2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2009. 3. 2. 설립된 휴대폰 부품인 연성인쇄회로기판 제조를 주 업무로 하 는 주식회사이다.

나. 원고의 모회사인 주식회사 ◇◇스(이하 '◇◇스'라 한다)는 2009. 2. 18. 주식회사 △△전자(이하 '△△전자'라 한다)와 사이에 ◇◇스가 지정하는 자를 매수자로 하고, △△전자를 매도자로 하여 다음과 같은 내용의 매매계약(이하 '이 사건 계약'이라 하고, 이 사건 계약 제1조에 따른 양수도 목적물을 '이 사건 자산'이라 한다)을 체결하였다.

다. 이후 원고는 2009. 3. 13. △△전자로부터, 토지의 공급가액을 1,800,000,000원으로 한 세금계산서와 건물의 공급가액을 400,000,000원, 세액을 40,000,000원, 기계의 공급가액을 2,800,000,000원, 세액을 280,000,000원으로 한 세금계산서(이하 위 건물과 기계에 대한 세금계산서를 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받은 후, 피고에게 2009년 제1기 부가가치세 과세표준 예정신고를 하면서, 이 사건 자산의 매입과 관련된 매입세액 320,000,000원 등을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 330,038,790원의 환급을 신고(이하 '이 사건 신고'라 한다)하였다.

라. 피고는 이 사건 자산의 양도는 부가가치세의 과세대상이 아닌 사업의 양도에 해 당하므로, 해당 매입세액은 공제대상이 되지 않는다고 판단하고, 이를 불공제하여 환급을 부인하고, 2009. 8. 18. 원고에 대하여 2009년 제1기 부가가치세 21,961,200원을 경정 ・ 고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 9. 1. 조세심판원장에게 심판청구를 제기 하였으나, 조세심판원장은 2010. 4. 20. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

① 이 사건 계약에 의한 양수도 목적물은 이 사건 자산에 한정되어 있을 뿐 △△전자의 거래처, 대고객관계, 사업상의 비밀 등 사실관계의 이전이 없었던 점,② △△전자의 자산과 부채에 대한 평가나 영업권에 대한 평가도 없었던 점,③ △△전자의 종업원 인수의무를 부담하지 않았고 △△전자 퇴사 종업원을 일부 신규로 채용한 것은 인수한 설비의 운용상의 곤란을 방지하기 위하였던 것이며 신규 채용했던 인력도 대부분 단기간 내에 다시 퇴사한 점 ④ 이 사건 계약 당시 △△전자는 자본잠식 상태로서 양도의 대상인 사업의 실체가 없었을 뿐만 아니라, △△전자가 영위하던 사업과 원고가 이 사건 자산의 인수 후 영위하는 사업이 동일하다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어보면, 이 사건 계약에 따른 자산의 양도는 부가가치세의 과세대상이 아닌 사업의 양도에 해당하지 않고, 단순한 자산의 양도에 불과하므로, 해당 매입세액은 공제되어야 한다.

(2) 피고의 주장

(가) 사업의 양도 해당 여부

① 원고는 △△전자로부터 인수한 공장건물과 부속 토지를 담보로 하여 기업은행으로부터 5,000,000,000원을 신규로 대출받아 이를 △△전자에게 매매대금으로 지급하였고, △△전자는 위 매매대금을 지급받아 기업은행에 대한 채무 5,000,000,000원을 상환하였으나, 위 대출 및 상환이 동시에 이루어진 점에 비추어보면, 그 실질은 원고가 △△전자의 기업은행 부채를 승계한 것인 점,② △△전자는 이 사건 계약 이후 법인격을 유지하고는 있으나 실질적으로는 아무런 제세 신고 ・ 납부도 없는 폐업상태로 사업장 소재지의 변경도 없는 점, ③ △△전자의 기존 거래처에 대한 매출채권 및 매입채무는 소액에 불과하여 원고가 이를 인수하지 않았다고 하더라도 사업의 동질성을 훼손한다고 볼 수 없는 점, ④ △△전자가 생산하던 제품과 원고가 생산하는 제품은 그 규격이 다소 다르다고는 하나 휴대폰 부품으로 사용된다는 점에서 변함이 없고, 원고는 여전히 △△전자의 주거래처이던 □□전기와 거래하고 있는 점 등에 비추어보면, 이 사건 계약에 따른 자산의 양도는 사업의 양도에 해당한다.

