2. 제1심 판결 중 제1항 기재 세무조사결정처분의 2010년 법인세 부분에 관한 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

3. 피고의 나머지 항소 및 원고의 나머지 부대항소를 각 기각한다.

4. 소송총비용 중 80%는 피고가, 나머지는 원고가 각 부담한다.

피고가 2012. 3. 21. 원고에게 한 세무조사결정처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

3. 부대항소취지

제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 관한 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2012. 3. 21. 원고에게 한 세무조사결정처분 중 부가가치세 부분을 취소한다.

제1심 판결은 피고가 2012. 3. 21. 원고에게 한 세무조사결정처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다) 중 법인세 부분을 취소하고, 나머지 부분은 소를 각하하였다. 이에 대하여 피고는 피고 패소 부분, 즉 이 사건 처분 중 법인세 부분에 대하여 항소하였고, 원고는 원고 패소 부분 중 일부, 즉 이 사건 처분 중 부가가치세 부분에 대하여 부대항소하였다. 결국 이 법원의 심판 범위는 이 사건 처분 중 법인세와 부가가치세 부분이다.

2. 처분의 경위

가. 제1차 세무조사(이하 아래 세무조사를 '제1차 세무조사'라 한다)

1) 대전지방국세청장은 2010. 2. 25. 원고에게 다음과 같은 세무조사결정처분을 하였다.

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2) 대전지방국세청장은 2010. 4. 15. 원고에게 다음과 같은 '조사범위 및 유형전 환' 봉지를 하였다.

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3) 대전지방국세청장 소속 조사제2국 제1과는 세무조사를 실시하고, 다음과 같은 내역의 법인세 항목을 적출하였다. 당시 부가가치세 부분은 조사 결과 혐의를 발견하지 못하여 적출 항목이 없었다.

(단위: 원)

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나. 제2차 세무조사(이하 아래 세무조사를 '제2차 세무조사'라 한다)

1) 피고는 2011. 7. 6. 원고에게 다음과 같은 세무조사결정처분을 하였다.

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2) 피고 소속 조사제2국은 세무조사를 실시하고, 다음과 같은 내역의 법인세 항목을 적출하였다. (단위: 백만 원)

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다. 이 사건 처분1) 피고는 2012. 3. 21. 원고에게 다음과 같은 이 사건 처분을 하였다. 이에 대하여 원고는 2012. 5. 4. 심판청구를 제기하였으나, 2012. 11. 28. 조세심판원으로부터 각하결정을 받았다.

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2) 피고 소속 국제거래조사국은 세무조사를 실시하고, 아래와 같은 내역의 법인세 및 부가가치세 항목을 적출하였다. (단위: 백만 원)

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(단위: 백만 원)

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할 공동경비)으로 보아 매입세액 불공제

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 8, 14호증, 을 제2, 18, 19, 20호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

3. 이 사건 소의 적법 여부

가. 피고의 주장

이 사건 처분에 따른 세무조사가 완료되었으므로, 이 사건 소는 부적법하다.

나. 판단

행정처분의 집행이 완료되어 원상회복이 불가능하다고 보이는 경우라 하더라도, 동일한 소송 당사자 사이에서 그 행정처분과 동일한 사유로 위법한 처분이 반복될 위험성이 있어 행정처분의 위법성 확인 내지 불분명한 법률문제에 대한 해명이 필요하다고 판단되는 경우 등에는 행정의 적법성 확보와 그에 대한 사법통제, 국민의 권리구제의 확대 등의 측면에서 여전히 그 처분의 취소를 구할 이익이 있다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두13203 판결 등 참조), 세무조사기간이 도과하였다는 이유만으로 세무조사결정의 위법성을 다투는 소의 이익이 없다고 한다면 조사기관이 재차 동일한 사유로 세무조사결정을 할 가능성도 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 세무조사기간이 도과하였더라도 세무조사결정의 위법성을 판단하는 것이 분쟁 해결의 올바른 방안이다. 또한 종전의 세무조사와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 중복하여 실시된 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하므로(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 등 참조), 이를 다툴 이익이 있는데, 부과제척기간이 경과하기 전에는 과세관청이 세무조사 결과를 활용하여 과세처분을 할 가능성이 열려 있다. 따라서, 2009년 및 2010년 귀속 법인세나 부가가치세의 부과제척기간이 경과하지 않은 이상 이 사건 처분 중 법인세와 부가가치세 부분의 위법성을 다툴 소의 이익이 있다고 본다.

피고의 위 주장은 이유 없다.

4. 이 사건 처분 중 법인세와 부가가치세 부분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

원고는 이 사건 처분이 제1, 2차 세무조사와 중복된 세무조사에 해당하여 위법하다고 주장한다. 이에 대하여 피고는 이 사건 처분은 제1, 2차 세무조사와 그 조사대상이 달라 위법한 중복조사라고 할 수 없고, 설사 중복조사라고 하더라도 예외적 허용 사유인 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항 제1, 2, 3, 5호에 해당한다고 주장한다(그 중 제5호에 관한 주장은 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 소정의 "각종 과세자료의 처리를 위한 재조사"에 해당한다는 취지이다).

