2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고의 영업 : 도심재개발사업 회사

나. 동대문구 ○○청과시장 정비사업(이하 '이 사건 정비사업')

(1) 장소 : 서울 동대문구 용두동 11-11 일대 (주)○○청과 소유 시장건물 부지 등 토지 합계 16,991.30㎡(○○청과 85.5% 소유, 이하 '이 사건 정비사업 구역')

(2) 시행자 : 원고

(3) 사업 내용 : 금호리첸시아 주상복합건물(이하 '이 사건 건물') 신축 ・ 판매 등 시장정비사업

(4) 근거 법규 : 재래시장 및 상점가 육성을 위한 특별법(이하 '재래시장법')

다. 원고와 (주)◇◇이엔씨의 기업인수자문 컨설팅계약(이하 '이 사건 컨설팅 계약')

(1) 계약일 : 2006. 8. 7.

(2) 목적 : 정비사업 구역 최대 지주인 ○○청과 인수에 종합적 자문 업무 제공

(3) 용역의 구체적 범위

(가) 기업인수 대상기업의 정보수집, 분석, 평가 및 선정을 위한 자문

(나) 대상기업체 주주와 교섭 및 투자의향서 작성을 위한 자문

(다) 원고와 인수대상 기업 주주와의 90% 이상 주식양수도계약 체결 자문

(라) 기타 기업인수의 성공적 종료를 위하여 필요한 각종 자문업무

(4) 용역대금 : ○○청과 주식 중 90% 이상 인수시 25억 원을 지급

(5) 원고의 ○○청과 인수 및 용역대금 지급

(가) ○○청과 주식 98.5% 인수, 이 사건 정비사업 구역 내 토지 등 소유자 총 26인 중 ○○청과를 포함한 21인의 동의를 얻어 조합설립 완료

(나) 2007. 1. 15. ◇◇이엔씨에게 용역대금 25억 원(이하 '이 사건 컨설팅 대금')을 지급하고 세금계산서 수취

라. 원고의 업무대행 용역제공 계약

(1) (주)☆☆산업개발(대표이사 김AA)과의 계약(이하 '이 사건 제1용역 계약')

(가) 계약일 : 2007. 1. 8.

(나) 용역 범위

O 이 사건 정비사업 부지를 균형발전촉진지구로 편입 - 지구 지정을 위한 행정서류 작성 및 자문

- 기타 이와 관련된 모든 업무 컨설팅

O 기본계획수립 및 구역지정인가 업무 - 입안도서 작성과 토지 등 협의매수

- 소유권 외 권리명세 작성, 설계도서 업무 지원

- 사업 전반에 관한 사업계획 일정 관리

- 사업성 제고를 위한 기본 설계 검토 및 자문

(다) 특약사항 : 구역결정시 이 사건 빌딩의 주상비율은 9:1, 용적률은 800% 이상의 인가를 얻을 수 있도록 노력한다.

(라) 원고 : 2007. 1. 9. 용역대금 15억 원을 지급하고 세금계산서 수취

(2) (주)□□엔지니어링(대표이사 박BB)과의 계약(이하 '이 사건 제2용역 계약')

(가) 계약일 : 2007. 1. 31.

(나) 용역의 범위

O 이 사건 정비사업 부지를 균형발전촉진지구로 편입

- 지구 지정을 위한 입안도서 작성 및 지원 등 모든 업무 대행

O 기본계획수립 및 구역지정인가 업무

- 입안도서 작성 및 지원 등 모든 업무 대행

- 사업성 제고를 위한 기본 설계 검토 및 자문

(다) 특약사항 : 구역결정시 이 사건 빌딩의 주상비율은 9:1, 용적률은 900% 이상의 인가를 얻을 수 있도록 노력한다.

(라) 원고 : 2007. 2. 5. 용역대금 15억 원을 지급하고 세금계산서 수취

마. 원고의 2007년 제1기 부가가치세 신고

(1) 신고일 : 2007. 4. 25.

