2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 별지 [표] '처분일'란 기재 각 일자에 원고에 대하여 한 별지 [표] '남은 세액'란 기재 각 법인세(가산세 포함, 이하 같다) 부과처분, 원천징수 근로소득세 징수처분, 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 〇〇법인인 AAA International, Inc.(이하 'AAA'라 한다)의 관계 회사인 스위스 소재 BBB이 100% 지분을 보유한 내국법인(이하 AAA와 그 자회사 등 관계 회사를 통칭하여 'AAA 그룹'이라 한다)으로 〇〇의 제조 및 판매를 주된 사업으로 영위하고 있다.

나. 〇〇지방국세청은 2015. 7. 29.부터 2015. 11. 28.까지 원고의 2010 사업연도부터 2014 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, ① 원고가 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지 대표이사 등 임원들에게 지급한 보수 합계 12,168,249,040원(기본급여, 상여금 등 포함, 이하 '이 사건 보수'라 한다) 전부를 인건비로 손금에 계상한 것과 관련하여 그 중 원고의 주주총회에서 승인한 임원의 보수한도 연 14억 원을 초과하여 지급된 5,168,249,040원을 손금불산입하고, ② 원고가 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지 임직원들에게 제공한 차량(이하 '이 사건 차량'이라 한다)의 리스(렌트)료 및 주유비 합계 984,286,175원(이하 '이 사건 유지관리비'라 한다)을 해당 임직원들의 근로소득으로 보아 2010년부터 2014년 귀속 근로소득세를 재산정하였으며, ③ 원고가 2011년 2기 및 2012년 2기 부가가치세 과세기간 중 매출처인 판매회사(Distributor)들의 판매실적과 시장점유율 등에 따라 미리 정해진 금액(Cash pool) 내에서 상대적인 비율에 따라 결정한 인센티브 합계 498,500,000원(이하 '이 사건 인센티브'라 한다)을 해당 판매회사들에 공급하는 제품 공급가액에서 차감하고, 이를 부가가치세법상 에누리로 보아 과세표준에서 제외한 것을 판매장려금에 해당하는 것으로 보아 부가가치세 과세표준에 산입한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 피고는 별지 [표] '처분일'란 기재 각 일자에 원고에게 별지 [표] '당초 부과세액'란 기재 각 법인세(가산세 포함, 이하 같다), 근로소득세, 부가가치세를 각 결정・고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2016. 3. 11 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2017. 1. 24. 이 사건 보수 중 기본급여는 법인세법 시행령 제43조 제2항에서 손금에 산입하지 아니하도록 규정한 상여금에 해당하지 아니하여 주주총회에서 의결한 보수 한도액을 초과하는지에 관계없이 전액 손금에 산입되어야 함을 이유로 '원고가 임원들에게 지급한 보수 중 2011 사업연도 617,257,737원, 2013 사업연도 539,046,097원, 2014 사업연도 439,475,573원을 위 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다'는 결정을 하였다.

마. 피고는 위 조세심판원 결정에 따라 2011 사업연도 법인세 204,406,090원, 2013 사업연도 법인세 152,491,730원, 2014 사업연도 법인세 113,740,350원 합계 470,638,170원을 원고에게 환급하였다(이하 위와 같이 환급되고 남은 별지 [표] '남은 세액'란 기재 법인세 부과처분을 '이 사건 법인세 부과처분'이라 하고, 별지 [표] '남은 세액'란 기재 근로소득세 징수처분을 '이 사건 근로소득세 징수처분', 별지 [표] '남은 세액'란 기재 부가가치세 부과처분을 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 하며, 위 각 처분을 합하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7 내지 11호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 각 처분은 아래와 같이 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 법인세법 제26조 제1호 및 법인세법 시행령 제43조 제2항에 의하면, 임원에게 지급되는 상여금은 정관・주주총회・사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하고, 그것이 과다하거나 부당하다고 인정되는 경우에만 손금에 산입되지 아니하는 것인바, 비록 이 사건 보수 중 상여금이 주주총회에서 결의된 보수 한도액을 초과하여 지급되기는 하였으나, AAA 그룹의 모든 임직원에 적용되는 급여지급기준에 따라 지급되었고, 그 과정에서 등기이사들이 어떠한 영향력을 행사하지도 않아 과다하거나 부당하게 지급되었다고 할 수 없으므로, 그 전부가 손금에 산입되어야 한다. 그럼에도 단지 주주총회 결의에서 정한 이사의 보수 한도액을 초과하였다는 이유만으로 그 초과 부분에 해당하는 상여금을 손금불산입하여 한 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

나. 원고의 내부규정상 이 사건 차량은 원칙적으로 업무용으로 사용하게 되어 있고, 실제로 출・퇴근을 비롯한 업무용으로 사용되었으므로, 원고가 이 사건 차량과 관련하여 지급한 이 사건 유지관리비를 해당 임직원들의 근로소득으로 볼 수 없다. 그럼에도 위 유지관리비가 근로소득에 해당함으로 전제로 한 피고의 이 사건 근로소득세 징수처분은 위법하다.

