①보조금의 예산편성 및 관리에 관하여는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 이 법이 정하는 바에 의한다.

②이 법의 적용에 있어서 지방자치단체의 교육ㆍ과학 및 체육에 관한 보조금예산의 편성등에 대하여는 해당 규정중 “행정안전부장관”은 “교육과학기술부장관”으로, “지방자치단체의 장”은 “특별시ㆍ광역시 및 도에 있어서는 교육위원회”로, “특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사”는 “특별시ㆍ광역시ㆍ도의 교육위원회”로 본다.  <개정 1990. 12. 27., 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2001. 1. 29., 2008. 2. 29.>

①보조사업을 수행하고자 하는 자는 매년 중앙관서의 장에게 보조금의 예산계상을 신청하여야 한다.

②제1항의 규정에 의한 신청을 함에 있어서는 보조사업의 목적과 내용, 보조사업에 소요되는 경비 기타 필요한 사항을 기재한 신청서 및 첨부서류를 제출하여야 한다.

③제1항 및 제2항의 경우에 보조사업을 수행하고자 하는 자가 시장ㆍ군수인 경우에는 당해 시장ㆍ군수에 대한 보조금은 관할 도지사(廣域市의 郡의 경우에는 廣域市長을 말한다. 이하 같다)가 이를 종합하여 일괄신청할 수 있다.  <개정 1997. 12. 13.>

④제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신청에 필요한 신청서서식ㆍ첨부서류ㆍ제출기일등 필요한 사항은 중앙관서의 장이 정한다. 이 경우 제출기일은 당해 회계연도의 전년도 5월 31일이전으로 하여야 한다.  <개정 2006. 10. 4.>

①중앙관서의 장은 보조사업을 수행하고자 하는 자로부터 신청받은 보조금의 내역 및 금액을 조정하여 기획재정부장관에게 보조금의 예산요구를 하여야 한다. 이 경우 제5조의 규정에 의한 보조사업의 경우에는 보조금의 예산계상신청이 없더라도 그 보조금의 예산요구를 할 수 있다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

②제1항의 경우 지방자치단체에 대한 보조사업중 대부분의 지방자치단체와 관련된 보조사업에 대하여는 지방자치단체별 내역없이 총액으로 이를 요구할 수 있다.

③중앙관서의 장이 보조금의 예산요구를 할 때에는 기획재정부장관이 관계자료를 제출할 것을 요구한 보조사업에 대하여는 보조사업을 수행하고자 하는 자의 예산계상신청내역과 중앙관서의 장의 조정내역 및 기타 필요한 자료를 첨부하여 제출하여야 한다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

①중앙관서의 장은 지방자치단체의 부담을 수반하는 보조금의 예산을 요구하고자 할 때에는 행정안전부장관과 보조사업계획에 대하여 협의하여야 한다.  <개정 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

②행정안전부장관은 제1항의 협의요청을 받은 경우에는 그 의견서를 당해 회계연도의 전년도 6월 20일까지 기획재정부장관과 관계중앙관서의 장에게 제출하여야 한다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

①보조사업을 수행하고자 하는 자는 중앙관서의 장의 요구가 있는 때에는 보조금의 예산계상 신청과 관련하여 필요한 자료를 제출하거나 설명하여야 한다.

②기획재정부장관은 중앙관서의 장이 제출한 보조금의 예산요구액을 조정함에 있어서 특별히 필요하다고 인정되는 때에는 당해 보조사업을 수행하고자 하는 자에게 필요한 자료를 제출하게 하거나 설명하도록 직접 요구할 수 있다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

①기획재정부장관은 매년 지방자치단체에 대한 보조금예산을 편성할 때에 필요하다고 인정되는 보조사업에 대하여는 당해 지방자치단체의 재정사정을 감안하여 기준보조율에 일정률을 가감하는 차등보조율을 적용할 수 있다. 이 경우 기준보조율에 일정률을 차감하는 차등보조율은 지방교부세법에 의한 보통교부세를 교부받지 아니하는 지방자치단체에 한하여 적용할 수 있다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

