2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

② 피고 △△세무서장이 2003. 10. 1. 망인에 대하여 한 〈별지〉부가가치세 및 종합소득세 기재 '2. 종합소득세'의 '경정세액'란 금액에 대한 각 종합소득세 부과처분 중 '정당한 세액'란의 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.(원고들은 피고 △△세무서장이 2004. 5. 3. 망인에 대하여 한 종합소득세 181,793,030원의 부과처분 중 54,674,424원의 취소를 구하나, 위 피고가 망인에게 부과 · 고지한 1998년 내지 2000년 귀속 각 종합소득세의 합계액이 181,793,030원이고, 그 취소를 구하는 부분의 합계액이 위 '정당한 세액'란의 금액을 초과하는 부분의 합계액과 동일하며, 위 날자는 심사결정일이어서, 위와 같은 내용의 청구취지로 선해하여 판단하기로 한다.)

가. 망인은 김○○(이하 '임차인'이라고만 한다)과 사이에 망인 소유인 서울 ○○구 ○○동 1가 ○-○및 같은 동 1가 ○-○각 대지 합계 7,144㎡(이하 '이 사건 토지'라고만 한다)에 관하여 임대기간 1995. 11. 29. ~ 2000. 9. 28. 1998년 제1기분부터 임대보증금 2억 원, 월 차임 600만 원으로 하여 임대차계약(이하 '이 사건 임대차계약'이라고만 한다)을 체결한 것으로 하여, 피고 ○○세무서장에게 부가가치세를 신고 납부하였다.

나. 피고 ○○세무서장은 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 임차인에게 이 사건 토지를 임대보증금 6억 원, 월 차임 1,500만 원에 임대한 사실을 확인하고, 아래 표의 <수입금액 및 소득금액 경정내역> 기재와 같이 원고가 1998년 제1기분 내지 2000년 2기분까지의 임대수입금액 419,250,000원을 과소신고하였다는 사실을 피고 △△세무서장에게 통보한 후, 1998년 제2기분 내지 2000년 2기분까지 과소신고 한 임대수입금액 351,640,000원에 관하여 2003. 10. 1. 원고에게 <별지> 부가가치세 및 종합소득세 기재 '1. 부가가치세'의 '당초 고지세액'란 각 금액을 부가가치세로 부과 · 고지하였다.

<수입금액 및 소득금액 경정내역> (단위 : 천원)

당초 신고분

조사경정분

과소 신고분

비고

수입금액

소득금액

수입금액

소득금액

수입금액

소득금액

* 1998년. 제1기분 부가가치세 과소신고분에 대하여는, 2003. 7. 25.을 납기로 별도로 고지하였다.

1998. 1기

49,390

61,380

117,000

196,380

67,610

135,000

1998. 2기

49,610

117,000

67,390

소계

99,000

61,380

234,000

196,380

135,000

135,000

1999. 1기

47,157

61,400

112,500

191,900

65,342

130,500

1999. 2기

47,343

112,500

65,158

소계

94,500

61,400

225,000

191,900

130,500

130,500

2000. 1기

0

0

112,500

123,000

112,500

123,000

2000. 2기

0

41,250

41,250

소계

0

0

153,750

123,000

153,750

123,000

합계

419,250

다. 피고 △△세무서장도 위 통보내용에 따라 2003. 10. 1. 원고에게 <별지> 부가가치세 및 종합소득세 기재 '2. 종합소득세'의 '당초 고지세액'란 각 금액을 종합소득세로 부과 · 고지하였다.

