2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. *. **. 원고에게 한 양도소득세 ***,***,***원(가산세 포함)의 부과처분, 2017. *. **. 원고에게 한 부가가치세 ***,***,***원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

가. 원고는 1964. **. **. 서울 **구 **동 *** 토지(***㎡, 이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하였고, 1989. **. **. 부동산임대업으로 사업자등록을 하고, 1991. *. **. 이 사건 토지에 근린생활시설(지하2층, 지상6층, 연면적 ***㎡, 이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축한 후 부동산임대업을 영위하였다.

나. 원고는 2016. *. *. 한국**조합(이하 '소외 조합'이라 한다)과 이 사건 토지와 건물을 일괄하여 매도하는 매매계약을 체결하였다(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다). 이 사건 매매계약서에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있는데, 매도인란, 토지분과 건물분의 각 구분매매대금, 잔금일 및 인도일, 특약사항 제4항 부분만 수기로보충되어 있고, 매수인, 매매대금 합계액 **,000,000,000원, 특약사항 제3항을 포함한 나머지 모든 내용은 인쇄되어 있다.

다. 원고는 2016. *. **. 소외 조합에 이 사건 토지와 건물의 소유권을 이전하고 이 사건 건물에 대하여 공급가액을 1,***,000,000원으로 하는 세금계산서를 발급하였다.

라. 원고는 2016. *. 25. 이 사건 건물의 공급가액을 1,***,000,000원으로 하여 2016년 제1기 부가가치세를 신고하였고, 2016. *. **. 아래와 같이 이 사건 매매계약에서 정한 이 사건 토지와 건물의 매매대금을 각 양도가액으로, 이 사건 토지의 환산가액 *,***,***,***원, 이 사건 건물의 장부가액(실지거래가액) *,***,***,***원(= 감가상각 전 금액 *,***,***,***원 - 감가상각누계액 ***,***,***원)을 각 취득가액으로 하여 이 사건 토지와 건물의 양도에 따른 양도소득세 *,***,***,***원을 신고하였다.

마. 피고는 아래와 같이 ① 이 사건 토지와 건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 31.대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 따라 이 사건 토지와 건물의 기준시가(토지 *,***,***원, 건물 *,***,***원)로 안분하여 이 사건 토지의 양도가액을 **,***,***,***원, 이 사건 건물의 양도가액을 *,***,***,***원으로 산정하는 한편, ② 이 사건 건물 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 구 소득세법 제97조 제1항 1호 나목, 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제2항 제2호, 제3항에 따라 환산가액을 적용하여 이 사건 토지의 취득가액을 *,***,***,***원, 이 사건 건물의 취득가액을 ***,***,***원(= 환산가액 *,***,***,***원 - 감가상각누계액 ***,***,***원)으로 산정한 후, 2017. *. **. 원고에게 이 사건 토지와 건물 양도에 따른 양도소득세 ***,***,***원(가산세 **,***,***원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 양도소득세 부과처분'이라 한다).

바. 또한 피고는 2017. *. **. 원고에게 위와 같이 안분하여 산정한 이 사건 건물 공급가액 *,***,***,***원에 대한 부가가치세액을 ***,***,***원으로 경정하고 기존 납부세액과의 차액 ***,***,***원(가산세 **,***,***원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 하고 이 사건 양도소득세 부과처분과 통칭하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

사. 원고는 '이 사건 건물의 감가상각비 차감 전 금액인 *,***,***,***원은 건물 신축에 소요된 실질경비를 장부에 계상한 것이고 건물수리 및 임대수익 변동에 따라 감가상각비를 조정하여 이 사건 건물의 장부가액이 변동한 것이므로 이 사건 건물의 장부가액은 진정한 것이다. 또한 이를 바탕으로 매수인과 협의하여 이 사건 건물의 구분 양도가액을 기재하였으므로 이 사건 건물의 취득가액과 구분양도가액이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다.'라고 주장하면서 2017. **. **. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

아. 조세심판원은 2018. *. **. 국세청 전산자료를 통해 아래와 같이 원고의 재무제표에서 이 사건 건물의 연도별 가액과 감가상각비가 변동된 사실을 확인하고서, 장부가액이 이유 없이 변동하고 정액 상각되어야 할 감가상각비가 일관성 없이 계상되어 이 사건 건물의 장부가액을 실제 취득가액으로 인정하기 어렵고, 이 사건 토지의 구분 양도가액은 기준시가보다 150% 더 높은 반면 이 사건 건물의 구분양도가액은 기준시가의 70%에 불과하여 각 구분가액이 합리적으로 산정된 것으로 볼 수 없다는 이유로 원고의 심판청구를 기각하였다.

자. 한편 원고가 이 사건 토지와 건물의 양도소득세를 신고하면서 제출한 2015. 12.31. 기준 재무상태표 및 건물감가상각비명세서에는 이 사건 건물의 기초ㆍ기말가액(상각대상금액)이 ***원, 내용연수 40년, 감가상각누계액이 ***원, 미상각잔액이 ***원으로 기재되어 있다.