②제1항의 차등보조율과 그 적용대상이 되는 지방자치단체의 범위 및 적용기준등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

①특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 보조금예산의 편성과정에서 당해 관할구역안의 보조사업의 우선순위 또는 보조금예산액의 조정등에 관한 의견을 해당 중앙관서의 장 및 기획재정부장관에게 제시할 수 있다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

②기획재정부장관은 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사가 제시한 의견중 타당하다고 인정되는 사항은 당해 중앙관서의 장의 의견을 들어 예산에 반영할 수 있다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

①중앙관서의 장은 특별한 사유가 없는 한 보조금예산안을 사업별로 해당 보조사업을 수행하고자 하는 자에게 당해 회계연도의 전년도 10월 15일까지 통지하여야 하며 국회에서 예산이 심의ㆍ확정된 후에는 그 확정된 금액 및 내역을 사업별로 즉시 해당 보조사업을 수행하고자 하는 자에게 통지하여야 한다.

②중앙관서의 장이 제1항의 규정에 의한 통지를 하는 경우에는 지방자치단체에 대한 보조금에 있어서는 기획재정부장관과 행정안전부장관에게 통보하여야 한다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

③제1항의 통지를 함에 있어서 보조사업을 수행하고자 하는 자가 시장ㆍ군수인 경우에는 당해 시ㆍ군을 관할하는 도지사에게 일괄하여 통지할 수 있다.

①중앙관서의 장은 보조금의 교부를 결정함에 있어서 법령과 예산이 정하는 보조금의 교부목적을 달성함에 필요한 조건을 붙일 수 있다.

②중앙관서의 장은 보조금의 교부를 결정함에 있어서 보조사업이 완료된 때에 그 보조사업자에게 상당한 수익이 발생하는 경우에는 그 보조금의 교부목적에 위배되지 아니하는 범위안에서 이미 교부한 보조금의 전부 또는 일부에 해당하는 금액을 국가에 반환하게 하는 조건을 붙일 수 있다.

①중앙관서의 장은 보조금의 교부를 결정한 때에는 그 교부결정의 내용(그에 조건을 붙인 경우에는 그 조건을 포함한다. 이하 같다)을 지체없이 보조금의 교부를 신청한 자에게 통지하여야 한다.

②중앙관서의 장은 제1항의 보조금의 교부결정을 통지한 때에는 지방자치단체에 대한 보조금에 있어서는 단위사업별ㆍ보조사업자별로 작성한 교부결정의 내용을 즉시 기획재정부장관과 행정안전부장관에게 통보하여야 한다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

①중앙관서의 장은 보조금의 교부결정을 함에 있어 보조사업의 내역을 세분함으로써 보조금의 규모가 영세하여질 경우에는 단위사업내의 수개의 경비내역을 합하여 교부결정을 하여야 한다.

②제1항의 규정에 의하여 단위사업내의 수개의 경비내역을 합하여 교부결정을 하여야 하는 금액등의 기준은 대통령령으로 정한다.

①중앙관서의 장은 보조금의 교부를 결정한 경우에 있어서 그 후에 발생한 사정의 변경으로 특히 필요하다고 인정할 때에는 보조금의 교부결정의 내용을 변경하거나 그 교부결정의 전부 또는 일부를 취소할 수 있다. 다만, 이미 수행된 부분의 보조사업에 대하여는 그러하지 아니하다.

②중앙관서의 장이 제1항의 규정에 의하여 보조금의 교부결정을 취소할 수 있는 경우는 보조금의 교부결정을 한 후에 발생한 천재ㆍ지변 기타 사정의 변경으로 보조사업의 전부 또는 일부를 계속할 필요가 없는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에 한한다.

③중앙관서의 장이 제1항의 규정에 의하여 보조금의 교부결정의 내용을 변경하거나 교부결정을 취소하고자 할 경우에는 다음 각호의 사항을 기재한 서류를 기획재정부장관에게 제출하고 협의를 하여야 한다. 다만, 중요하지 아니한 사항인 경우에는 기획재정부장관에 대한 통보로 협의에 갈음할 수 있다.  <개정 1997. 12. 13., 1999. 5. 24., 2008. 2. 29.>

④중앙관서의 장은 제1항의 규정에 의하여 보조금의 교부결정을 취소한 경우에 그 취소로 인하여 특히 필요하게 된 사무 또는 사업에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 보조금을 교부하여야 한다.

