2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고의 지위 및 업무무관가지급금 관련 피고의 원고에 대한 경정처분 경위

(1) 원고는 1999. 1. 4. 주식회사 XX은행(이하 'XX은행'이라 한다)과 주식회사 OO은행이 합병하여 신설된 법인으로 2002. 5. 20. '주식회사 한빛은행'에서 현재의 회사명으로 상호를 변경하였다.

(2) XX은행은 1997 사업연도부터 1999 사업연도까지 사이에 『인사 관련 규정 및 지침』에 따라 일정한 요건을 갖출 무주택 종업원들로 하여금 원고의 계산으로 국민주택규모 이하의 주택(이하 '이 사건 임차주택'이라 한다)을 임차하도록 하여 이를 당해 종업원들에게 제공하고서, 이 사건 임차주택에 관한 임대차보증금을 대차대조표에 업무용 고정자산 중 임대차보증금으로 계상하고 이에 따라 위 각 사업연도별 법인세 신고를 하였다.

(3) 서울지방국세청장은 2003. 1.경 원고에 대하여 조사대상기간을 1997 사업연도부터 1999 사업연도까지로 한 세무조사를 실시한 결과에 따라, 이 사건 임차주택의 임대 차보증금을 특수관계자에 대한 업무무관가지급금으로 보아 그 인정이자 40,750,381,452 원을 익금산입하고, 관련 지급이자 23,919,369,573원을 손금불산입하는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다. 이에 따라 피고는 2003. 3. 31 원고에게 1998 사업 연도 귀속 법인세 97,325천 원 및 1999 사업연도 귀속 법인세 179,563천 원을 각 경정・고지하였다.

나. 원고의 제1차 법인세 경정청구 및 이에 대한 피고의 거부처분 경위

(1) 원고는 2007. 1. 31. 이 사건 임차주택 중 2000. 4. 3. 현재 임대차기간이 남아 있는 주택분에 대하여 피고에게, 위 주택분을 『구 법인세법 시행령(2000. 2. 7. 대통령령 제16703호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다)』 제88조 제1항 제6호 단서에서 정한 '사택'으로 보아야 하므로, 위 주택분의 임대차보증금 지급과 관련하여 부당행위계산부인 규정이 적용될 여지가 없다고 주장하며, 이미 위 2003. 3. 31.자 경정처분에 따라 익금산입, 손금불산입된 인정이자 및 관련 지급이자 중 위 주택 분에 관련된 금액을 각 익금불산입, 손금산입함으로써 발생하는 이월결손금 21,138,593,922 원을 2004 사업연도 귀속 법인세 과세표준 산정에 있어 이를 공제하여 당해 사업연도 법인세의 과세표준 및 세액을 감경할 것(위 이월결손금 공제 이외에도 다른 경정청구 사유를 함께 들어 과세표준을 종전 신고금액인 226,226,011,524원에서 122,501,591,715 원으로, 산출세액을 61,069,023,111원에서 33,063,429,763원으로 각 감경하는 내용이다)을 구하는 법인세 경정청구(이하 '제1차 법인세 경정청구'라 한다)를 하였다.

(2) 이에 대하여 피고는 2007. 12. 27. 원고에게, 1997 사업연도부터 1999 사업연도 까지 원고의 종업원에 대한 임대차보증금 제공과 관련한 인정이자 익금산입 및 지급이 자 손금불산입에 따른 경정처분에 대하여 그 처분일(2003. 3. 31.)로부터 90일이 경과 할 때까지 불복청구를 제기하지 아니하여 위 처분에 관한 확정력이 발생하였고, 2005. 3. 31.에 1999 사업연도 이전 사업연도 귀속 법인세의 부과제척기간이 모두 만료되었다는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 '제1차 거부처분'이라 한다)을 하였다.

다. 원고의 제2차 법인세 경정청구 빛 이에 대한 피고의 거부처분 경위

(1) 원고는 2008. 3. 28 이 사건 임차주택 중 2000. 4. 3. 현재 임대차기간이 종료한 주택분에 대하여 피고에게, 위 제1의 나.(1)항 기재와 같은 이유로 이미 위 2003. 3. 31.자 경정처분에 따라 익금산입, 손금불산입된 인정이자 및 관련 지급이자 중 위 주택분에 관련된 금액을 각 익금불산입, 손금산입함으로써 발생하는 이월결손금 17,746,679,688원을 2004 사업연도 귀속 법인세 과세표준 산정에 있어 이를 공제하여 당해 사업연도 법인세의 과세표준을 124,966,403,9l0원에서 107,219,724,223원으로, 산출세액을 33,728,929,056원에서 28,937,325,540원으로 각 감경할 것을 구하는 법인세 경정청구(01하 '제2차 법인세 경정청구'라 한다)를 하였다.

(2) 이에 대하여 피고는 2008. 7. 7. 원고에게 위 제1의 나 (2)항 기재와 같은 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 '제2차 거부처분'이라 한다)을 하였다.