라. 망인은 위 각 부가가치세 부과처분과 위 각 종합소득세 부과처분에 불복하여 국세청장에게 각 심사청구를 하였고, 국세청장은 2004. 5. 3. ①ⅰ) 2000년 제1기분 부가가치세의 간주임대료 계산시 당해 기간의 임대보증금을 126,853,450원에서 월 차임 15,000,000원을 월별로 순차로 차감한 금액으로 계산하여 과세표준과 세액을 경정하고1) ⅱ) 2000년 제2기분 부가가치세 6,856,680원을 취소하고, 나머지 청구를 기각하는 결정을 하였고, ② 2000년 귀속 이 사건 토지의 임대 수입금액을 93,318,480원으로 하고 소득금액을 74,654,780원으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고2), 나머지 청구를 기각하는 결정을 하였다.

마. 국세청장의 위 각 심사결정내용에 따라, 피고 ○○세무서장은 2004. 5. 17.경 2000년 제1기분 부가가치세 2,922,550원 및 2000년 제2기분 부가가치세 6,856,680원을 감액하였고(이하에서는 당초의 위 각 부가가치세 부과처분 중 감액경정으로 인하여 취소되고 남은 나머지 부분을 '이 사건 각 부가가치세 부과처분'이라고만 한다), 피고 △△세무서장은 2004. 5. 15. 2000년 귀속 종합소득세 30,002,970원을 감액하였다(이하에서는 당초의 위 각 종합소득세 부과처분 중 감액경정으로 인하여 취소되고 남은 나머지 부분을 '이 사건 각 종합소득세 부과처분'이하고만 한다). 인정 근거다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1,2, 갑 2호증, 을 1~4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 망인과 임차인 사이에 약정된 최초의 임대보증금 6억 원에서 연체된 월차임, 부가가치세, 지연이자(연체차임에 대한 지연손해금) 등을 공제한 잔액을 간주임 대료 계산의 기초로 삼아야 함에도 불구하고, 약정된 최초의 임대보증금 6억 원을 기초로 하여 계산한 간주임대료를 전제로 하여 한 피고의 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 위법하다.

(2) 망인은 1999. 12. 28. 임차인과 사이에 이 사건 임대차계약을 합의해지한 이후 임차인에게 임대용역을 제공한 적이 없음에도 망인에 대하여 한 2000년 제1기분 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나 관계법령

○부가가치세법 제13조 과세표준

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하"공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

○부가가치세법 시행령제49조의2 부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례

① 사업자가 부동산임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우에는 법 제13조 제1항 제2호에 규정하는 금전 이외의 대가를 받는 것으로 보아 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 한다. 이 경우 국가 또는 지방자치단체의 소유로 귀속되는 지하도의 건설비를 전액 부담한 자가 지하도로 점용허가(1차 무상점용기간에 한한다)를 받아 대여하는 경우에 재정경제부령으로 정하는 건설비상당액은 전세금 또는 임대보증금으로 보지 아니한다.(당해 기간의 전세금 또는 임대보증금)X(과세대상기간의 일수)X계약기간 1년의 정기예금 이자율(당해 예정신고기간 또는 과세기간 종료일 현재)/365 = 과세표준

다. 판단

(1) 간주임대료 계산시 임대보증금에서 연체 차임 등을 공제해야 하는지 여부

① 갑 2,3호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 망인은 임차인과 사이에 이 사건 임대차계약을 체결하면서 매달 차임은 망인이 지정하는 금융기관에 그 달 29일까지 현금으로 직접 납입하고, 임차인이 차임의 지급을 지체한 경우에는 망인은 임대보증금에서 이를 충당할 수 있으며, 이 경우에 임차인은 임대보증금에서 부족하게 된 금원을 지체 없이 보충하여야 하되 보충을 지체한 기간 동안의 지체이자(은행 연체 이자율)를 가산한다는 취지의 약정을 한 사실, 임차인이 망인에게 이 사건 임대차와 관련한 부가가치세액 60만 원을 지급하기로 약정한 사실 등을 인정할 수 있고, 임차인이 1997. 4분부터 월 차임 및 부가가치세액을 연체하고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

