피고 ㅇㅇ세무서장이 2012. 11. 16. 원고 ㅇㅇㅇㅇ 주식회사에 대하여 한 2012년 귀속 종합부동산세 0000원, 농어촌특별세 0000원의 부과처분 중 종합부동산세 0000원, 농어촌특별세 0000원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 당심에서 교환적으로 변경된 원고 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ, 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ의 청구에 따라,

가. 피고 ㅇㅇ세무서장이 2013. 7. 5. 원고 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ에 대하여 한 2012년 귀속 종합부동산세 0000원, 농어촌특별세 0000원의 부과처분 중 종합부동산세 0000원, 농어촌특별세 0000원을 초과하는 부분,

나. 피고 ㅇㅇ세무서장이 2014. 8. 5. 원고 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ에 대하여 한 2012년귀속 종합부동산세 0000원, 농어촌특별세 0000원의 부과처분 중 종합부동산세 0000원, 농어촌특별세 0000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 소송총비용은 피고들이 부담한다.

부과처분을 다투다가 이 사건 항소 이후 증액경정처분에 따라 위와 같이 청구를 교환적으로 변경하였다).

가. 피고 ㅇㅇ세무서장은 2012. 11. 16. 원고 ㅇㅇㅇㅇ 주식회사(이하 'ㅇㅇㅇㅇ' 이라 한다)에게 2012년 귀속 종합부동산세 0000원과 농어촌특별세 0000원의 각 부과처분을 하였고, 2012. 12. 4. 원고 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ(이하'ㅇㅇㅇㅇ'이라 한다)에게 2012년 귀속 종합부동산세 0000원과 농어촌특별세 0000원의 각 부과처분을 하였다.

나. 피고 0000은 2012. 11. 16. 원고 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ(이하 'ㅇㅇㅇㅇ'라한다)에게 2012년 귀속 종합부동산세 0000원과 농어촌특별세 0000원의 부과처분을 하였다.

다. 피고들은 위 각 처분에 관하여 종합부동산세법(2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 이후에는 이 사건 쟁점에 관하여 같은 내용이유지되고 있으므로, 위 개정 이후의 법을 이하 '개정법'이라 한다.) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에 따라 종합부동산세액을 계산하면서, 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 이후에는 이 사건 쟁점에 관하여 같은 내용이유지되고 있으므로, 위 개정 이후의 시행령을 이하 '개정 시행령'이라 한다.) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항 및 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령제102호로 개정된 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]에서 정한 '(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율'의 산식에 따라 산정하였다.

라. 이에 불복하여 원고 ㅇㅇㅇㅇ은 2013. 2. 15. 조세심판청구를 제기하였으나, 2013. 9. 3. 기각되었고, 원고 ㅇㅇㅇㅇ은 2013. 3. 4. 이의신청을 거쳐 2013. 6. 29. 조세심판청구를 제기하였으나, 2013. 9. 3. 기각되었으며, 원고 ㅇㅇㅇㅇ는 2013. 2. 8. 이의신청을 거쳐 2013. 5. 14. 조세심판청구를 제기하였으나, 2013. 8. 7. 기각되었다.

마. 그 후 피고 ㅇㅇ세무서장은 2013. 7. 5. ㅇㅇㅇㅇ에 대하여 증액경정처분을, 피고ㅇㅇ세무서장은 2014. 8. 5. ㅇㅇㅇㅇ에 대하여 증액경정처분 및 1회의 감액경정처분을 함으로써 최종적으로 ㅇㅇㅇㅇ에 대한 부과처분금액은 종합부동산세 0000원, 농어촌특별세 0000원으로, ㅇㅇㅇㅇ에 대한 부과처분금액은 종합부동산세 0000원, 농어촌특별세 0000원으로 확정되었다(이하 ㅇㅇㅇㅇ에 대한 2012. 11. 16. 자 부과처분, ㅇㅇㅇㅇ에 대한 2013. 7. 5. 자 증액경정처분, ㅇㅇㅇㅇ에 대한 2014. 8. 5. 자 증액경정처분 중 남아있는 세액부분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 모두 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고들의 주장

⑴ 개정법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항 및 개정 시행령 제4조의2, 제5조의3제1항, 제2항은, 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하고 있음에도, 피고들은 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 시행규칙 작성요령에서 정한 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 (종합부동산세 또는 재산세) 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았다.