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 처분 중 2009년 법인세 및 부가가치세 부분

가) 제1차 세무조사의 실질

앞서 본 바와 같이 대전지방국세청장과 피고는 제1, 2차 세무조사에서 "법인세 부분조사"를 표방하였다. 이때 "부분조사"라 함은 '특정 항목 부분 또는 거래 일부의 적정 여부를 검증하는 세무조사'를 의미하는 것으로 '조사대상 과세기간의 신고사항에 대한 적정여부를 전반적으로 검증'하는 "전부조사"와 대비되는 개념이다(조사사 무처리규정(2010. 12. 31. 국세청훈령 제1877호, 이하 같다) 제3조 제26호, 제27호). 먼저 위 인정사실에 의하면 제1차 세무조사 당시 2009년 부가가치세에 관하여는 부분조사가 아닌 전부조사를 하였음이 분명하다.

다음으로 제1차 세무조사 당시 2009년 법인세에 관하여는 조사범위 및 유형 전환 통지를 통하여 부분조사임을 표방하였으나, 위 인정사실 및 갑 제10 내지 13, 16 내지 18호증, 을 제9 내지 13호증의 각 기재, 제1심 증인 F의 증언과 변론의 전취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 제1차 세무조사 당시 대전지방국세청장은 2009년 법인세에 관하여 실질적으로 전부조사를 하였다고 봄이 타당하고, 달리 이것이 실질적으로 부분조사라는 점을 인정할 증거가 없다.

① 제1차 세무조사 결정처분 당시 2009년 귀속분에 관하여 부가가치세만 조사대상일 뿐 법인세는 조사대상 세목이 아니었음에도, 대전지방국세청장은 부가가치세와 무관하지만 법인세와는 관련된 자료들을 요구하여 제출받았다.

② 위와 같이 요구한 자료 범위도 2009년 법인세와 관련하여 광범위한 항목을 조사할 수 있을 정도였고, 당초 통합조사 대상으로 명기한 2007년 및 2008년 부분과도 큰 차이가 없었다.

③ 2010. 4. 15. 2009년 법인세 부분조사로 세무조사 범위를 확대한다는 내용의 조사범 위 및 유형전환 통지를 하였으나, 그 이전에 이미 2009년 법인세와 관련한 광범위한 자료를 요구하여 제출받았고 위 통지 이후에 요구한 자료는 미미한 것으로 보아 세무조사 범위 확대 이전에 2009년 법인세 부분도 2007년 및 2008년 부분과 같이 조사하여 그 결과를 토대로 형식적 · 사후적으로 위 통지를 한 것으로 보인다.

나) 중복조사 해당 여부

제1차 세무조사는 2009년 법인세 및 부가가치세에 관하여 전부 조사라고 할 것이므로, 같은 세목과 같은 과세기간에 대한 전부조사인 이 사건 처분 중 2009년 법인세 및 부가가치세 부분은, 제2차 세무조사와의 중복 여부를 나아가 살필 필요 없이, 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 중복조사에 해당한다.

다) 예외적 허용 사유 해당 여부

먼저 앞서 든 각 증거 및 갑 제24호증, 을 제1호증의 각 기재와 변론의 전취지에 의하면, 피고는 이 사건 처분 당시 제1, 2차 세무조사가 있었다는 사실을 알고 있으면서도 이 사건 처분이 중복조사에 해당하지 않는다고 판단한 것이지, 중복조사이기는 하나 국세기본법 제81조의4 제2항 각 호의 예외적 허용 사유가 있다는 인식을 하고 있었던 것은 아니라고 인정된다. 나아가 개별적으로 살핀다.

(1) 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는지 여부(제1호) 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 '조세탈 루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결 등 참조).

앞서 든 각 증거 및 을 제21, 23 내지 26호증의 각 기재와 변론의 전취지에 의하여 인정되는 바와 같이, 피고가 이 사건 처분의 근거로 드는 자료는 세금신고서 등을 분석하여 가능한 조세탈루 혐의들을 정리한 것에 불과하고, 그 혐의들의 개연성을 뒷받침할 만한 다른 객관적이고 합리적인 자료는 없는 점, 위 세금신고서 등은 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료로 보아야 하는 점 등에 비추어, '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우인지 여부(제2호) 피고는 "원고가 2009년 특수관계자로부터 자기주식을 저가취득하여 원고의 실질적 대표자인 B에게 이익을 분여한 혐의' 등으로 B의 거래상대방인 원고에 대한 조사가 필요한 경우라고 주장한다.

