사\u3000\u3000\u3000 건\u3000\u3000\u3000\u3000\u30002009두6100 부가가치세등부과처분취소

원심판결\u3000\u3000\u3000\u3000\u3000광주고등법원 2009. 4. 2. 선고 2008누1961 판결

판결선고\u3000\u3000\u3000\u3000\u30002011. 1. 27.

주\u3000\u3000\u3000 문

원심판결을 파기하고, 사건을 광주고등법원에 환송한다.

이\u3000\u3000\u3000 유

상고이유를 판단한다.

1. 원심은, 그 판시와 같이 원고가 2004. 6. 30. BB조선소로부터 공급가액 1억 7,500만 원의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다) 1장을 수취하여 2004년 제1기분 부가가치세를 신고하면서 매입세액을 공제받았고, 2004 사업연도 법인세를 신고하면서 손금에 산입한 사실, 피고는 이 사건 세금계산서를 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하고, 그 매입액을 손금불산입하는 등 과세표준을 경정한 후, 원고에 대하여 2007. 5. 1. 2004 사업연도 법인세 7,219,590원을, 5. 11. 2004년 제1기분 부가가치세 26,302,500원을 부과하는 이 사건 각 처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 그 인정사실에 의하면 이 사건 세금계산서는 BB조선소가 수용되는 경우 폐업보상금을 높게 책정받을 수 있도록 하기 위한 목적 등으로 실제 거래 없이 작성된 가공의 것이라는 점이 피고에 의하여 상당한 정도로 입증되었으므로, 이러한 세금계산서에 따른 거래가 실제로 있었다는 점에 관하여는 원고가 입증하여야 할 것인데, 원고가 제출한 증거는 그 일부 기재를 믿지 아니하거나 이를 인정하기에 부족하므로, 피고가 이 사건 세금계산서에 따른 거래를 가공거래로 인정하여 이 사건 각 처분을 한 것은 적법하다고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 이와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

가. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

원심판결의 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고는 998톤급으로 1992. 10.경 건조되어 화학운반선으로 사용되다가 2001.경부터 압류와 가압류, 임의경매신청 등으로 운항이 중단된 상태에 있던 이 사건 선박을 2004. 2. 23. 11억 700만 원에 낙찰받은 사실, BB조선소는 2004년 제1기분 부가가치세 신고를 하면서 이 사건 선박의 수리와 관련하여 원고에 대한 공급가액 1억 7,500만 원의 부가가치세 1,750만 원을 신고・납부한 사실, 피고는 2004. 8.경 원고에 대한 위 부가가치세 부과처분과 관련하여 현지조사를 하면서 매입처별세금계산서합계표에 기재된 각 매입처에서 이 사건 선박을 실제 수리하였음을 확인하였고, 그 매입처에 BB조선소가 포함되어 있었던 사실, 당시 BB조선소의 소유자인 나주임씨 @@공파 $$문중(이하 '문중'이라 한다)의 회장은 임CC이고 원고의 대표이사인 임DD은 문중의 총무였고, 문중 임원들과 임DD 사이에 문중 부동산 처분대금 분배문제 등으로 매우 적대적인 상황에 있었는데, 임CC이 사망한 후 문중회장이 된 임KK가 BB조선소는 2004년 제1기에 납득할 수 없는 세금을 납부하였다는 이유로 피고에게 진정한 것이 이 사건 각 처분의 발단이 된 사실, 그런데 임KK는 세무조사과정에서 피고로부터 자료제출을 요구받고도 BB조선소 장부와 문중 장부 등의 자료들을 보관하고 있지 않다는 이유로 전혀 제출하지 않았던 사실, 한편 피고가 허위세금계산서 발행을 이유로 BB조선소를 조세범처벌법위반 혐의로 고발하여 임DD 등이 조사받으면서 BB조선소를 통하여 이 사건 선박의 수리작업에 참여한 인부들의 사실확인서가 제출되었고, 현장감독 임PP, BB조선소의 공장장 김GG, BB조선소 입주 페인트업체의 대표 조SS도 BB조선소에서 페인트, 목수 등과 인부들을 섭외하여 이 사건 선박의 수리작업을 하고 BB조선소 사무실에서 임PP이 인부들에게 공사비를 직접 지급하였다는 취지로 진술한 사정 등을 고려하여 광주지방검찰청 순천지청 검사는 2007. 6. 28. BB조선소에 대하여 '혐의없음' 결정을 한 사실 등을 알 수 있다.