(나) 이 사건 신고의 적법 여부

1) 이 사건 계약 당시 ◇◇스와 △△전자는 이 사건 자산의 매매대금을 토지 1,014,312,953원, 건물 1,185,687,047원, 기계장치 2,800,000,000원으로 구분하여 인식하고 있었는바, 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항에서 정하고 있는 "실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우"에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 자산에 대한 감정평가가액에 비례하여 이 사건 자산의 매매대금을 안분계산한 것은 위법할 뿐만 아니라, 이 사건 세금계산서는 위 실지거래가액과 다른 공급가액이 기재된 사실과 다른 세금계산서이다.

2) 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항에 의하면, 위 조항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에만 적용되는바, 위 조항에서 규정하고 있는 "토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등"에 포함되지 않는 기계장치의 가액까지도 위 조항에 따라 감정평가가액에 비례 하여 안분계산한 것은 위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(가) 사업의 양도 해당 여부에 대한 판단

1) 부가가치세법 제6조 제6항에서 사업을 양도하는 것은 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정하고 있고, 그 시행령 제17조 제2항에서 법 제6조 제6항에 규정하는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것은 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것은 제외한다)를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 '사업의 양도'라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적 ・ 인적시설 및 권리의무를 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다고 할 것이므로, 그 사업은 인적 ・ 물적 시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있어야 한다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결 등 참조).

2) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 갑 제1호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4 내지 6호증, 갑 제7호증의 1 내지 3, 갑 제8호증, 을 제5호증, 을 제6호증의 1 내지 3 의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉,① 이 사건 계약에 의하면, 이 사건 계약의 목적물은 이 사건 자산으로 한정되며, 원고에게 △△전자의 근로자들에 대한 포괄적인 인수의무까지 부여되어 있다고는 보이지 않고, 실제 이 사건 계약 이후 원고에게 재입사하였던 △△전자의 기술직원들도 대부분 단기간 내에 퇴사한 점,② 원고가 이 사건 자산의 인수 후 △△전자의 주 거래처였던 □□전기에 일부 생산부품을 납품한 실적은 있으나, 원고가 □□전기에 납품한 부품은 △△전자가 납품하던 부품과는 다른 제품이었고, □□전기는 원고의 모회사인 ◇◇스의 거래처이기도 하였을 뿐만 아니라, 원고의 매출은 대부분 모회사인 ◇◇스에 대한 것으로서, 원고와 △△전자의 매입처 ・ 매출처가 상이한 점,③ 원고가 이 사건 계약을 체결하면서 △△전자의 자산과 부채에 대한 평가나 영업권에 대한 평가를 한 것으로는 보이지 않는 점,④ 그 밖에 원고가 △△전자의 대고객관계 ・ 사업상의 비밀 ・ 경영조직 등 사실관계를 인수하였다고 볼 사정도 없는 점,⑤ 이 사건 계약 당시 △△전자는 자본잠식상태로서 계속되는 적자의 누적으로 부채만 20,000,000,000원을 넘는 등 계속기업으로서의 존속능력에 의문이 들 정도였는바, 원고가 △△전자의 사업을 포괄적으로 양수하여 그 위험을 부담할 합리적인 이유도 없었던 것으로 보이는 점,⑥ 원고가 △△전자로부터 인수한 공장건물과 부속 토지를 담보로 하여 기업은행으로부터 5,000, 000,000원을 신규로 대출받아 이를 △△전자에게 매매대금으로 지급하였고, △△전자가 위 매매대금으로 기업은행에 대한 채무 5,000,000,000원을 상환하였다는 사정만을 가지고, 원고가 △△전자의 기업은행에 대한 부채를 승계하였다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어보면, 원고가 △△전자의 사업용 재산을 비롯한 물적 ・ 인적시설 및 권리의무를 포괄적으로 양도받음으로써, △△전자가 영위하던 사업이 동일성을 유지하면서 단지 그 경영주체만이 원고로 교체되었다고는 볼 수 없다.

