한세율, 연구인력개발비 세액공제, 부가가치세의 의제매입세액공제율, 중소기업 취업 청년 소득세 감면율을 적용하여 감면된 세액을 신고・납부하였다.

2) 이에 피고는 관계기업에 속하는 원고와 가가가의 2012 사업연도 전체 매출액이 1,000억 원을 초과하여 관계기업 규모기준을 충족하지 못하므로 중소기업에서 제외되고 중소기업 유예기간 적용도 배제된다고 보아 이를 전제로 2015. 9. 1. 원고에게 별지 과세처분 내역 기재 각 부과처분 내지 징수처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 16호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같이 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 관계기업 규모기준은 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제2호 (다)목에 따라 '관계기업에 속하는 기업'의 경우에는 같은 법 시행령 제7조의4에 따라 산정된 전체 매출액이 1,000억 원을 초과하여서는 안된다는 것이다. 그런데 위 시행령 제7조의4 제3항은 '관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도'라는 특정시점을 기준으로 전체 매출액을 산정하도록 규정하고 있으므로 원고와 가가가가 지배・종속관계를 형성한 2002년을 기준으로 1회에 한해 관계기업 규모기준 충족 여부를 판단해야 하고, 당시 규모기준을 충족하였다면 이후 규모의 확대 등으로 관계기업의 전체 매출액이 1,000억 원을 초과 하게 되더라도 관계기업 규모기준 충족 여부를 매년 다시 판단하여 중소기업에서 제외되고 중소기업 유예기간 적용도 배제되는 것으로 볼 수는 없다. 그런데 2002 사업연도 기준으로 원고와 가가가의 전체 매출액은 1,000억 원을 넘지 아니하므로 관계기업 규모기준을 충족하였던 것이 되어, 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하다.

2) 설령 원고가 관계기업 규모기준을 충족하지 못하였다고 하더라도, 원고의 2012

사업연도 단독 매출액이 1,000억 원을 초과하면서 독자적으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되어 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문의 중소기업 유예기간 적용사유가 발생하였고, 더구나 지배기업인 가가가의 매출액이 오히려 원고의 매출액보다 적어 대규모 지배기업이 종속기업을 통해 중소기업 조세특례 제도를 잠탈하는 것이라고 볼 수도 없다. 위와 같이 관계기업 중 일방의 단독 매출액과 관계기업의 전체 매출액이 각각 1,000억 원을 초과하는 경우, 중소기업 유예기간 적용에 관한 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문이 관계기업 규모기준 초과를 이유로 유예기간 적용을 배제하는 같은 항 단서보다 우선 적용되어야 하므로, 원고에 대하여 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다.

3) 나아가 원고가 관계기업 규모기준을 충족하지 못하고 구 조세특례제한법 시행령 제2항 본문이 단서보다 우선 적용되지 아니한다고 하더라도, 구 중소기업기본법 시

행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 (다)목이2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 신설되어 2011. 1. 1.부터 시행되었고, 위 규정을기초로 한 관계기업 규모기준이 2012 사업연도부터 시행됨으로써 원고가 새로이 중소기업에 해당하지 않게 된 것이므로 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 원고에게 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항에 정한 중소기업에 해당하는지 여부

가) 구 중소기업기본법(2014. 1. 14. 법률 제12240호로 개정되기 전의 것) 제2조, 구 중소기업기본법 시행령 제3조 등이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하고 있는 점(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문), 또한 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고(구조세특례제한법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 그 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제 한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 구 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 참조).

나) 관계기업 규모기준과 관련하여 원고가 중소기업의 범위에서 제외되는 '관계기업에 속하는 기업'인지를 판단하는 기준시점에 관하여 구 조세특례제한법 시행령에서 별도의 규정을 두고 있지는 아니하나, 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 원고가 중소기업의 범위에서 제외되는 '관계기업에 속하는 기업'인지 여부와 그 매출액은 구조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제22583호) 제1조 단서에 따라 관계기업 규모기준이 도입되어 시행된 2012. 1. 1. 이후의 해당 과세연도 종료일인 2012. 12. 31.을 기준으로 판단하여야 할 것이다.

① 조세특례와 그 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전을 도모하려는 조세특례제한법의 입법취지에 비추어 볼 때, 법인세 등의 과세 여부 및 납세의무의 범위가 결정되는 해당 과세연도 종료일을 기준으로 그 매출액을 산정한 다음 관계기업 규모기준을 충족하는지를 살펴 조세특례제한법에 따른 세제혜택의 적용 여부를 판단함이 합리적이다.

② 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제4항, 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것) 제2조는 중소기업 해당 여부의 판단기준으로 '매출액' 외에도 '상시 사용하는 종업원 수', '자기자본', '자산총액'을 대등적・병렬적으로 규정하고 있는데 이들은 모두 과세연도 종료일을 기준으로 판단하도록 규정하고 있고, 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제8항에서 '관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다'라고 규정한 것도 이를 명확하게 하기 위한 것일 뿐이다.