차. 원고는 다수의 부동산을 소유하면서 임대사업을 영위하고 있는 사업자로, 국세청 전산자료에는 복식부기의무자로서 1992년부터 종합소득세를 신고한 내역이 확인되나, 이 사건 건물 임대사업과 관련한 1991년부터 1994년까지의 대차대조표 및 손익계산서는 확인되지 아니한다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1~3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 이 사건 토지와 건물을 양도하고 받은 금액은 매매대금 ***원과 부가가치세 ***원 합계 ***원인데, 이 사건 각 처분에 따르면 건물분 부가가치세를 포함한 총 금액이 ***원이 되어 원고가 실제 수령한 금액보다 많게 되어 부당하다. 따라서 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하다고 보아 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호를 적용할 경우, 당초 부가가치세 별도로 계약한 ***원을 제외한 나머지 매매대금에는 건물분 부가가치세가 포함된 것인지 불분명하다고 보고 부가가치세법 제29조 제7항에 따라 부가가치세가 포함된 것으로 볼 것인데, 이에 따라 아래 산식을 적용하여 건물분 부가가치세 과세표준(양도가액)이 ***원이 되어야 하므로, 이와 달리 본 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 피고는 원고의 재무상태표가 신빙성이 없다면서 원고가 당초 신고한 취득가액(재무상태표의 장부가액)을 부인하고 취득가액에서 공제할 감가상각비를 원고의 재무상태표에 기재된 감가상각누계액인 ***원으로 보아 이 사건 양도소득세를 부과하였으나, 국세청 전산망에 따르면 원고가 이 사건 건물에 관한 사업소득을 계산하면서 필요경비로 공제받은 감각상각비는 ***원이므로, 소득세법 제97조 제3항에 따라 이 사건 건물에 대한 양도소득세를 산정할 때 취득가액에서 ***원을 차감해야 한다. 따라서 이와 달리 본 이 사건 양도소득세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

원고는 피고가 이 사건 토지와 건물의 가액구분이 불분명하다고 보고 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호를 적용하는 것 자체에 대해서는 다투지 아니하고, 피고가 이 사건 토지와 건물의 총 실지거래가액 합계 ***원에 부가가치세가 포함되지 아니한 것으로 보아 각 구분거래가액을 산출한 것을 문제 삼고 있다. 그러나 원고와 소외 조합이 이 사건 토지와 건물의 매매가액을 합계 ***원으로 하고 건물분 부가가치세를 매매가액과 별도인 것으로 사전에 약정한 후 이 사건 계약 체결 시점에 토지분 매매가액을 ***원, 건물분 매매가액을 ***원으로 정한 사실은 앞서 본 바와 같고, 사업자인 소외 조합은 원고에게 위 매매가액과 별도로 지급하는 건물분 부가가치세를 매입세액에서 공제받을 수 있는 점을 고려하면, 특별한 사정이 없는 한 원고와 소외 회사는 양도차익의 기준이 되는 이 사건 토지와 건물의 매매가액을 합계 ***원으로 정한 것이고 여기에 이 사건 건물에 대한 부가가치세는 포함하지 아니하기로 한 것이라고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 토지와 건물의 총 실지거래가액인 ***원에 부가가치세가 포함되었는지가 불분명하다고 볼 수 없으므로, 피고가 위 ***원을 이 사건 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 이 사건 토지와 건물의 각 양도가액(이 사건 건물의 공급가액)을 산정한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 소득세법 제97조 제1항, 제3항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 취득가액 등을 규정하면서, '양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액'을 공제한 금액을 취득가액으로 하도록 정하고 있다. 이는 감가상각비가 사업소득금액 계산과정에서 이미 필요경비에 산입되었기 때문에 이중계상을 방지하기 위하여 양도소득금액 계산과정에서는 그 감가상각액을 필요경비인 취득가액에 산입하지 아니하는 것이다.

나) 한편 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있지만, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2016. 6. 10. 선고 2015두60341 판결 등 참조).

다) 원고는 이 사건 건물의 양도차익을 신고하면서 스스로 장부에 기재된 이 사건 건물의 감가상각 전 가액 ***원에서 장부에 기재된 감가상각비누계액 ***원을 공제하여 이 사건 건물의 취득가액을 산출하였고, 조세심판단계에서도 이 사건 건물의 장부가액 ***원을 진정한 것으로 보아야 한다고 주장하며 감가상각비누계액을 공제한 것에 대해서는 별다른 이의를 제기하지 아니한 사실, 조세심판원이 국세청 전산자료에 나타난 이 사건 건물의 장부가액 변동과 감가상각비 내역을 근거로 장부가액을 신뢰할 수 없다고 보아 원고의 주장을 배척한 사실은 앞서 본 바와 같고, 위와 같이 심판청구가 기각되자 원고는 이 소송에 이르러 비로소 국세청 전산자료에서 확인되는 감가상각비만이 필요경비에 산입된 것이므로 감가상각누계액이 아닌 위 감가상각비 합계액만을 취득가액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있다. 다수의 부동산을 소유하면서 임대사업을 영위하고 있는 원고가 100억원이 넘는 부동산을 양도하고 그 양도차익을 신고하면서 스스로 장부에 기재된 감가상각비누계액을 공제하여 취득가액을 산출하였고, 복식부기의무자가 소득을 신고하면서 필요경비로 인정되지 아니하는 감가상각비를 장부상 인식하는 경우를 상정하기 어려우므로, 위 감가상각비누계액이 각 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입되었다고 보는 것이 경험칙에 부합한다. 따라서 위 감가상각비누계액을 취득가액에서 공제한 이 사건 양도소득세 부과처분이 위법하다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.