다. 원고는 판매회사들과 체결한 제품공급약정에서 정한 방식에 따라 산정한 이 사건 인센티브를 제품의 공급가격에서 공제하여 주었는바, 위 인센티브 금액은 제품 공급과 관련하여 공급 조건이 원인이 되어 발생하였고, 공급가액에서 직접 공제되었으므로, 부가가치세 과세표준에서 제외되는 매출 에누리액에 해당한다. 그럼에도 위 인센티브가 판매장려금에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 법인세 부과처분에 대한 판단

1) 인정사실

가) 원고의 정관 제17조(보수)는 '이사와 감사의 보수 및 상여금은 주주총회의 결의로 정한다'고 규정하고 있고, 이에 따라 원고는 매년 주주총회에서 이사의 보수 한도액(상여금 포함)을 승인하여 왔는데, 2010년부터 2014년까지의 정기주주총회에서 해당 사업연도에 지급할 이사들의 보수 한도액(상여금 포함)을 각 14억 원으로 결의하였다.

나) AAA 그룹의 급여지급기준인 'Compensation, Benefits and Awards(AAA 23)'( 이하 '이 사건 급여지급기준'이라 한다)에 의하면, AAA 그룹의 임직원들은 Hay Group의 직무평가방법을 사용하여 결정된 직무등급을 가지고 있고, 그룹 내 관계 회사들은 매년 현지 시장조사를 통해 다음 해에 적용할 직무등급에 따른 최저/최고 급여구간(기본급)을 결정하며, 모든 임직원은 입사시 또는 성과평가에 따른 급여인상을 포함하여 급여(기본급)에 대한 조정이 필요한 경우 주어진 급여구간 안에서 급여조정을 받게 된다.

다) AAA 그룹의 파견 임직원의 처우와 관련된 규정인 'Global Long Term Assignment Guidelines(AAA 19-G2)'에 의하면, 파견 임직원의 총 급여 Package는 기본급여에 국가간 세금, 물가수준 차이에 대한 추가 보상액 등의 요소를 고려하여 결정되는데, 파견을 보내는 법인에서 파견자의 상급자와 인사부서장이 기본급여 수준에 대하여 승인하고, 지역파견업무 지원법인의 Share Services Team에서 해외파견에 따른 총 급여 Package를 작성하여 파견을 받는 법인의 인사부에 전달한다.

"라) 상여금의 경우 직무등급이 10급 이상인 직원들에게 지급되고, 상여금은 인센티브 보상 및 주식 보상으로 이루어져 있는데, 이 사건 급여지급기준에 따라 마련된Global Variable Compensation Programs(AAA 23-G4)'은 위 인센티브 및 주식 보상을 아래와 같은 방식으로 산정하고, AAA 그룹 임직원이 AAA 주식을 부여받게 되는 경우 그와 관련된 비용은 해당 인원이 근무하였던 각 법인이 근무 기간에 따라 안분하여 부담한다고 규정하고 있다.",○ 인센티브 보상 : [연간 기본급여 x 직급별 개인의 목표 x 인센티브보상 사업등급(0~150%) x 개인성과 등급

(0~130%)]

○ 주식 보상 : [연간 기본급여 x 직급별 개인의 목표 x 주식보상 사업등급(0~150%) x 개인성과 등급(0~130%)]

마) 원고는 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지 아래 표 기재와 같이 대표이사 등 등기이사들에게 합계 12,168,249,040원의 이 사건 보수를 지급하고, 이를 전부 손금에 산입하여 각 사업연도 법인세를 신고・납부하였다(그 중 피고가 당초 손금에 산입하지 않은 금액은 아래 표 '주주총회 승인 보수 한도액 초과금액'란 기재 각 금액과 같고, 이후 조세심판원의 결정에 따라 최종적으로 손금에 산입하지 않은 금액은 아래 표 '기본급여를 제외한 나머지 보수의 주주총회 승인 보수 한도액 초과금액'란 기재 각 금액과 같다).

