2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2005.경 과천시 OO동 00 OO빌딩 000층에 있는 BBB예수교회(이하 '이 사건 교회'라 한다)에 헌금 명목으로 기부한 000원(이하 '이 사건 헌금'이라 한다)에 대하여 2005년 귀속 근로소득세 연말정산을 통해 지정기부금 소득공제를 받았다.

나. 피고는 2011. 5. 16. 원고에 대하여， 이 사건 교회가 구 법인세법 시행령(2006.

2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제36조 제1항 제1호 마목 소정의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관 청에 등록된 단체'에 해당하지 아니하므로 원고가 이 사건 교회에 기부한 이 사건 헌 금은 소득공제 대상인 지정기부금에 해당하지 않는다는 이유로， 위 기부금 공제오류를 경정한 2005년 귀속 종합소득세 1，071，090원을 추가로 부과(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2011. 10. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나， 위 청구가 2011. 12. 5. 기각되었다.

[인정근거] 을 제1， 2호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유로 피고의 이 사건 처분이 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(1) 국세부과 제척기간 도과

근로소득만 있는 원고의 경우 소득세법 제73조 제1항 제1호에 따라 종합소득 과세표준 확정신고를 할 의무가 없고， 이러한 경우 원천징수의무자(급여지급자)에 의한 원천징수 및 연말정산에 따른 원천징수세액 선고 ㆍ 납부로써 소득세 신고 ㆍ 납부와 관련 한 모든 의무가 종료되는 것이므로， 원고에게 2005년 귀속 종합소득세를 부과할 수 있 는 부과 제척기간의 기산일은 원천징수의무자에게 원천징수세액을 부과할 수 있는 날 인 2006. 2. 11.(원천징수세액의 법정 납부기한의 다음날)이라고 보아야 한다. 따라서 그로부터 5년이 경과한 이후인 2011. 5. 16. 이루어진 이 사건 처분은 국세부과의 제척 기간을 도과하였다.

(2) 이 사건 교회의 기부금 소득공제 대상 종교단체 해당성

이 사건 처분에 적용되는 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목은 '지정 기부금단체등'의 하나로 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록 된 단체'를 규정하고 있는바， 위 규정은 개정 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제 21302호로 개정된 것 이하 '개정 법인세법 시행령'이라 한다) 제36조 제1항 제1호 마 목과 달리 해당 종교단체가 민법 제32조의 규정에 따라 문화체육관광부장관의 허가를 받아 설립된 법인일 것을 요구하고 있지 않은 점， 한편 이 사건 교회는 1984. 3. 14. 설립된 이래 약 30년 동안 종교단체로서 활동하여 왔고， 현재 전국적으로 50여 개의 소속 교회에 10만여 명의 성도가 있는 점， 또한 1993.경 관할세무서인 동안양세무서로 부터 국세기본법 제13조 제2항에 의하여 '법인으로 보는 단체'로 승인받고，1993. 10. 15. 소재지 관할구청인 안양시 동안구청으로부터 종교단체등록증을 부여받아 각 소관 업무와 관련하여 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 종교단체로서 정상적으로 권리를 행사하고 의무를 이행하여 왔던 점， 종교단체의 경우 주무관청인 문화체육관광부에서 별도의 등록제도를 운영하고 있지 않은 관계로 이 사건 교회가 공식적인 절차로서의 등록을 거치지는 못했으나， 그동안 종교단체로서 문화체육관광부의 관리 ㆍ 감독을 받아온 이상 주무관청에 등록된 것과 동일하게 취급해야 하는 점 등에 비추어 보면，이 사건 교회는 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목 소정의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'에 해당한다.

(3) 신뢰보호의 원칙 위반

이 사건 교회는 1993.경 관할세무서인 동안양세무서로부터 국세기본법 제13조 제2항에 의하여 '법인으로 보는 단체'로 승인받고 1993. 10. 15. 소재지 관할구청인 안양시 동안구청으로부터 종교단체등록증을 부여받은 이래 취득세， 등록세， 재산세 등에 대하여 종교단체로서 비과세 혜택을 받아왔을 뿐만 아니라， 과세관청은 그간 이 사건 교회가 소속 성도들에게 발행한 헌금에 대한 기부금 영수증을 기초로 하여 지정기부금 소득공제를 인정해왔는바， 이를 통하여 이 사건 교회가 지정기부금단체에 해당하고 이 에 대한 헌금이 지정기부금 소득공제 대상이 된다는 점에 관하여 피고가 공적인 견해 표명을 하였거나 이에 관한 비과세관행이 형성되었다고 보아야 하고， 이를 신뢰한 원고에게는 아무런 귀책사유가 없으므로， 이러한 원고의 신뢰를 저버린 피고의 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 반한다.

