소득세법 제98조 (양도 또는 취득 시기)

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 그 배우자인 ○○○, 그 자녀인 ○○○, ○○○(이하 이들을 합쳐 '원고 등'라 한다)과 함께 2011. 2. 6. 소외 KKK에게 ○○시 ○○면 ○○리 산 32-3 외11필지 (이후 6필지로 합병됨, 이하 '이 사건 토지'라 한다)를 매매대금 ○,○○○,○○○,○○○원에 매도하기로 하는 매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결한 다음, 원고가 2013. 11. 27.경 피고에게 위 토지의 양도일을 2013. 9. 17.로 기재하여 양도소득세 ○○○,○○○,○○○원의 예정신고 및 납부를 하였다.

나. 피고는 2014. 5. 26.부터 2014. 6. 14.까지 양도소득세 실지조사를 하여 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 장기보유특별공제를 부인하고, 원고에게 양도소득세 ○○○,○○○,○○○원을 추가로 부과하겠다는 과세예고통지를 하였다. 원고는 이에 대하여 2014. 7. 23. 과세전적부심사를 청구하였으나 2014. 9. 5. 불채택결정을 받았고, 피고는 2014. 9. 12.경 원고에게 2013년 귀속 양도소득세 ○○○,○○○,○○○원을 고지・부과하였다.

다. 원고는 이 사건 토지의 양도시기는 2013. 9. 6.(원고가 예정신고서에 기재한 양도일은 2013. 9. 17.임에도 착오한 것으로 보인다)이 아니라 2014. 6. 24. 혹은 2014. 6. 26.로써 본건 양도소득세의 귀속연도는 2014년이 되어 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 이유로, 당초 신고・납부한 양도소득세 중 ○○,○○○,○○○원의 환급을 요구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 11. 3. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 중부지방국세청장에 대한 이의신청을 거쳐 2015. 8. 6. 국세청장에게 심판청구를 하였으나, 2015. 11. 9. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없음, 갑 1, 갑 23 내지 28, 갑 36, 을 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 2013. 9. 6. 매수인으로부터 수령한 ○○억 원에는 미지급잔금의 원금뿐만 아니라 이 사건 조정에 따른 지연이자 상당액이 포함되어 있어 위 일시에 대금청산이 완전히 이루어진 것으로 볼 수 없고, 미지급잔금이 금전소비대차로 전환된 2014. 6. 24.을 잔금청산일로 보거나 혹은 매수인 앞으로 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기가 경료된 2014. 6. 26.을 양도시기로 보아야 함에도, 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 인정사실

1) 원고 등이 2011. 2. 6. 소외 KKK에게 이 사건 토지를 매매대금 ○,○○○,○○○,○○○원에 매도하는 이 사건 매매계약을 체결한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고 등은 계약체결과 동시에 계약금 ○억 원을 KKK로부터 수령하였다.

2) 이 사건 매매계약의 특약사항으로 KKK는 이 사건 토지에 관한 개발행위허가 및 토지거래허가 후 1주일 이내에 원고 등에게 잔금을 지급하기로 약정하였는데, 개발행위허가 등이 지연되면서 당사자 간에 대금수수와 관련한 분쟁이 발생하였다.

3) KKK는 2011. 4. 15. 주식회사 JJJJJ(이하 'JJJJJ'라고만 한다)와 함께 원고의 배우자 ○○○에 대하여, 이 사건 토지에 대한 개발행위허가를 받은 후 JJJJJ가 계약금을 승계하고 인・허가와 개발 관련된 모든 비용은 JJJJJ가 처리하기로 하는 각서(갑 2)를 작성해 주었다.

4) 한편 이 사건 매매계약의 다른 특약사항으로 KKK가 지정하는 자의 명의로 이 사건 토지의 소유권이전등기를 해 주기로 하였는데, 이에 따라 JJJJJ가 그 명의로 개발행위허가신청을 하여 2012. 4. 18. ○○시로부터 공장설립승인을 받았고, 그 무렵 이 사건 토지는 토지거래허가구역에서 해제되었다.

5) 이에 원고 등은 KKK와 JJJJJ를 상대로 서울중앙지방법원에 2012가합41033호로 매매대금지급 청구소송을 제기하였고, 그 소송에서 2012. 9. 12. "피고들 및 ○○○(JJJJJ 대표이사)는 연대하여 원고 등에게 32억 원을 2012. 10. 31.까지 지급한다. 만약 이를 지체할 시에는 미지급금액에 대하여 2012. 11. 1.부터 다 갚는 까지 연 7.5%의 지연손해금을 가산하여 지급한다"는 내용의 조정(이하 '이 사건 조정'이라 한다)에 이르게 되었다.