(단위 : 원)

사업연도

2010

2011

2012

2013

2014

합계

등기이사

CC

DD

EE

FF

GG

기본급여

1,397,386,981

2,017,221,737

1,377,745,271

1,939,046,097

1,839,475,573

8,570,875,659

상여금(인센티브 + 주식 보상 등)

465,414,931

593,851,770

810,025,247

869,422,628

858,658,805

3,597,373,381

합계

1,862,801,912

2,611,073,507

2,187,770,518

2,808,468,725

2,698,134,378

12,168,249,040

주주총회 승인 보수 한도액 초과금액(A)

462,801,912

1,211,073,507

787,770,518

1,408,468,725

1,298,134,378

5,168,249,040

기본급여를 제외한 나머지 보수의 주주총회 승인 보수 한도액 초과금액(B)

462,801,912

593,851,770

787,770,518

869,422,628

858,658,805

3,572,505,633

차액(= A - B)

617,257,737

539,046,097

439,475,573

바) 원고는 2015. 12. 28. 임시주주총회를 개최하여 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지의 등기이사의 보수한도를 소급하여 각 40억 원으로 증액하기로 결의하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 5, 7, 11, 12, 14, 19, 21 내지 23호증, 을 제1, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 법인세법 제19조는 '손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하고(제1항), 위 손비는 법인세법 또는 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 하며(제2항), 손비의 범위 및 구분에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다(제4항)'고 규정하고 있고, 법인세법 제26조는 '다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다'고 규정하면서 제1호에서 '인건비'를 들고 있으며, 법인세법 시행령 제43조 제2항은 '법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관・주주총회・사원총회 또는 이사회결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다'고 규정하고 있다.

나) 살피건대, 위와 같이 법인세법 제26조 제1호에서 과다하거나 부당하다고 인정되는 인건비를 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제43조 제2항에서는 '임원에게 지급하는 상여금 중 정관・주주총회・사원총회 또는 이사회결의에 의하여 결정된 급여지급기준을 초과하여 지급한 금액을 손금에 산입하지 않는다'고 규정하고 있으므로, 사전에 주주총회에서 결의한 적법한 임원의 보수 한도를 초과하여 지급한 금액은 법인세법 제26조 제1호의 과다하거나 부당한 인건비로서 손금에 산입할 수 없다고 할 것이다. 따라서 원고가 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지 등기이사들에게 지급한 이 사건 보수 중 기본급여를 제외한 상여금 중 원고의 해당 사업연도 주주총회에서 정한 등기이사의 보수 14억 원을 초과하는 부분은 손금에 산입할 수 없고, 2015년에 개최된 임시주주총회에서 사후적으로 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지 등기이사의 보수를 소급하여 각 40억 원으로 증액하기로 결의하였다고 하여 이와 달리 볼 수 없다.

다) 이와 관련하여 원고는, 법인세법 시행령 제43조 제2항의 상위 규정인 법인세법 제26조에서 과다하거나 부당하다고 인정되는 손비를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있고, 인건비는 사업 관련성과 통상성이 있는 비용이어서 가급적 손금으로 인정되어야 하며, 법인세법 시행령 제43조 제2항은 법인의 의사결정에 영향력이 있는 임원들의 자의적인 결정에 의하여 근로의 대가에 비해 과다하거나 부당한 보수가 지급되는 것을 방지하고 법인의 수익 창출에 기여한 인건비만을 손금에 산입하기 위한 것이므로, 임원에게 지급된 상여금이 근로 제공의 대가로서 적정성을 갖추고 있고, 그 결정 및 지급 과정에 임원들의 영향력이 개입될 여지가 없는 등 상여금이 과다하거나 부당하다고 인정되지 않는다면, 비록 주주총회에서 결의한 임원의 보수한도를 초과하여 지급되었다고 하더라도 그 전부가 법인의 사업연도의 소득금액 계산시 손금에 산입되어야 한다고 주장한다.

그러나 위에서 본 바와 같이 법인세법 제26조는 '대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액'을 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으므로, 임원에게 지급된 상여금이 법인세법 시행령 제43조 제2항에서 정한 요건에 해당하는 경우 과다하거나 부당한 손비에 해당하여 손금에 산입할 수 없다고 할 것이고, 원고의 위 주장과 같이 임원에게 지급된 상여금이 법인세법 시행령 제43조 제2항에서 정한 요건에 해당함에도, 근로에 대한 적정한 대가에 해당하는지 여부를 다시 판단하여 손금 산입 여부를 결정하여야 한다고 보는 것은 위 각 법인세법 및 그 시행령 규정의 문언 및 체계에 반할 뿐만 아니라, 법인세법 시행령 제43조 제2항에서 정한 손금불산입의 요건 및 임원의 보수에 관한 주주총회 결의를 사실상 무의미하게 하는 결과가 되어 받아들이기 어렵다.