② ⅰ) 먼저 연체 차임을 임대보증금에서 공제하여 간주임대료를 계산하여야 하는지 여부에 관하여 보건대, 임대인이 임대보증금에서 연체된 월 차임 상당액을 매월 공제충당하기로 한 경우에는 연체된 월 차임이 순차 공제되고 남은 금액만을 간주임대료 계산의 기초로 삼아야 할 것이나(대법원 1995. 7. 14. 선고 95누4018 판결 참조), 망인이 임대보증금에서 연체된 차임을 충당한 사실을 인정할 증거가 없고, 오히려 갑 3호증의 기재에 의하면 망인은, 임차인이 망인을 상대로 임대보증금의 반환을 구하는 사건 ○○중앙지방법원 2002가합22798호)에서 연체한 차임 합계 4억 9,500만 원을 임대보증금에서 공제하여야 한다고 주장한 사실을 인정할 수 있을 뿐이므로, 임대보증금에서 연체 차임이 매월 충당되었다는 전제에서 연체 차임을 임대보증금에서 공제하여야 한다는 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

ⅱ) 다음으로 부가가치세, 지연이자 등을 임대보증금에서 공제하여 간주임대료를 계산하여야 하는지 살피건대, 앞서 본 바와 같이 임차인이 월 차임과 부가가치세액 60만 원을 1997. 4분부터 지급하지 않고 있으므로, 임차인은 망인에게 미지급한 부가가치세액과 연체된 월 차임에 대한 지연손해금(민법 소정의 연 5%로 계산한 지연이자)을 지급할 의무가 있다고 할 것이다. 그러나 망인이 임차인과 사이에 부가가치세 등을 임대보증금에서 충당하기로 약정한 사실이 없는 이 사건에 있어서, 임대보증금에서 부가가치세, 지연이자 등을 공제한 금액을 간주임대료 계산의 기초로 삼을 수는 없고, 단지 망인은 임대차계약 만료시 위 각 채권을 임대보증금에서 공제할 것을 주장할 수 있을 뿐이다. 따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

(2) 임대차계약 합의해지 이후에도 부가가치세를 부과할 수 있는지 여부

임대인의 해지통고로 건물 임대차계약이 해지되어 임차인의 점유가 불법점유가 된다고 하더라도, 임차인이 건물을 명도하지 아니하고 계속 사용하고 있고 임대인 또한, 임대보증금을 반환하지 아니하고 보유하면서 향후 월 임료 상당액을 보증금에서 공제하는 관계에 있다면, 이는 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 해당하고, 대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이상 실제로 그 대가를 받았는지의 여부는 부가가치세 납부의무의 성립 여부를 결정하는 데 아무런 영향을 미칠 수 없다(대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두8534 판결 등 참조). 갑 3호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 임차인이 이 사건 임대차계약의 합의해지일인 1999. 12. 28. 이후에도 이 사건 토지를 인도하지 아니하고 계속하여 점유 · 사용하다가 2000. 6. 30.경 위 토지를 인도하였고, 망인도 임대보증금을 반환하지 아니하고 보유하면서 월 차임을 임대보증금에서 공제하고 있었던 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 이는 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 해당한다고 할 것이므로, 원고들의 위 주장도 이유 없다.

라. 소결론

따라서 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 적법하고, 이에 어긋나는 원고들의 위 각 주장은 모두 이유 없다.

3. 이 사건 각 종합소득세 부과처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 구 소득세법(2001. 12. 31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.)

제25조 및 구 소득세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제53조에 의하여 임대보증금에 대한 총수입금액을 계산하는 데 있어, 임대보증금의 적수에서 이 사건 토지의 기준시가를 차감하면 0이 되므로 이 사건 임대보증금에 대한 간주임대료는 총 수입금액에서 제외되어 간주임대료 수입금액은 0이 됨에도 불구하고, 간주임대료 수입금액이 존재한다는 전제하에 한 이 사건 각 종합소득세 부과처분은 위법하다.