6) 이후 KKK와 JJJJJ 등이 위 조정에 따른 금전지급의무를 지체하자 원고 등은 KKK 및 JJJJJ와 사이에 이 사건 토지를 금융기관에 담보로 제공하고 대출을 받아 잔금과 이자를 정산하기로 합의(이하 '이 사건 합의'라 한다)하고 2013. 8. 28. 그러한 내용으로 각서를 작성하여 사서증서의 인증을 받았다. 당시 JJJJJ 등이 원고 등을 상대로 동일자로 별도 작성한 담보제공요청서(갑 13)에 의하면 매수인이 지급해야 할 잔금의 액수를 ○,○○○,○○○,○○○원으로 기재하였다.

7) 원고 등은 위와 같은 합의에 따라 이 사건 토지를 농협은행 주식회사 화성시지부에 담보로 제공하고, 2013. 9. 6. 채권최고액 ○,○○○,000,000원, 채무자 소외 BBB과 CCC, 근저당권자 농협은행 주식회사로 하는 근저당권설정등기가 경료되었다. 같은날 KKK는 이 사건 토지의 매수인 지위를 포기하고 JJJJJ에 이를 모두 이전한다는 내용의 확인서를, JJJJJ는 단독 매수인으로서 원고 등에게 책임을 진다는 내용의 확인서를 각 작성하여 원고 등에게 교부하였다. JJJJJ는 위와 같은 원고측의 담보제공을 통해 농협은행으로부터 대출받은 금원으로 2013. 9. 6. 원고에게 32억원을 지급하였다.

8) 원고는 자녀 ○○○의 명의로 2013. 9. 24.경 JJJJJ에게, '귀사에서는 현재까지 토지매매 잔금을 본인에게 완불하지 않은 상태이므로 계약시 동의한 전입로 토목공사 이외의 공사는 본인과 합의없이는 일체 할 수 없음을 알려드리고, 위 공사 이외의 공사를 하고 있다면 즉시 중지하고 원상복구하시기 바랍니다'라는 취지의 내용증명우편을 보냈다. 원고는 ○○○ 명의로 2013. 10. 2.경 뒤에서 보는 지불각서에 연대보증인으로 날인한 BBB을 상대로도 같은 취지의 내용증명우편을 보낸 바 있다.

9) 원고는 2013. 11.경 ○○서부경찰서에, 이 사건 조정성립 이후에 JJJJJ가 의무를 이행하지 아니하여 잔금지급을 독촉하고 있던 중에 ○○건설 주식회사가 원고 토지를 무단으로 점유하여 불법공사를 진행하고 있다는 이유로 재물손괴죄 등으로 JJJJJ 등을 처벌해 달라는 취지의 고소장을 작성하여 제출하였다.

10) 원고 등은 2014. 6. 24.자로 JJJJJ와 사이에, 이 사건 토지에 관하여 원고 등이 JJJJJ에게 소유권이전등기를 해 주고 JJJJJ는 위 토지를 담보로 추가대출을 받아 원고 등에게 잔금 2억 6,000만 원을 지급하기로 하는 내용의 약정서(갑18)를 작성하였고, 이에 따라 원고 등은 2014. 6. 26. 이 사건 토지에 관한 기존의 근저당권설정등기를 말소하고 JJJJJ 앞으로 소유권이전등기를 해 주었다. 이후 JJJJJ는 2014. 6. 26. 원고 등에게 위 약정서에 따른 금액 중 2억 원을 지급하였다.

11) 원고는 2014. 8. 28.자로 JJJJJ 및 BBB과 사이에 JJJJJ 등이 2014. 11. 30.까지 원고의 자녀 ○○○에게 6,000만 원을 지급하기로 하는 내용의 지불각서(갑 22의 1)를 작성하였고, 2014. 12. 1.자로 JJJJJ와 사이에 위 6,000만 원의 지급기일을 2015. 1. 31.까지로 연장하는 내용의 지불각서(갑 22의 2)를 다시 작성하다

[인정근거] 앞서 든 증거에 더하여 갑 2 내지 22, 갑 29 내지 35(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 MMM의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리

비용, 이자, 원본에 대한 변제충당에 있어서는 민법 제479조에 그 충당 순서가 법정되어 있고 지정변제충당에 관한 같은 법 제476조는 준용되지 않으므로 당사자 사이에 특별한 합의가 없는 한 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 할 것이며, 채무자는 물론 채권자라고 할지라도 위 법정 순서와 다르게 일방적으로 충당의 순서를 지정할 수는 없다(대법원 2002. 1. 11. 선고 2001다60767 판결 등 참조).

