2. 원고의 주위적 청구 중 별지 처분목록 순번 2, 3 기재 각 부가가치세 부과처분은 무효임을 확인한다.

3. 원고의 나머지 주위적 청구 및 나머지 예비적 청구를 모두 기각한다.

4. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 1993. 4. 30.경부터 김포시 대곶면 (이하 2 생략)에서 ‘ ○○○○’이라는 상호로 부가가치세 면세사업인 축산업(양돈업)을 영위하던 중 1998. 4. 6. 폐기물중간처리업 허가를 받아 축산업과 생활폐기물수집중간처리업 등을 겸업하게 되었고, 2005. 4. 6. 비료관리법에 의한 비료생산업 등록을 한 후 2005. 4. 21. 과세사업인 비료제조업을 추가하여 과세·면세 겸업을 이유로 과세사업자로 사업자등록을 하였다.

나. 원고는 위와 같이 과세사업자로 사업자등록을 하기 전까지의 과세기간(2001년 제1기부터 2005년 제1기까지)에 퇴비(비료, 이하 ‘이 사건 퇴비’라고 한다)를 제조·판매한 매출부분을 면세대상으로 보아 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

다. 이에 대하여 피고는 이 사건 퇴비의 제조·판매는 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당한다고 보아 2006. 6. 7. 원고에 대하여 과세예고통지를 한 후 아래 표 기재와 같이 부가가치세를 결정·고지하였다[피고는 당초 2001년 제1기부터 2002년 제1기까지의 과세기간에 대하여 이 사건 퇴비의 제조·판매 뿐만 아니라 지방자치단체에 대한 폐기물처리 용역의 공급도 부가가치세 과세대상에 해당한다고 보아 그 용역대가도 과세표준에 포함하여 아래 표의 ‘당초 처분’란 기재와 같이 부가가치세를 결정·고지하였다가(아래 표의 순번 1 내지 3의 ‘당초 처분’란 기재 2006. 7. 3.자, 2007. 1. 3.자 및 2007. 6. 1.자 각 부과처분), 이후 폐기물처리 용역의 공급대가를 과세표준에서 제외하여 아래 표의 ‘감액경정결정’란 기재와 같이 경정결정을 하고, 이를 고지하였다(이하 ‘감액경정처분’이라 한다). 이하 아래 표의 ‘당초 처분’(다만 순번 1 내지 3 기재 각 처분은 위와 같이 감액되고 남은 부분)을 ‘이 사건 처분’이라 한다(이는 별지 처분목록 기재 각 부가가치세 부과처분과 같다)].

라. 원고는 2007. 12. 31. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2008. 11. 24. 위 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 6, 8, 9, 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장하면서 이 사건 처분에 대하여, 주위적으로 무효확인을, 예비적으로 그 취소를 구한다.

가. 절차적 위법

(1) 원고는 2006. 6. 7.자 과세예고통지를 받은 후 2006. 7.경 피고에게 과세전적부심사청구를 하였는데, 피고는 위 과세전적부심사청구에 대한 결정을 하기 전에 2001년 제1기분(2006. 7. 3.), 2001년 제2기분(2007. 1. 3.), 2002년 제1기분(2007. 6. 1.) 각 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 1, 2, 3기재 각 부과처분)을 하였는바, 위 각 부과처분은 원고의 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 것으로 국세기본법 제81조의12 및 같은 법 시행령 제63조의9 제4항 에 반하는 것으로서 그 하자가 중대·명백하여 무효이다.

(2) 따라서 위 각 부과처분의 처분일은 무효인 위 각 부과처분의 처분일이 아니라 감액경정처분일인 2007. 11. 10.로 보아야 할 것인데, 위 처분일은 이미 신고납부기한(2001년 1기분 : 2001. 7. 25, 2001년 2기분 : 2002. 1. 25, 2002년 1기분 : 2002. 7. 25.)의 다음날부터 5년의 부과제척기간이 경과하였으므로, 위 각 부과처분은 위법하다.