따라서 이 사건 처분이 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 것은 조세법률주의 원칙 또는 이중과세금지의 원칙을 위반하여 위법하므로 취소되어야 한다.

⑵ 재정경제부는 2003. 9. 3. '부동산 보유세제 어떻게 달라지나'라는 제목의 설명자를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니어서 위헌의 소지가 없다는 공적견해를 밝힌 바가 있음에도 이 사건 처분을 통하여 원고들이 납부한 재산세액의 일부만을 공제하였다.

따라서 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지1 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 관계법령 개정 경위와 취지

㈎ 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고, 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다.

그런데 위 적용비율이 매년 단계적으로 인상되도록 확정되어 있어 적정한 수준의 세부담이 될 수 있게 탄력적으로 조정하는 데에 어려움이 있었으므로, 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세 법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였고, 다만 위 지방세법 부칙 제5조는 재산세 연도별 적용비율 제도에 관한 경과조치를 두었다가 2009. 2. 6. 이를 폐지함으로써 2009년도 과세분부터 재산세와 종합부동산세에 관한 공정시장가액비율 제도가 전면 시행되도록 하였다.

이에 따라 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항의 위임에 따른 종부동산세법 시행령 제2조의4 제1항은 주택, 종합합산과세대상인 토지 및 별도합산과세 대상인 토지(이하 '주택 등'이라 한다)의 공정시장가액비율을 100분의 80으로, 제2항 단서는 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대한 별도합산과세대산인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 70으로, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대한 별도합산과세 대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 76로 각각 정하고 있고, 지방세법 제110조제1항의 위임에 따른 지방세법 시행령 제109조 제1호는 토지 및 건축물의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 같은 조 제2호는 주택의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다(이는 지방세법령이 2010년 전부 개정되기 전에도 동일하다).

㈏ 한편 2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있다. 이와같이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. 이에 구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 '주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'의 산식(이하 '종전 시행령 산식'이라 한다)에 따라 산정하도록 규정하였다.

그 후 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5의3 제1항 및 제2항이 개정되면서 공제되는 재산세액의 계산방법을 이 사건 시행령 산식, 즉 '주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'의 산식에 의하도록 변경하였는데, 이는 연도별 적용비율 제도를 폐지하고 재산세와 종합부동산세 모두 과세기준금액을 초과하는분에 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 과세표준을 산정하게 됨에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법을 변경하기 위한 것이다.

㈐ 이러한 지방세법, 종합부동산세법 및 종합부동산세법 시행령 관련 규정의 개정 경위와 취지 등에 비추어 보면, 종전 시행령 산식의 분자에 기재된 '주택 등 과세기준금액을 초과하는 분'이 이 사건 시행령 산식의 분자에 기재된 '주택 등의 과세표준'으로 변경되었다고 하더라도, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 이 사건 시행령 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소・변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 등 참조).

⑵ 개정 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액 계산방법

종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 '(공시가격 - 과기준금액) × 재산세 공정시장가액비율'의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율'의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 '공시가격 - 과세기준금액' 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 '(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율'보다 적거나 같은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율' 부분(즉 종합부동산세를 한도로 한 재산세 부분)은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다.

이러한 점을 종합하여 볼 때, 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세의 공정시장가액비율을 한도로 한 재산세의공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적은 2012년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액)× 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 한다.

한편 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만, 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 한다. 따라서 어떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이고, 또 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없다. 이 경우 처분의 적법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2011두10584 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 이 사건 시행령 산식에 따라 산정하여야 하므로 이를 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정하였다는 이유만으로 이 사건 각 처분이 적법하다고 볼 수는 없다.

⑶ 이 사건 처분의 적법 여부

따라서 피고들이 이 사건 처분에 관하여 개정 시행규칙 산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것은 개정 시행령 산식의 취지에 반하는 것이다.

한편 적법한 산출 방법에 따라 정당한 세액을 계산하면, 별지2 산출내역 목록 중 각'2. 정당세액(종합부동산세)'의 '납부할 세액'란 기재 종합부동산세액 및 그에 따른 농어촌특별세액1)이 됨은 명백하므로, 이 사건 처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다. 원고 ㅇㅇㅇㅇ 주식회사에 대하여는 이와 결론을 달리한 제1심 판결을 취소함에 따라, 원고주식회사 ㅇㅇㅇㅇ, 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ에 대하여는 당심에서 교환적으로 변경된 청구에 따라, 이 사건 처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분을 취소한다