1. 구 농업협동조합법(2004. 12. 31. 법률 제7273호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘농협법’이라 한다) 제8조 에서는 조합과 중앙회의 업무 및 재산에 대하여 국가 및 지방자치단체의 조세 외의 부과금을 면제하도록 규정하고 있고, 개발이익환수에 관한 법률(1993. 6. 11. 법률 제4563호로 개정된 것, 이하 ‘개발이익법’이라 한다) 제7조 및 개발이익환수에 관한 법률 시행령(1993. 8. 12. 대통령령 제13956호로 개정된 것, 이하 ‘개발이익법 시행령’이라 한다) 제5조 에서는 국가·지방자치단체, 농업협동조합 등 특정한 주체에 대하여 개발부담금의 전부 또는 일부를 감면하도록 규정하고 있다.

그런데 위 각 규정은 부과금의 일종인 개발부담금 부과에 관한 일반법인 개발이익법 제3조 , 제5조 , 제6조 , 제13조 에 대한 특별규정으로서, 농협법 제8조 의 규정과 개발이익법 제7조 및 개발이익법 시행령 제5조 의 규정은 서로 모순·저촉되는 관계에 있는바, 비록 구 농업협동조합법(1999. 9. 7. 법률 제6018호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘폐지된 농협법’이라 한다) 제8조 에서도 조합과 중앙회의 업무 및 재산에 대하여는 국가 및 지방자치단체의 부과금을 면제하도록 규정하고 있었다고 하더라도, 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지하기 위한 목적에서, 농업협동조합중앙회·축산업협동조합중앙회 및 인삼협동조합중앙회로 분산되어 있는 중앙조직을 농업협동조합중앙회로 통합하여 일원화하는 방향 등으로 농협법이 새로이 제정되어 2000. 7. 1.부터 시행되고 있는 이상, 신법 우선의 원칙에 따라 신법인 농협법 제8조 의 규정이 개발이익법 제7조 및 개발이익법 시행령 제5조 의 규정보다 우선 적용된다고 해석하여야 할 것이다 ( 대법원 1997. 2. 14. 선고 96누7298 판결 등 참조).

2. 그럼에도 불구하고, 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만을 들어, 농업협동조합의 업무 및 재산에 대하여 부과금을 면제한다는 내용의 규정이 위와 같이 폐지된 농협법의 제정·시행일인 1961. 7. 29.부터 존재하였던 이상, 신법 우선의 원칙에 따라 개발이익법 제7조 및 개발이익법 시행령 제5조 의 규정이 농협법 제8조 의 규정보다 우선 적용된다고 판단하고 말았으니, 이러한 원심판결에는 신법 우선의 원칙 및 위 각 규정의 해석에 관한 법리오해의 위법이 있고, 이러한 위법은 판결에 영향을 미쳤음이 분명하다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.