(2) 매입세액 공제: 이 사건 컨설팅 대금, 이 사건 제1, 2 용역계약 대금에 대한 매입세액 합계 5억 5천만 원 공제

(3) 신고 환급세액 : 665,067,490원

바. 피고의 부가가치세 경정 ・ 고지(2007. 9. 3., 이하 '이 사건 처분')

(1) 경정 내역 : 매입세액 불공제 및 가산세 부과

(가) 이 사건 컨설팅 대금 25억 원

O ○○청과는 이 사건 정비사업 구역의 총 소유자 26인 중 1인에 불과, 21인의 동의를 얻어 조합설립 동의 요건 충족

O ○○청과 인수가 이 사건 정비사업 추진에 필수적이지 않음

O 부가가치세법 제17조 제2항 제2호가 정한 '사업과 직접 관련이 없는 지출

에 대한 매입세액'으로 불공제

(나) 이 사건 제1, 2용역 대금 합계 30억 원

O 이 사건 정비사업 구역을 상업지구에서 균형발전촉진지구로 변경함으로써 용적률과 주상비율이 상승하여 토지 가치 증가

O 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항이 정한 '토지관련 매입세액'으로 이 사건 정비사업 구역 내 사업토지 취득가액에 가산

(다) 초과환급신고액 496,816,100원에 대한 10% 가산세

(2) 환급거부 세액

(가) 경정 환급세액 : 168,251,386원

(나) 가산세 : 49,681,610원

(다) 가산세 차감 후 순환급세액 : 118,569,770원

(라) 환급거부액 : 546,497,720원(=665,067,490원- 118,569,770원)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재,

변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 : 이 사건 정비사업 추진을 위한 사업 관련 경비에 해당

(1) 이 사건 컨설팅 대금

(가) 이 사건 정비사업 추진을 위하여 재래시장법 제34조 제1항에 의하여 토지 면적의 3/5 이상에 해당하는 토지소유자의 동의 및 토지 등 소유자 총수의 3/5 이상의 동의가 필요하였다.

(나) 이 사건 정비사업 구역 중 4/5 이상을 소유하고 있는 AA청과의 다수 지분을 취득하는 것이 토지소유자 등의 동의요건을 충족시키는데 필수적이었다.

(다) ○○청과의 복잡한 지분구조와 임대 및 전대차 관계 등으로 ○○청과 인수를 위한 이 사건 자문계약은 정비사업 추진에 불가피한 것이었다.

(2) 이 사건 제1, 2용역 대금

(가) 시장정비사업 시행을 위한 정비사업전문관리 업체에 대한 업무대행용역비에 해당한다.

(나) 이 사건 정비사업 부지의 균형발전촉진지구 편입에 관한 용역은 불필요하여 제외되었다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) ○○청과 시장 개요

(가) ○○청과는 2003년경부터 자체적인 시장개발계획을 추진하였으나 2005년경 개별 주주 주식을 매각하는 방식으로 시장개발 방침을 정하여 2006. 4.경부터 수많은 업체로부터 지분 매도 제의를 받았다.

(나) ○○청과 지분 구성 : 약 67명의 주주가 820주 정도를 거의 균등하게 보유

(다) 이 사건 정비사업 구역은 재래시장법 제2조 제1호가 정한 대규모점포로 등록된 시장 지역으로 ○○시 도시계획조례 제32조 단서 및 별표 제1호와 같이 시장 정비사업심의위원회의 심의를 거치면 주거복합건물 용적률을 적용하지 않을 수 있고, 시장정비사업 승인 대상 재래시장은 주거복합건물 중 주거용으로 사용되는 부분의 면적이 연면적의 90% 미만이다.

(2) 청량리 균형발전촉진지구의 지정변경(2008. 3. 25.)

(가) 위 지정변경으로 이 사건 정비사업 구역 중 균형발전촉진지구로 지정되었던 서울 동대문구 용두동 00-00 외 4필지 4,856㎡가 균형발전지구에서 제척되어 시장정비구역으로 편입되었다.