라. 이 사건 각 거부처분에 관한 전심절차의 경위

(1) 원고는 2008. 3. 20. 피고의 제1차 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010. 8. 23. 원고의 위 심판청구를 일부 받아들여, 제1차 거부처분을 취소하고 '1999 사업연도'에 익금산입된 인정이자 상당액 중 9,098,296,457원 및 손금불산입된 지급이자 상당액 중 3,619,600,679원 합계 12,717,897,136원을 각 익금불산입 및 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공제받을 수 있는 이월결손금으로 하여 2004 사업연도 귀속 법인세 과세표준과 세액을 경정한다는 결정을 하였다.

(2) 원고는 2008. 10. 2. 피고의 제2차 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010. 12. 29. 원고의 위 심판청구를 일부 받아들여 '1999 사업연도'에 익금산입된 인정이자 상당액 3,877,649,711원을 익금불산입하고, 손금불산입된 지급이자 상당액 1,488,459,472원을 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공받을 수 있는 이월결손금으로 하여 2004 사업연도 귀속 법인세 과세표준과 세액을 경정한다는 결정을 하였다

마. 2004 사업연도 귀속 법인세의 환급경위

(1) 한편, 피고는 2010. 2. 12. 이 사건과는 별개로 원고와 사이의 대법원 2010. 1. 28. 선고 2008두1795 판결로 확정된 내용(피고가 2006. 3. 2. 원고에 대하여 한 2004 사업연도 귀속 법인세의 과세표준 197,908,556,000원 및 산출세액 53,435,310,121원의 감액경정청구 거부처분을 취소한다)에 따라 원고에게, 2004 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 93,755,719,931원에서 0원으로, 산출세액도 이에 상응하여 25,302,044,381 원에서 0원으로 각 경정하는 처분을 하였다.

(2) 피고는 그 무렵 위 경정처분의 내용에 따라 원고가 이마 2004 사업연도 귀속 법인세로 납부한 금액 중 가산세 부분을 제외한 나머지 금액을 모두 원고에게 환급하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 12호증(이하 가지변호가 있는 서증의 경우 가지변호를 특정하지 않는 이상 각 가지번호 포함), 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부에 관한 판단

"가. 이 사건 소 중1999 사업연도'의 인정이자 및 지급이자 익금불산입・손금산입을 구하는 원고의 각 경정청구를 거부한 처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부",위법한 행정처분의 취소를 구하는 소는 위법한 처분에 의하여 발생한 위법상태를 배제하여 원상으로 회복시키고, 그 처분으로 침해되거나 방해받은 권리와 이익을 보호・구제하고자 하는 소송이므로, 처분 후의 사정에 의하여 권리와 이익의 침해 등이 해소 된 경우에는 그 처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다(대법원 2005. 5. 13. 선고 2004두4369 판결 퉁 참조). 이는 당해 처분에 관한 행정심판절차를 통하여 권리나 이익의 침해상태가 해소된 경우에도 그대로 타당하다.

"이 사건으로 돌아와 살피건대, 조세심판원이 2010. 8. 23. 및 같은 해 12. 29. 각 거부처분에 대한 원고의 각 심판청구를 일부 받아들여1999 사업연도'에 익금산입된 인정이자 상당액을 익금불산입하고, 손금불산입된 지급이자 상당액을 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공제받을 수 있는 이월결손금으로 하여 2004 사업연도 귀속 법인세 과세표준과 세액을 경정한다는 결정을 한 사실은 앞서 본 바와 같다(위 2010. 8. 23.자 결정주문의 앞머리에 '피고가 2007. 12. 27. 원고에게 한 2004 사업연도 귀속 법인세 경정청구를 거부한 처분을 취소한다.'고 기재되어 있으나, 나머지 주문 및 결정이유의 내용을 종합하면, 위 결정은 원고의 심판청구 중 1999 사업연도에 익금산입된 인정이자 및 손금불산입된 지급이자에 관련된 부분만을 받아들이고 나머지 심판청구를 기각하는 취지라고 봄이 상당하다).", "위 인정사실에 앞서 본 법리를 비추어 보면, 조세심판원의 위 각 결정에 의하여1999 사업연도'에 원고의 종업원에 대한 임대차보증금 제공과 관련하여 익금산입된 인정이자와 손금불산입된 지급이자가 각 익금불산입, 손금산입되어1999 사업연도'의 위 인정이자 및 지급이자 부분과 관련하여서는 원고가 당초 각 경정청구로써 구한 바에 따라 2004 사업연도 귀속 법인세의 과세표준과 세액이 경정된 이상 원고로서는 이 사건 각 거부처분 중 '1999 사업연도'의 인정이자 익금불산입 및 지급이자 손금산입을 구하는 원고의 각 경정청구를 거부한 부분의 취소를 구할 소의 이익이 없다고 보아야 한다.", 나. 이 사건 소 중 원고의 각 나머지 경정청구를 거부한 처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

(1) 경정청구에 대한 거부처분 취소소송에 있어 '소의 이익'에 관한 법리

『구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다)』 제45조의2 제1항, 제3항에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 ① 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때나, ② 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손 금액 또는 환급세액에 마치지 못할 때에, 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청・심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있고, 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 돗을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

위 각 규정에 따라 '당초 신고된 국세의 과세표준 및 세액'의 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사 ・ 확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 설체적 ・ 절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다. 즉, 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 적법 여부는 과세 표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조).