나아가, 원고의 위 주장에 의하더라도 임원에게 지급된 상여금이 법인세법 시행령 제43조 제2항에서 정한 요건에 해당하는 이상 위 상여금이 과다하거나 부당하지 않다는 것을 원고가 입증하여야 할 것인데, 이 사건 보수가 AAA 그룹 관계 회사에 공통적으로 적용되는 급여지급기준과 산식에 따라 결정되고, 그 결정 과정에 이 사건 보수를 지급받은 원고의 임원들의 의사나 영향력이 부당하게 개입할 여지가 없다거나원고의 임원들에게 지급된 이 사건 보수가 원고와 유사한 사업을 영위하는 케이티앤지가 등기이사들에게 지급한 급여와 유사하거나 적다는 등 원고가 주장하는 사정 및 제출한 증거만으로 위와 같은 사실이 증명되었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(또한 원고는 이 사건 보수 중 주주총회에서 결정한 임원 보수 한도액을 초과하여 지급된 상여금이 사회질서에 반하지 않는 위법비용으로서 손금에 산입될 여지가 있다는 취지의 주장도 하고 있으나, 위에서 본 바와 같이 법인세법 제26조 제1호 및 법인세법 시행령 제43조 제2항에서 임원에게 지급하는 상여금 중 주주총회 결의에 의하여 결정된 급여지급기준을 초과하여 지급된 금액을 손금에 산입하지 않는다고 명시적으로 규정하고 있는 이상 원고의 위와 같은 주장 역시 받아들일 수 없다).

라) 따라서 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 이 사건 근로소득세 징수처분에 대한 판단

1) 인정사실

가) 원고의 회사 차량 대상 자격 및 그 사용 용도에 대한 운영방침(PMK 302, 이하 '이 사건 차량운영방침'이라 한다)에서, 원고의 회사 차량을 아래와 같이 업무용 차량, 복지용 차량, 회사공용 차량 등으로 구분하고 있고, 위 각 차량의 리스(렌트)비와 주유비 등 유지관리비를 원칙적으로 원고가 부담하고 있다.

원고는 사업상 목적 및 직원 복리후생 목적으로 여러 종류의 차량을 운영하고 있다. 본 규정은 회사 차량 대상 자격 및 그 사용 용도에 대한 운영방침을 규정한다.

2.1 업무용 차량

회사의 일부 현장 업무에서는 차량(이하 '업무용 차량'이라 한다)을 매일 사용한다. 업무용 차량 배정 기준은 해당 소속 부서장이 결정하며, 지사장의 승인을 득해야 한다.

￭ 사용자격

일반적으로 업무용 차량 사용 자격을 심사할 때 다음을 우선적으로 고려하며, 이에 국한하지 않는다 :

- 직원의 직무 수행상 필드 방문, 업무 관련 자재 운송 목적 등의 사유로 정기적이고 빈번하게 차량의 운행이 필요한 경우

- 직원이 사무실 및 창고와 같은 정상적인 근무 장소에서 멀리 떨어진 지역에서 장시간 근무하는 경우

￭ 차량 모델

회사 차량의 제조회사, 브랜드 또는 모델은 '첨부문서'란에 제공되어 있으며, 회사 차량 원칙 및 규정의 개정, 사업상 필요 또는 차량 가격, 제조업체의 공급여건 등과 같은 통제 불가능한 외부 요소에 의해서 변경될 수 있다.

￭ 업무용 차량의 개인적 사용

업무용 차량의 개인적 사용은 차량 사용자의 거주지역 내 단거리 운행 등과 같이 제한적으로 허용된다. 거주 지역 외 운행 (휴가, 가족 여행 등)을 위한 개인적 사용은 사전에 직속 관리자의 승인을 받아야 하며, 사용기간 동안 발생하는 연료 , 주차료 및 통행료 등의 운행비용은 차량 사용자가 부담한다.

2.2 복지용 차량

특정 급여등급 이상 직원에게는 고용 계약 조건에 따라 직원 복리후생 제공뿐 아니라 업무상 목적으로 회사 차량(이하 '복지용 차량'이라 한다)을 사용할 자격이 부여된다.

￭ 사용자격

SG12 이상의 임직원은 복지용 차량을 받을 자격을 부여받는다.

General Services 부서에 운전면허증을 등록한 차량 사용자의 직계가족(배우자, 부모, 자녀)은 차량 사용자가 운전자의 안전운행과 법규준수의무를 철저하게 감독한다는 책임을 가진다는 전제 하에 복지용 차량을 운전할 수 있다.

차량 사용자는 항상 업무상 용도를 최우선으로 복지용 차량을 사용할 것을 권고한다.