(2) 망인에게 2000년도에는 아무런 소득이 발생하지 않았으므로 2000년 귀속 종합소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

(3) 최초의 임대보증금에서 연체된 월차임, 부가가치세, 지연이자 등을 공제한 잔액을 간주임대료 계산의 기초로 삼아야 함에도 불구하고, 약정된 최초의 임대보증금을 기초로 하여 계산한 간주임대료를 전제로 하여 망인의 수입금액 및 소득금액을 산정하고 이에 대하여 부과한 이 사건 각 종합소득세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 구 소득세법 제24조 총수입금액의 계산

①거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

○ 제25조 총수입금액계산의 특례

① 거주자가 부동산(대통령령이 정하는 주택을 제외한다.) 또는 그 부동산상의 권리 등을 대여하고 보증금·전세금 또는 이와 유사한 성질의 금액을 받은 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부동산임대소득금액의 계산에 있어서 총수입금액에 산입한다.

○ 구 소득세법 시행령 제53조 총수입금액계산의 특례

② 법 제25조 제1항의 규정에 의하여 총수입금액에 산입할 금액은 다음의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 총수입금액에 산입할 금액이 영보다 적은 때에는 이를 없는 것으로 보며, 적수의 계산은 매월 말 현재의 임대보증금 등의 잔액에 경과일수를 곱하여 계산할 수 있다. 총수입금액에 산입할 금액 = {당해 과세기간의 보증금 등의 적수 - 임대용부동산의 건설비 상당액의 적수} X 1/365 X 금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 이자율(이하 이 조에서 "정기예금이자율"이라 한다) - 당해 과세기간의 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액

④ 제2항 및 제3항에서 "임대용부동산의 건설비 상당액"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

1. 지하도를 건설하여 국유재산법 기타 법령에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 지하도로점용허가(1차 무상점용허가기간에 한한다)를 받아 이를 임대하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 지하도 건설비 상당액

2. 제1호 외의 임대용부동산의 경우에는 재정경제부령이 정하는 당해 임대용부동산의 건설비상당액(토지가액을 제외한다)

다. 판단

(1) 간주임대료 수입금액이 존재하는지 여부

임대보증금에 대한 총수입금액을 계산하는 데 있어 '당해 과세기간의 임대보증금의 적수'에서 '임대용부동산의 건설비 상당액의 적수'를 차감하게 되는데(구 소득세법 시행령 제53조 제2항), '임대용부동산의 건설비 상당액'에는 '토지가액'이 제외되므로(같은 조 제4항 제2호), 이 사건 토지의 기준시가가 임대용부동산의 건설비 상당액에 해당함을 전제로 하는 원고들의 위 주장은 이유 없다.

(2) 2000년도에 임대소득이 발생하였는지 여부

망인에게 이 사건 임대차계약이 해지된 2000년도에도 이 사건 토지로 인한 임대소득이 발생하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고들의 위 주장도 이유 없다.

(3) 간주임대료 계산에 오류가 있는지 여부

피고가 연체 차임, 부가가치세, 지연이자 등을 공제하지 아니한 최초의 임대보증금을 기초로 하여 간주임대료를 계산한 것이 정당하다는 점은 앞서 본 바와 같으므로, 간주임대료 계산에 오류가 있었다는 원고들의 위 주장도 이유 없다.

라. 소결론

따라서 이 사건 각 종합소득세 부과처분은 적법하고, 이에 어긋나는 원고들의 위 각 주장은 모두 이유 없다.

4. 결 론

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

* 주석 *

1) 국세청장은 이 사건 임대차계약이 1999. 12. 28.자로 합의해지되었으므로, 그 이후인 2000년 제1기분 부가가치세의 간주임대료 계산시 그 대상이 되는 임대보증금은 당초 임대보증금 6억 원에서 1999. 12. 28.까지의 연체 차임 합계 495,000,000원을 공제하고,

* 주석 *

2) 국세청은 2000년 귀속 수입금액은 월 차임 해당분 90,000,000원에 임대보증금 잔액