2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립・운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 화학소재, 신약, 융합화학 등 화학기술 분야의 연구개발과 그 성과 보급 등을 주된 목적으로 설립된 정부출연연구기관이다.

" 나. 원고는 2006년부터 2010년까지 원고의 국가연구개발결과물을 사용・생산 등의 방법으로 실시하고자 하는 자로부터 지급받은 기술료 중 일부를 그 발명에 기여한 연구자인 직원 또는 퇴직자에게 원고의 내부 규정인 직무발명관리요령 제4조 및 제17조 제1항에 근거하여 실시보상금(이하이 사건 보상금'이라 한다) 명목으로 지급하면서, 위 보상금이 소득세법 제12조 제5호 라목 1) 소정의 비과세소득인 발명진흥법상의 직무발명보상금에 해당한다고 보아 소득세를 원천징수하지 아니하였다.", 다. 그런데 감사원은 비영리기관이 연구개발결과물을 기엽체 등에게 실시를 허용하는 대가로 기술료를 정수하여 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과급 등은 발명진흥법상의 직무발명보상금과 성격이 다른 과세대상소득에 해당한다고 판단하여, 2011. 8. 경 피고에게 이 사건 보상금에 대한 소득세 등을 징수하도록 통보하였다.

" 라. 이에 피고는 2012. 2. 29. 원고에 대하여 별지1 목록 기재와 같이 재직자에 대한 근로소득세 합계 OOOO원, 퇴직자에 대한 기타소득세 합계 OOOO원, 법인세(지급명세서 미제출에 따른 가산세) 합계 OOOO원을 부과하였다(이하이 사건 처분'이라 한다).", 마. 이에 불복하여 원고는 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2012. 9. 14. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 징수처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장 요지

이 사건 보상금은 소득세법 제12조 제5호 라목 1)에서 정하고 있는 비과세대상 기타소득인 발명진흥법 제15조에 따른 직무발명보상금에 해당한다. 이와 반대의 견지에서 이 사건 보상금이 과세대상소득에 해당한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장 요지

" 발명진흥법 제15조에 따른 직무발명보상금은 종업원이 직무발명을 한 경우에 그 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리를 종업원이 원시취득하는 것을 전제로 하여 사용자가 종업원으로부터 그 직무발명에 대한 권리나 관련 특허권 등을 이전 받거나 전용실시권을 설정받는 등으로 사용자가 종업원이 원시취득한 직무발명에 대한 권리 등을 승계취득하는 경우에 인정된다. 그런데 원고의 국가연구개발사업 수행 결과로 얻어지는 지식재산권은국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정'(이하국가연구 개발사업관리규정'이라 한다) 제20조 제2항에 의하여 주관연구기관인 원고에게 처음부터 귀속되는바, 그리하여 원고 소속 종업원이 직무발명을 한 경우에는 그 직무발명에 대한 권리 내지 관련된 지식재산권은 원고가 이를 원시취득하는 것으로 보아야 하고, 따라서 원고와 같은 정부출연연구기관에 있어서는 원고가 그 종업원으로부터 직무발명에 대한 권리 등을 승계취득하는 것을 전제로 하는 발명진흥법 제15조에 따른 직무발명보상금은 인정될 수 없다. 이 같은 견지에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.", 나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 직무발명에 대한 권리의 원시취득자

" 가) 발명진흥법 제2조 제1호 및 제2호, 제10조 제1항 등의 규정에 의하면, 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리는 특허법・실용신안법・디자인보호법상의 특허・ 실용신안등록・디자인등록을 받을 수 있는 권리로 구성되는데, 특허법 제33조 제1항, 실용신안법 제11조, 디자인보호법 제3조 및 발명진흥법 제10조, 제15조 등의 관련 규정에 의하면, 종업원이나 법인의 임원 또는 공무원(이하종업원등'이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명・고안・디자인 등의 창작 활동을 함으로써 사용자나 법인 또는 국가나 지방자치단체(이하사용자등'이라 한다)의 업무 범위에 속하는 직무발명을 한 경우에 그에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 직무발명에 대한 권리는 이를 종업원등이 원시취득하는 것으로 정하는 한편으로, 사용자 등이 종업원 등으로부터 그 직무발명에 대한 권리나 관련 특허권 등을 이전받거나 전용실시권을 설정 받는 방법으로 종업원 등이 원시취득한 직무 발명에 대한 권리 등을 승계취득한 때에는 정당한 보상을 하도록 규정하고 있다.", 따라서 원고 소속 종업원이 직무발명을 한 경우에도 그에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 직무발명에 대한 권리는 특별한 사정이 없는 한 사용자인 원고가 아난 직무발명을 한 종업원이 이를 원시취득 하는 것으로 보아야 할 것이다.