이와 같은 사실관계와 기록상 나타난 다음과 같은 사정, 즉 원고가 이 사건 선박을 낙찰받은 후 이 사건 선박에 녹제거, 페인트칠, 화물창코팅, 갑판설비 용접, 청소 등의 작업이 이루어진 것은 분명하고, 이 사건 선박의 용도, 선령, 관리상태 등에 비추어 선체부식과 노후화가 심하여 총체적인 수리가 필요한 상태였을 것임을 추인할 수 있는 점, 따라서 위와 같은 수리작업에 1억 7,500만 원의 비용을 들인 것이 통상의 범위를 넘는 과다한 지출이라고 단정하기도 어려운 점, 선박의 도장이나 용접작업은 반드시 대규모 수리시설을 갖추어야 하는 것이 아니므로 연간 매출액이나 외형이 도장과 용접능력 유무의 절대적인 판단기준이 될 수 없고, 위 임PP, 김GG 조SS도 이 사건 선박이 정박해 있던 여수신항으로 인부들을 데려가 작업하였다는 점, 이 사건 선박의 종전 소유자인 박YY도 원심에서 BB조선소가 페인트 작업 및 엔진부분을 수리하는데 자신이 관여하였다고 증언한 점 등을 함께 고려하면, 피고로서는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것이라거나 원고가 주장하는 매입비용의 용도와 그 지급상대방이 허위라는 점을 상당한 정도로 증명하였다고 볼 수 없다.

나. 나아가, 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고는 이 사건 선박을 인도네시아 소재 P.T Pelumin에 수출하는 업무를 이UU에게 위임한 사실, 이UU은 2004. 6. 25. 이 사건 선박을 163만 달러(1,871,957,200원)에 매도하는 수출계약을 체결하고, 자신을 수출자로 신고한 후 위 수출대금을 받아 그 중 17억 5,700만 원을 원고에게 지급한 사실, 원고의 대표이사 임DD은 2004. 7. 25. 2004년 제1기분 부가가치세 확정신고를 하면서 매출세액은 영세율을 적용하고 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액 등을 포함한 매입세액의 환급신청을 하였고, 2004 사업연도 법인세를 신고하면서 위 각 매입액을 손금에 산입한 사실, 피고는 원고가 이 사건 선박을 수출한 것이 아니라 이UU에게 17억 5,700만 원에 매도한 것이라고 보아 부가가치세 159,727,272원을 매출세액으로 하고, 원고가 신고한 매입세액 중 이 사건 세금계산서를 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하고, 그 매입액을 손금불산입하는 등 과세표준을 경정한 다음, 원고에 대하여 2007. 5. 1. 이 사건 각 처분을 한 사실 등을 알 수 있다.

사실관계가 이와 같다면, 원고는 이 사건 선박을 수출한 것이므로, 이 사건 선박의 공급은 부가가치세법 제11조 제1항 제1호 소정의 영세율 적용대상인 수출하는 재화의 공급에 해당하고, 따라서 원고의 2004년 제1기분 부가가치세에 관하여는 영세율이 적용됨에 따라 그 환급되어야 할 매입세액이 산정되어야 함이 타당하다.

다. 그럼에도 원심은, 이 사건 선박의 공급이 영세율 적용대상이 아니라는 전제에서 이 사건 세금계산서에 따른 거래를 가공거래라고 보아 그 매입세액 공제를 부인한 피고의 이 사건 각 처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 부가가치세의 영세율 적용 및 과세요건의 입증책임에 대한 법리 등을 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이므로, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리・판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

주 심\u3000\u3000 대법관\u3000\u3000 이홍훈 _________________________