나. 부가가치세가 면제되는 축산업 또는 의료보건용역에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급에 해당

축산업(양돈업)과 생활폐기물(음식물폐기물)의 수집·운반 및 처리용역(의료보건용역)은 부가가치세법 제12조 제1항 제1호 , 제4호 , 부가가치세법 시행령 제28조 제3항 , 제29조 제11호 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급에 해당하고, 지방자치단체와 사이에 체결한 폐기물 위·수탁 처리계약의 내용에 수집·운반한 생활폐기물(음식물폐기물)을 사료(퇴비)화 처리하여야 한다는 내용이 포함되어 있어 원고로서는 수집·운반한 생활폐기물을 반드시 퇴비(사료)화 처리를 하여야 하므로, 돼지의 분뇨 및 음식물폐기물을 이용하여 생산한 이 사건 퇴비는 부가가치세 면제대상인 양돈업에 필수적으로 부수되는 재화(또는 단순가공재화)의 공급 또는 의료보건용역(생활폐기물 수집·운반 및 처리용역)의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 해당한다. 따라서 이에 대하여는 부가가치세법 제12조 제3항 에 의하여 부가가치세가 면제되어야 한다.

한편, 피고는 법규로서의 효력이 없는 부가가치세법 기본통칙 12-29-1에 근거하여 이 사건 처분을 하였는바, 이 점에 있어서도 이 사건 처분은 조세법률주의에 반하여 위법하다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

주위적 청구 및 예비적 청구에 대한 주장내용은 거의 동일하므로 뒤에서 살펴보는 예비적 청구 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분에 대한 피고의 본안전 항변에 관한 판단부분을 제외하고는 주위적 청구와 예비적 청구를 함께 판단하기로 한다.

가. 절차적 위법(별지 처분목록 순번 1, 2, 3 기재 각 부과처분) 주장에 대한 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

(가) 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의12 제1항 , 제3항 에 의하면, 과세예고통지 등을 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 30일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 통지내용에 대한 적법성 여부에 관하여 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있고, 과세전적부심사청구를 받은 세무서장 등은 과세전적부심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하여 그 결과를 청구인에게 통지하여야 하며, 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호 , 같은 법 시행령 제63조의9 제4항 에 의하면, 과세전적부심사청구서를 제출받은 세무서장 등은 그 청구부분에 대하여 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 하되, 다만 과세예고통지를 하는 날부터 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우 등 국세기본법 제81조의12 제2항 각호의 1 에 해당하는 경우에는 과세전적부심사청구에 대한 결정 전에 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 할 수 있다.

위 각 규정내용을 종합하면, 과세전적부심사절차는 납세자의 사전권리구제절차로서 과세전적부심사청구에 대한 결정이 없이 국세를 부과하는 것은 납세자의 사전권리구제 기회를 박탈하는 것이므로 원칙적으로 위법하다고 할 것이고, 다만 국세기본법 제81조의12 제2항 각호의 1 에 해당하는 경우에는 예외적으로 과세전적부심사청구에 대한 결정 없이 부과할 수 있다고 할 것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 피고가 이 사건 처분 전인 2006. 6. 7. 원고에게 과세예고통지를 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고가 위 과세예고통지를 받은 후 30일 이내인 2006. 7. 5. 피고에게 위 통지내용에 대하여 과세전적부심사를 청구하였는데, 피고는 위 과세전적부심사 청구에 대한 결정을 하기 전인 2006. 7. 3. 2001년 1기분 부가가치세, 2007. 1. 3. 2001년 2기분 부가가치세, 2007. 6. 1. 2002년 1기분 부가가치세의 각 부과처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으며, 한편 위 각 부과처분 중 2001년 1기분 부가가치세는 과세예고통지일(2006. 6. 7.)부터 부과제척기간의 만료일인 2006. 7. 25.까지의 기간이 3월 이하인 시점에서 부과된 반면, 2001년 2기분 부가가치세 및 2002년 1기분 부가가치세의 각 부과처분은 과세예고통지일부터 각 부과제척기간의 만료일인 2007. 1. 25. 및 2007. 7. 25.까지 각 3월이 넘는 기간이 남아 있는 시점에서 이루어졌음은 역수상 명백하다.

그렇다면 위 각 부가가치세 부과처분 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분은 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호 , 같은 법 시행령 제63조의9 제4항 단서에서 정한 과세예고통지를 하는 날부터 그 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우에 해당하여 적법하다고 할 것이나, 2001년 2기분 부가가치세 및 2002년 1기분 부가가치세 각 부과처분은 위 각 규정에서 정한 과세적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 과세표준 및 세액의 결정을 할 수 있는 경우에 해당하지 아니하므로, 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 위법이 있고, 이러한 절차상 위법은 국세기본법이 보장하고 있는 납세자인 원고의 사전 권리구제의 기회를 박탈하는 것으로서 그 하자가 중대하고, 이러한 하자의 존재는 위 규정 자체에 의하여 객관적으로 명백하므로, 위 2001년 2기분 및 2002년 1기분 각 부가가치세 부과처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 당연무효라고 할 것이다.