나) 한편 국가연구개발사업관리규정 제20조 제2항이 국가연구개발사업의 수행 결과 얻어지는 지식재산권 등 무형적 결과물은 협약으로 정하는 바에 따라 주관연구기관의 소유로 한다 라고 규정하고 있기는 하나, ① 위 관리규정은 과학기술기본법 제11조 및 제11조의 2부터 제11조의 5까지의 규정에 따른 국가연구개발사업의 기획・관리・평가 및 활용 등에 필요한 사항을 규정하기 위한 목적에서 과학기술기본법의 위임에 따라 제정된 대통령령으로서(관리규정 제1조 참조), 위 관리규정의 모법이 되는 과학 기술기본법의 관련 규정 어디에도 종업원의 직무발명과 관련하여 그에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 직무발명에 대한 권리의 귀속에 관하여 발명진흥법이나 특허법 등과 별도로 규율할 수 있도록 허용하는 내용의 명시적인 근거규정을 찾아볼 수 없을 뿐만 아니라, 직무발명에 대한 권리의 귀속과 관련하여 사설연구기관 기타 사기업체나 국가 및 공공단체 일반과 달리 특별히 정부출연연구기관에 대해서만 정반대의 취급을 해야만 할 별다른 합리적인 근거가 있다고 보기 어려운 점, ② 국가연구개발사업관리규정의 적용범위는 원칙적으로 國家硏究開發事業(중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정하여 그 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술분야의 연구개발사업)에 국한되고, 정부출연연구기관이나 특정연구기관의 基本事業(정관에 따라 그 설립목적을 달성할 수 있도록 정부가 직접 출연한 예산으로 수행하는 사업) 등에는 위 관리규정의 적용이 없는 점(관리규정 제3조 참조), ③ 위임의 범위나 관련 규정의 전체적인 취지 등에 비추어, 위 관리규정 제20조 제2항은, 연구기관과 그 소속 종업원 간의 법률관계를 규율하기 위한 것이라기보다는, 오히려 연구개발비를 출연하는 중앙행정기관이나 참여기업, 주관연구기관, 협동연구기관, 공동 연구기관, 위탁연구기관 등 다수의 참여주체가 관여하는 국가연구개발사업에 있어 그 사업의 수행 결과물을 어느 참여주체가 소유할 것인지를 정하기 위한 국가나 참여기업 기타 다수의 연구기관들 상호간의 법률관계에 관한 규율이라고 봄이 상당한 점 등을 종합하면, 원고와 같은 정부출연연구기관의 기본사업은 물론이고 국가연구개발사업에 따른 수행결과물에 대하여도 그 직무발명에 대한 권리는 소속 종업원이 이를 원시취득 하는 것으로 봄이 옳다고 할 것이다.

다) 이와 다른 견지에서 원고 소속 종업원에 대하여는 발명진흥법상 직무발명보상금이 인정될 수 없다는 취지의 피고의 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 보상금의 직무발명보상금 해당 여부

가)인정사실

(1) 이 사건 보상금과 관련한 원고의 내부 규정

이 사건 보상금 관련 원고의 내부 규정은 「직무발명관리요령」, 「기술료사용규정」 등이고, 위 각 규정의 구체적인 내용은 별지3 기재와 같다.

(2) 이 사건 보상금의 지급 근거

(가) 직무발명관리요령은 직무발명이라 함은 직원 등이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 연구원의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 직원의 현재 또는 과거(퇴직, 전직 후 2년 이내에 출원되는 것만이 해당된다)의 직무에 속하는 것을 말한다고 정의하고 있고(제2조 제2호), 발명자라 함은 발명적 착상을 하였거나 이를 구체화 한 사람을 말한다고 정의하고 있다(제3조 제3호).

(나) 직무발명관리요령은 원고가 발명자의 지식재산권을 받을 수 있는 권리 또는 지식재산권을 승계한 때에는 발명자에게 보상금을 지급하도록 한다고 규정하고 있다(제3조, 제4조).

(다) 직무발명관리요령은 위 보상금을 등록보상금과 실시보상금으로 구분하고 있는데, 이 중 실시보상금은 특허권의 양도 등으로 수입이 발생하였을 경우 지급되는 것으로, 위 양도 등 계약상의 기술료에 따라 지급의 범위가 결정되는 반면에(제17조 제1항), 등록보상금은 원고가 산업재산권 획득을 목적으로 출원한 직무발명이 등록된 경우 지급되는 것으로, 특허권에 대하여 OOOO원, 그 이외 지식재산권에 대하여는 OOOO원이 지급된다(제17조 제2항, 별표6).