한편 소득세법 제98조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 고 규정하고, 그 위임에 따라 소득세법 시행령 제162조 제1항은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 고 하면서 각 호에서 당해 자산의 대금을 청산한 날로 보지 아니하는 경우를 별도로 규정하고 있는바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석・적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정인데(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 등 참조), 이러한 규정의 입법 취지와 소득세법 제88조 제1항, 소득세법 시행령 제162조 제1항의 문언과 취지 등을 종합하여 보면, 부동산의 매매 등으로 대금이 모두 지급된 경우뿐만 아니라 사회통념상 대가적 급부가 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 경우에도 양도소득세의 과세요건을 충족하는 부동산의 양도가 있다고 봄이 타당하다고 할 것이나, 대가적 급부가 사회통념상 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이르는지 여부는 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등에 비추어 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두2037 판결 등 참조).

2) 다툼의 실익

이 사건 매매계약의 매수인 지위를 승계한 JJJJJ가 2012. 4. 18. ○○시로부터 이 사건 토지에 관하여 공장설립 승인을 받은 사실은 앞서 본 바와 같은바, 별지관계 법령에서 보는 바와 같이 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제13조의2 제1항 제1호, 농지법 제34조 제1항, 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 및 제168조의8 제3항 제4호에 의하면, 이 사건 토지의 양도시기를 2013. 9.로 볼 경우 공장설립 승인일로부터 양도일까지 2년이 되지 아니하여 장기보유특별공제가 적용될 여지가 없는 반면, 양도시기를 2014. 6.로 볼 경우 공장설립 승인일로부터 양도일까지 2년이 도과하여 장기보유특별공제를 적용받을 수 있게 되는바, 결국 이 사건 토지의 양도시기를 언제로 볼 것인가의 실익은 장기보유특별공제의 적용 여부에 있다.

3) 이 사건의 경우

먼저 위에서 본 법리에 따라 원고와 JJJJJ 사이에 2013. 9. 6. 32억 원을 수수할 당시 원금 우선 충당에 관한 명시적, 묵시적 합의가 있었는지에 관하여 보면, 앞서 인정한 사실관계에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 매수인 측인 JJJJJ의 실질적인 사주인 HHH가 원고에게 32억 원을 지급하면서 위 돈을 지연손해금보다 원금에 먼저 충당한다는 합의를 한 적이 없다고 명시적으로 증언하고 있는 점, ② 원고가 2013. 9. 6. 이후에도 JJJJJ 등에게 잔금 미지급을 이유로 공사중단 등을 요청하는 내용증명을 보내거나 그와 관련한 형사고소장을 제출하였던 점, ③ JJJJJ는 2014. 6. 24.자로 원고 측과 사이에 그 때까지의 미지급 잔금 2억 6,000만 원에 관하여 이 사건 토지를 담보로 추가대출을 받아 변제하기로 하고 사서증서의 인증을 거친 준소비대차약정을 체결한 다음 원고가 2억 원을 추가로 수령하였던 점, ④ 특히 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기가 위와 같이 2억 원이 지급된 2014. 6. 26에서야 이루어진 점, ⑤ 이후에도 원고와 JJJJJ 사이에 미지급 잔금 6,000만 원의 지급을 약속하는 지불각서가 작성된 점 등을 종합해 보면, 을 1, 4의 각 기재 등만으로는 JJJJJ가 2013. 9. 6. 원고에게 변제한 32억 원에 관하여 당사자 사이에 원금에 충당하기로 하는 명시적 혹은 묵시적 합의가 있었다고 인정하기는 어렵다.

