분, 2012. 1. 18. 부가가치세 3,291,034,366원에 대한 경정거부처분을 각 취소한다.

가. 원고는 자신의 비용으로 〇〇〇〇〇진흥원 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 건축하고, 공유재산 및 물품관리법 제27조에 따라 재단법인 〇〇〇〇〇진흥원(이하 '이 사건 재단'이라 한다)에 이 사건 건물의 관리를 위탁하였다.

나. 원고는 무상임대의 경우 관련 매입세액이 공제되지 않는 것으로 보아 이 사건 건물 신축비용을 매입세액으로 공제하지 않은 채 2008년 제1기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세를 신고・납부하였다.

다. 이후 원고는 지방자치단체의 부동산임대업이 부가가치세의 과세사업이므로 관련 매입세액이 공제된다고 보고, 2011. 7. 25. 피고에게 2008년 제1기 부가가치세와 관련하여 매입세액 746,141,727원을 공제하여 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2011. 10. 21. 위 매입세액은 공익목적으로 발생한 것일 뿐 부동산임대업과는 연관이 없다는 사유로 원고의 경정청구를 거부하였다,

라. 원고는 다시 2011. 10. 25. 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세와 관련하여 이 사건 건물 신축에 든 매입세액 3,291,034,366원을 공제하는 것으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2012. 1. 18. 이 사건 건물의 임대는 피고의 고유목적사업인 만화도시화 사업을 위한 것으로서 과세사업인 부동산임대업으로 분류되지 않는다는 이유로 부가가치세 경정을 거부하였다(이하 2011. 1. 21.자 부가가치세 경정거부처분과 2012. 1. 18.자 부가가치세 경정거부처분을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 조세법률주의 위반

다음과 같은 이유로 원고가 이 사건 재단에 이 사건 건물의 관리를 위탁한 것은 원고가 부가가치법상 사업자로서 용역을 제공한 것으로 이 사건 건물에 관한 매입세액을 공제하여야 한다.

① 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제18호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24441호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제3호는 지방자치단체의 부동산임대업을 부가가치세 과세사업으로 정하고 있을 뿐 그 목적의 공익・사익 여부나 유・무상 여부에 따라 과세대상을 나누고 있지 않으며, 원고는 다수의 부동산을 계속적・반복적으로 제3 자에게 유상 또는 무상으로 임대하고 있으므로 원고는 부가가치세법상 사업자에 해당한다.

② 원고가 이 사건 건물의 관리를 위탁함으로써 이 사건 재단은 행정재산의 사용・수익허가를 받은 것으로 의제되는데, 그 실질은 원고가 이 사건 재단에 이 사건 건물을 무상임대한 것이다.

③ 이 사건 재단은 원고만이 아닌 한국 전체의 만화산업진흥을 목적으로 하고 중 앙행정기관 등의 예산지원도 받고 있으므로 이 사건 건물이 부동산임대업이 아닌 원고의 고유목적사업에 이용되고 있다고 볼 수는 없다.

④ 용역의 무상공급은 과세표준을 산정하는 것이 용이하지 않아 과세대상에서 제외되나, 그에 대한 매입세액은 면세의 경우와는 달리 당연히 공제되어야 한다.

2) 조세평등주의 위반 - 민간 부분과의 형평성

피고는 특정회사가 자신이 지배주주인 자회사에 소유건물을 무상으로 빌려주는 경우에는 회사의 사업자등록상 부동산임대업이 등록되어 있다면 당해 건물의 취득과 관련하여 부담한 매입세액을 공제하여 주고 있다.

