원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 원고소유의 수익용 기본재산인 원판시 토지를 1983.1.24.에서 1984.9.10.까지 사이에 양도한 사실과 위 토지의 양도당시의 실지거래가액은 확인되었으나, 그 토지의 취득당시의 실지거래가액은 확인되지 아니한 사실, 피고가 양도가액은 실지거래가액에 의하고 취득가액은 기준시가에 의하여 법인세특별부가세의 양도차익을 산출하고 원판시 특별부가세와 방위세의 부과처분을 한 사실을 확정하고 이 사건 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서는 소득세법시행령 제170조 제1항 단서의 규정이 적용되어야 하므로 피고가 그 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액은 실지거래가액으로 취득가액은 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하고 한 이 사건 부과처분은 적법한 것이라고 판시하고 있다.

그러나 법인세특별부가세의 양도차익계산방법을 규정한 법인세법 제59조의2 제3항 , 같은법시행령 제124조의2 제6항 의 해석적용에 있어서는 비록 그 거래유형이 소득세법시행령 제170조 제4항 제1 , 2호 의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 위 시행령 제170조 제1항 단서를 준용하거나 이를 유추 적용할 수 없다 는 것이 당원의 견해이다

( 대법원 1988.5.24.선고 88누1073 판결 ).

원심이 이 사건 법인세특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서 소득세법시행령 제170조 제1항 단서를 준용할 것이라 하여 위와 같이 판시한 것은 법인세특별부가세에 있어서의 양도차익산정에 관한 법리오해의 위법이 있다 할 것이므로 논지는 이유있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.