2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 첨단전자기술에 관한 연구개발 등의 사업을 수행하기 위해 '산업기술혁신촉진법' 제42조에 따라 설립된 전문생산기술연구소이다

나. 원고는 과학기술기본법 및 '국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정'에 따라 1.중앙행정기관의 장과 중앙행정기관의 장이 선정한 연구개발과제에 관한 협약을 체결하고,2. 중앙행정기관의 장으로부터 연구개발비를 출연 받아 원고 소속 참여연구원으로하여금 연구개발과제를 수행하게 하며,3. 연구개발이 종료되면 중앙행정기관의 장에게 연구개발 최종보고서 등을 제출하고, 4. 연구개발성과를 실시하려는 자(이하 '실시기업'이라 한다)와 원고가 실시기업에게 출원 중인 지식재산권을 포함한 연구개발성과를 실시하는 권리를 부여하고, 실시기업이 원고에게 기술료를 지급하는 내용의 기술실시계약을 체결하여 실시기업으로부터 기술료를 지급받은 다음, 5. 그 중 일부를 연구개발과제 참여연구원에 대한 보상금(성과금)으로 지급하였다.

다. 원고는 실시기업으로부터 징수한 기술료의 사용 및 관리를 위해 '기술료 사용 및관리 기준'(이하 '이 사건 기준'이라 한다)을 마련하였다. 이 사건 기준에 의하면 기술료는 최종평가 결과 성공인 과제에 대해 실시대가로 정부출연금 비율에 의해 징수한금액인 정액기술료와 실시대가로 매출액 비율에 의해 징수한 금액인 경상기술료로 나누어지고(제3호), 기술료는 당해 기술개발 사업의 참여연구원에 대한 성과금, 기술개발재투자 등의 용도로 사용하되, 참여연구원에 대한 성과금은 사업비 재원이 산업통상자원부인 경우 수입기술료의 40%, 기타 부처인 경우 수입기술료의 50%로 하고, 참여연구원에게 기여도에 따라 지급하는 것을 원칙으로 한다(제4호 나목).라. 이에 따라 원고는 연구개발성과에 관해 참여연구원을 발명자로 기재하여 특허청장에게 특허출원을 하였고, 참여연구원에게 이 사건 기준에 따른 성과금을 지급하면서이를 과세대상 근로소득으로 보아 소득세를 원천징수하여 피고에게 납부하였다.

마. 원고는 참여연구원에게 지급한 성과금이 비과세 기타소득에 해당한다고 주장하

면서 피고에게 2015. 5. 29. 2011년 귀속 근로소득세 원천징수에 관해, 2015. 7. 23.2012년 귀속 근로소득세 원천징수에 관해, 2015. 12. 28. 2013년, 2014년 각 귀속 근로소득세 원천징수에 관해 아래 표(단위: 원)와 같이 과세표준 및 세액의 경정청구를하였다.

바. 피고는 2017. 4. 19. 원고에게 "종업원등의 직무와 관련한 발명 등이 특허출원

중이거나 출원심사결과 특허 등록되지 않은 경우에 사용자등이 동 직무관련발명 등과관련하여 종업원등에게 지급한 보상금은 소득세법 제12조 제5호 라목의 비과세되는 기타소득에 해당하지 않는다."라는 기획재정부 소득세제과 예규(이하 '이 사건 예규'라 한다)를 근거로 1. 원고의 특허출원에 대한 특허권 설정등록이 이루어진 이후 원고가 참

여연구원에게 지급한 성과금(위 표의 피고의 처분 중 경정 과세표준 합계0원)은 비과세 기타소득이라고 보아 경정청구를 인용하고, 2. 원고의 특허출원에 대한 특허권 설정등록이 이루어지기 전에 원고가 참여연구원에게 지급한 성과금이나 원고의 특허출원에 대한 특허권 설정등록이 이루어지지 않은 경우 원고가 참여연구원에게 지급한 성과금(위 표의 피고의 처분 중 경정거부 과세표준 합계0원, 이하 '이 사건 성과금'이라 한다)은 과세대상 근로소득에 해당한다는이유로 경정을 거부하였다(이하 피고의 위 경정거부처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

이 사건 성과금은 별지 목록 표의 '성과금(원)'란 기재 금액의 합계이다(다만 위 금액합계는 0원으로 위 경정거부 과세표준 합계와 38원의 차이가 있는데, 단수

처리 과정에서 발생한 차액으로 보인다).

