2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 상가 ・ 주택신축판매업 및 일시적인 부동산임대업에 종사하는 사업자로, 2003. 10. 10. 이AA로부터 ○○ ○○구 ○○동 972-22 대 311.1㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 및 지상 단층건물을 대금 6억 5,000만 원에 매수하여 2003. 12. 12. 소유권이전등기를 마친 다음, 2004. 10.경 이 사건 토지 위에 지상 5층의 제2종 근린생활시설 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하였고, 2005. 9. 16. 주식회사 ◇◇산업개발에 이 사건 토지 및 건물을 대금 45억 원에 매도하였다.

나. 원고는 2006. 5. 31. 2005년 귀속 종합소득세에 관하여 장부 기타 증빙서류가 불비하다는 이유로 추계조사방법에 의한 소득금액을 신고하였다.

다. ○○지방국세청 소속 공무원은 2007. 10. 4.부터 같은 달 26.까지 원고에 대한 세무조사(이하 '이 사건 세무조사'라 한다)를 실시하여 그 결과 원고가 기제출한 장부 기 타 증빙자료에 의하여 원고의 2005년 귀속 소득금액이 산출가능하다고 판단하였고, 피고는 2008. 1. 8. 원고에 대하여 실지조사방법에 의하여 산출한 2005년 귀속 종합소득세 1,245,905,000원을 경정부과 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제2 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 피고는 원고의 2005년 귀속 종합소득세를 산출하면서 이 사건 건물의 신축공사비에 해당하는 외주가공비 390,000,000원을 필요경비로 산입하였으나, 피고가 신축공사비 산입의 근거로 삼은 원고와 주식회사 △△종합건설(이하 '△△종합건설'이라 한다) 사이에 작성된 도급계약서는 가공의 계약서이므로 그 도급계약서에 기재된 도급금액을 비용으로 인정하는 것은 부당하다. 원고는 이 사건 건물을 직접 신축하였으나 당시 건물신축에 소요된 경비에 관한 일부 증빙자료가 없어 이 사건 건물의 신축공사비가 얼마인지 알 수 없는바, 결국 '과세표준을 계산함에 있어 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우'에 해당하므로, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제80조 제3항 단서, 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, '구 시행령'이라 한다) 제143조 제1항 제1호에 의하여 추계조사방법에 의하여 소득금액을 산출하여야 한다.

그럼에도 추계조사방법에 의하지 아니하고 가공의 도급계약서상 금액을 필요경비로 산입하여 세액을 산출한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 설령 실지조사방법에 의하여 세액을 산출할 수 있다고 하더라도, 원고가 실제 지 출한 공사비용은 최소한 7억 원 이상이므로 7억 원을 필요경비로 산입하여 소득세액을 산출하여야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 법리

종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치 ・ 기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1995. 7. 25. 선고 95누2708 판결). 또한, 실지조사결정에 의하여 과세처분을 할 경우에 필요 경비가 존재한다는 점에 대하여는 납세의무자가 주장 ・ 입증하여야 하고, 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정할 수 있는 때에는 추계조사방법으로 결정할 수 없다(대법원 1997. 11. 28. 선고 96누14418 판결).

(2) 이 사건의 경우, 피고가 추계조사방법에 의하지 아니한 것이 적법한지 여부, 즉 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정할 수 있는지 여부에 관하여 보건대, 을 제5, 8 호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사 정, 즉 ① 원고에 대한 2005년 귀속 종합소득세액을 산출하기 위한 이 사건 건물에 관 한 소득금액 중 이 사건 건물의 신축공사비용을 제외한 나머지 항목(수입금액, 토지매입금액, 세금, 공과금, 수수료, 설계용역 기타 경비 등)은 증빙자료에 의하여 구체적으로 확인되고 있는 점,② 원고는 2004. 4. 30. △△종합건설과 사이에 건설공사도급계약서(이하 '이 사건 도급계약서'라 한다)를 작성하였는데, 이 사건 도급계약서에는 도급 금액 429,000,000원 중 부가가치세를 제외한 공급가액이 390,000,000원으로 기재되어 있는 점,③ 원고가 2004. 5.경 ○○광역시 ○○구청장에게 공사시공자를 △△종합건설, 도급금액 429,000,000원으로 기재하여 이 사건 건물신축공사의 착공신고를 한 점, ④ 원고가 이 사건 세무조사 당시 '2004. 10. 이 사건 건물을 △△종합건설에게 공사를 도급하여 신축하였고, 이 사건 건물 신축과 관련한 공사원가가 426,418,703원(외주가공비 390,000,000원, 취・등록세 14,034,310원, 기타경비 22,384,393원)이다'라는 구체적인 내용이 기재된 확인서를 작성하여 ○○지방국세청 공무원에게 제출한 점,⑤ 설령 원고가 이 사건 건물을 직접 신축하였다는 점을 인정하더라도 이 사건 건물의 신축공사비용이 이 사건 도급계약서상 기재된 금액인 390,000,000원을 넘는다고 인정할 만한 자료가 없는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 도급계약서를 이 사건 건물의 신축공사비용에 관한 증빙자료로 파악하여 실지조사방법에 의하여 소득금액을 산출한 것을 위법하다고 보기 어렵다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 한편, 원고는 실지조사방법에 의하더라도 공사비용이 최소한 7억 원이므로 피고 가 필요경비로서 인정한 390,000,000원을 넘게 되어 이 사건 처분이 위법하다는 취지 로 주장하나, 갑 제4, 5호증의 각 기재와 증인 박BB의 증언만으로는 이 사건 건물의 신축공사비용이 피고가 인정한 390,000,000원을 넘는다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.