(다) 이에 대하여 피고는, 원고가 2007. 10. 23. 과세전적부심사청구를 취하함으로써 과세전적부심사청구를 하지 않았던 것과 마찬가지의 결과가 되어 과세전적부심사청구에 대한 결과통지를 할 필요가 없었으므로, 위와 같은 절차상 하자가 치유되었다는 취지로 주장하므로 살피건대, 원고가 위 2001년 2기분(2007. 1. 3.) 및 2002년 1기분(2007. 6. 1.) 각 부가가치세 부과처분이 있고 이 사건 감액경정결정(2007. 10. 19.)까지 있은 이후인 2007. 10. 23.에 이르러 위 과세전적부심사청구를 취하한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 앞서 본 바와 같은 절차상 하자가 존재하는 상태에서 당초 처분이 이루어진 이상, 원고가 당초 처분 이후에 스스로 과세전적부심사청구를 취하하였다고 하여 그 절차상 하자가 치유된다고 볼 수는 없으므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장(2001년 1기분 부가가치세 부과처분에 대한 부과제척기간 도과)에 대한 판단

과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 감액경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고, 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부, 제소기간 및 부과제척기간의 준수 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 할 것인바( 대법원 1998. 5. 26. 선고 98두3211 판결 등 참조), 위 2001년 1기분 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 1기재 부과처분)이 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이루어졌다고는 하나 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호 , 같은 법 시행령 제63조의9 제4항 단서에서 정한 과세예고통지를 하는 날부터 그 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우에 해당하여 적법함은 앞서 본 바와 같고, 그 신고납부기한인 2001. 7. 25.의 다음날부터 5년의 부과제척기간이 만료되기 전인 2006. 7. 3. 부과·고지되었음은 역수상 명백하므로, 위 부과처분이 무효임을 전제로 부과제척기간이 도과된 이후에 위 감액경정처분이 이루어져 위법하다는 취지의 원고의 위 주장은 이유 없다.

나. 부가가치세가 면제되는 축산업 또는 의료보건용역에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 해당한다는 주장에 대한 판단

(가) 원고는, 이 사건 퇴비의 제조 및 판매가 면세사업인 축산업(양돈업) 또는 생활폐기물(음식물폐기물)의 수집·운반 및 처리용역(의료보건용역)의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급으로서, 부가가치세법 시행령 제3조 제2호 소정의 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 생활폐기물의 수집·운반 및 처리용역에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 제3호 소정의 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화에 해당하고, 따라서 이 사건 퇴비의 공급에 대하여도 부가가치세가 면제되어야 한다고 주장하므로, 원고의 이 사건 퇴비의 제조 및 판매가 면세사업인 양돈업 또는 생활폐기물의 수집·운반 및 처리용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 해당하는지에 관하여 본다.

부가가치세법 제12조 제1항 제1호 , 제4호 , 같은 법 시행령 제28조 제3항 , 제29조 제11호 에 의하면 생활폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 수집·운반 및 처리용역(의료보건용역) 및 축산업자(양돈업자)의 축산물 공급에 대하여는 부가가치세가 면제되고, 부가가치세법 제1조 제4항 , 같은 법 시행령 제3조 제2호 , 제3호 에 의하면, 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보도록 하고 있으며, 이러한 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역으로는 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역( 부가가치세법 시행령 제3조 제2호 ), 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역( 제3조 제3호 ) 등을 규정하고 있다.

그러므로 살피건대, 갑 제5호증, 을 제3 내지 6, 8, 9, 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 1998. 4. 6. 폐기물중간처리업 허가를 받은 후 면세사업인 양돈업과 생활폐기물수집 중간처리업 등을 겸업하면서, 지방자치단체와 사이에 폐기물 위·수탁 처리계약을 체결하고 생활폐기물(음식물폐기물)의 수집·운반 및 처리용역을 제공하여 왔고, 이 사건 퇴비는 위와 같은 생활폐기물 처리과정에서 음식물폐기물 등을 이용하여 생산된 것인 사실, 한편 원고와 서울특별시 강서구청, 김포시 등의 지방자치단체들과 사이에 체결된 각 폐기물처리계약 중에는 원고가 수집·운반한 생활폐기물을 퇴비(비료)로 처리하여야 한다는 내용이 포함되어 있는 경우도 있는 사실, 그러나 위 폐기물처리계약에는 위와 같이 생산된 퇴비(비료)의 처리에 관하여는 별도로 계약내용이 정하여져 있지 않고, 이 사건 퇴비는 위 지방자치단체들이 아닌 농장 등에 공급된 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 퇴비는 생활폐기물 처리 공정 후 발생하는 부산물로 생활폐기물 수집·운반 및 처리용역의 제공 과정에서 필연적으로 발생하는 재화에 해당한다고 볼 수 있으나, 원고가 폐기물 수집·운반 및 처리용역을 제공하는 상대방은 폐기물처리계약을 체결한 지방자치단체들인 반면 이 사건 퇴비는 위 폐기물처리용역 등과는 아무런 관계가 없는 농장 등에 별도로 공급한 것인 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 퇴비의 공급이 면세대상인 양돈업 또는 생활폐기물 수집·운반 및 처리용역에 부수하여 공급되는 재화라거나 위 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화라고 보기는 어렵다.