￭ 예산

차종 선택을 위한 예산은 공식시장가격을 기준으로 결정한다. 자세한 사항은 첨부 문서의 내용을 참조한다.

￭ 차량 선택

급여등급 12 이상 직원은 첨부문서의 'PMK 302 차량 배정'에 근거한 예산 범위 내에서 복지용 차량을 선택할 수 있다.

￭ 월정 수당

"복지용 차량 대상 직원은 복지용 차량 또는 급여를 통해 지급되는 월정 수당 중 선호하는 사항을 선택할 수 있다. 자세한 내용은PMK 130 식대 및 교통비'를 참조한다.",2.3 회사공용 차량

복지용 차량 또는 업무용 차량을 배정받지 못했거나, 회사 차량을 제공받았으나 사고 또는 수리 등의 사유로 일시적으로 차량을 사용할 수 없는 직원은 임시로 회사에서 보유하고 있는 회사 차량(이하 '회사공용 차량'이라 한다)을 업무상의 용도에 한해 사용이 가능하다.

￭ 회사공용 차량은 차량 사용자의 관리자와 Manager General Services가 승인한 경우에만 사용이 가능하다.

￭ 일반 원칙으로써 업무상 목적의 회사 공용 차량 사용은 1영업일 이내 사용을 완료하고 반납해야 한다. 1영업일 이상 사용이 필요한 경우, 영업일 내 차량 사용 가능성 및 잠재적인 사용을 고려하여 General Services 부서는 승인하지 않을 수 있다.

￭ 외부 훈련이나 워크숍 등을 위하여 동일한 목적지로 다수 직원이 여행하는 경우에는, 동승을 통하여 비용 절약 등 선의의 의무를 다한다.

￭ 회사공용 차량은 청결하게 사용해야 하며, 사용 일지 및 열쇠는 사용 후 즉시 반납해야 한다.

나) 원고의 회사 차량 중 복지용 차량에 해당하는 이 사건 차량의 제공 대상이 되는 임직원들은 위 차량을 지급받을 것인지, 급여를 통해 지급되는 월정 수당을 받을 것인지 선택할 수 있고, 이 사건 차량 대신 월정 수당을 지급받는 경우 위 수당이 포함된 급여에 대하여 소득세를 납부하고 있다.

다) 피고는 이 사건 차량을 제공받은 임직원 중 영업부서 직원과 일정 직급(이사) 이상 임원을 제외한 일정 직급(Manager와 Controller)의 내근 부서 직원이 사용한 이 사건 차량과 관련하여 원고가 지급한 리스(렌트)료와 주유비를 해당 직원의 근로소득으로 보았는데, 원고가 사업연도별로 지급한 이 사건 차량의 리스(렌트)료와 주유비 및 그 중 피고가 해당 임직원들의 근로소득으로 본 이 사건 유지관리비의 액수는 아래 표 기재와 같다.

(단위 : 원)

사업연도

2010

2011

2012

2013

2014

합계

리스(렌트)료

268,699,800

305,973,500

346,814,700

365,588,400

404,707,500

1,691,783,900

주유비

107,968,450

102,079,923

155,806,901

175,045,091

191,748,016

732,648,381

합계

376,668,250

408,053,423

502,621,601

540,633,491

596,455,516

2,424,432,281

피고가 근로소득으로 본 금액

(대상 인원)

95,588,641

(10명)

144,279,982

(17명)

194,011,150

(26명)

254,861,103

(26명)

295,545,299

(35명)

984,286,175

(114명)

고지세액

30,831,010

45,998,200

65,548,900

82,871,810

102,335,500

327,585,420

라) 원고는 이 사건 차량을 사용하는 임직원들을 대상으로 위 차량의 실제 용도를 파악하기 위한 설문조사를 실시하였는데, 주된 설문의 내용 및 이 사건 근로소득세 징수처분과 관련된 인원 중 퇴사 및 해외파견 등으로 설문에 응할 수 없었던 인원을 제외한 26명에 대한 설문조사결과는 아래와 같다.

■ 설문조사 내용

1. 출장업무가 있는 경우 회사 차량의 사용빈도는?

① 100% 사용 ② 대부분 사용 ③ 50% 이상 ④ 50% 미만 ⑤ 거의 사용 안 함

2. 귀하의 주요 출퇴근 수단은?