⑤제19조제1항의 규정은 제1항의 규정에 의하여 보조금의 교부결정의 내용을 변경하거나 교부결정을 취소할 경우에 이를 준용한다.

⑥제20조의 규정은 제1항의 규정에 의하여 보조금의 교부결정의 내용을 변경하거나 교부결정을 일부 취소할 경우에 수정하여 교부하는 보조금에 대하여도 이를 준용한다.

①보조사업자는 법령의 규정, 보조금의 교부결정의 내용 또는 법령에 의한 중앙관서의 장의 처분에 따라 선량한 관리자의 주의로 성실히 그 보조사업을 수행하여야 하며 그 보조금을 다른 용도에 사용하여서는 아니된다.  <개정 2009. 1. 30.>

②간접보조사업자는 법령의 규정과 간접보조금의 교부목적에 따라 선량한 관리자의 주의로 간접보조사업을 수행하여야 하며 그 간접보조금을 다른 용도에 사용하여서는 아니된다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 제31조제4항에 따라 보조금 초과액을 반납하지 아니하고 활용하는 경우에는 유사한 목적의 사업에 사용할 수 있다.  <신설 2009. 1. 30.>

①중앙관서의 장은 보조사업자가 법령의 규정, 보조금의 교부결정의 내용 또는 법령에 의한 중앙관서의 장의 처분에 따라 보조사업을 수행하지 아니한다고 인정할 때에는 그 보조사업자에 대하여 보조사업의 수행상 필요한 명령을 할 수 있다.

②중앙관서의 장은 보조사업자가 제1항의 명령에 위반한 때에는 그 보조사업의 수행을 일시 정지시킬 수 있다.

①보조사업자는 중앙관서의 장이 정하는 바에 따라 보조사업을 완료한 때, 폐지의 승인을 얻은 때 또는 회계연도가 종료한 때에는 그 보조사업의 실적을 기재한 보조사업실적보고서를 작성하여 중앙관서의 장에게 제출하여야 한다.

②제1항의 보조사업실적보고서에는 그 보조사업에 소요된 경비를 재원별로 명백히 한 계산서 및 중앙관서의 장이 정하는 서류를 첨부하여야 한다.

①중앙관서의 장은 제27조의 규정에 의하여 보조사업자로부터 보조사업실적보고서를 받은 때에는 그 보조사업의 실적이 법령의 규정, 보조금의 교부결정의 내용 또는 법령에 의한 중앙관서의 장의 처분에 적합한 것인가의 여부를 심사하여야 한다. 이 경우 필요하다고 인정될 경우에는 현지조사를 하여야 한다.

②중앙관서의 장은 제1항의 심사결과 보조사업의 실적이 제1항의 심사기준에 적합하다고 인정될 때에는 교부하여야 할 보조금의 금액을 확정하여 이를 그 보조사업자에게 통지하여야 한다.

①중앙관서의 장은 보조사업자가 보조금을 다른 용도에 사용하거나 법령의 규정, 보조금의 교부결정의 내용 또는 법령에 의한 중앙관서의 장의 처분에 위반한 때 및 허위의 신청이나 기타 부정한 방법으로 보조금의 교부를 받은 때에는 보조금의 교부결정의 전부 또는 일부를 취소할 수 있다.

②중앙관서의 장은 간접보조사업자가 간접보조금을 다른 용도에 사용하거나 법령의 규정에 위반한 때에는 보조사업자에 대하여 그 간접보조금에 관련된 보조금에 대한 교부결정의 전부 또는 일부를 취소할 수 있다.

③제19조의 규정은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 교부결정을 취소한 경우에 이를 준용한다.