(4) 가산세 부과의 위법성

가사 이 사건 교회가 지정기부금 소득공제 대상이 되는 종교단체에 해당하지 않는다고 하더라도， 그동안 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목 소정의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'에 대한 명확한 해석 기준이 없었던 상황에서， 원고가 이 사건 교회에 대한 헌금이 소득공제의 대상이 되는 기부금이 아니라는 사실을 알 것을 기대할 수는 없으므로， 적어도 이 사건 처분 중 가산세 부분은 원고에게 그 납세의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 국세부과 제척기간 도과 여부

구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제26조의2 제l항 제3호에 의하면， 소득세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년의 제척기간이 경과하면 이를 부과할 수 없고， 같은 법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제12조의3 제1항 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한 의 다음 날을 국세를 부과할 수 있는 날로 정하고 있으며， 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제70조 제1항은 당해연도의 종합소득 금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있고， 다만 같은 법 제73조 제l항 제1호에 의하면 '근로소득만 있는 자'는 당해 소득에 대한 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다{한편 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호， 같은 법 시행령 제12조의3 제2항 제1호， 구 소득세법 제128조 제1항， 제134조 제1항에 의하면， 원천징수의무자에 대하여 부과하는 근로 소득세는 당해 원천징수세액의 법정납부기한(매월 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일)의 다음날로부터 5년의 제척기간이 경과하면 이를 부과할 수 없다는 취지로 규정하고 있는바，이는 원천징수의무자에게 근로소득세를 부과하는 경우에만 적용된다 할 것 이고 이 사건에서와 같이 당해 소득의 귀속자에게 직접 부과하는 경우에는 적용되지 않는다 할 것이다}. 위 각 규정의 취지 및 문언에 비추어 보면， 종합소득세는 원칙적으로 과세표준 확정신고를 하여야 하는 국세이므로 그 제척기간의 기산점이 되는 종합소득세를 부과 할 수 있는 날은 그 과세표준확정신고기한의 다음날인 당해 과세연도의 다음 연도 6. 1.임이 원칙이라 할 것이고， 근로소득 외에 다른 소득이 없어 당해 소득의 귀속자가 과 세표준확정신고를 하지 않아도 되는 경우에도 원칙적인 과세표준확정신고기한이 경과 한 후에야 당해 소득의 귀속자에게 원천징수가 누락된 근로소득세를 부과할 수 있다고 봄이 상당하므로(법이 근로소득만이 있는 거주자에게 과세표준확정신고의무를 면제하여 준 취지는 정부가 원천징수의무자로 하여금 해당 근로소득세를 원천징수하여 이를 납부하게 한 후 연말정산을 하는 방법으로 위 세액을 확정 ㆍ 징수하고 있어 당해 소득 의 귀속자가 별도로 신고를 하여야 할 실질적인 필요가 없으므로 이와 같은 경우에는 종합소득 과세표준 확정신고절차를 면제하여 줌으로써 납세의무자의 편의를 도모하려 는 것일 뿐이고，이와 달리 근로소득만이 있는 거주자에게는 과세표준확정신고기한이 경과하기 전에도 원천징수가 누락된 근로소득세를 부과할 수 있도록 하려는 것은 아니다)，이 사건 종합소득세 부과 제척기간의 기산점은 원고에게 근로소득 이외의 소득이 있었는지 여부와 관계없이 당해 과세연도의 다음 연도인 2006. 6. 1.이라고 보아야 할 것이다. 따라서， 이 사건 처분은 이로부터 5년의 제척기간이 경과하기 전에 이루어진 것 이므로，제척기간을 도과한 처분이라는 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 교회의 기부금 소득공제 대상 종교단체 해당 여부

원고가 이 사건 교회에 기부한 이 사건 헌금이 구 소득세법 제52조 제6항 제2 호에 따라 소득공제의 대상이 되는 지정기부금으로 인정되기 위해서는 이 사건 교회가 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목 소정의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'임이 전제되어야 하므로(구 소득세법 제52조 제6항 제2호， 제34조 제1항， 구 소득세법 시행령 제80조 제1호)， 이하에서는 과연 이 사건 교회가 위 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체' 에 해당한다고 볼 수 있는지 관하여 본다. 조세에 관한 법률의 해석에 관하여는 그 부과요건이나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며， 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라 고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법 원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 참조)， 이에 따라 을 제2， 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면， 이 사건 교회는 위 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'에 해 당한다고 볼 수 없다고 판단된다. 따라서 이와 다른 전제의 원고의 위 주장도 이유 없다.

(가) 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제l호 마목 이외에 같은 호 각목에서 규정하고 있는 '지정기부금단체등'은 사회복지사업법에 의한 사회복지법인(가목)，초ㆍ중등 교육법 및 고등교육법에 의한 학교， 기능대학법에 의한 기능대학 또는 평생교육법에 의한 원격대학(나목)， 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진 흥단체(다목)， 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화ㆍ예술단체(문화예술진흥법에 의하 여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체(라 목)， 의료법에 의한 의료법인(바목)， 가목 내지 바목의 지정기부금단체등과 유사한 것으 로서 재정경제부령이 정하는 지정기부금단체 등(사목)으로서 모두 관련 법령에 따라 주무관청에 의하여 관리 ㆍ 감독을 받고 있는 단체들인 것으로 보인다.