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제5호증의 1내지 4, 갑 제6 내지 53호증, 을 제1호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 성과금은 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것)제12조 제5호 라목 1)에 규정된 비과세 기타소득에 해당하므로, 이와 달리 본 이 사건처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 '관계 법령' 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조1) 제5호 라목 1)에 의하면 기타소득 중 종업원이 발명진흥법 제2조 제2호에 따른직무발명으로 발명진흥법 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금 소득에 대해서는소득세를 과세하지 아니한다.

발명진흥법 제2조2) 제2호에 의하면 '직무발명'이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 '종업원등'이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 '사용자등'이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.발명진흥법 제10조 제1항 본문 또는 구 발명진흥법(2013. 7. 30. 법률 제11960호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항에 의하면 직무발명에 대하여 종업원등이특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 '특허등'이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 '특허권등'이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다.

발명진흥법 제15조 제1항에 의하면 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전

용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

발명진흥법 제15조 제2항에 의하면 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형

태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업

원등에게 문서로 알려야 하고, 같은 조 제4항에 의하면 사용자등은 제1항에 따른 보상을 받을 종업원등에게 제2항에 따른 보상규정에 따라 결정된 보상액 등 보상의 구체적사항을 문서로 알려야 하며, 같은 조 제6항에 의하면 사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 보나, 그 보상액이직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

구 발명진흥법 제15조 제2항에 의하면 제1항에 따른 보상에 대하여 계약이나 근무

규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자등과 종업원등 사이에 행하여진 협의의 상황(제1호), 책정된 보상기준의 공표・게시 등 종업원등에 대한 보상기준의 제시 상황(제2호), 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원등으로부터의 의견 청취 상황(제3호) 등을 고려하여 합리적인것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다. 같은 조 제3항에 의하면 제1항에 따른 보상에대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있지 아니하거나 제2항에 따른 정당한 보상으로볼 수 없는 경우 그 보상액을 결정할 때에는 그 발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하여야 한다.

2) 원고가 참여연구원으로부터 연구개발성과에 관해 특허등을 받을 수 있는 권리(그러한 권리가 있다면)를 승계하여 특허청장에게 특허출원을 한 사실은 당사자 사이에다툼이 없고, 원고가 참여연구원에게 이 사건 기준에 따라 성과금을 지급한 사실은 앞서 본 것과 같다. 원고가 참여연구원에게 지급한 이 사건 성과금은 구 발명진흥법 제15조 제2항 각 호의 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되고, 발명진흥법 제15조 제6항에 규정된 '직무발명에 의하여 원고가 얻을 이익과 그 발명의 완성에 원고와참여연구원이 공헌한 정도'를 고려한 것으로 보이므로, 발명진흥법 제15조 제1항에 규정된 정당한 보상에 해당한다.

따라서 원고가 참여연구원으로부터 연구개발성과에 관해 승계한 것이 '특허등을 받

을 수 있는 권리'에 해당한다면 참여연구원이 원고로부터 지급받은 이 사건 성과금은구 소득세법 제12조 제5호 라목 1)에 규정된 비과세 기타소득에 해당하게 된다(대법원2015. 4. 23. 선고 2014두15559 판결 참조).

3) 피고는 이 사건 예규와 같이 발명 등이 특허출원 중이거나 출원심사결과 특허 등록되지 않은 경우에는 원고가 참여연구원으로부터 연구개발성과에 관해 승계한 것이'특허등을 받을 수 있는 권리'라고 볼 수 없고, 과세관청인 피고가 위 연구개발성과가특허요건을 갖추고 있는지 심사하는 것은 불가능하며, 직무발명이 특허로 등록되어 그기술이 공개된 후 발생하는 수익에 관해 발명자인 종업원등에게 보상금이 지급될 때비과세하는 것이 특허제도와 구 소득세법의 취지에 부합한다고 주장한다.