(나) 원고 : 위 4,856㎡와 기존 국 ・ 공유지와 일부 사유지를 매입하여 원고 비용부담으로 도로와 광장을 조성하여 관할 구청에 기부채납

(다) 균형발전촉진지구로 편입시 혜택 : 서울시 지역균형발전지원에 관한 조례 제14조 내지 제17조가 정한 금융지원, 지방세 감면 등의 사업지원을 받는다.

(3) ☆☆산업개발의 이 사건 제1용역계약 이행

(가) 오CC과 하도급계약(2007. 3. 29.)

O 계약상 업무 범위 : 균형발전촉진지구로의 편입 업무 지원, 기본계획수립 및 구역지정인가 업무 지원, 사업시행인가에 따른 제반업무 지원, 관리처분 인허가 업무에 따른 지원, 이전고시 작성 등 지원

O 오CC이 실제 수행한 업무(2007. 7.경) - 관리처분 계획안 작성

(토지와 건물의 가격, 지분율, 분양면적의 산출 내용 등 포함) - 가격평가를 위해 2개 감정평가기관에 평가의뢰 등

(나) (주)△△디벨로퍼(대표이사 이DD)와 하도급계약(2007. 9. 4.)

O 계약상 업무 범위 : 시장정비사업추진계획 사업계획서 작성, 상가 컨셉 및 개발방향 설정, 개발시설 및 업종구성, 개발 마케팅 전략수립, 청량리역세권 관련조사 분석, 소비자 지역인지도 조사 분석, 시장정비사업추진계획 승인결정관련 업무, 도시계획용역 관련 교통성 ・ 환경성 검토 및 도시관리계획변경결정 등

O △△디벨로퍼가 실제한 수행 업무(2007. 9.경 ~ 2009. 1.경) - 시장정비사업 추진 기본계획

- ○○청과시장 입점상인보호대책 수립 : 입점상인들에게 3개월간의 영업보상비 및 150억 원의 이주대책비 배분, 우선적 분양권 부여 등

- 상권활성화 계획 : 수입농산물 특화방안 연구, 외국시장 견학, 상가활성화에 대한 벤치마킹 등

(4) □□엔지니어링의 이 사건 제2용역계약 이행

(가) (주)△△엔지니어링(대표이사 남FF)과 하도급계약(2008. 4. 3,)

O 계약상 업무 범위 : 교통영향평가 보고서 작성 및 심의 통과

O △△엔지니어링이 실제 수행한 업무 : 2008. 4.경 ~ 2009. 1.경 교통성 검토서 작성

(나) (주)■■이엔씨(대표이사 유GG)와 하도급계약(2008. 4.경)

O 계약상 업무 범위 : 시장정비사업추진계획 승인, 시장정비사업 추진계획 변경승인 등

O ■■이엔씨가 실제한 수행 업무(2008. 12.경 ~ 2009. 2경) : 이 사건 건물의 주용도, 용적률, 건폐율, 높이, 층수와 연면적 등 건축과 관련된 추진계획 심의 신청 - 사업추진계획 조서 및 사업추진계획(안)

- 시장정비사업 건축계획(안)

(5) 청량리 균형발전촉진지구 지정변경으로 이 사건 제1, 2용역 내용 변경

(가) 당초 이 사건 정비사업 구역에 대한 균형발전촉진지구 지정이 포함되었다가 ○○청과시장이 재래시장에 해당하므로 재래시장법에 의한 정비사업을 추진하기 위하여 균형발전지구 편입 등 토지 용도변경과 관련된 용역은 제외하였다.

(나) 균형발전촉진지구로 지정되지 않아도 시장정비사업만으로도 이 사건 건물을 신축하는데 필요한 용적률(880.50%) 주상비율(주거비율 87%)인 충족된다.