① 회사 차량 ② 자가 차량 ③ 대중교통 ④ 도보

■ 설문조사 결과

(단위 : 명)

사업연도

2010

2011

2012

2013

2014

합계

위 1번 문항 응답자 수

5

10

17

18

25

75

100% 사용

1

3

4

3

4

15

대부분 사용

3

3

4

5

6

21

50% 이상

2

1

1

4

50% 미만

1

1

5

6

13

거의 사용 안 함

1

2

2

2

5

12

합계

5

9

13

16

22

65

미응답

1

4

2

3

10

사업연도

2010

2011

2012

2013

2014

합계

위 2번 문항 응답자 수

5

10

17

18

25

75

회사 차량

5

10

15

17

23

70

자가 차량

1

2

3

대중교통

도보

합계

5

10

15

18

25

73

미응답

2

2

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 8, 16 내지 18호증, 을 제8 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제1항은 '근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다'고 규정하면서, 제1호에서 '근로를 제공함으로써 받는 봉급・급료・보수・세비・임금・상여・수당과 이와 유사한 성질의 급여'를 들고 있다. 한편, 과세대상이 되는 근로소득에 해당하는지 여부는 그 지급된 금원의 명목이 아니라 성질에 따라 결정되어야 할 것으로서 그 금원의 지급이 근로의 대가가 될 때는 물론이고 어느 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 규칙적으로 지급되는 것이라면 과세의 대상이 되는 것이다(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결 등 참조).

나) 살피건대, 이 사건 차량운영방침상 원고가 운영하는 회사 차량은 업무용 차량, 복지용 차량, 회사공용 차량으로 구분되고, 이 사건 근로소득세 징수처분과 관련된 이 사건 차량은 그 중 복지용 차량으로 구분된 차량인 사실, 이 사건 차량운영방침에 이 사건 차량 사용자의 직계가족도 위 차량을 사용할 수 있는 것으로 되어 있고, 퇴근 이후나 주말 등에 위 차량을 개인적인 용도로 사용하는 것이 금지되어 있지도 않은 사실, 이 사건 차량의 지급대상이 되는 원고의 임직원 중 위 차량을 제공받지 않은 임직원의 경우 별도의 월정 수당을 지급받고 있고, 위 수당을 지급받은 임직원들은 위 수당이 포함된 급여에 대하여 소득세를 납부하고 있는 사실, 피고는 이 사건 차량을 제공받은 원고의 임직원 중 영업부서 직원과 일정 직급(이사) 이상 임원을 제외하고 근무시간에 판매처 방문, 자재운송 등 사업목적으로 위 차량을 사용할 가능성이 낮은 일정 직급 이하 내근 부서 직원들에 대한 리스(렌트)비와 주유비인 이 사건 유지관리비만을 근로소득으로 보아 이 사건 근로소득세 징수처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

다) 그러나, 근로소득세 징수처분 취소소송에서 어떠한 금원이 근로소득에 해당하는지 여부에 관한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것인데, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 위와 같은 사실만으로 이 사건 유지관리비가 근로의 대가로 지급된 것이라거나 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 규칙적으로 지급된 것으로서 근로소득세의 과세대상인 근로소득에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 원고가 업무수행을 위하여 부담한 비용은 근로소득으로 볼 수 없다고 할 것인데, ㉠ 원고의 이 사건 차량운영방침에 '이 사건 차량의 사용자는 항상 업무상 용도를 최우선으로 하여 위 차량을 사용할 것을 권고한다'고 하여, 원칙적으로 업무상 용도로 이 사건 차량을 사용하도록 규정하고 있는 점, ㉡ 원고가 이 사건 근로소득세 징수처분의 대상이 된 임직원들을 상대로 실시한 설문조사에서 위 임직원들의 대다수가 이 사건 차량을 출퇴근 용도 및 출장 등의 업무상 용도로 사용하였다고 응답한 점, ㉢ 업무수행을 목적으로 이루어지는 출・퇴근의 용도로 위 차량을 사용하는 것도 업무용 사용에 해당한다고 봄이 상당한 점, ㉣ 원고는 이 사건 차량을 사용하는 각 임직원들에게 매월 말 운행 거리를 확인하여 보고하도록 하여 위 차량의 운행 거리를 월별로 관리하는 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 이 사건 유지관리비 중 상당 부분은 원고의 업무수행을 위해 부담한 비용에 해당한다고 할 것이다.

② 피고는 업무특성상 주로 사내에서 근무하는 직원에게 제공된 이 사건 차량과 관련하여 지출한 이 사건 유지관리비만을 근로소득으로 보아 과세하였으므로, 위 유지관리비는 업무와 무관한 비용에 해당한다고 주장하나, 피고가 이 사건 유지관리비를 근로소득으로 보기 위하여 원고 임직원의 직급과 근무 부서를 분류한 기준이 명확하다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 이 사건 차량이 주로 사내에서 근무하는 것으로 분류된 부서의 임직원에게 제공되었다는 것만으로 업무상 용도로 사용되지 않았다고 단정할 수도 없다.

