2. 소송비용은 원고가 부답한다.

가. 원고는 2005. 6. 14. 취득한 양주시 은현면 XX리 000-0 공장용지 3,272㎡' 위 지상 공장건물 1,302㎡, 같은 곳 000-0 도로 224㎡(이하 "이 사건 부동산"이라 한다)를 2007. 1. 23. 소외 주식회사 OO미네랄(이하 "소외 회사"라 한다)에 양도하고 실지거래가액에 의하여 양도가액을 898,284,872원, 취득가액을 1,000,000,000원으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.

나. 피고는 2010. 8. 9. - 2010. 8. 23. 기간 중 원고에 대한 양도소득세 실지 조사 결과, 이 사건 부동산의 양도가액을 1,020,907,129원, 취득가액을 842,000,000원으로 하여, 2010. 11. 1. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 92,680,330원을 결정 ・ 고지하였다.

다. 이후 원고가 제기한 국세심사청구에 대하여 2011. 3. 4. 국세청장의 심사결정으로 구축물에 대한 장부가액 76,000,000원을 취득가액에 산입하는 것으로 과세표준과 세액을 경정한다는 재결이 나면서 취득가액은 918,000,0000원으로 경정되었으며, 최종적으로 원고에게 부과 처분된 양도소득세는 34,920,180원으로 되었다(이하, 2010. 11. 1.자 양도소득세 부과처분 중 이와 같이 감액되고 남은 부분만을 "이 사건 부과처분"이라 한다).

라. 이상의 내용을 도표로 정리하면 다음과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9호증, 을 제1 내지 4호증(이상 각 가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 안AA로부터 이 사건 부동산과 구축물 등을 10억 원에 취득할 당시 10억 원에는 전기수전설비의 장부가액 5,500만 원, 호이스트의 장부가액 1,500만 원, 소방설비 및 보일러의 장부가액 1,200만 원(이하, 위 설비들을 통칭할 때 "이 사건 설비"라고 한다), 이상 합계 8,200만 원이 포함되었고, 이 사건 설비는 국세청장이 그 취득가액을 이 사건 부동산의 취득가액으로 인정한 구축물과 마찬가지로 이 사건 부동산 중 공장 건물의 부합물로 그 구성부분에 해당되므로 10억 전부(= 918,000,000원 + 82,000,000 원)를 이 사건 부동산의 취득가액으로 보아야 한다 그런데 피고는 이 사건 부동산의 양도가액을 산정함에 있어서는 이 사건 설비에 관한 양도가액을 산입하고도 이 사건 부동산의 취득가액을 산정함에 있어 이 사건 설비에 관한 취득가액을 제외한 것이다. 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 피고 주장의 요지

원고는 소외 회사와 사이에 이 사건 부동산을 포함한 사업양도・양수계약을 체결하고 이행함으로써 이 사건 부동산을 양도하였는바, 피고는 사업양수도대금 17억 원 중 기계장치 양도가액 608,290,168원 및 비품 양도가액 47,425,822원은 일반자산의 양도 가액으로 보아 양도소득세 과세대상에서 제외하고, 토지・건물 구축물 양도가액 합계 1,020,907,129원에 관해서만 양도소득세를 부과하였는데, 이 사건 부과처분 당시 이 사건설비는 피고가 일반자산으로 평가하여 양도소득세 과세대상에서 제외한 기계장치 또는 비품에 포함되었고, 그 양도가액이 이 사건 부동산의 양도가액에 산입된 바 없으므로 이 사건 설비의 취득가액을 이 사건 부동산의 취득가액에 포함시킬 수는 없다.

다. 판단

그러므로 피고가 이 사건 부동산의 양도가액으로 본 1,020,907,129원에 이 사건 설비에 관한 양도가액이 포함되었는지 여부에 관하여 살피건대, 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3, 7, 9 내지 11호증, 을 제3 내지 5호증(이상 각 가지번호 포함), 갑 제8호증의 2, 3의 각 기재 및 영상, 을 제6호증의 일부 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 ㉠ 내지 ㉣의 각 사정을 종합하면, 피고는 이 사건 부동산의 양도가액 1,020,907,129원을 산정함에 있어 이 사건 설비에 관한 양도가액을 포함 하지 않은 것으로 보인다. 이에 반하는 듯한 갑 제8호증의 1의 기재는 그 문서가 이 사건 부과처분 이후에 작성된 것인 점에서 믿기 어렵고 달리 반증이 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없고 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다.

㉠ 자산양도경위

원고는 OO미네랄이라는 상호로 동물약품제조업을 영위하던 개인사업자로, 2007. 1. 23. 같은 업종을 영위하기 위해 설립된 소외 회사에 자신이 운영하던 공장설비 등을 사업양도 ・ 양수의 방법으로 총 1,700,000,000원에 양도하였는바, 원고와 소외 회사 사이의 이 사건 부동산과 관련된 사업양도 ・ 양수 계약 내용 중 양도대금 결정에 관한 부분과 그 계약에 따라 정하여 진 자산별 양도・양수 가액을 요약하면 다음과 같다.