그러나 거래상대방에 대한 조사가 필요하여 재조사하는 경우에는 해당 거래상대방과의 거래내용에 대한 부분조사로 한정되어야 함에도(조사사무처리규정 제12조 제1 항 참조), 이 사건 처분은 원고와 B의 거래내용에 대한 부분조사가 아니라, 원고의 법인세와 부가가치세 등 관련 항목 전반을 조사하는 것이므로, 거래상대방에 대한 조사가 필요하여 이루어진 것으로 볼 수 없다. 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우인지 여부(제3호) ) 및 각종 과세자료의 처리를 위한 제조사인지 여부(제5호, 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호)

앞서 본 바와 같이 이 사건 처분은 원고의 법인세와 부가가치세 등 관련 항목 전반을 조사하기 위한 것일 뿐, 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있다고 보고 이에 대한 세무조사를 하기 위한 것이라거나, 어떠한 과세자료의 처리를 위한 것이라고 볼 수 없고, 피고가 이 사건 처분의 근거로 드는 자료가 위 규정에서 말하는 과세자 료라고 볼 근거도 없다. 달리 위 예외 사유에 해당한다고 볼 증거가 없으므로, 피고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

라) 신의성실 원칙 위배 여부

피고는 원고가 제1차 세무조사 당시 절차적 위법성이 있었다면 이를 그 당시에 다투어야 함에도 위 절차적 위법을 묵인 또는 방조하여 마치 조사기관이 전부 조사를 한 것처럼 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 원고가 제1 차 세무조사 당시 대전지방국세청장의 자료제공 요청이 위법하다고 인식하면서도 자료를 제출하였다고 하더라도 그것만으로 그 절차적 위법을 묵인 또는 방조하였다고 평가할 수는 없고, 제1차 세무조사 당시 그 절차적 위법을 다투지 않았다는 사정만으로 위와 같은 원고의 주장을 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

마) 소결

따라서 이 사건 처분 중 2009년 법인세 및 부가가치세 부분은 허용되지 않는 중복조사에 해당하여 위법하다.

2) 이 사건 처분 중 2010년 법인세 및 부가가치세 부분

앞서 든 각 증거 및 갑 제6, 19호증, 을 제1, 7호증의 각 기재와 변론의 전취지에 의하면, ①① 제1차 세무조사의 대상에 2010년 귀속분은 포함되어 있지 않는 점, ② 제2차 세무조사는 법인세 관련 특정 항목에 관한 감사원의 처분요구에 따라 세무조 사결정처분이 이루어졌고, 적출된 항목도 그 부분에 국한된 점, 3 피고가 제2차 세무조사 당시 요구한 자료가 대부분 위 특정 항목과 관련성이 있고, 일부 필요한 범위를 넘어서는 자료 제출 요구도 있었으나, 실제 위 특정 항목 외에는 조사가 이루어지지 않은 것으로 보이는 점, ④ 피고는 조사사무처리규정 제12조 제3항에 따라 제2차 세무조사의 대상이었던 부분을 이 사건 처분의 조사대상에서 제외한 점 등을 인정할 수 있다.

위 사정들을 종합하면, 이 사건 처분 중 2010년 법인세 및 부가가치세 부분은, 제1차 세무조사와는 조사대상기간이 달라 중복되었다고 할 수 없고, 제2차 세무조사는 실질적으로도 위 특정 항목에 국한된 조사라고 볼 수 있어, 그와 같은 세목이나 같은 과세기간에 해당한다고 할지라도 그 조사대상이 실질적으로 서로 다르므로, 중복조사 금지의 원칙에 위배된다고 할 수 없다(대법원 2005. 1. 14. 선고 2004두10470 판결, 대법원 2009. 9. 24.자 2009두9536 판결 참조). 따라서 이 사건 처분 중 2010년 법인세 및 부가가치세 부분은 중복조사에 해당하지 않으므로 적법하다.

원고는 이 사건 처분은 적법절차의 원칙을 심각하게 훼손하고 있으므로, 중복되는 범위가 이 사건 처분 중 일부에 국한된다고 하더라도 그 전부를 취소하여야 한다고 주장한다. 그러나 국세기본법 제81조의4 제2항이 세목과 과세기간을 기준으로 세무조사의 중복 여부를 따지는 것으로 규정하고 있어 세목과 과세기간별로 위법성이 있는 부분과 없는 부분을 구분할 수 있는 점, 세무조사는 과세처분을 예정하고 있으므로 과세처분이 과세단위별로 구분되는 논리를 원용할 수 있는 점, 이 사건 처분 중 일부의 위법성이 전체를 취소할 사유가 된다는 특별한 사정이 보이지 않는 점 등을 고려하면, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

5. 결 론

이 사건 처분 중 2009년 법인세 및 부가가치세 부분은 위법하고, 2010년 법인세 및 부가가치세 부분은 적법하다. 이와 일부 결론을 달리한 제1심 판결을 일부 취소한다. 다만 이 사건 처분 중 2010년 부가가치세 부분은 제1심에서 소를 각하하였는데, 이에 대하여 피고가 항소하지 않고 원고만 부대항소한 이상 불이익변경금지의 원칙에 따라

원고에게 소 각하 판결보다 더 불리한 청구기각 판결을 할 수 없으므로, 이 부분 부대항소를 기각하기만 한다.

판사김태호

판사김경환