③ 원고는 이 사건 차량의 사용자들에게 매월 정액으로 이 사건 유지관리비를 지급한 것이 아니라, 이 사건 차량을 사용하는 임직원들에게 법인 카드를 제공하여 주유대금을 결제하도록 하고, 위 차량의 리스(렌트)료를 부담하였다(한편, 원고는 이 사건 차량의 사용자가 통행료와 주차료를 지출한 경우 영수증 등 증빙자료를 제출하도록 하여 위 각 비용을 보전하여 주었는데, 피고는 위 각 비용은 근로소득세의 과세대상에 포함시키지 않았다).

④ 피고는, 소득세법 시행령 제38조 제1항 제9호에서 통근수당 및 이와 유사한 성질의 급여를 근로소득으로 보고 있고, 이 사건 차량의 사용자들은 월정 수당을 대신하여 위 차량을 제공받은 것이므로 이 사건 차량과 관련하여 원고가 지출한 이 사건 유지관리비는 근로소득에 해당한다고 주장하나, 이 사건 유지관리비의 실질이 근로의 제공과 대가관계에 있다고 볼 만한 자료가 존재하지 않음에도, 위와 같은 소득세법 시행령의 규정 및 원고가 주장하는 이 사건 차량의 제공 경위 등만을 이유로 이 사건 유지관리비가 당연히 근로소득에 해당한다고 할 수는 없다.

⑤ 나아가, 법인세법 제27조 및 법인세법 시행령 제49조 제2호 나목의 '업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차'에 해당하는지 여부는 해당 법인의 목적사업 및 영업내용, 해당 자동차를 취득하게 된 경위 및 용도와 그 사용실태 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하고, 과세처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이며, 다만 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조). 그러나 피고는 위에서 본 바와 같이 원고의 이 사건 차량운영방침에 이 사건 차량이 복지용 차량으로 분류되어 있고, 사용자의 직계가족도 위 차량을 사용할 수 있는 것으로 되어 있다거나, 이 사건 차량을 제공받은 임직원의 근무 부서와 직급 등을 고려하여 이 사건 유지관리비를 합리적으로 산정하였다고만 주장할 뿐, 이 사건 차량이 업무와 무관하게 사용되었다는 점에 관한 객관적인 자료를 전혀 제출하지 않고 있어 위 차량이 원고의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차라는 점에 대한 최소한의 입증이 이루어졌다고 할 수도 없다.

라) 따라서 피고의 이 사건 근로소득세 징수처분은 위법하여 취소되어야 하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

다. 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 판단

1) 인정사실

가) 원고는 주식회사 HH인터내셔날, 주식회사 JJ유통, 주식회사 KK상사, 주식회사 L유통(이하 '판매회사들'이라 한다)과 원고가 제조한 〇〇 제품을 독점적으로 판매할 수 있도록 하는 제품공급계약(이하 '이 사건 제품공급계약'이라 한다)을 체결하였는데, 위 계약의 내용 중 이 사건과 관련이 있는 부분은 아래와 같다.

5. 가격, 선적, 지급

5.1 계약당사자들(원고와 판매회사)은 판매회사가 제품 판매자로서 본 계약의 의무 및 임무를 이행한다는 조건 하에 제품 공급가격이 결정된다는 점에 대해 합의한다. 제품 공급가격은 판매회사가 본 계약에 따른 제품 판매자로서 유통, 판매촉진 및 마케팅 활동을 수행하는 것에 대하여 판매회사에게 적절한 판매마진을 보장할 수 있도록 결정된다. 원고는 해당 제품이 판매회사에게 인도될 당시, 판매회사가 고객에게 부과하는 가격에서 ⅰ) 제품 1팩당 19원에 해당하는(또는 당사자들간 수시로 합의하는 금액에 해당하는) 고정마진 및 ⅱ) 본 계약서 별지A에 따라 결정되는 변동마진을 차감한 금액으로 판매회사에게 제품을 공급한다.

5.4 원고의 다른 한국 내 판매회사들과 함께, 판매회사는 원고가 단독 재량으로 결정하는 규모의 Cash pool의 일정 비율을 추가 인센티브로 받을 수 있는 자격이 있다. 이 비율은 당사자들이 서면으로 합의한 주요 성과지표 대비, 계약기간 중 매 연말에 측정되는 성과를 기초로 상호합의로 결정한다.

나) 원고의 제품공급가격은 아래와 같이 판매가격(〇〇소매인에게 판매하는 가격)에서 판매회사들의 〇〇 1갑당 고정마진(Fixed Margin) 및 변동마진(Variable Margin)의 합계액을 차감하여 결정한다.

