2. 피고가 2013. 2. 7. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 종합소득세 288,495,870원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 주식양도계약의 체결

1) 원고는 전자기계기구 제조업，전자장비개발 및 기술용역업 등을 사업목적으로 하는 CCCC놀로지 주식회사(이하，CCCC'라고만 한다.)의 발기인이자 CCCC의 발행주식 9,053주(이하 '이 사건 주식'이라 한다.)를 소유한 주주로서 회사 설립일인 1999. 5. 26.부터 2008. 1. 10.까지는 대표이사로서，그 다음 날부터 2009. 3. 31.까지는 이사로서 근무하였다.

2) 원고는 2009. 3. 19. CCCC와 사이에，원고가 담당하던 컴퓨터사업부를 CCCC로부터 양수하고，원고가 보유하고 있던 이 사건 주식 중 8,153주(발행 주식 총수 60,000주의 13.5875%에 해당，이하 '이 사건 제1주식'이라 한다.)를 CCCC에 양도하며，나머지 900주(이하 '이 사건 제2주식'이라 한다.)는 CCCC의 기업공개(IPO, Initial Public Offering)가 실현되면 향후 설립될 우리사주조합에게 무상양도하기로 하 는 내용의 계약(이하 '이 사건 양도계약'이라 한다.)를 체결하였다.

1) 그런데 원고는 이 사건 양도계약에 따른 이 사건 제1주식의 평가금액을 산정함 에 있어 CCCC와 사이에 다툼이 발생하자，2010. 8. 9. CCCC를 상대로 하여 수 원지방법원 성남지원 2010가합0000호로 이 사건 제1주식의 양도대금 3,248,618,195 원및 퇴직금 155,265,051원의 합계 3,403,883,246원의 지급을 구하는 소를 제기하였다.

"2) 이후 위 소송절차에서 2011. 12. 9. 원고와 CCCC 사이에 다음과 같은 내용 의 조정(이하이 사건 조정'이라 한다.)이 성립되었다.",3) 한편，CCCC는 2012. 1. 3. 및 2012. 1. 10. 피고에게「구 소득세법」(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법'이라 한다.) 제17조 제2항 제1호에 의하여 원고의 배당소득세 및 지방소득세 원천징수세액으로 합계 319,290,010 원을 신고납부하였다.

4) 이후 CCCC는 2012. 12. 28. 원고에게 위와 같이 원천징수세액을 납부하였음 을 내용증명으로 통지하면서, CCCC가 이 사건 조정으로 2012. 12. 31.까지 지급하 기로 한 10억 원에서 위 원천징수세액을 제외한 나머지만을 원고에게 지급할 예정임을 고지하였다.

라. 피고의 종합소득세 부과처분

1) 피고는 2013. 2. 7. 원고가 CCCC에 이 사건 제1주식을 양도한 것은 자본감 소절차의 일환으로 이루어진 것으로 양도가액과 취득가액의 차액이 소득세법 제17조 저U항 제3호，제2항 제1호에서 정한 의제배당소득에 해당한다고 보아 원고에게 2011년 도 종합소득세와 신고 누락 등에 의한 가산세로 합계 323,292,250원을 결정고지하였다.

2) 원고는 2013. 4. 30. 조세심판원에 피고의 위 종합소득세 부과처분의 취소를 구 하는 조세심판을 청구하였으나，2013. 7. 24. 기각결정을 받았다.

3) 한편 피고는 이 사건 소송 중에 이 사건 조정금액에 원고의 퇴직금이 82,041， 894원 포함되어 있다는 이유로 이를 종합소득세 부과의 수입금액에서 제외한 후 앞서 종합소득세 등으로 부과한 323,292,250원에서 34,796,380원을 감액경정하였다(이하 감액되고 남은 288,495,870원의 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다.).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고와 CCCC는 이 사건 양도계약 당시 CCCC가 주식소각의 목적으로 이 사건 제1주식을 취득하는 것이라는 점에 대하여 명시적 또는 묵시적인 합의를 한 적이 없고, 오히려 이 사건 양도계약 및 원고가 제기한 주식양도대금청구소송의 전 과정 등 을 종합적으로 고려하면 원고는 자산거래로서 CCCC에게 이 사건 주식을 양도한 것이 명백하므로 그로 인한 소득은 종합소득세 과세대상에 해당하지 아니함에도 불구하 고 그에 대한 종합소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 인정사실

1) 원고는 1999. 5.경 박○○등 과 함께 군수산업 관련 연구사업 및 장비개발업무를 주된 목적사업으로 하는 CCCC를 설립하였고，이후 김○곤을 이사로 참여시켜 위 4인과 함께 위 CCCC를 운영하여 왔다.

2) 한편 2007.경 CCCC의 임원들 사이에 회사분할에 대한 논의가 진행되었고，그 결과 회사분할 대신 각자의 사업분야를 독자적으로 운영하기로 하는 합의가 이루어 졌는데，이 때 원고는 컴퓨터사업부를 담당하기로 하여 앞서 본 바와 같이 2008. 1. 10. CCCC의 대표이사직을 사임하였다.

3) 이후 2008. 10. 경 정부가 추진하는 한국형헬기개발사업의 일환으로 국방과학연구소가 주관하여 진행하는 통합형 디지털 지도 컴퓨터 개발사업에 참여하기 위한 컨소시엄을 구성하는 것과 관련하여 다른 임원들이 L○○주식회사와 컨소시엄을 구성하자고 주장하는 것에 대해 원고는 L○○주식회사가 CCCC의 협력사인 한국BB주식회사와 경쟁사 관계에 있음을 이유로 그에 반대하여 서로 의견이 대립되었다.