따라서 이 사건 계약에 따른 자산의 양도는 부가가치세의 과세대상이 아닌 사업의 양도에 해당하지 않고, 단순한 자산의 양도에 불과하므로, 이 사건 세금계산서에 따른 해당 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 공제되어야 할 것이다.

(나) 이 사건 신고의 적법 여부에 대한 판단

1) 세금계산서나 대차대조표상에 기재된 건물의 가액은 부가가치세 신고를 위하여 관계 법령에 따라 계산한 것에 지나지 아니하므로, 매매계약 당시 작성된 매매 계약서상 토지와 건물의 가액이 구분되지 아니한 채 총 매매대금만이 기재되어 있는 이상 토지와 건물의 가액의 구분이 분명한 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두10274 판결 등 참조).

2) 이러한 법리를 전제로 이 사건으로 돌아와 살피건대, 이 사건 계약에서 이 사건 자산의 매매대금을 토지와 건물 및 기계장치 등으로 구분하여 정하지 않고, 총 매매대금만을 정한 사실은 앞서 본 바와 같은 바, 이는 원칙적으로 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항에서 정하고 있는 "실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우"에 해당한다고 할 것이다. 한편, 갑 제7호증의 기재에 의하면, △△전자 제무제표에 대한 2008년 감사보고서에 기재된 유형자산의 가액이 감가 상각누계액과 감액손실누계액을 공제할 경우 토지는 1,014,312,953원, 건물은 1,185,687,047원, 기계장치는 2,800,000,000원, 차량운반구 및 공구와 기구, 비품은 0원, 무형자산은 0원인 사실을 인정할 수 있는바 이에 의하면 위 토지와 건물 및 기계의 가액 합계가 5,000,000,000원으로 이 사건 자산의 매매대금과 일치하기는 하나, 기본적으로 ◇◇스 혹은 원고는 피고와 사이에 위 유형자산에 대한 매매대금 총액을 결정함에 있어 위 제무제표를 참고한 것으로 보일 뿐, 구체적인 내역까지 이를 기초로 혹은 이를 매매대금으로 구분하여 정하였다고 보기는 어렵고, 오히려 위와 같이 △△전자가 이 사건 세금계산서를 발행해 준 사실에 비추어보면 위 계약당사자들은 원고가 감정가에 의하여 안분한 금액으로 위 5,000,000,000원의 세목을 결정하기로 하였다고 볼 여지도 충분하다.

3) 또한 이 사건 자산 중 기계는 △△전자가 공장운영을 위하여 공장건물 내에 설치한 것으로 건물과 밀접한 관련을 가지고, 원고도 위 기계를 반출하여 사용하기 보다는 건물에 설치된 현상태 그대로 사용하기 위하여 토지 및 건물과 기계를 함께 인수하였다는 점에 비추어보면, 위 기계를 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항에서 규정하고 있는 "구축물 등"에 해당하는 것으로 볼 여지도 있을 뿐만 아니라, 가사 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 계약과 같이 토지 및 건물 외에 건물 내에 설치되어 있는 기계장치를 일괄하여 공급하고 기계장치를 포함한 각 재화의 가액 구분이 불분명한 경우에는 과세재화인 건물과 기계장치의 과세표준을 부가가치세법 시행령 제48조의 2에 따라 안분계산하는 것이 가장 합리적이라고 보이는바, 이를 위법하다고 할 수는 없다.

4) 따라서 원고의 이 사건 신고는 적법한 것으로 보이고, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.