①중앙관서의 장은 보조금의 교부결정을 취소한 경우에 그 취소된 부분의 보조사업에 대하여 이미 보조금이 교부되어 있을 때에는 기한을 정하여 그 취소한 부분에 해당하는 보조금의 반환을 명하여야 한다.

②중앙관서의 장은 보조사업자에게 교부하여야 할 보조금의 금액을 제28조의 규정에 의하여 확정한 경우에 이미 교부된 보조금이 그 확정된 금액을 초과한 경우에는 기한을 정하여 그 초과액의 반환을 명하여야 한다.

③중앙관서의 장은 제1항의 규정에 의하여 반환명령을 한 경우에 그 보조금의 교부결정의 취소가 제30조제2항의 규정에 의한 것인 때에는 부득이한 사정이 있다고 인정된 때에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 반환의 기한을 연장할 수 있다.

④ 제2항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 해당 보조사업의 당초 목적을 달성하고, 자체 노력에 의하여 예산을 절감한 경우에는 그 초과액을 반환하지 아니하고 해당 보조사업의 목적과 유사한 사업(신규사업 등 대통령령으로 정하는 사업을 제외한다)에 사용할 수 있다. 이 경우 지방자치단체의 장은 반환하지 아니한 초과액의 사용명세서(과목별로 금액 및 구체적 이유 등을 포함하여야 한다)를 초과액을 사용한 날부터 1개월 이내에 해당 중앙관서의 장에게 통보하여야 한다.  <신설 2009. 1. 30.>

⑤ 기획재정부장관은 지방자치단체가 제4항 및 제6항을 위반하여 초과액을 사용하거나 보조사업자 또는 간접보조사업자가 중복 또는 과다하게 보조금 예산을 신청하여 교부받은 경우에는 다음 회계연도의 해당 세출예산 편성 시 이를 고려하여야 한다.  <신설 2009. 1. 30.>

⑥ 제4항에 따라 유사한 사업에 초과액을 사용하는 데 필요한 요건은 대통령령으로 정한다.  <신설 2009. 1. 30.>

①중앙관서의 장은 제31조의 규정에 의하여 반환하여야 할 보조금에 대하여는 국세징수의 예에 따라 이를 징수할 수 있다.

②제1항의 규정에 의한 반환금의 징수는 국세와 지방세를 제외하고는 다른 공과금에 우선한다.

①보조사업자 또는 간접보조사업자는 그 교부받은 보조금 또는 간접보조금에 대하여 별도의 계정을 설정하고 자체의 수입 및 지출을 명백히 구분하여 계리하여야 한다.

②보조사업자 또는 간접보조사업자는 보조금 또는 간접보조금으로 취득한 것으로서 대통령령이 정하는 중요한 재산에 대하여는 그 증감과 현재액을 명백히 하여야 한다.

①중앙관서의 장은 보조금에 관한 예산의 적정한 집행을 기하기 위하여 필요하다고 인정할 때에는 보조사업자 또는 간접보조사업자에 대하여 보고를 하게 하거나 소속공무원으로 하여금 그 사무소 또는 사업장에서 장부ㆍ서류 기타 재산을 검사하게 하거나 관계자에게 질문하게 할 수 있다.

②제1항의 규정에 의하여 검사 또는 질문하는 공무원은 그 권한을 나타내는 증표를 관계자에게 내보여야 한다.

①보조사업자는 보조금의 교부결정, 교부결정의 내용, 교부결정의 취소, 보조금의 반환명령 기타 보조금의 교부에 관한 중앙관서의 장의 처분에 대하여 이의가 있을 때에는 그 통지 또는 처분을 받은 날로부터 20일 이내에 서면으로 그 중앙관서의 장에게 이의를 신청할 수 있다.

②중앙관서의 장은 제1항의 규정에 의한 이의신청이 있을 때에는 관계자의 의견을 청취한 후 필요한 조치를 하고 그 뜻을 당해 이의신청자에게 통지하여야 한다. 이 경우 교부결정의 내용에 관한 이의신청자가 그 뜻을 통지받은 날로부터 20일 이내에 수락의 의사표시를 하지 아니한 때에는 그 보조금의 교부신청을 철회한 것으로 본다.