4) 그러나 아래 사정을 종합하면 원고가 참여연구원으로부터 별지 목록 표의 '발명의명칭'란 기재 연구개발성과에 관해 승계한 것은 '특허등을 받을 수 있는 권리'에 해당한다고 봄이 타당하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

가) 발명진흥법 제16조에 의하면 사용자등은 직무발명에 대한 권리를 승계한 후 출원(出願)하지 아니하거나 출원을 포기 또는 취하하는 경우에도 제15조에 따라 정당한보상을 하여야 하고, 이 경우 그 발명에 대한 보상액을 결정할 때에는 그 발명이 산업재산권으로 보호되었더라면 종업원등이 받을 수 있었던 경제적 이익을 고려하여야 한다. 이 규정은 사용자등이 발명을 출원하여 특허등록하지 않고 단지 영업비밀로 유지하기로 한 경우에도 사용자등으로 하여금 종업원등에게 그에 상당한 보상을 해주도록하는 것이다.

따라서 사용자등이 종업원등으로부터 직무발명에 대한 권리를 승계한 후 출원을

여 특허등록을 받을 것인지 아니면 출원을 하지 않고 영업비밀로 유지할 것인지는

용자등의 선택에 달린 것이고, 종업원등이 사용자등으로부터 지급받는 보상금의 법

성격은 위와 같은 사용자등의 선택과 무관하다.

또한 사용자등이 특허출원을 할 것인지 여부는 종업원등이 결정할 수 있는 문제가

아닌바, 사용자등의 선택에 따라 종업원등에게 지급되는 보상금 소득에 대한 과세

달리함은 매우 부당하다.

나) 발명진흥법 제15조 제1항에 규정된 직무발명보상금은 발명보상(특허출원 전에

받는 보상), 출원유보보상(직무발명에 대하여 출원을 유보하고 노하우로서 보존하는우에 지급하는 보상), 출원보상(특허출원 시 받는 보상), 등록보상(특허등록 시 받는 보상), 실시보상(사용자가 발명을 실시하여 이익을 얻었을 경우에 지급하는 보상), 처분보상(사용자가 발명을 양도하거나 실시허락을 함으로써 이익을 얻은 경우에 지급하는 보상) 등으로 나누어지고, 우리나라 기업들은 일반적으로 직무발명에 대한 보상을 일시금으로 하는 것이 아니라 위와 같이 분할하여 지급하고 있다.

이 사건 예규는 직무발명보상금 중 등록보상이나 특허권 설정등록이 된 이후에 지급된 실시보상, 처분보상만 구 소득세법 제12조 제5호 라목 1)에 규정된 비과세 기타소득에 해당한다고 보는 것인바, 그와 같은 해석은 부당하다.

구 소득세법 제12조 제5호 라목 1)에 의하면 '기타소득 중 종업원이 발명진흥법 제2조 제2호에 따른 직무발명으로 발명진흥법 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금소득'이기만 하면 비과세소득에 해당하고, 발명진흥법 제15조 제1항에 의한 직무발명보상금은 종업원등이 직무발명에 대해 사용자등에게 1.특허권등을 승계하거나 전용실시권을 설정해준 데 대한 대가와2. 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계해준 데 대한 대가를 포괄하는 것이므로, 위 발명보상, 출원유보보상, 출원보상 등도 모두 위 비과세기타소득에 해당한다고 보아야 하기 때문이다.

