2. 피고는 위 처분사유를 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 원고가 이 사건 토지를 10년이상 장기보유하였고 양도당시 위 토지상에 관할관청의 허가를 득한 건축물이 건립되어 나대지가 아니었는데도 불구하고 이를 나대지로 보고서 장기보유특별공제를 배제한 이 사건 부과처분은 위법하므로 그 취소를 구한다고 주장한다.

3. 살피건대, 먼저 관련법령을 보면 소득세법 제23조 제2항 에 의하면 양도소득금액은 당해자산의 양도로 인하여 발생한 총 수입금액(양도가액)에서 제45조 의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(양도차익)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다라고 하면서, 동 제2호에서 토지 또는 건물(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)로서 그자산의 보유기간이 5년이상 10년미만인 것에 대하여는 양도차익의 10/100을( (가)목), 보유기간이 10년이상인 것에 대하여는 양도차익의 30/100( (나)목)을 장기보유특별공제액으로 공제한다고 규정하고 있는데, 구소득세법시행령 제46조의3(1989. 8. 1. 대통령령 제12767호 개정되기전의 것) 에서는 지적법상의 지목이 대지로서 건축물 (재무부령이 정하는 무허가 건축물을 제외한다)이 없는 토지를 위 장기보유특별공제의 적용이 배제되는 토지의 하나로 들고 있고, 한편 위 갑제2호증, 갑제3호증의 1, 갑제6호증의 1,3, 갑제7호증, 갑제5호증(부동산매매계약서), 갑제6호증의 4(건축물관리대장등본), 갑제9호증(주민등록표등본), 을제6호증의 3(확인서), 을제7호증(건축물멸실신고서)의 각 기재와 증인 강ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 모아보면, 원고가 1978. 6. 1. 이사건 토지와 그 지상주택 82.55㎡를 매수취득하여 위 주택에 거주하여 오다가 위 토지일대가 개발됨에 따라 1988. 7.초순경 소외 신ㅇㅇ에게 이 사건 토지와 그 지상주택을 금5,000만원에 매도하기로 계약을 체결하면서 매매대금은 위 신ㅇㅇ가 이 사건 토지위의 기존건물을 철거하여 건물을 신축한후 위 토지와 신축건물을 매도한 다음에 지급하기로 약정하였던 사실, 그리하여 위 신ㅇㅇ는 일단 먼저 주택소유자 명의로 건축멸실신고를 하여 같은해 7. 14. 건축물관리대장상 멸실정리를 한 다음 자신의 명의로 건축허가를 받고서 실제로는 같은해 10월경부터 기존건물을 철거하고 곧이어 건물신축에 착수하여 1989. 3. 35.경 위 토지위에 신축건물을 완공한 다음(같은해 4. 7. 그명의로 소유권보존등기를 경료하였다.) 소외 이ㅇㅇ와 사이에 이 사건 토지및 위 신축건물을 금9,000만원에 매도하기로 계약을 체결하고 1989. 5. 3.경 소외 이ㅇㅇ로부터 매매대금을 일부지급 받아 원고에게 1988. 7.초순경 매매계약에 기한 매매대금 5,000만원을 지급해주었던 사실, 그런데 원고가 위 토지에 대한 소유권이전등기를 경료해 줌에 있어 소외 신ㅇㅇ의 요청으로 위 신ㅇㅇ에게 등기를 경료해주는 대신 중간생략등기의 방식으로 1989. 5. 3. 위 이 사건 토지의 전득자인 소외 이ㅇㅇ 앞으로 소유권이전등기를 경료하여 주었고 한편 위 신ㅇㅇ는 위 토지위의 신축건물에 관하여 1989. 5. 15. 위 이ㅇㅇ에게 소유권이전등기를 경료해주었던 사실을 인정할수 있고, 이에 반하여 위 갑제3호증의 2의 일부기재및 을제6호증의 2(청구에 대한 의견서)의 기재는 이를 믿기 어려우며, 달리 위 사실을 번복할 증거가 없는바, 위 관계법령및 인정사실에 의하면 원고는 1978. 6. 지적법상 지목이 대지인 이 사건 토지를 취득한후 1988. 7.초순경 이 사건 토지위에 기존건물이 있는 상태에서 위 토지및 건물을 금5,000만원에 위 신ㅇㅇ에게 매도하기로 계약을 체결하고, 위 신ㅇㅇ가 약정에 따라 위 기존건물을 철거하고 곧 건물을 신축하여 위 토지와 신축건물을 소외 이ㅇㅇ에 매도한 다음, 1989. 5. 3. 원고에게 그 매매대금 5,000만원을 지급함으로써 그 대금을 청산받았던 것이므로 매매대금 청산일인 1989. 5. 3.이 이 사건 토지의 양도시기라고 할것인데( 소득세법시행령 제53조 제1항 ), 원고가 지적법상 지목이 대지인 이 사건 토지와 그지상건물을 1978. 6. 1.취득하여 그 건물에서 10년이상 거주하여 오다가 1988. 7.초순경 위 신ㅇㅇ에게 위토지및 건물을 매도하기로 매매계약을 체결하였고 그후 위 신ㅇㅇ가 1988. 10.경 기존건물을 철거하고 곧이어 위 토지위에 건물을 신축하여 그이래 이 사건 토지의 양도시기인 1989. 5. 3.까지 비록 원고의 소유가 아니나 원고의 허락하에 건축허가를 받은 건축물이 존재하고 있었던 이상, 이 사건 토지는 그 취득시기인 1978. 6. 1.부터 양도시인 1989. 5. 3.까지 중간에 잠시동안의 건축신축기간을 빼고서라도 10년이상의 기간동안 장기보유특별공제액의 적용대상에서 제외되는 위 구소득세법시행령 제46조의3 소정의 지적법상의 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지(법문상 건축물이 토지소유자의 소유임을 요한다는 한정을 하고있지 않다.)의 상태에 있지 아니하였다고 봄이 상당할 것이므로 이 사건 토지의 양도의 경우 장기보유특별공제를 하였어야 옳았을 것임에도 이에 나아오지 아니한 피고의 조치는 위법하다고 할것이고, 원고의 위 주장은 이유가 있다.

4. 따라서 위 소득세법 제23조 제2항 제2호(나)목 에 따라 자산의 보유기간이 10년이상인 경우로서 양도차익의 30/100을 공제하여 소득세법및 방위세법 제규정에 따라 이 사건의 경우의 양도소득세액및 동 방위세액을 산출해보면 별지 제2 세액산출표 기재와 같이 양도 소득세액은 -31,943원 동 방위세액은 -6,381원이 되어 오히려 피고가 환급해주어야 할 입장인 것을 알 수 있다.

5. 그렇다면 이 사건 부과처분은 위법하다고 할것이므로 그취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유있어 이를 인용하고, 소송비용은 패소한 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1992. 2. 20.

심급 사건

참조조문