원심판결의 이유에 의하면, 원심은 그 거시의 증거를 종합하여 원고는 1980.3.28. 소외인으로부터 인천시 남구 (주소 생략) 소재 ○○○○○자동차정비공장 신축공사를 총도급액 금 245,000,000원으로 하되 그 중 금 40,946,822원 상당의 자재는 위 소외인이 공급하고 그 대금은 위 도급액에서 공제하기로 하여 도급받은 사실을 인정하고 따라서 원고가 위 소외인으로부터 공급받은 가액은 위 도급액에서 위 자재대금을 공제한 금 204,053,178원이므로 이를 원고에 대한 과세표준으로 삼아 부가가치세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 단정하여, 원고와 위 소외인은 1980.5.30 위 계약을 변경하여 위 공사에 필요한 자재구입은 위 소외인이 직접하고 그 대금은 위 도급액에서 공제하기로 하였는데 이에 따라 위 소외인은 1980년도에 금 130,093,918원 상당 1981년도에 금 48,480,467원 상당의 자재를 원고에게 공급하였으니 위 금액의 합계액 만큼 위 과세표준금액에서 공제되어야 한다는 원고주장을 배척하였다.

그러나 처분문서는 그 성립이 진정한 것으로 인정되는 한 그 내용을 부정할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 이유가 없는 한 그 내용되는 법률행위의 존재를 인정하여야 하는 것인바 처분문서인 을 제6호증(수정계약서)의 기재내용에 의하면 원고와 위 소외인간의 위 도급계약의 내용을 일부 변경한 사실을 인정할 수 있음에도 불구하고 원심이 위 을 제6호증을 배척하는 대비증거로 내세우고 있는 증거들은 그 내용이 원고가 위 수정계약 체결후에도 위 소외인으로부터 체불노임조, 브로크대금조 등으로 금원을 지급받아온 것 또는 원고가 지불할 자재대 노임 등을 위 소외인에게 지급하여 줄 것을 의뢰한 것 또는 이 사건 세무조사시에나 전심절차에서도 동 호증이 제시된 바 없다는 것으로 이러한 사유만으로서는 동 호증의 내용을 부정할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 이유가 된다고 말할 수 없다고 할 것이고 또 이 사건 기록을 정사하여 보면 원심이 배척하지 아니한 갑 제7호증의 1(매입세금계산서), 제7호증의 2 내지 25(각 영수증), 제8호증의 1(매입세금계산서철표지), 제8호증의 2 내지 23(각 영수증)은 위 소외인에게 발행된 것으로서 동인이 위 수정계약에 의하여 이 사건 공사에 필요한 자재 중 상당부분을 직접 구입하여 원고에게 공급하였음을 엿볼 수 있음에도 이를 간과한 원심판결은 필경 심리를 다하지 아니하고 경험칙과 논리칙에 반한 채증을 하여서 판결의 결과에 영향을 미쳤다고 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유있다.

따라서 원심판결을 파기하고, 사건을 원심인 서울고등법원에 환송하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.