4) 그런데 결국 CCCC는 원고 외의 다른 임원들의 의견에 따라 위L○○을 중심으로 한 컨소시엄에 참여하기로 결정하였고，국방과학연구소는 2009. 2. 3. 최 종적으로 통합형 디지털 지도 컴퓨터 개발사업의 협력업체로 CCCC가 참여한 'L○○컨소시움'을 선정하였다.

5) 이에 원고는 CCCC에서 퇴사하기로 결심하고 2009. 2. 19. "DD시스템즈주식회사''라는 상호의 회사를 설립한 후 2009. 3. 19. CCCC와 사이에 이 사건 양도계약을 체결하고 CCCC에서 퇴사하였으며, 이후 위 양도계약에서 정한 바에 따라 위 "DD시스템즈 주식회사"의 상호를 "EE릭스 주식회사 로 변경하였다.

6) CCCC는 이 사건 제1주식을 취득한 이후 이를 제3자에게 양도하거나 다른 업체와의 주식교환 등에 사용하기 위하여 그대로 보유하고 있었고，처음부터 위 주식 을 소각하거나 자본을 감소할 목적은 없었다. 그런데 나중에 회사의 자기주식 취득과 관련된 상법상 제한을 알게 되어 이 사건 양도계약 체결일로부터 약 1년 2개월이 지난 다음에야 주식소각절차를 밟았다.

다. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

라. 이 사건 주식의 양도가 자본거래에 해당하는지에 관한 판단

1) 주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만，실질과세의 원칙상 단순히 당 해 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라，당사자의 의사와 계약체결의 경 위，대금의 결정방법，거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하 여야 한다(2010. 10. 28. 선고 2008두19628 판결，대법원 2013. 5. 24. 선고 2013두 1843 판결 등 참조).

2) 앞서 본 바와 같이 원고가 CCCC의 다른 주주들과 사이에 회사 운영과 관련 하여 갈등이 빚어지자, 원고가 CCCC의 컴퓨터사업부를 양수하고 이 사건 제1주식에 상당하는 양도대금에서 위 컴퓨터사업부의 가치상당액을 제외한 나머지를 지급받기 로 하는 이 사건 양도계약을 체결하고 CCCC에서 퇴사한 점 등의 이 사건 양도계약 체결에 이르게 된 경위에 비추어 보면，이 사건 양도계약은 CCCC에 대한 원고의 출자지분을 정리하기 위한 방편으로 이루어진 측면이 있다.

3) 그러나 위 인정사실과 그 밖에 변론에 나타난 여러 증거자료들에 의하여 알 수 있는 다음 ① 내지 ④와 같은 사정들을 종합하여 보면，CCCC는 자본감소절차의 일 환으로 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것，이하 '상법'이라 한 다.) 제341조 제1호에 따라 주식을 소각하기 위하여 원고로부터 이 사건 제1주식을 양 수한 것이라고 보기 어렵다.

① 이 사건 양도계약상 주식 소각에 관한 내용은 기재되어 있지 않고, CCCC는 이 사건 양도계약체결 이전과 이후에 주식소각절차를 전혀 밟지 않다가 양도계약체결 후 1년 2개월이 지난 다음에야 이 사건 주식에 관한 주식소각절차를 밟았다. CCCC 는 이 사건 양도계약 당시에는 주식소각의 목적이 없었고，이를 제3자에게 양도하거나 주식교환 등의 방법으로 이용하려고 하였다가 나중에 상법상의 자기주식 취득의 제한 에 관하여 알게 되어 주식소각절차를 밟게 되었다.

② 그리고，이 사건 양도계약상 이 사건 제2주식과 관련하여서는 향후 기업공개시 에 우리사주 분으로 양도한다고 기재되어 있는바, 이와 같은 기재에 비추어 보면 DD 테크는 이 사건 제1주식 또한 기업공개시를 대비하여 지분분산 등 기업공개요건을 갖 추는 데에 사용할 의도가 있었다고 볼 여지도 있다.

③ 상법 제341조 및 제341조의2는 회사가 자기주식을 취득할 수 있는 경우를 열 거하고 있으나，위 상법에서 규정하고 있는 경우에 해당하지 않는 때에도 그 유무효여부를 떠나 자기주식을 취득할 수도 있으므로，이러한 규정이 있다고 하여 원고 및 CCCC가 위 조항에서 규정하고 있는 목적으로 이 사건 주식을 양도양수하였다고 단정할 수는 없다.

④ 이 사건 주식양도거래는 양도대금확정을 위하여 양도계약서에서 주식의 실제가 치에 대한 평가절차를 예정하고 있으며，실제로 주식대금 등 청구소송에서 양도계약당 사자들 사이에 주식의 가치에 대하여 다투어졌는바，이와 같이 이 사건 제1주식의 가 치에 관한 객관적인 가액을 전제로 이 사건 주식양도거래가 이루어진 점에 있어서 자 본거래보다는 자산거래의 성격을 띤다.

4) 따라서 원고가 이 사건 제1주식을 양도하고 받은 금원은 소득세법 제17조 제2 항 제1호의 '주식의 소각이나 자본의 감소로 인하여 주주가 취득하는 금전'으로 볼 수 없으므로，이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바，이와 결론을 달리 한 제1 심 판결은 부당하므로 취소하고，원고의 항소를 받아들여 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.