2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 ○○기기 등의 판매를 목적으로 하는 회사로서 ○○국 법인인 ○○○○ 코퍼레이션(○○○○ Corporation)이 원고의 지분을 전부 소유하고 있다.

나. AAA은 2000. 9. 4.부터 2012. 6. 4.까지 원고의 대표이사로, BBB는 2006. 2. 6.부터 2012. 7. 31.까지, CCC은 2006. 8. 16.부터 2013. 8. 27.까지, DDD은 2003. 5. 6.부터 2013. 8. 27.까지 원고의 이사 또는 사원으로 각 근무하던 사람, EEE은 원고의 사옥 신축공사를 도급받은 △△종합건설 주식회사(이하 '△△'이라고만 한다)를 실질적으로 운영하던 사람이다.

다. 피고는 2013. 8. 27.부터 2014. 1. 17.까지 원고에 대하여 2008 사업연도부터 2012 사업연도(2007. 4. 1. - 2012. 3. 31.)까지의 법인세 세무조사를 실시한 결과, AAA, BBB, CCC, DDD 등 원고의 임・직원들이 EEE 등과 공모하여 원고의 사옥 신축공사와 관련한 공사대금 중 일부를 가공경비로서 허위계상한 사실을 적발하였다.

라. 이에 피고는 원고가 위 세무조사 대상 사업연도 동안 법인세 신고시 손금으로 산입한 가공경비를 부인하는 한편, 2014. 3. 3. 원고에 대하여, 가공경비 중 원고의 임・직원들이 횡령한 것으로 밝혀진 돈은 원고 임・직원들에 대한 상여로, EEE에게귀속된 것으로 밝혀진 돈은 EEE에 대한 기타소득으로, 그 귀속이 불분명한 돈은 AAA에 대한 상여로 소득처분하는 내용의 각 소득금액변동통지를 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2014. 3. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 3. 18. 다음 <표>를 제외한 나머지 소득처분은 모두 취소하는 취지의 결정을 하였으며, 피고는 2015. 3. 27. 원고에게 조세심판원의 결정 취지에 따른 각 소득금액 변동통지를 하였다.

<표>

귀속자

소득처분

귀속연도

소득금액(원)

AAA

상여

2011

510,400,000

EEE

기타소득

2009

979,000,000

2010

979,000,000

바. 1) 위 <표> 중 피고가 AAA에 대한 상여로 소득처분한 금액은 ① 원고가 2010. 9. 30. △△에게 공사대금 명목으로 송금한 220,000,000원에, ② 원고가 주식회사 □□건설산업(이하 '□□'라고만 한다)에 공사대금 명목으로 2010. 9. 30. 송금한 180,400,000원 및 2011. 3. 31. 송금한 110,000,000원의 합계 290,400,000원을 더한 금액이다. 위 돈은 피고가 가공경비 중 그 귀속이 불분명하다고 보아 대표이사인 AAA에 대한 상여로 소득처분한 돈이다.

2) 위 <표> 중 피고가 EEE에 대한 기타소득으로 소득처분한 금액은 △△이 2009년 제1, 2기 각 부가가치세 기간 동안 원고에게 판매관리비 명목으로 발행한 각 세금계산서의 공급가액 합계액 3,180,000,000원 중 피고가 EEE에게 귀속되었다고 본 1,780,000,000원에 부가가치세 10%를 더한 금액이다[갑 제11호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, AAA 등에 대한 형사사건 (서울중앙지방법원 2014고합○○○, ○○○(병합), 서울고등법원 2014노○○○○)에서 원고는 △△에게 원고의 사옥 신축공사와 관련한 추가공사대금 명목으로 2008. 9. 30. 1,590,000,000원, 2009. 1. 30. 및 같은 해 2. 27. 각 795,000,000원 합계 3,180,000,000원을 지급한 사실, BBB, CCC, DDD은 △△으로부터 그 중 1,500,000,000원을 되돌려 받아 이를 횡령한 사실이 인정되었다. 따라서 BBB 등이 횡령한 금액을 제외하더라도 EEE에게 귀속되었다고 하는 돈은 1,680,000,000원이고, 여기에 부가가치세 10%를 더한다고 하더라도 1,848,000,000원이 될 뿐으로 보이며, 나아가 피고가 위 돈에 대하여 2009년 및 2010년 사업연도로 나누어 각 소득처분한 이유도 분명하지 아니하다. 하지만 원고가 이를 다투지 아니하므로 위와 같이 사실을 인정하였다).