다) 따라서 사용자등이 특허출원을 하지 않았다는 이유만으로 종업원에게 지급된 보상금이 비과세 기타소득이 아니라고 볼 수는 없다. 다만 발명진흥법 제2조 제1호는"'발명'이란 특허법ㆍ실용신안법 또는 디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다."라고 규정하고 있는바, 이 사건에서 원고가 참여연구원으로부터연구개발성과에 관해 승계한 것이 위 '발명'에 해당하지 않는다면 원고가 참여연구원으로부터 '특허등을 받을 수 있는 권리'를 승계하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 성과금은 구 소득세법 제12조 제5호 라목 1)에 규정된 비과세 기타소득에 해당하지 않게 된다.

그런데 아래 사정을 종합하면 원고가 참여연구원으로부터 연구개발성과에 관해 승계한 것은 발명진흥법 제2조 제1호에 규정된 '발명'에 해당한다고 봄이 타당하다.

(1) 별지 목록 표에 기재된 것과 같이 원고가 특허출원한 47개의 발명 중 30개(순번12 내지 18, 20 내지 41, 46)가 특허결정을 받아 원고 명의의 특허권 설정등록이 마쳐졌다.

(2) 나머지 17개의 발명에 관해 원고 명의의 특허권 설정등록이 마쳐지지 않은 이유를 알 수 있는 자료는 없으나, 출원한 특허에 대해 특허권 설정등록이 되지 않는 이유는 1.출원자가 출원을 포기 또는 취하한 경우, 2. 특허출원에 관한 심사청구를 하지

않아 출원이 취하된 것으로 간주된 경우 3. 심사관으로부터 특허거절결정을 받은 경우, 4. 심사관으로부터 특허결정을 받았으나 특허료의 납부기간이 지난 후 6개월 이내에 특허료를 내지 아니하여 특허출원을 포기한 것으로 간주된 경우(구 특허법 제81조제3항) 등 다양하므로, 위 17개의 발명이 특허요건을 갖추지 못하였다고 단정할 수 없다.

(3) 구 특허법 제2조 제1호에 의하면 '발명'이라 함은 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말하고, 구 실용신안법(2014. 6. 11. 법률 제12752호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1호에 의하면 '고안'이라 함은 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작을 말하며, 발명진흥법 제2조 제1호의 '발명'은 구 특허법에 의한 발명과 구 실용신안법에 의한 고안을 포괄하는 용어이다. 따라서 가사 위 17개의발명 중 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작이지만 '고도한 것'이 아니어서 구 특허법에 의한 발명에 해당하지 않는 것이 있다고 하더라도 구 실용신안법에 의한 고안에는 해당할 수 있다.

(4) 원고는 실시기업과 원고가 실시기업에게 출원 중인 지식재산권을 포함한 연구개발성과를 실시하는 권리를 부여하고, 실시기업이 원고에게 기술료를 지급하는 내용의기술실시계약을 체결하여 실시기업으로부터 기술료를 지급받은 다음, 수입기술료의40% 또는 50%에 해당하는 금액을 연구개발과제 참여연구원에 대한 성과금으로 지급하였다. 영리를 추구하는 민간기업인 실시기업이 원고와 위와 같은 기술실시계약을 체결하고 원고에게 기술료를 지급하였다는 것은 원고가 실시기업에게 실시권을 부여한연구개발성과가 구 특허법에 의한 발명 또는 구 실용신안법에 의한 고안에 해당할 가능성이 매우 높다는 사정을 나타낸다.

(5) 앞서 본 것과 같이 원고가 참여연구원으로부터 승계한 연구개발성과에 관해 특

허출원을 하지 않았다는 이유만으로 원고가 참여연구원에게 지급한 성과금을 비과세기타소득이 아니라고 볼 수는 없으므로, 이와 균형상 원고가 위 연구개발성과에 관한특허출원을 하였으나 최종적인 특허권 설정등록이 마쳐지지 않은 경우에도 특별한 사정이 없는 한 원고가 위 연구개발성과에 관해 참여연구원에게 지급한 성과금은 비과세기타소득에 해당한다고 봄이 타당하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 성과금은 구 소득세법 제12조 제5호 라목 1)에 규정된 비과세 기타소득에 해당하므로, 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다. 원고의청구는 이유 있으므로 인용한다.