3) 예비적 주장

원고가 고유목적사업의 수행을 위하여 이 사건 건물 일부를 스스로 사용하고 있는 것이라면, 나머지 부분의 임대 또는 대관사업 역시 원고가 주체가 된다고 보아야 하므로, 이 부분에 관련된 매입세액 2,963,287,252원(= 4,037,176,093원 × 전체 면적의 73.4%)이 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 원고는 2006년경 〇〇〇〇〇진흥원 설치 및 운영 조례에 따라 한국만화문화의 창달과 만화산업의 진흥을 위하여 한국만화계와 함께 이 사건 재단을 설립하였다. 2) 원고는 만화산업을 지원하기 위하여 원고의 비용으로 이 사건 건물을 신축하였고, 이 사건 건물은 지하 2층(주차장, 기계실, 전기실, 근린생활시설), 지상 5층(일반업 무시설), 연면적 15,421.06㎡의 사무동 건물과 지하1층(공조실, 수장고), 지상 4층(상영관, 도서관, 전시장 등), 연면적 8,341.79㎡의 전시동 건물로 구성되어 있다.

3) 부천시장(이하 '갑'이라 한다)과 이 사건 재단 이사장(이하 '을'이라 한다)은 2009. 8.경 다음과 같은 내용의 한국만화영상진흥원 운영・관리 위탁 협약을 하였다. 제1조(목적) 본 협약은 〇〇〇〇〇 만화산업 진흥을 위하여 설립한 이 사건 재단 운영・관리를 효율적으로 수행하는 데 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제2조(위탁의 범위)

① 갑이 을에게 위탁하는 업무는 다음 각 호와 같다.

1. 이 사건 재단(만화규장각・만화비지니스센터) 운영 및 관리

2. 부천만화창작스튜디오 운영 및 관리

3. 국제만화가대회 사무국 운영

4. 부천국제만화축제 개최(...) 11. 그 밖의 만화산업 진흥을 위하여 갑이 위탁하는 사업제3조(위탁기간) 본 협약은 2009. 8. 1.부터 효력이 발생되며 갑과 을의 쌍방간 해약의 의사표시가 없을 때에는 계속하여 유효한 것으로 본다.

제4조(사업비) 갑은 〇〇〇〇〇 운영 및 설치조례 제9조에 따라 위탁사업에 필요한 경비를 예산에 편성하여 을에게 지원하여야 한다.

4) 한편, 원고는 부동산임대업의 사업자등록을 하였고, 한국부품소재산업진흥원, 전자부품연구원에 부천시 삼정동 36-1 부천테크노파크 301동을 대부료를 받고 사용허가를 하여 주는 등 행정재산을 유・무상으로 임대하고 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제5호증의 1, 갑 제10호증, 갑 제11호증의 1, 갑 제13호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 처분사유의 추가 피고는 이 사건 소송에서 원고가 이 사건 건물을 무상으로 임대하였으므로 이에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다는 점을 처분사유로 추가하였다.

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사・확인할 의무가 있다. 그러므로 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적・절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이고, 경정청구가 이유 없다고 내세우는 개개의 거부처분사유는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는 것이 아니라고 주장하는공격방어방법에 불과한 것이다. 따라서 과세관청은 당초 내세웠던 거부처분사유 이외의 사유도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조). 2) 이 사건 건물의 위탁이 부가가치세법상 과세의 대상이 되는 사업인지 여부 구 부가가치세법 제12조 제1항 제18호, 같은 법 시행령 제38조 제3호에 의하면 지방자치단체가 부동산임대를 하는 경우 부가가치법상 과세대상이 되는 사업이라 할 것이다. 그런데 원고가 이 사건 재단에 이 사건 건물을 무상으로 사용・수익하게 하였음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 위와 같이 원고가 이 사건 재단에 이 사건 건물의 관리를 위탁함으로써 무상으로 사용・수익하도록 하는 경우에도 부가가치세법상 과세대상이 되는 사업인지 여부에 관하여 본다. 부가가치세법에서 '사업성' 또는 '비과세사업'에 대하여 직접 규정하고 있지는 않지만, 무상의 용역공급은 구 부가가치세법 제7조 제3항에 의하여 구 부가가치세법 제1 조의 과세대상인 용역의 공급에서 제외되므로, 무상의 용역을 공급하는 자를 구 부가가치세법 제2조 제1항 제1호의 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 '제1조에 따른 용역'을 공급하는 자에 해당한다고 볼 수 없는 점, 이와 달리 용역을 무상으로 공급하는 경우에도 부가가치세법상 사업성을 인정한다면 부가가치세법이 비과세대상으로 명시하고 있는 경우에도 제20조 제3항에 의한 교부받은 세금계산서의 제출의무, 제34조에 의한 대리납부의무 등을 부담하게 될 우려가 있는 점 등에 비추어 볼 때 비과세대상인 용역의 무상공급은 부가가치세법상 사업성이 인정되지 아니한다고 봄이 상당하다(이하 편의상 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것을 '부가가치세 비과세사업'이라 한다).

