2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 주택건설업 등을 영위하는 회사로서, 2003 사업연도 기간 중 태종종합상사를 운영하는 소외인으로부터 실물거래 없이 공급가액 합계 150,000,000원(이하 ‘이 사건 쟁점금액’이라고 한다)의 매입세금계산서 3매를 수취한 후 이를 손금산입하여 2003 사업연도 귀속 법인세를 신고납부하였다.

나. 피고는 2005. 4. 6. 원고 회사에게 이 사건 쟁점금액에 대한 과세자료 해명안내문을 발송하였고, 원고 회사는 2005. 5. 17. 이 사건 쟁점금액을 포함한 165,000,000원을 원고 회사의 대표이사로부터 회수하여 이를 익금산입하고 사내유보로 소득처분한 후, 2005. 5. 31. 피고에게 2003 사업연도 귀속 법인세에 대하여 수정신고를 하였다.

다. 피고는 2006. 12. 8. 원고 회사가 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 이 사건 쟁점금액을 원고 회사의 대표이사에게 상여로 소득처분하는 한편 그 무렵 원고 회사에게 소득금액변동통지를 하였는데, 원고 회사가 위 상여처분된 금액에 대한 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 않자, 2007. 9. 4. 원고 회사에게 2003년 귀속 근로소득세 50,293,020원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 12. 7. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2008. 5. 16. 기각되었다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2호증의 1 내지 11의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

원고 회사는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하고, 따라서 취소되어야 한다고 주장한다.

1) 원고 회사는 위와 같이 피고에게 2003 사업연도 귀속 법인세에 대하여 수정신고를 하기 이전에 피고로부터 이 사건 쟁점금액에 대하여 세무조사의 통지를 받은 바 없고, 2003 사업연도 기간 중에 시행되던 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법 시행령’이라고 한다) 제106조 제4항 은 세무조사의 통지를 받기 전에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입하여 수정신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 하도록 규정하고 있으므로, 피고는 이 사건 쟁점금액을 원고 회사의 대표이사에게 상여로 소득처분하여서는 안 된다. 그런데 피고는 구법 시행령 제106조 제4항 이 아닌 2005. 1. 1. 이후 개시되는 사업연도분부터 적용되는 법인세법 시행령(이하 ‘신법 시행령’이라고 한다) 제106조 제4항 을 적용하여 이 사건 쟁점금액을 원고 회사의 대표이사에게 상여로 소득처분한 후, 그에 따라 원고 회사에게 이 사건 처분을 하였다.

2) 피고가 2003. 12. 31. 그 납세의무가 성립한 근로소득에 대하여 2005. 2. 19. 신설된 신법 시행령 제106조 제4항 을 적용하여 한 이 사건 처분은 국세기본법 제18조 제2항 을 위반한 소급과세에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고 회사의 첫째 주장에 대하여

가) 위 인정사실에다가 별지 관계 법령의 각 규정 내용과 변론 전체의 취지를 보태어 살펴볼 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 2005. 2. 19. 법인세법 시행령의 개정·공포 당시 신설된 신법 시행령 제106조 제4항 은 “내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있고, 신법 시행령 부칙 제1조는 “이 영은 공포한 날부터 시행한다”고 규정하고 있으며, 같은 부칙 제7조는 “ 제106조 제4항 의 개정규정은 이 영 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있는 점, ② 그런데 원고 회사는 신법 시행령의 시행 후인 2005. 4. 6. 피고로부터 이 사건 쟁점금액에 대한 과세자료 해명안내문을 수령하여 경정이 있을 것을 미리 알게 된 다음, 위와 같이 부당하게 사외유출된 이 사건 쟁점금액을 회수하여 익금산입하고, 2005. 5. 31. 피고에게 2003 사업연도 귀속 법인세에 대하여 수정신고를 한 점, ③ “이 영은 2005년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다”고 규정하고 있는 신법 시행령 부칙 제2조는 일반 경과규정이고, 위 부칙 제7조는 소득처분에 관한 특별 경과규정이므로, 신법 시행령의 시행 후인 2005. 5. 31. 수정신고한 이 사건의 소득처분에 있어서는 일반규정인 위 부칙 제2조보다 특별규정인 위 부칙 제7조가 우선 적용되는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 신법 시행령 제106조 제4항 을 적용하여 이 사건 쟁점금액을 원고 회사의 대표이사에게 상여로 소득처분한 후, 그에 따라 원고 회사에게 한 이 사건 처분은 적법하다.

나) 따라서 이와 달리 구법 시행령 제106조 제4항 의 적용을 전제로 한 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고 회사의 둘째 주장에 대하여

가) 위 인정사실에다가 별지 관계 법령의 각 규정 내용과 변론 전체의 취지를 보태어 살펴볼 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 소득세법 시행령 제192조 제2항 에 의하면 법인세법에 의하여 처분되는 상여에 대하여는 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 소득금액을 지급한 것으로 보게 되어 있고, 국세기본법 제21조 제2항 , 제22조 제2항 에 의하면 원천징수하는 소득세의 납세의무는 소득금액을 지급하는 때에 성립함과 동시에 특별한 절차 없이 확정되는 것으로 되어 있으므로, 상여처분에 대한 원천세의 조세채권은 소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 때에 성립함과 동시에 확정되는 점, ② 그런데 원고 회사는 2006. 12.경 피고로부터 이 사건 쟁점금액을 원고 회사의 대표이사에게 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지서를 송달받은 점 등에 비추어 보면, 원고 회사가 원천징수하여 납부하여야 하는 위 상여처분된 금액에 대한 근로소득세의 납세의무는 신법 시행령 제106조 제4항 의 신설·공포일인 2005. 2. 19. 이후인 2006. 12.경에 이르러 비로소 성립되었으므로, 피고가 신법 시행령 제106조 제4항 을 적용하여 한 이 사건 처분은 소급과세에 해당하지 않는다.

나) 따라서 이와 달리 위 근로소득세의 납세의무가 2003. 12. 31. 성립되었음을 전제로 한 원고 회사의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 이경구(재판장) 이진석 정욱도

심급 사건

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