(3) 이 사건 보상금의 산정 방법

(가) 이 사건 보상금은 기술료사용규정의 연구직원 인센티브의 산정 방법에 관한 규정에 따라 지급된다.

(나) 기술료사용규정은 기술료 수입액이라 함은 원고에 수입되는 일시불 기술료, 경상기술료 등 현금으로 입금되는 기술료로써 1개 과제의 기술료 수입회수와는 관계없이 과제당 1년 총수입액을 말한다 라고 정의하고 있고(제2조 제2호), 기술료 순수입액이라 함은 본조 제2호의 기술료 수입액에서 세금, 수수료, 마케팅 성공보수 등의 경비를 제외한 금액을 말한다 라고 정의하고 있다(제2조 제3호).

(다) 기술료사용규정 제3조는 연구직원 인센티브로 기술료 순수입액의 65%를 배분한다고 규정하고 있으나, 실제로는 1개 연구과제에 관하여 징수된 기술료 수입액 의 50%가 그 연구과제와 관련된 연구직원 인센티브 재원으로 배분되고 있다. 위 재원을 바탕으로 기술료사용규정 제16조 내지 제18조 규정에 따라 각 개인별 연구직원 인센티브 지급액이 결정되는데, 기술료사용규정 제16조는 기술료가 발생한 연구과제를 수행한 핵심연구팀, 공동연구팀, 협력연구팀 등 연구참여팀별 배분방법을 규정하고 있고, 기술료사용규정 제17조 및 제18조는 각 연구참여팀 내 개인별 연구직원 인센티브 배분방법을 규정하고 있다. 이상의 규정을 종합하면, 각 종업원별 이 사건 보상금의 산정 방법은 다음과 같다.

이 사건 보상금 = 기술료 수입액 x 50% x 기술료사용규정 제16 내지 18조가 정하는 개인별 배분비율

(4) 이 사건 보상금 외 연구직원 인센티브의 지급

원고는 기술료사용규정 제4조 및 제15조, 제21조에 근거하여, 발명자에 해당하지 않으나 기술료 발생의 대상이 되는 연구과제에 참여한 연구직원 및 기술이전 기여자에 대하여도 연구직원 인센티브를 지급하고 있으나, 이에 대하여는 소득세 원천징수를 하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3. 4호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 판단

(1) 종업원 등은 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자 등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 발명진흥법 제15조 제1항에 따라 직무발명보상금을 받을 수 있고, 사용자 등은 종업원 등이 재직 중 발명진흥법 제15조 제1항에 따른 직무발명보상금에 관한 권리를 취득한 경우에는 종업원 등이 퇴직한 이후에도 직무발명보상금을 지급할 의무가 있다.

직무발명보상의 정당한 범위에 관하여 발명진흥법 제15조 제2항은 직무발명 보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자등과 종업원등 사이에 행하여진 협의의 상황, 책정된 보상기준의 공표・게시 등 종업원 등에 대한 보상기준의 제시 상황, 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원 등으로부터의 의견 청취 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다 라고 규정하고 있고 제3항은 직무발명보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있지 아니하거나 제2항에 다른 정당한 보상으로 볼 수 없는 경우 그 보상액을 결정할 때에는 그 발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여야 한다 라고 규정하고 있다. 한편 공무원 직무발명의 처분・관리 및 보상 등에 관한 규정 제17조 제l 항은 특허청장은 국유특허권 또는 특허출원 중인 직무발명에 대하여 특허를 받을 수 있는 권리를 유상으로 처분한 경우에는 그 처분수입금의 100분의 50에 해당하는 처분 보상금을 발명자에게 지급하여야 한다 라고 규정하고 있다.