사. 한편 피고는 이 사건 소 계속 중인 2015. 12. 10. 원고에 대하여 AAA에 대한 상여로 소득처분한 부분 중 □□에게 송금된 290,000,000원의 귀속자가 밝혀졌다는 이유로 이를 제외하는 내용의 소득금액변동통지를 하였다 (이하 피고가 당초 한 각 소득금액변동통지에서 피고가 조세심판원의 결정에 따라 한 각 소득금액변동통지 및 최후 소득금액변동통지를 반영한 나머지 각 소득금액변동통지([별지 1] 기재와 같다)를 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 10, 23호증, 을 제1, 2, 4호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지.

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 요지1)

원고는 아래에서 보는 바와 같이 피고가 소득처분한 각 돈이 가공경비인지 여부에 관하여 제1회 변론기일과 제3회 변론기일에서 모순된 주장을 하였는바(원고는 제2회 변론기일에서는 2015. 10. 21.자 준비서면의 진술을 통해, 제4회 변론기일에서는 2016. 8. 23.자 준비서면의 진술을 통해, 위 각 돈이 AAA 또는 EEE이 횡령한 가공경비라는 취지로 주장을 하기도 하였다), 원고의 위 주장을 최대한 선해하여 정리하였다.

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) AAA 관련 부분

가) 원고가 △△에게 공사대금 명목으로 송금한 220,000,000원 부분

위 돈은 가공경비가 아니라 본래 손금으로 산입되는 손비이므로 위 돈을 소득처분할 수 없다. 설령 그렇지 않더라도, 원고는 AAA에 대하여 손해배상채권을 갖고 있으므로, 위 돈은 사외유출된 돈으로 볼 수 없다

나) 원고가 □□에게 송금한 400,000원 부분

위 돈은 BBB, DDD에게 귀속되었으므로, AAA에게 귀속된 것으로 볼 수 없다.

2) EEE 관련 부분

위 돈은 가공경비가 아니라 본래 손금으로 산입되는 손비이므로 위 돈을 소득처분할 수 없다. 설령 그렇지 않더라도, 원고는 EEE에 대하여 손해배상채권을 갖고 있으므로, 위 돈은 사외유출된 돈으로 볼 수 없다. 설령 그렇게 볼 수 없다고 하더라도,위 돈은 원고의 계좌에서 △△의 계좌로 송금되었던 점 등에 비추어, 위 돈의 귀속자는 EEE이 아닌 △△으로 보아야 한다.

나. 관계 법령

[별지 2] 기재와 같다.

다. 판단

과세처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에 있으므로 (대법원 2005. 1. 13. 선고 2003두10343 판결 등 참조), 과세관청이 법인이 손금산입한 손비를 가공경비라는 이유로 손금불산입하여 소득처분을 하려면 그 손비가 가공경비라는 사실을 증명하여야 하고, 그 가공경비가 사외로 유출된 것이 아니라고 볼만한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 증명하여야 한다(대법원 2012. 9. 27. 선고 2010두14329 판결 등 참조).

한편 법인의 피용자의 지위에 있는 자가 법인의 업무와는 무관하게 개인적 이익을 위해 법인의 자금을 횡령하는 등 불법행위를 함으로써 법인이 그자에 대하여 그로 인한 손해배상채권 등을 취득하는 경우에는 그 금원 상당액이 곧바로 사외유출된 것으로 볼 수는 없고, 해당 법인이나 그 실질적 경영자 등의 사전 또는 사후의 묵인, 채권회수포기 등 법인이 그에 대한 손해배상채권을 회수하지 않겠다는 의사를 객관적으로 나타낸 것으로 볼 수 있는 등의 사정이 있는 경우에만 사외유출로 보아 이를 그 자에 대한 상여로서 소득처분할 수 있으며(대법원 2004. 4. 9. 선고 2002두9254 판결 등 참조), 그러한 사정은 이를 주장하는 과세관청이 증명하여야 할 것이다.

1) AAA 관련 부분

가) 원고가 △△에게 공사대금 명목으로 송금한 220,000,000원 부분

살피건대, 원고는 제1회 변론기일에서 소장의 진술을 통해 위 돈은 'AAA이 회사자금을 횡령하는 방법으로 허위의 회계처리를 한 후 △△에게 송금한 것'이라며 위 돈이 가공경비라는 사실을 선행하여 자백한 사실은 이 법원에 현저하므로 (원고는 제3회 변론기일에서 2016. 6. 27.자 준비서면의 진술을 통해 위 돈이 가공경비가 아니라 본래 손금으로 산입되는 손비라는 취지로 위 자백과는 다른 취지의 주장을 한 바 있다. 위 주장을 위 자백을 취소하는 취지로 선해한다고 하더라도, 갑 제23호증, 을 제 1, 22, 24호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 EEE 등을 상대로 제기한 민사사건(서울중앙지방법원 2014가합○○○○○○)에서 원고는 위 자백과 마찬가지로 위 돈이 가공경비라는 주장을 하였고, 재판부는 이를 인정할 증거가 부족하다며 원고의 주장을 배척하면서 방론으로 위 돈을 실제 공사대금으로 볼 여지도 상당하다는 취지로 설시한 사실을 인정할 수 있기는 하나, 다른 한편으로 AAA은 원고에 대한 세무조사 당시 피고에게 '△△이 2010년 제2기 부가가치세 기간 동안 발행한 공급가액 200,000,000원의 세금계산서는 허위'라는 취지의 확인서를 제출하였고, '△△이 위 돈에 상응하는 추가공사를 했다는 것은 거짓'이라는 취지의 진술을 하였던 점을 고려하여 보면, 위 사실만으로 위 자백이 반드시 진실에 반하는 것이라고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 착오로 말미암은 것이라고 인정할 만한 아무런 자료도 없으므로, 위 자백을 취소할 수는 없다), 앞서 본 법리에 따라 원고는 위 돈이 사외유출된 돈이 아니라고 볼만한 특별한 사정을 증명하여야 할 것이다.