한편, 납세의무자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하였으나 '그 과세표준신고서에 기재된 결손금액'이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액에 미달하는 때 에는 관할세무서장에게 결손금액의 증액을 내용으로 하는 경정청구를 할 수 있고, 이 경우 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 결손금액을 경정 하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 할 의무가 있으므로, 만약 세무서장이 납세자의 결손금 증액경정청구에 대하여 그 전부나 일부를 거부한 경우에는 납세자로서는 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기할 수 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두1781 판결 등 참조) 이 때 결손금 증액경정청구에 대한 거부처분 취소소송은 그 거부처분의 실체적 ・ 절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 결손금액의 객관적인 존부라고 보아야 한다.

앞서 본 바와 같은 구 국세기본법의 위 각 규정내용 및 형식, 구 국세기본법 제45조의2 제1항 각 호에 따른 각 경정청구에서의 심판대상에 관한 법리에다 아래와 같은 점들을 종합하면, 과세표준 및 세액의 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에 있어 과세관청이 그 사건과는 별개의 사유로 그 심판대상인 과세표준 및 세액이 존재하지 않는 것으로 경정하는 처분을 한 경우에는 위 거부처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다고 봄이 상당하다.

(가) 과세표준 및 세액의 감액경정청구와 결손금의 증액경정청구에 대한 각 거부처분 취소소송은 그 심판대상을 달리 하는 것으로, 과세표준 및 세액의 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 법원이 더 나아가 결손금의 존재 및 그 금액을 판단하는 것은 처분권주의에 위배되는 것으로 보아야 하고, 당사자도 법원에 그와 같은 판단을 구할 수 없다고 보아야 한다(앞서 본 각 경정청구에 대한 거부처분 취소소송의 심판대상을 고려하면, 과세표준 및 세액의 감액경정청구에 대한 거부처분 취소를 구하는 청구 취지에 결손금의 존부 및 그 금액에 관한 판단까지 구하는 취지가 포함되어 있다고 볼 수 없음은 물론이다).

(나) 감액경정청구의 대상인 과세표준 및 세액이 모두 존재하지 않게 되었다면 과세표준 및 세액의 감액경정청구에 대한 거부처분이 취소되더라도 과세관청으로서는 그 과세표준 및 세액에 관하여 감액경정을 할 여지가 없다.

(다) 위와 같이 과세표준 및 세액이 소멸하게 된 사유가 구 국세기본법 제45조의2 제2항 각 호에서 정한 사유에 해당되는 경우, 당해 납세의무자 퉁은 같은 조 제1항에서 정한 경정청구기간과는 관계없이 위 사유의 발생을 안 날로부터 2개월 이내에 경정청구를 할 수 있으므로, 과세표준 및 세액의 감액경정청구 거부처분에 대한 쟁송절차 계속 중에 일정한 사유로 그 과세표준 및 세액이 모두 소멸한 경우 당해 납세의무자로서는 그 소멸사유를 안 날로부터 2개월 이내에 종전 주장과 같은 청구원인으로 결손금의 증액경정청구를 함으로써 종전 쟁송에서 구하고자 했던 목적을 달성할 수 있는 길이 열려 있다.

(2) 판단

앞서 인정한 사실관계에 위 법리를 비추어 보면, 피고가 2010. 2. 12. 이 사건과는 별개로 원고와 사이의 대법원 2008두1795 판결로 확정된 내용에 따라 원고에게, 2004 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 93,755,719,931원에서 0원으로, 산출세액도 이에 상응하여 25,302,044,381원에서 0원으로 각 경정하는 처분을 함으로써 이 사건 소의 심판대상이 되는 '2004 사업연도' 귀속 법인세의 과세표준 및 세액이 모두 소멸하게 된 이상 원고로서는 이 사건 각 거부처분 중 '1999 사업연도'의 인정이자 익금불산입 및 지급이자 손금산입을 구하는 원고의 각 경정청구를 거부한 부분을 제외한 나머지 부분, 즉 '1997 사업연도 및 1998 사업연도'의 인정이자 익금불산입 및 지급이자 손금산입을 구하는 원고의 각 경정청구를 거부한 부분의 취소를 구할 소의 이익도 없다고 보아야 한다(이 사건 2008. 7. 7.자 법인세 경정청구 거부처분 중에는 임대차보증금 제공에 따른 인정이자 및 지급이자 관련 경정청구를 거부한 부분 이외에 소멸시효가 완성된 예금의 익금불산입을 구하는 경정청구를 거부한 부분까지 포함되어 있지만, 원고는 위 거부처분 중 위 임대차보증금 관련 인정이자 및 지급이자의 익금불산입, 손금산입을 구하는 경정청구를 거부한 부분만의 취소를 주장하고 있다. 그러나 원고의 청구가 전부청구이든 일부청구이든 이 사건 소가 부적법하다는 결론에는 영향이 없다)

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.