특히 HHH의 증언에 의하면, JJJJJ는 창업 후 일정한 기한 내에 부동산을 취득할 경우 취득세 면제 등의 혜택을 누릴 수 있었음에도 2013년도에 소유권이전등기를 경료하지 못하여 상당한 금전적 손실을 입게 되었다는 것인데, JJJJJ 측에서 이 사건 조정 이후에 약 1년 간 원고 등에 대한 잔금지급 의무를 제대로 이행하지 못하고 있던 터에 급기야는 매도인 측인 원고 등 소유의 이 사건 토지를 담보로 금융기관에서 대출을 받아서까지 2013. 9. 6.에 잔금 전액도 아닌 32억 원을 지급할 수밖에 없었던 사정 등에 비추어 보면, JJJJJ 측에서 원고 등에게 위 32억 원을 지연손해금보다 원금에 먼저 충당하겠다는 제안이나 합의를 할 수 없었고, 그 소유권이전등기도 2013. 9.이 아닌 2억 원을 추가로 지급한 2014. 6.에 이르러서야 경료받게 되었다는 취지의 HHH 증언은 그 신빙성이 충분히 인정된다.

이에 대하여 피고의 주장과 같이, 원고가 위와 같이 32억 원을 받은 후 2013. 11. 27. 피고에게 2013. 9. 6.을 양도일로 하여 양도소득세 신고를 하였다거나(다만 원고가 실제로는 '2013. 9. 17.'을 양도일로 기재한 사실은 앞서 본 바와 같다) 원고가 세무조사 과정과 과세전적부심사 및 심사청구 단계에서는 양도시기에 관하여 다투지 않았다는 등의 사정만으로는 위와 같은 판단을 달리할 만한 근거는 되지 못한다.

다음으로 JJJJJ가 2013. 9. 6. 원고에게 32억 원을 지급함으로써 사회통념상 대가적 급부가 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 경우라고 보아 위 일자를 잔금청산일로 볼 수 있는지에 관하여 본다. 앞서 든 증거들에 의하면 JJJJJ가 이사건 조정에 따라 2013. 9. 6.을 기준으로 원고 등에게 지급하여야 할 금액을 계산해보면 3,203,178,082원[=원금 32억 원＋지연손해금 203,178,082원(32억 원×7.5% ×309일)]이 됨이 명백하고, 원고가 위 일자에 실제로 변제받은 금원은 32억 원에 불과하므로 앞서 본 법정변제충당의 원칙에 따라 위 32억 원을 그때까지의 지연손해금203,178,082원에 먼저 충당하고 나머지 2,996,821,918원(=32억 원—203,178,082원)을원금에 충당하면 매매대금 원금 잔액은 203,178,082원(=32억 원—2,996,821,918원)이남게 된다. 그러나 앞서 본 법리에 비추어 보면 위 금액은 전체 매매대금 38억 원의5.3%에 해당하는 액수로서 거래 관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로적은 금액이라고 보기 어렵고, 앞서 인정한 사실관계에서 본 바와 같은 위 잔금이 남게 된 경위와 그 이후의 추가 잔금 지급 과정, 미지급된 잔금의 액수 등에 비추어 볼때 JJJJJ 측이 2013. 9. 6. 지급한 32억 원으로서 사회통념상 매매대금이 거의 전부 지급된 상태라고 할 수 없어 2013. 9. 6.을 잔금청산일로 보기도 어렵다.

따라서 이 사건 토지의 양도시기는 원고가 잔금 일부인 32억 원을 수령한 2013. 9. 6.이 아니라, 앞서 본 바와 같이 원고 등과 JJJJJ 사이에 이 사건 토지에 관한 잔금과 관련하여 원고 등이 JJJJJ에게 위 토지의 소유권이전등기를 해 주고 JJJJJ는 이를 담보로 추가 대출을 받아 원고 등에게 잔금을 지급하기로 하는 내용의 약정을 체결한 날짜, 즉 준소비대차 약정일인 2014. 6. 24.[국세청의 소득세법 기본통칙(98-162…1, 잔금청산일이 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일과 다른 경우 양도 또는 취득의 시기)에 의하면 매매계약서 등에 기재된 잔금을 소비대차로 변경한 경우는 소비대차로의 변경일을 잔금청산일로 한다(제2항)고 규정하고 있다] 혹은 소득세법 제98조 및 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기 접수일인 2014. 6. 26.로 봄이 타당하다.

마. 소결론

이 사건 토지의 양도시기는 2014. 6. 24. 혹은 2014. 6. 26.로 보는 것이 정당하고, 이와 달리 2013. 9. 6.을 잔금청산일로 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법한데, 과세처분에서 정한 양도소득세의 귀속연도, 즉 자산의 양도시기가 속하는 연도가 실제와다르게 되어 당해 과세처분이 위법한 것으로 판단될 경우에는 당해 처분 전부를 취소해야 하므로(대법원 2005. 5. 13. 선고 2004두6914 판결 등 참조), 결국 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

3. 결 론

원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.