㉡ 자산 취득 경위에 관한 당사자의 주장 등

원고는 이 사건 부동산과 이 사건 설비를 포함한 구축물을 안AA로부터 2005. 6. 15. 10억 원에 취득하였으나, 다만 공장부지와 공장건물에 관하여서만 842,000,000원의 세금계산서를 발행 받았으며 나머지 158,000,000원은 구축물계정, 기계장치계정, 비품계정으로 계상하였으므로 안AA에게 매매대금으로 지급한 10억 원 전부를 이 사건 부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하고 있는 반면, 피고 는 아래와 같이 원고 주장 취득가액 중 918,000,000원만을 이 사건 부동산의 취득가액으로 보고 있다.

㉢ 계정별 자산변동 내역 및 양도가액의 결정

원고는 구체적으로 이 사건 설비의 양도가액이 위 구축물에 관한 양도가액 122,622,257원에 포함된다고 주장하나, 2005년 OO미네랄 계정별 원장의 기말잔액에 는 이 사건 설비 중 전기수전설비 및 호이스트 합계 7,000만 원은 기계장치 계정 767,163,563원에, 이 사건 설비 중 소방설비 및 보일러 합계 1,200만 원은 비품 계정 84,793,690원에 포함되어 있었고, 그와는 별도의 구축물 계정은 111,005,310원이었다. 2006년말 각 계정의 기말잔액은 변동 사항을 가감하여 구축물 109,177,310원, 기계장치 674,303,023원, 비품 81,996,599원으로 변동되었고, 감가상각누계액을 차감한 2006년말 잔존가액은 구축물 103,002,221원, 기계장치 673,544,273원, 비품 75,391,349원으로 계산되었다. 그 후 이 사건 부동산을 포함한 자산 매각 시 자산별 양도가액 결정은 위 〈표2>과 같이 결정되었는데, 위 2006년말 잔존 가액에서 실사와 감가상각 등을 거 쳐 기준가액이 정해졌고, 그 기준가액을 기준으로 17억 원을 안분하여 각 자산별 매각 가액이 결정되었는데, 구축물은 장부가액 103,002,221원에서 기준가액 92,872,000원, 매각가액 122,622,257원이, 기계장치는 장부가액 673,544,273원에서 기준가액 460,708,571원, 매각가액 608,290.168원이, 비품은 장부가액 75,391.349원에서 기준가 액 35,915,506원, 매각가액 47,425,822원이 각 정하여졌다. 이 과정에서 2005년 OO미네랄 계정별 원장에서 기계장치 계정에 포함되어 있던 전기수전설비 및 호이스트나 비품 계정에 포함되어 있던 소방설비 및 보일러가 계정별 원장 상으로 구축물 계정으로 전환되었거나 영업양수도 당시 구축물로 평가되어 그 매각가액이 구축물 매각가액 122,622,257원에 산업된 것으로 보이지는 않는다 이와 같은 계정별 장부가액의 변동 내역 및 양도 시 자산별 기준가액 및 매각가액을 표로 정리하면 다음 〈표4> 및 〈표5> 와 같다.

㉣ 원고와 소외 회사 사이에서 작성한 것으로 보이는 자산별 양도양수가액 산정 내역(을 제4호증)에는 이 사건 설비 중 하나로 보이는 보일러가 구축물 계정이 아닌 비품 계정에 속해 있다.

라. 부가적 판단

설령 원고의 주장대로 이 사건 설비가 이 사건 부동산에 부합된 것이어서 그에 관한 2005년말 계정별 원장 장부가액 8,200만 원이 이 사건 부동산의 취득가액에 추가되어야 한다면, 이 사건 부동산의 양도가액을 정함에 있어서도 이 사건 설비에 관한 양도가액이 추가되어야 할 것인바, 다음과 같은 이유에서 추가되는 양도가액은 위 8,200 만 원을 상회할 것으로 추단되므로 그와 같은 경우 이 사건 부동산에 관한 원고의 양도차익은 오히려 증가할 것으로 보인다. 원고는 이 사건 설비가 계정별 원장에는 기계 장치 계정이나 비품 계정에 포함되어 있으나 실질적으로는 구축물 계정에 해당한다는 취지로 주장하고 있는바, 구축물에 관한 계정별 장부가액은 2005년말 111,005,310원, 2006년말 103,002,221원이었고, 매각가액은 122,622,257원이었으며, 2005년말 - 2006년말 기간 동안 구축물의 증감요인은 자산 감소액 2,048,000원 및 감가상각 외에는 없는 점, 구축물에 관한 매각가액 122,622,257원은 2006년말 장부가액 103,002,221원에 감가상각률 0.05를 적용하는 등으로 기준가액 92,872,000원을 산정한 후 다시 전체 매 각대금의 안분에 따른 비율인 약 1.32를 곱함에 따라 산정되었는데, 이는 2006년말 장부가액 103,002,221원보다 높을 뿐만 아니라 감소 요인이 있기 전인 2005년말 장부가액 111,005,310원보다도 높은 점을 고려하면, 이 사건 설비가 구축물임을 전제로 하여 산정되었을 그 매각가액은 이 사건 설비에 관한 2005년말 장부가액 8,200만 원보다 높을 것으로 보이기 때문이다

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.