2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 3. 8.부터 금지금(金地金; 이 사건에서는 '금괴・골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1000분의 995 이상인 금'을 일컫는다) 도매업 등을 영위하여 온 법인사업자인데, 주식회사 골든XX 등 5개의 금지금 도매업체에서 금지금을 매입하고 수취하였다면서 합계 19,241,712,000원 상당의 매입세금계산서들(이하 통틀어 '이 사건 세금계산서'라고 하고, 이 사건 세금계산서에 기재된 거래를 통틀어 '이 사건 거래'라 한다)을 피고에게 제출하고, 같은 금액을 매입세액으로 공제하여 2004년 제1기분 2005 년 제1기분, 2006년 제1기분 및 제2기분 각 부가가치세를 신고하였다.

나. 서울지방국세청장은 원고에 대하여 세무조사를 실시하고 이 사건 세금계산서를 '사실과 다른 세금계산서'로 보아 피고에게 통보하였고, 피고는 이에 따라 2010. 2. 9. 원고에 대하여 이 사건 세금계산서 기재 금액의 매입세액 공제를 부인하고 2004년 제 1기분 부가가치세 2.324.603.040원 2005년 제1기분 부가가치세 624,299,530원, 2006년 제1기분 부가가치세 171,367,900원, 2006년 제2기분 부가가치세 250,230,160원을 부과하는 처분(이하 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2010. 10. 15. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(모두 가지번호 포함, 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고는 이 사건 거래는 모두 실제 이루어진 거래로서 그 대금도 거래처계좌로 입금하여 모두 지급하였으므로, 이 사건 세금계산서가 사실이 아님을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고는, 원고의 매입가격이 국제시세 및 국내시세보다 항상 낮았던 점에 비추어 보면 원고의 이 사건 거래는 사실이 아니라고 할 것이고, 그렇지 않다 하더라도 원고가 이 사건 거래의 전단계에 부정거래가 있었음을 알고 있었던 것으로는 보아야 할 것인데, 이는 결국 원고가 자신의 이익을 도모하고자 부정거래에 참여하여 매입세액 공제 ・ 환급을 받음으로써 부정거래에서 연유하는 이익을 취한 것이어서 신의 성설의 원칙에 위배되므로 원고에 대하여 매입세액공제를 적용하지 아니할 수 있다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다

다. 판단

(1) 부가가치세법 제l조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 '재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다'고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용 ・ 소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고(대법원 1985. 9. 24 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급 관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적 구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4.14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

(2) 앞서 든 증거 및 을 제2, 3, 5호증의 기재에 의하면, 이 사건 거래의 목적물인 금지금은 모두 수입업체에 의하여 외국으로부터 수입되어 수출용 면세금으로 유통되던 중 과세금으로 전환 ・ 유통되어 이 사건 거래에 이르게 된 사실, 수입업체로부터 원고 에 이르기까지 여러 단계의 도매업체들을 거치는데 그 중에 면세금인 이 사건 거래의 금지금을 과세금으로 전환시킨 도매업체들(이하 '폭탄업체'라 한다)이 존재하는 사실 폭탄업체들은 자신들이 매입한 금지금을 매입가액보다 낮은 공급가액(다만 여기에 부가가치세액을 더한 액수, 즉 공급대가는 매입가액보다 높다)에 매출한 후 단기간(통상 1개월 이내)에 폐업하여 부가가치세 납부의무를 이행하지 아니하고, 폭탄업체에 의하여 과세금으로 전환된 금지금은 통상 여러 단계의 유통과정을 거쳐 결국 수입가액보다 낮은 가액으로 수출되는 실정인 사실, 이 사건 거래의 목적물인 금지금의 매입 및 매출 단가는 국제시세나 국내시세에 비하여 낮았던 사실을 인정할 수 있기는 하다.

(3) 그러나 앞서 본 법리에 비추어 볼 때와 위와 같은 정도의 사정만으로는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되었다고 보기 부족하고 달리 증거가 없으며, 오히려 갑 제3부터 11호증의 기재에 의하면 원고가 실제로 이 사건 세금계산서 기재와 같이 금지금을 매입하고 그 대금을 결제한 사실을 인정할 수 있다. 따라서, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(4) 또한 앞서 든 증거에 갑 제13호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 사정들, 즉 원고는 수출업자가 아니므로 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제 ・ 환급받을 수 있는 사업자가 아닌 점, 원고 대표이사인 장AA은 원고를 설립하기 전에도 20여년간 금세공과 관련된 일을 해 온 사람인 점, 원고는 2004. 1. 1.부터 2006. 12. 31.까지의 기간 금지금 도매업체들로부터 합계 764억 7,800만 원 가량의 세금계산서를 수취하였는데 그 중 이 사건 세금계산서 합계 192억 5,400만 원 가량에 대하여만 사실과 다른 매입세금계산서로 지목받은 점, 폭탄업체들에서 원고에 이르는 중간 단계의 순차 거래 당사자 중 하나인 주식회사 □□트러스트도 피고가 매입세액 공제를 부인하고 부가가치세 부과처분을 한 데 대하여 취소소송을 제기 하여 승소판결(서울고등법원 2007누22445 판결)을 받고 확정된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서에 기초한 매입세액의 공제가 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수도 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있어 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고가 부담하게 한다.