따라서 원고가 AAA에 대하여 손해배상채권을 갖고 있는지 보건대, 원고가 제출한 증거들만으로, AAA이 위 돈을 횡령하였다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로(오히려 갑 제11호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, AAA 등에 대한 형사사건에서는 위 돈이 AAA이 횡령한 돈으로 다루어지지도 않았고, 원고가 AAA 등을 상대로 제기한 민사소송(서울중앙지방법원 2013가합○○○○○○)에서도 원고는 위 돈 상당의 손해배상금을 청구하지도 않았던 것으로 보인다), 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다(앞서 본 바와 같이 피고는 AAA이 위 돈을 횡령하였다고 본 것이 아니라 위 돈이 원고의 가공경비로서 사외유출되었고, 단지 그 귀속이 불분명하다는 이유로 대표이사인 AAA에게 귀속되었다고 보고 이를 AAA에 대한 상여로 소득처분하였을 뿐이다).

나) 원고가 □□에게 송금한 400,000원 부분

갑 제11호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 위 돈은 BBB, DDD 또는 □□에게 귀속된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고의 위 주장은 이유 있다.

2) EEE 관련 부분

살피건대, 원고는 제1회 변론기일에서 소장의 진술을 통해 원고가 △△에게 송금한 돈 중 1,958,000,000원은 'BBB, CCC, DDD이 △△으로부터 공급대가 합계 3,498,000,000원의 세금계산서를 교부받고, 이를 비용으로 허위 회계처리한 후, (세금계산서 기재 공급대가 상당액을) △△에게 송금하고 (나중에 되돌려 받은 금액을 제외한 나머지로서) EEE이 취득한 것'이라며 위 돈이 가공경비라는 사실을 선행하여 자백한 사실은 이 법원에 현저하므로(원고는 제3회 변론기일에서 2016. 6. 27.자 준비서면의 진술을 통해 위 돈이 가공경비가 아니라 본래 손금으로 산입되는 손비라는 취지로 위 자백과는 다른 취지의 주장을 한 바 있다. 위 주장을 위 자백을 취소하는 취지로 선해한다고 하더라도, 갑 제11호증의 1, 2, 을 제10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, AAA 등에 대한 형사사건에서 위 돈에 대하여 EEE은 기소조차 되지 않은 사실, △△은 ○○세무서장이 한 법인세 등 부과처분에 대한 이의신청절차에서 위 돈이 실제 공사대금이라고 주장한 사실을 인정할 수 있기는 하나, 위 사실만으로 위 자백이 반드시 진실에 반하는 것이라고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 착오로 말미암은 것이라고 인정할 만한 아무런 자료도 없으므로, 위 자백을 취소할 수는 없다), 앞서 본 법리에 따라 원고는 위 돈이 사외유출된 돈이 아니라고 볼 만한 특별한 사정을 증명하여야 할 것이다.

따라서 원고가 EEE에 대하여 손해배상채권을 갖고 있는지 보건대, 위 돈은 EEE이 BBB, CCC, DDD 등과 공모하여 횡령한 돈이라는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 그렇다면 원고는 EEE에 대하여 손해배상채권을 갖는다고 볼 것이고, 앞서 본 법리에 따라 피고가 원고 또는 그 실질적 경영자 등의 사전 또는 사후의 묵인, 채권회수포기 등 법인이 그에 대한 손해배상채권을 회수하지 않겠다는 의사를 객관적으로 나타낸 것으로 볼 수 있는 등의 사정에 관하여 아무런 주장・입증을 하고 있지 아니한 이상, 위 돈은 사외유출된 돈으로 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3) 소결론

따라서 이 사건 처분 중 [별지 1] 기재 소득금액변동통지 중 AAA에 대한 400,000원의 상여처분 및 EEE에 대한 기타소득처분에 관한 각 소득금액변동통지는 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.