(2) 살피건대, 이 사건 보상금은 앞서 본 것처럼 원고 소속 종업원이 직무발명 관리요령 제3조에 따라 원고에게 직무발명에 대한 권리 등을 승계하여 주고, 이를 원인으로 하여 직무발명관리요령 제4조 및 제17조 등에 따라 지급받은 실시보상금으로서, 그 성격이 발명진흥법 제15조에 의한 직무발명보상금이라 봄이 타당하고, 퇴직자에 대한 이 사건 보상금 또한 위와 마찬가지로 보아야 할 것인바, 이 사건 보상금은 그것이 재직자에게 지급된 것인지 아니면 퇴직자에게 지급된 것인지 여부를 불문하고 이를 모두 소득세법 제12조 제5호 라목 1) 소정의 비과세 기타소득에 해당한다고 봄이 옳다고 할 것이다. 이와 달리 피고의 주장처럼 재직자에 대한 이 사건 보상금은 임금 내지 근로소득인 반면에 퇴직자에 대한 이 사건 보상금은 기타소득으로서 전혀 별개의 성격을 지닌 금원이라고 보는 것은 별다른 근거도 없을 뿐더러 매우 부자연스러운 해석이 아닐 수 없다고 하겠다.

그리고 이 사건 보상금은 기술료 수입액 x 50% x 기술료사용규정 제16 내지 18조가 정하는 개인별 배분비율 로 산정되는바, ① 공무원 직무발명의 처분・관리 및 보상 등에 관한 규정 제17조 제1항에서 발명에 대하여 특허를 받을 수 있는 권리에 관한 처분보상금 중 100분의 50 부분을 발명자에게 지급하도록 규정하고 있는 점, ② 기술료 수입금 중 50%는 발명자에 대한 이 사건 보상금뿐만 아니라 발명자 이외 해당 연구에 참여한 연구자에 대한 연구직원 인센티브의 재원도 되므로, 기술료 수입금 중 직무발명보상금으로서 이 사건 보상금이 차지하는 비율이 실제로는 100분의 50 이하로 인정될 여지도 있는 점, ③ 원고가 이 사건 보상금 외에 직무발명관리요령 제17조 제2 항 및 별표6의 규정에 따라 등록보상금을 지급하기는 하였으나, 등록보상금의 성격 및 규모에 비추어 볼 때, 위 등록보상금만으로 정당한 직무발명보상이 이루어졌다고 보기는 어렵고, 달리 원고가 소속 종업원에게 이 사건 보상금 외에 실시보상금으로서 다른 금원을 지급하였다고 볼만한 자료도 없는 점, ④ 원고가 종업원의 직무발명에 대하여 그 발명관련자들에게 개인별 배분비율을 인정하는 과정에 특별히 어떤 중대한 오류가 있다고 볼만한 별다른 사정도 발견되지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 보상금이 직무발명보상금으로서 정당한 보상의 범위를 넘는 것이라고 보기도 어렵다.

(3) 이에 대하여 피고는, 이 사건 보상금은 일회적이 아닌 계속・반복적 성격의 금원인 점 등을 이유로, 이 사건 보상금이 직무발명보상금에 해당하지 않는다는 취지의 주장도 하고 있다. 그러나 종업원으로부터 그 권리를 승계받아 원고가 제3자에게 직무발명을 사용・생산에 실시하도록 하고 제3자로부터 기술료 내지 실시료를 지급받음에 있어서는, 그 계약의 내용여하에 따라 이를 일회적 일시금으로 지급받거나 정기적 또는 부정기적으로 분할된 일정액 또는 제품의 매출 등에 비례한 변동액으로 지급받을 수도 있다고 할 것인바, 이러한 기술료 내지 실시료를 재원으로 그 수입이 발생한 때에 즈음 하여 지급되는 이 사건 보상금을 두고, 그것이 반드시 일회성으로 지급되는 금원이 아니라는 이유만으로 이를 발명진흥법 제15조에 의한 직무발명보상금에 해당하지 않는다고 보아야 하는 것은 아니라고 하겠다.

" 또한 기술료사용규정 제4조 등에 근거하여 지급되는 연구직원 인센티브는발명자'에 해당하는지 여부와 무관하게 실시계약과 관련된 연구자를 지급대상으로 하고 있는 반면에, 직무발명관리요령 제4조 및 제17조 등에 근거하여 지급되는 이 사건 보상금은 직무발명에 대한 권리 등을 원고에게 승계한 발명자를 지급대상으로 하고 있는 점에 비추어 보면, 소득세 원천징수의 대상이 되는 연구직원 인센티브와 그렇지 아니한 이 사건 직무발명보상금은, 비록 그 산정방법을 일부 공유하고 있다 하더라도, 그 지급 근거와 지급대상, 지급취지 등이 전혀 달라서 그 성격상 양자는 서로 구별하여 취급해 야만 할 것인바, 원고가 연구직원 인센티브에 대하여 소득세 원천징수를 하였다고 해서 그 때문에 이 사건 보상금을 과세대상소득으로 보아야만 하는 것도 아니다",3. 결론

그러므로 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 전부 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문