따라서 이와 달리 이 사건 퇴비의 공급이 부가가치세가 면제되는 양돈업 또는 의료보건용역(생활폐기물 수집·운반 및 처리용역)의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 포함됨을 전제로 하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

한편, 이 사건 처분의 근거는 부가가치세법 제1조 제1항 제1호 에 근거한 것으로서 원고가 주장하는 바와 같이 부가가치세법 기본통칙 12-29-1(면세하지 아니하는 기타 의료보건위생용역)에 직접 근거한 것이 아니고, 위 기본통칙 조항은 단지 면세되는 의료보건위생용역의 공급에 필수적으로 부수한다고 보는 재화 또는 용역의 공급의 범위에 관한 관세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준을 삼은 것에 불과하므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 처분이 조세법률주의에 위배되어 위법하다는 취지의 원고의 주장 역시 이유 없다.

다. 예비적 청구 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분에 대한 본안전 항변에 관한 판단

(1) 당사자의 주장

피고는, 이 사건 예비적 청구 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분에 대하여는 원고가 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다고 항변하고, 이에 대하여 원고는 앞서 주장한 바와 같이 위 처분에는 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 부과고지된 절차상 하자가 있어 납세고지로서의 효력이 있다고 할 수 없으므로 위 처분일인 2006. 7. 3.이 아니라 감액경정처분일인 2007. 11. 10.을 기준으로 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부를 판단하여야 한다고 하면서 감액경정처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내인 2007. 10. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였으므로 적법한 전심절차를 거쳤다고 주장한다.

(2) 판단

과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초의 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 아직 취소되지 않고 남은 부분이고, 그 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 함은 앞서 본 바와 같고, 한편 국세기본법 제56조 제2항 , 제68조 제1항 에 의하면 국세처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조 제1항 본문, 제2항 , 제3항 의 규정에 불구하고 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없으며, 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 하는바, 국세처분의 취소를 구하는 행정소송은 일반의 행정소송에 적용되는 행정심판의 임의적 전치주의와는 달리 반드시 국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구를 거쳐야 하는 필요적 전치주의가 적용되고, 이 경우 심사청구 또는 심판청구는 제소기간 등의 적법요건을 갖추어야 하므로 이와 달리 심사청구 또는 심판청구가 제소기간을 도과하는 등으로 부적법하다면 그것은 국세기본법이 정한 필요적 전치절차를 거친 것으로 볼 수 없다.

위 법리에 따라 이 사건에 관하여 보건대, 위 2001년 1기분 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 1기재 부과처분)이 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 이루어졌다고는 하나 국세기본법 제81조의12 제2항 제3호 , 같은 법 시행령 제63조의9 제4항 단서에서 정한 과세예고통지를 하는 날부터 그 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우에 해당하여 적법함은 앞서 본 바와 같고, 앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2001년 1기분 부가가치세 부과처분이 있음을 알게 된 후 90일이 훨씬 지난 2007. 12. 31. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 한 사실이 인정되므로, 위 심판청구는 그 청구기간을 도과하여 청구한 것으로서 부적법하다고 할 것이고, 따라서 이 사건 예비적 청구 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 결국 필요적 전치절차를 거치지 아니한 것으로 부적법하다고 할 것이다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2001년 1기분 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 1 기재 부과처분)의 취소를 구하는 예비적 청구에 관한 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 주위적 청구 중 2001년 2기분, 2002년 1기분 각 부가가치세 부과처분(별지 처분목록 순번 2, 3 기재 각 부과처분)의 무효확인을 구하는 부분은 이유 있으므로 이를 인용하며, 나머지 주위적 청구 및 나머지 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 조일영(재판장) 배정현 차진석

심급 사건

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