2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 10. 28. 원고에 대하여 한 2008년도 귀속 종합소득세 359,717,478원의

경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

가. 피고는 2014. 10. 6.부터 2015. 3. 7.까지 BBBB 주식회사(이하 'BBBB'이라 한다)에 대하여 세무조사를 실시한 결과 'BBBB이 2008년경 BBBB 싱가폴에 중개용역비(이하 '이 사건 중개용역비'라 한다) 명목으로 1,100,040,117원을 지급하였으나 BBBB 싱가폴로부터 실제로 중개용역을 제공받았다고 볼 만한 증빙자료가 없다는 이유로 사기 기타 부정한 행위에 의해 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 보아 부과제척기간 10년을 적용하여 2015. 4. 14. BBBB에 대하여 법인세를 과세함과 아울러 실제 소득귀속자인 원고에게 이 사건 중개용역비 상당액을 원고의 상여로 소득처분한다'는 취지의 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지'라 한다)를 하였다.

나. 피고는 위 세무조사 결과 원고가 이 사건 중개용역비 외에 중개수수료 41,943,574원을 신고 누락한 것을 발견하고 이를 원고의 수입금액으로 산입하여 2015. 5. 1. 원고에 대하여 2008년도 귀속 종합소득세 8,201,828원(= 총결정세액 12,210,938원 - 기납부세액 4,009,110원)의 부과처분을 하였다(이하 '1차 경정처분'이라 한다).

다. 원고는 2015. 6. 23. 최초 신고한 수입금액에 이 사건 중개용역비를 산입하여2008년도 귀속 종합소득세 359,717,470원을 수정신고(이하 '이 사건 수정신고'라 한다)하였다.

라. 그 후 피고는 원고가 이 사건 수정신고를 하면서 피고의 1차 경정처분의 내역을반영하지 않았다는 이유로 2015. 7. 1. 원고에 대하여 1차 경정처분의 내역을 기준으로 이 사건 중개용역비를 원고의 수입금액에 반영하고 원고가 기납부한 세액 163,726,680원 등을 공제하여 2008년도 귀속 종합소득세 202,968,560원(= 총결정세액 374,896,968원 - 기납부세액 163,726,580원 - 당초고지세액 8,201,828원)의 부과처분을 하였다(이하 '이 사건 증액처분'이라 한다).

마. 원고는 2015. 8. 31. 피고에게 부과제척기간 10년이 아니라 5년이 적용되어야 할 것이어서 이 사건 소득금액변동통지는 부당하므로 원고가 이 사건 수정신고를 하면서 추가 납부한 종합소득세를 환급해달라는 취지의 경정청구를 하였고, 피고는 2015. 10. 28. 이를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 한편, 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 11. 13. 조세심판원장에게 심판청구 를 하였으나 2016. 1. 5. 위 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 갑 제6호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증, 을 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 중개용역비는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단(이하 '개정규정'이라 한다)이 신설되기 전인 2008년에 발생한 것이므로, 위 과세연도의 종합소득세 부과제척기간은 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호에 따라 5년이 되어야 하고, 이와 달리 개정규정에 따라 10년의 부과제척기간을 적용하는 것은 진정소급입법으로서 허용되지 아니한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것인바(대법원 2009. 5. 14. 2008두17134 판결 참조), 피고는 원고의 이 사건 수정신고가 있은 후인 2015. 7. 1. 원고에 대하여 이사건 증액처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이러한 사실에 의하면 이 사건 수정신고는 이 사건 증액처분에 흡수되어 소멸되었다고 할 것이므로 이 사건 수정신고에 대한 이 사건 경정청구는 그 대상을 잘못 삼은 것으로서 부적법하다.

2) 이 사건 경정청구를 이 사건 증액처분에 대한 경정청구로 선해하더라도, 개정규정에 따라 부과제척기간 10년을 적용하여 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은다음과 같은 이유로 적법하다.

즉, 앞서 본 처분의 경위에 의하면, 이 사건에서 문제되고 있는 2008년도 귀속 종합소득세의 부과제척기간의 기산일은 종합소득세 신고기한의 다음날인 2009. 6. 1.이되므로, 개정규정이 신설된 2011. 12. 31. 당시에는 아직까지 기존의 부과제척기간 5년이 만료되지 아니한 상태였음을 알 수 있고, 따라서 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 개정규정에 따라 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 이른바 '부진정 소급입법'에 해당하여 허용된다고 봄이 원칙이고(대법원 2004. 3. 26. 선고 2001두10790 판결 참조), 달리 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반하여 개정규정의 적용을 제한하여야 할 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 만한 자료가 없기 때문이다.

3) 따라서 같은 취지의 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.