∙ 제품공급가격 = 판매가격 – 고정마진 – 변동마진

∙ 고정마진 = 〇〇 1갑당 11원 ~ 21원

∙ 변동마진 = 운영비용(Distributor Normal Margin) + 광고마케팅 비용(Distributor Promotion Margin)

다) 원고는 2011년부터 판매회사들에 대한 인센티브 제도를 도입하였는데 이 사건 제품공급계약의 내용에 포함된 인센티브 계획에 의하면, 사업연도 말에 ① 판매량 달성(Volume Achievement, 운영예산 내 목표판매량 대비 당해 연도 실제 판매량), ② 시장점유율 성장률(Share of Market Growth Rate, 전년도 시장점유율 대비 당해 연도 시장점유율), ③ 효율성/효과성(Efficiency/Initiation, 지역 프로그램 운영 효율성), ④ 원가효율성(Cost Efficiency, 전년도 대비 판매촉진 프로그램의 효율성 개선 정도) 항목을 통해 계산되는 점수로 판매회사들의 순위를 정하고, 원고가 사업연도별로 할당한 인센티브 중 순위별로 원고가 정한 비율에 해당하는 금액을 확정한 뒤, 이를 다음 사업연도에 판매회사들에게 〇〇 제품을 공급하고 지급받을 공급가격의 차감 항목인 변동마진을 구성하는 운영비용에 반영하는 방식으로 제품공급가격에서 차감한다.

라) 원고는 2011년 250,000,000원, 2012년 248,500,000원을 각 인센티브로 설정하고, 위 각 인센티브를 다음 해에 판매회사들별로 제품공급가격에서 차감하여 주었는데, 위 각 인센티브 금액을 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 에누리액으로 보아 이를 부가가치세 과세표준에서 차감하여 2011년 2기분 및 2012년 2기분 부가가치세를 신고・납부하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 9, 24 내지 28호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항은 '다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다'고 규정하면서 제1호로 '에누리액'을 들고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제52조 제2항은 '법 제13조 제2항 제1호에 규정하는 에누리액은 재화 또는 용역의 공급에 있어서 그 품질・수량 및 인도・공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화 또는 용역의 공급 당시의 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 한다'고 규정하고 있다. 이렇게 '에누리액'을 과세표준에서 제외하는 것은, 재화 또는 용역의 품질・수량이나 인도 등에 관한 공급조건이 원인이 되어 공급가액에서 공제 또는 차감되는 금액은 거래상대방으로부터 실제로 받은 금액이 아니므로 이를 부가가치세의 과세표준에서 제외하려는 취지이다(대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두8178 판결 참조).

한편, 구 부가가치세법 제13조 제3항은 '재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 대손금・장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다'고 규정하여 명칭 여하에 불구하고 거래가 이루어진 후 장려금 등을 금전으로 지급하는 경우 이를 부가가치세 과세표준에서 공제하지 않고 있다. 즉, 회사가 거래조건에 따라 판매와 관련하여 지출하는 판매부대비용은 에누리액에 해당할 수도 있고 장려금 등 이와 유사한 금액에 해당할 수도 있는데, 부가가치세 과세와 관련하여서는 매출액에서 직접 공제하는 금원에 한하여 에누리로서 부가가치세 과세표준에서 제외하고, 직접 공제되지 않는 금원은 부가가치세 과세표준에서 공제되지 않는 비용으로만 인정될 뿐이다.

나) 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 이 사건 인센티브는 원고가 판매회사들에게 공급하는 〇〇 제품의 품질・수량 및 인도・공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 정하여지는 것이 아니라 전년도의 판매실적, 시장 점유율과 전년대비 판매촉진 프로그램의 효율성 개선정도 등 제품의 판매와 관련한 지표들에 의하여 결정되는 점, ② 이 사건 인센티브의 총액은 사업연도별로 원고의 단독 재량에 의해 결정되고, 그 범위 내에서 판매회사들의 인센티브가 상대적으로 결정되는 점, ③ 판매회사들에게 할당될 인센티브가 제품 공급 당시 특정될 수 없고, 해당 사업연도가 종료하여야 비로소 할당될 인센티브의 산정이 가능하며, 판매회사들은 위와 같이 산정된 인센티브를 다음 해에 지급할 제품공급가격에서 공제받는 방식으로 지급받는 것에 불과한 점 등을 종합하면, 이 사건 인센티브는 장려금 또는 이와 유사한 금액으로서의 성격을 가질 뿐, 에누리액에 해당한다고 할 수 없으므로, 위 인센티브는 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다.

다) 따라서 피고의 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구 중 이 사건 근로소득세 징수처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 인용하고, 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.