[2] 구 조세특례제한법 제13조 제2항 각 호 가 실제로 금전 등의 지출을 수반하거나 이에 준하는 방법으로 주식을 취득하는 새로운 출자를 규정한 것인지 여부(적극) / 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주 취득이 구 조세특례제한법 제13조 제2항 제3호 가 정한 ‘잉여금의 자본전입에 의하는 방법’으로 주식을 취득하는 새로운 출자인지 여부(소극)와 자본잉여금의 자본전입에 따라 취득한 무상주에 관하여 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 5년간의 주식 보유 여부를 판단하는 기준 시점

[2] 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제13조 및 제14조 의 입법 취지는 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 함에 있으므로 구 조특법 제13조 제2항 각 호 는 실제로 금전 등의 지출을 수반하거나 이에 준하는 방법으로 주식을 취득하는 새로운 출자를 규정한 것으로 이해된다. 그런데 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주는 기존 출자자로부터 새로이 금전 등의 납입을 받지 않고 단순히 보유주식에 비례하여 발행될 뿐이어서 기존 출자자는 그 무상주의 취득으로 인하여 종래의 지분비율에 아무런 영향을 받지 않는다. 만약 이러한 무상주의 취득을 새로운 출자로 본다면 기존 출자자가 보유한 주식의 실질적 가치는 그대로임에도 당초 과세특례의 적용대상인 주식 중 일부가 과세대상으로 전환되는 결과를 초래하게 되어 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 규정한 취지에 반하게 된다. 따라서 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주의 취득은 구 조특법 제13조 제2항 제3호 가 규정한 ‘잉여금의 자본전입에 의하는 방법’으로 주식을 취득하는 새로운 출자로 볼 수 없으므로, 자본잉여금의 자본전입에 따라 취득한 무상주에 관하여 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 5년간의 주식 보유 여부를 판단함에 있어서는 무상주의 취득시점을 기준으로 따질 것이 아니라 그 무상주 취득의 근거가 된 주식의 취득시점을 기준으로 따져야 할 것이다.

1. 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제14조 제1항 제4호 , 제13조 제2항 , 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다) 제12조 제1항 은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 에 따른 벤처기업(이하 ‘벤처기업’이라고만 한다)에 출자함으로써 취득한 주식의 양도에 대하여 양도소득세를 비과세하는 특례를 규정하면서, 그 비과세 요건으로 ① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것( 구 조특법 시행령 제12조 제1항 제1호 ), ② 개인이 그와 법인세법 시행령 제87조 제1항 의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것( 구 조특법 시행령 제12조 제1항 제2호 ), ③ 양도대상 주식은 ‘당해 기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법( 제1호 )’, ‘당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법( 제2호 )’, ‘당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법( 제3호 )’, ‘당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무의 자본전환에 의하는 방법( 제4호 )’ 중 어느 하나의 방법으로 취득하였을 것( 구 조특법 제14조 제1항 본문, 제13조 제2항 ), ④ 주식을 그 출자일로부터 5년이 경과한 후에 양도하였을 것( 구 조특법 시행령 제12조 제1항 본문) 등을 들고 있다. 그리고 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항 제2호 , 제50조 제2항 은 ‘주주(발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식을 소유한 소액주주를 제외한다)’를 법인과 특수관계에 있는 자의 하나로 규정하고 있다.

한편 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의3 제1항 은 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있고, 제3항 은 제1항 의 규정에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 해당 세액을 납부한 경우에 한한다) 관할세무서장은 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다고 규정하고 있다.

양도소득세 납세의무자가 기한후과세표준신고서를 제출하더라도 그 납세의무는 관할 세무서장이 양도소득 과세표준과 세액을 결정하는 때에 비로소 확정되는데, 과세관청이 납세의무자에 대하여 양도소득 과세표준과 세액이 기한후과세표준신고서를 제출할 당시 이미 자진납부한 금액과 동일하므로 별도로 고지할 세액이 없다는 내용의 신고시인결정 통지를 하였다면, 그 신고시인결정 통지는 구 국세기본법 제45조의3 제3항 이 정한 과세관청의 결정으로서 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 할 것이다 ( 대법원 1984. 3. 27. 선고 82누383판결 참조).

2. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택 증거를 종합하여, ① 원고가 창업 후 3년 이내의 벤처기업이며 원고와 특수관계가 없던 에버테크노 주식회사(이하 ‘에버테크노’라고만 한다)의 2001. 9. 14.자 유상증자에 참여하여 주식 12,000주(이하 ‘쟁점1주식’이라 한다)를 취득하였던 사실, ② 원고는 2002. 3. 22. 에버테크노의 총 발행주식 약 18%를 보유한 상태에서 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상증자로 25,542주(이하 ‘쟁점2주식’이라 한다)를 취득하였다가 2002. 5. 9. 쟁점1주식 및 쟁점2주식의 액면분할로 인하여 375,420주를 보유하던 중, 2006. 8. 8. 에버테크노의 총 발행주식 9%를 보유한 상태에서 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상증자로 184,167주(이하 ‘쟁점3주식’이라 한다)를 취득하여 총 559,587주를 보유하게 된 사실, ③ 그런데 원고는 2007. 5.경부터 2007. 11.경까지 그중 488,674주를 양도하고 법정신고기한 이후인 2010. 4. 30. 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서를 제출하고 해당 세액을 자진납부한 사실 ④ 피고는 원고의 위 과세표준 신고 및 자진납부계산서 내용이 정당하여 추가로 고지할 양도소득세액이 없다는 내용의 신고시인결정을 통지(이하 ‘이 사건 신고시인결정 통지’라고 한다)한 사실, ⑤ 원고는 이 사건 신고시인결정 통지에 불복하였으나, 피고로부터 쟁점1주식의 양도 부분에 해당하는 세액만을 환급받은 사실 등을 인정하였다.

나아가 원심은, 이 사건 신고시인결정 통지가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 판단한 다음, 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주의 취득이 구 조특법 제13조 제2항 제3호 가 규정하는 ‘잉여금의 자본전입에 의하는 방법’에 의한 새로운 출자에 해당한다고 보아 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 5년간의 주식 보유 여부를 판단함에 있어서는 그 무상주의 취득시점을 기준으로 따져야 하는 것인데, 원고가 쟁점2주식을 취득한 2002. 3. 22.과 쟁점3주식을 취득한 2006. 8. 8.을 기준으로 할 때 원고는 쟁점1주식을 취득할 때와 달리 에버테크노와 특수관계에 있었을 뿐만 아니라 쟁점3주식을 그 취득일인 2006. 8. 8.로부터 5년이 지나기 전인 2007. 5.경부터 2007. 11.경 사이에 양도한 이상, 쟁점2주식과 쟁점3주식의 양도는 구 조특법 제14조 제1항 제4호 등이 규정하는 양도소득세의 비과세 요건을 갖추지 못하였다는 이유로, 피고의 이 사건 신고시인결정 통지 중 쟁점2주식과 쟁점3주식에 관한 부분은 적법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다.

구 조특법 제13조 및 제14조 의 입법 취지는 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 함에 있으므로 구 조특법 제13조 제2항 각 호 는 실제로 금전 등의 지출을 수반하거나 이에 준하는 방법으로 주식을 취득하는 새로운 출자를 규정한 것으로 이해된다. 그런데 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주는 기존 출자자로부터 새로이 금전 등의 납입을 받지 않고 단순히 그 보유주식에 비례하여 발행될 뿐이어서 기존 출자자는 그 무상주의 취득으로 인하여 종래의 지분비율에 아무런 영향을 받지 않는다. 만약 이러한 무상주의 취득을 새로운 출자로 본다면 기존 출자자가 보유한 주식의 실질적 가치는 그대로임에도 당초 과세특례의 적용대상인 주식 중 일부가 과세대상으로 전환되는 결과를 초래하게 되어 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 규정한 취지에 반하게 된다. 따라서 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주의 취득은 구 조특법 제13조 제2항 제3호 가 규정한 ‘잉여금의 자본전입에 의하는 방법’으로 주식을 취득하는 새로운 출자로 볼 수 없으므로, 자본잉여금의 자본전입에 따라 취득한 무상주에 관하여 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 5년간의 주식 보유 여부를 판단함에 있어서는 그 무상주의 취득시점을 기준으로 따질 것이 아니라 그 무상주 취득의 근거가 된 주식의 취득시점을 기준으로 따져야 할 것이다 .

원심이 인정한 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 자본잉여금의 자본전입에 따라 쟁점2주식과 쟁점3주식을 취득하였고 그 취득의 근거가 되는 쟁점1주식의 취득시점을 기준으로 따져볼 때 원고는 에버테크노와 아무런 특수관계가 없었을 뿐만 아니라 그 양도시점까지 5년간 주식을 보유하였으므로, 쟁점2주식 및 쟁점3주식의 양도는 구 조특법 제14조 제1항 제4호 등이 규정한 과세특례의 적용대상에 해당한다. 그런데도 원심은 이와 달리 쟁점2주식 및 쟁점3주식의 양도가 구 조특법 제14조 제1항 제4호 등이 규정하는 양도소득세의 비과세 요건을 갖추지 못하였다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 구 조특법 제14조 제1항 제4호 , 제13조 제2항 제3호 에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.