③ 원고 주장과 같이 관계기업 규모기준 충족 여부를 최초로 지배・종속관계를 형성한 사업연도 또는 그 직전 사업연도의 매출액을 기준으로 1회에 한해 판단할 수 있다고 보면, 지배・종속관계를 형성하여 실질적으로 중소기업 규모를 초과하였음에도 그동안 세제혜택을 누려왔던 기업집단에 대하여 더 이상 중소기업으로서의 세제혜택을 부여하지 않으려는 관계기업 규모기준의 도입취지에 어긋나게 된다.

다) 그런데 원고 설립 당시부터 현재까지 가가가는 원고 주식의 60%를 소유한 최다출자자인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 가가가와 원고는 관계기업 규모기준이 도입되어 시행된 2012. 1. 1. 이후의 해당 과세연도 종료일인 2012. 12. 31. 현재 지배 또는 종속의 관계기업에 속하고, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서, 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 제1항 [별표2]에 의하면, 가가가는 종속기업인 원고를 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에 해당하므로 2012 사업연도 기준 관계기업 전체 매출액은 관계기업 규모기준 1,000억 원을 초과한다. 따라서 원고는 2012 사업연도에 관계기업 규모기준을 충족하지 못하였으므로 중소기업에 해당하지 아니하게 되고, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 중소기업 유예기간이 적용되는지 여부

가) 원고가 2012 사업연도 관계기업 전체 매출액이 1,000억 원을 초과하여 관계기업 규모기준을 충족하지 못하게 됨은 앞서 본 바와 같고, 구 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 단서는 이러한 경우 중소기업 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로 특별한 사정이 없는 한 원고의 경우에는 유예기간의 적용이 배제된다고 봄이 상당하다.

나) 2012 사업연도에 원고의 단독 매출액도 1,000억 원을 초과하게 되었으므로 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문이 우선 적용되어 중소기업 유예기간이 적용 되는지 여부

살피건대, 관계 법령에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 관계기업 규모기준에 해당하면 유예기간 적용을 배제하는 것은 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 중소기업으로서의 세제혜택을 부여하지 않겠다는 취지인 점, ② 이 사건과 같이 「관계기업 중 일방의 단독 매출액과 관계기업의 전체 매출액이 각각 1,000억 원을 초과하는 경우」는 「단독 매출액은 1,000억 원 미만이지만 관계기업의 전체 매출액이 1,000억 원을 초과하는 경우」보다 오히려 중소기업 혜택을 배제해야 할 필요가 더 큼에도 전자에만 중소기업 유예기간을 적용하는 것은 오히려 형평에 어긋나는 점, ③ 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 및 구 조세특례제한법 시행령이 2009. 3. 25.부터 관계기업 규모 기준을 순차로 도입하면서도 그 시행일은 2012. 1. 1.로 정함으로써 사실상 유예기간을 부여하였으므로 원고로서도 관계기업의 전체 매출액이 1,000억 원을 초과하게 되면 중소기업 유예기간 적용이 배제될 것을 예상할 수 있었던 점 등에 비추어 보면, 중소기업이 관계기업 규모기준을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 과세연도에 그 단독 매출액도 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문의 중소기업 유예기간 적용사유가 발생하였더라도 같은 항 단서에 따라 여전히 유예기간 적용이 배제된다고 보아야 하고, 지배기업인 가가가의 매출액이 원고의 매출액보다 적다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다[원고가 들고 있는 대법원 2016. 8. 29. 선고 2016두33902 판결은 관계기업 규모기준이 시행되기 전 이미 중소기업 유예기간 중에 있었던 기업에 관하여 위 규모기준 시행으로 인하여 그 유예기간이 실효되는지에 관한 것으로서 이 사건과는 사안을 달리하여 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다].

다) 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따른 유예기간의 적용 여부

살피건대, 관계 법령에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들, ① 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항은 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, [별표1] 및 [별표2]에 규정된 기존의 규모기준, 상호출자제한 기준, 자산총액 5천억 원 이상 법인의 직・간접 소유기준 및 관계기업 규모기준이 변경됨으로써 새로이 중소기업에 해당하게 되거나 해당하지 않게 되는 경우에 적용되는 규정으로, 관계기업 규모기준이 도입되기 전에도 같은 취지의 규정이 존재하였던 점, ② 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 및 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)의 각 부칙에서 관계기업 규모기준을 새로 도입함에 따른 유예기간을 이미 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고와 같이 관계기업 규모기준의 신규 도입에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 위 시행령 제2조 제5항에 따른 유예기간이 적용될 수 없다고 봄이 상당하고, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.