[인정근거] 갑 7 내지 17호증(각 가지번포 포함)의 각 기재, 증인 황HH 및 허JJ의 각 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 컨설팅 대금이 이 사건 정비사업과 무관한 지출인지 여부

(가) 법리(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결)

O 부가가치세법 제17조 제2항은 매입세액 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중 하나이기 때문에 그 공제 여부를 제한적 ・ 열거적으로 규정한 것으로 보아야 한다.

O 사업관련성이 인정되는 매입세액은 위 규정에서 열거하고 있는 것 외에는 조세법률주의 원칙상 같은 법 제17조 제1항에 따라 모두 공제되어야 한다.

(나) 판단

앞서 본 사실관계와 변론에 나타난 다음 각 사정 등을 종합하면, ○○청과 주식 인수는 이 사건 정비사업 추진과 직접 관련이 없다고 할 수 없으므로 이 사건 컨설팅 대금은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하지 않는다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 이 사건 정비구역 내 토지 면적의 3/5 이상을 소유하는 ○○청과의 동의 없이는 재래시장법에 따른 이 사건 정비사업 추진은 불가능하다.

② ○○청과의 시장개발계획 방식의 변경으로 기업인수에 관한 업체들 사이의 경쟁이 심하였다.

③ ○○청과의 지분 구성상 체계적이면서 전문적인 지분 양수에 관한 협상절차가 필요하였다.

④ 이 사건 컨설팅 대금은 다음과 같은 점에 비추어 부가가치세법 시행령 제60조 제3항이 정한 사업과 직접 관련이 없는 지출로 열거된 것에 해당하지 않는다.

O 이 사건 정비사업 구역 내 토지는 소득세법 시행령 제78조와 법인세법 시행령 제49조 및 제50조가 규정하고 있는 업무와 관련 없거나 업무에 직접 사용하지 않는 자산 내지 타인이 주로 사용하는 부동산에 해당하지 않으므로 이 사건 컨설팅 대금은 그와 관련된 취득비 ・ 유지비 ・ 수선비와 이와 관련되는 지출금, 지급이자에 해당 하지 않는다.

O 이 사건 컨설팅 대금은 이 사건 정비사업과 관련 없이 지출한 접대비 내지 뇌물 또는 이에 준하는 지출금에 해당하지 않는다.

(2) 이 사건 제1, 2용역대금이 토지관련 매입세액인지 여부

(가) 법리(대법원 2006. 7. 28. 선고 2004두13844 판결)

부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항이 규정하고 있는 '토지의 조성 등을 위한 자본적 지출'이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다.

(나) 판단

앞서 본 사실관계 및 변론에 나타난 다음의 각 사정 등을 종합하면, 이 사건 제1, 2용역대금은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출이라고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 이 사건 제1, 2용역계약에는 이 사건 정비사업 부지의 균형발전촉진지구 편입을 위한 용역제공이 포함되었으나, 청량리 균형발전촉진지구 지정 변경으로 이 사건 정비구역 중 일부 촉진지구가 제척되고 모두 시장정비구역으로 사업이 추진되었다.

② 균형발전촉진지구 편입은 이 사건 건물의 용적률, 주상비율과는 무관하여 이 사건 정비사업 부지가 균형발전촉진지구로 편입되더라도 경제적 가치상승이 있다고 할 수 없다.

③ 이 사건 제1, 2용역 계약에 따라 제공된 용역은 이 사건 정비사업 시행을 위한 정비사업전문관리업체에 의한 업무대행용역이었고, 균형발전촉진지구 편입을 위한 용역은 제공되지 않았다.

④ 이 사건 정비사업 구역은 용도구역 변경 없이도 이 사건 건물 건축을 위한 용적률 및 주상비율을 충족할 수 있었다.

⑤ 토지 조성 등 물리적 변경 없이 도시계획상 용도지역 또는 용도지구 변경으로 인해 해당 지역 건축물에 대한 규모와 종류 등에 관한 행정 규제가 완화됨에 따라 반사적으로 토지의 경제적 가치가 상승할 수는 있으나, 이로 인해 토지의 가치가 현실적으로 증가하였다고 보기 어렵다.

(3) 소결 : 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.