(나) 비록 구 국세기본법 제13조 제l항 제1호는 주무관청의 허가 ㆍ 인가 ㆍ 등록을 구분하고 있기는 하나， 법원의 법보충작용으로서의 해석상 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목에 규정된 '종교의 보급 기타 교회를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'의 범위에는 주무관청에의 등록에 있어서보다 주무관청의 엄격한 통제를 받은 주무관청의 허가 ㆍ 인가를 받아 설립된 단체가 포함된다고 해석함이 타당하다.

(다) 나아가 종교단체의 경우 민법 제32조에 의한 법인설립허가 외에 이를 관리 ㆍ감독하는 주무관청인 문화체육관광부장관에 등록 또는 신고하는 제도가 따로 존재하지 않는다고 하더라도， 이는 입법자가 사회복지， 문화， 예술， 교육， 종교 등의 '공익성' 을 감안하여 '일정 범위의 기부금'만을 소득공제의 대상으로 삼을 수 있도록 하는 과세 정책상 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 '종교의 보급 기타 교회를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'의 범위에 민법 제32조에 의한 법인설립허가를 받은 종교단체로서 문화체육부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제6조에 따라 주무관청인 문화체육관광부장관이 관리하는 법인설립대장에 등재한(이를 등록에 준하는 것으로 볼 수도 있을 것이다) 단체만이 해당되고， 그렇지 않은 종교단체는 이에 해당되지 않는다고 판단한 것으로 보아야 한다(결국 이러한 입법자의 과세정책적판단이 반영되어 개정 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목은 '민법 제32조에 의 한 법인설립허가를 받은 종교단체'라고 명확하게 규정하였다).

(라) 한편 이 사건 교회가 1993. 10. 15. 소재지 관할구청인 안양시 동안구청으로부터 종교단체등록증(등록번호 000)을 부여받은 것은 구 부동산등기법 (1993. 12. 10. 법률 제4592호로 개정되기 전의 것) 제41조의2 제1항 제3호에 따라 부 동산 등기 시 필요한 법인격 없는 단체의 등기용 등록번호를 부여받은 것에 불과하다. 또한， 구 국세기본법 제13조 제2항에 따라 관할세무서인 동안양세무서로부터 '법인으로 보는 단체'로 승인(고유번호 000) 받은 것 역시 과세자료의 효율적 처리를 위한 절차에 불과하므로， 이를 주무관청에 등록된 것과 동일하게 평가할 수 없다.

(마) 그밖에 이 사건 교회가 종교단체로서 주무관청인 문화체육관광부에 등록되었다고 볼만한 아무런 증거도 없다.

(3) 신뢰보호의 원칙 위반 여부

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 선의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째， 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째， 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째， 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇 인가 행위를 하여야 하고 넷째， 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며， 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위 법하다고 보게 되는 것이다(대법원 2002. 3. 29. 선고 99두1861 판결 참조). 또한 국세기본법 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면， 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라， 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며， 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시 되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두4849 판결 참조). 이 사건에 관하여 보건대， 먼저 동안양세무서가 국세기본법 제13조 제2항에 의하여 '법인으로 보는 단체'로 승인하였다거나 안양시 동안구청이 이 사건 교회에 종교 단체등록증을 교부하였다는 사실만으로는 과세당국이 이 사건 교회에 대하여 제반 세무상의 혜택을 받을 수 있는 종교단체라는 점에 대해 공적인 견해의 표명을 하였다고 보기에 부족하다. 나아가 과세관청인 피고가 상당한 기간에 걸쳐 이 사건 교회가 발행 한 기부금 영수증에 기초하여 원고를 비롯한 이 사건 교회 소속 성도들이 이 사건 교회에 기부한 헌금에 대하여 한 지정기부금 소득공제신청에 관하여 별다른 이의를 하지 않았다 하더라도， 이는 그 헌금을 지정기부금에 해당하는 것으로 오인한 것에 기언한 것일 뿐 이 사건 교회가 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'에 해당하지 않는다는 사정을 알면서 어떤 특별한 사정에 의하여 해당 기부금에 대하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해나 의사에 기하여 한 것이 아니고 그러한 견해나 의사를 표명한 것도 아니다. 따라서 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위반된다는 원고의 위 주장도 이유 없다.

(4) 가산세 부과의 위법 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 ㆍ 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하 는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서， 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이 행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어 야 한다(대법원 2003. 2. 14. 선고 2001두8100 판결 참조). 이 사건에 관하여 보건대， 이 사건 교회가 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목 소정의 '종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체'에 해당하지 않는 점， 이 사건 교회에 대한 기부금에 대하여 소득공제를 인정하여 주겠다는 과세관청의 공적 견해의 표명이나 비과세관행이 형성된 것이 아닌 점 등은 앞서 본 바와 같은바， 원고가 그동안 이 사건 교회에 대한 헌금이 별다른 지적 없이 기부금 공제가 되어온 것으로 인하여 비과세관행이 형성된 것으로 오인하고 그 납세의 무를 다하지 못하였다는 사정만으로는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제의 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.