3) 매입세액 공제 가부에 관하여

다음으로 이 사건 건물의 무상임대와 같이 부가가치세 비과세사업의 경우에 매입세액을 공제하여 하는지에 대하여 본다.

① 구 부가가치세법 제17조 제1항 및 제2항 제6호는 자기사업을 위하여 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하되, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

위 규정의 내용・취지에 비추어 보면, 부가가치세법은 부가가치의 계산을 총매 출액에서 타기업으로부터 구입한 중간재 및 매입액을 공제하여 과세하는 이른바 소비형 부가가치세제를 채택하고, 과세방법으로 각 거래단계에서 창출한 부가가치를 전단 계매입세액을 공제하는 방식을 채택하고 있다고 할 것인데, 구 부가가치세법 제17조 제1항에 의하여 공제되는 매입세액은 사업자가 '자기의 사업'을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액이고, 여기서 말하는 사업은 부가가치세법상 사업, 즉 과세사업을 의미하므로, 이러한 방식 하에서는 부가가치세의 대상은 과세사업이어야 할 것이고, 용역의 무상공급은 비과세거래로서 비과세사업자 스스로 소비하였거나 제3자(용역의 무상공급을 받은 자)로 하여금 소비하게 한 것에 해당하므로 매입세액공제는 할 수 없다고 봄이 타당한 점, ② 부가가치세 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 아무런 차이가 없는 점(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 등 참조), ③ 구 부가가치세법 제13조 제1항 제3호는 재화의 무상공급의 경우 자기가 공급한 재화의 시가를 합한 과세표준을 기준으로 하여 매출세액을 산정하고 있는바, 용역의 무상공급을 과세대상에서 제외함과 동시에 매출세액에서 무상으로 용역을 공급하기 위하여 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액까지 공제된다고 해석하면 재화의 무상공급의 경우와 과세 형평에 반하는 점, ④ 2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정된 부가가치세법 제17조 제2항 제6호가 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 매출세액으로 규정하였다고 하여 곧바로 개정 전에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 단정할 수는 없고, 오히려 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액의 공제 여부에 관한 해석상의 불명확성을 제거하기 위하여 위와 같이 개정하였다고 보이는 점 등을 종합하면, 부가가치세의 과세대상이 되지 아니하는 이 사건 건물의 임대에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다고 봄이 상당하다.

4) 조세평등주의 위반 여부에 관하여 조세평등주의는 조세의 부과와 징수가 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적인 이유 없이 특정 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이고, 위법한 행정처분이 수차례에 걸쳐 반복적으로 행하여졌다 하더라도 그러한 처분이 위법한 것인 때에는 행정청에 대하여 자기구속력을 갖게 된다고 할 수 없다(대법원 2009. 6. 25. 선고 2008두13132 판결 참조).

원고의 주장과 같이 피고가 민간사업자에 대하여는 무상의 용역공급에 관련된 매입세액을 공제하여 준 바가 있다 하더라도 이러한 사정만으로 피고가 원고에 대하여 이 사건 건물 임대와 관련된 매입세액 공제여부를 판단할 때에도 그러한 기준을 따라

야 할 의무가 있다거나 구체적인 사안에 따라 매입세액 공제 여부를 달리한 것이 조세평등주의의 원칙에 반한다고 할 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

5) 예비적 주장에 관하여 원고가 이 사건 건물을 이 사건 재단에 무상으로 사용・수익하게 하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 고유목적사업의 수행을 위하여 이 사건 건물 일부를 스스로 사용하고 있음을 전제로 한 예비적 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.