[청구번호]조심 2016전4393 (2017. 4. 20.)

[세목]부가[결정유형]기각

[결정요지] 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서 경정청구기간과 관련하여 규정한 “법정 신고기한”은 부가가치세의 확정신고기간의 마지막 날로 봄이 타당하여 이 건 경정청구는 법정한 기간 내에 제기된 것으로 보이나, 쟁점매입세금계산서는 쟁점용역의 공급일이 속하는 과세기간이 지난 후에 작성된 것이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 국세기본법 제45조의2 / 부가가치세법 제16조 / 부가가치세법 제17조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.12.27. OOO에서개업하여 골프장, 콘도업 등을 영위하는 사업자로, 2009.11.24. OOO과 콘도 및 부대시설공사계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였으며, OOO은 2011.7.15. 콘도 및 부대시설공사용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 완료하였다.

나. 청구법인은 OOO이 청구법인을 상대로 쟁점계약 관련 공사대금 지급청구의 소를 제기함에 따라 소송 진행 중임을 이유로 세금계산서를 교부받지 않고 있다가, OOO로부터 2013.12.31. 공급가액 OOO의 매입세금계산서 1매(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받아 해당 매입세액 OOO을 시설투자에 따른 고정자산매입세액으로 공제하여 2014.1.27. 영세율 등 조기환급으로 2013년제2기 부가가치세 확정신고를 하였다.

다. 처분청은 청구법인에 대하여 2013년 제2기 부가가치세 환급신고 현지확인을 실시한 결과, 쟁점매입세금계산서의 공급시기는 쟁점용역이완료된 2011.7.15.이므로 2013.12.31. 교부받은 쟁점매입세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아, 청구법인이 환급신청한 세액 OOO 중 쟁점매입세액을 불공제하고 초과환급신고가산세 OOO을 2014.2.17. 환급하였다.

라. 이에 청구법인은 2016.9.28. 위 불공제된 쟁점매입세액은 2011년 제2기 부가가치세 매입세액으로 공제되어야 한다는 이유로 쟁점매입세액의 환급을 구하는 경정청구서를 처분청에 제출하였으며, 처분청은 2016.11.17. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2014.12.23. 「국세기본법」 제45조의2 제1항의 개정으로 경정청구기간이 당초 3년에서 5년으로 늘어났는바, 청구법인은 2011년 제2기 부가가치세의 확정신고기간인 2012.1.25.부터 5년 이내인 2016.9.28.에 이 건 경정청구를 하였으므로 청구기간을 준수하였다.

(2) 청구법인은 쟁점용역의 공급시기를 2013년 하반기라고 판단하여 2013년 제2기 부가가치세 확정신고시에 쟁점매입세액을 공제하였으나 처분청이 쟁점용역의 공급시기를 2011.7.15.로 보아 이를불공제하였는바, 쟁점용역의 공급시기를 2011.7.15.로 본다면 OOO에 대한공사대금 OOO과 그에 따른 부가가치세 OOO의 납부의무도 2011년 제2기에 성립된 것이므로 쟁점매입세액은 2011년 제2기 부가가치세에서 공제되어야 한다.

쟁점매입세금계산서는 거래당사자 간에 용역의 공급시기에 관한 법률적 판단을 잘못하여 공급시기를 잘못 기재한 것에 불과하고 이는 「부가가치세법 시행령」 제75조 제2호에 규정된 “법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우”에 해당된다.

나. 처분청 의견

(1) 2014.12.23. 「국세기본법」 제45조의2 제1항 개정으로 경정청구의 법정신고기한이 3년에서 5년으로 변경되었으나, 같은 법 부칙 제7조 제2항에 경과규정을 두어 위 법 시행(2015.1.1.) 전에 종전의 제45조의2제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 하고 있는바, 쟁점용역의 공급 완료 시점이 2011.7.15.이므로 「부가가치세법」 제48조 제1항에 따른 예정신고기한은 2011.10.25.이라 할 것이며, 위 법 시행(2015.1.1.) 전에 그로부터 3년의 청구기간이 경과(2014.10.25.)하였으므로, 2014.12.23. 개정된 「국세기본법」 부칙 제7조 제2항의 경과규정에 따라 5년의 경정청구기간을 적용받을 수 없다.

(2) 쟁점용역의 공급시기는 2011.7.15.이나 청구법인은 OOO로부터 2013.12.31.자로 쟁점매입세금계산서를 교부받았으므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 2011년 제2기 부가가치세 매입세액으로 공제할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 경정청구 기한 도과 여부

② 쟁점매입세액을 2011년 제2기 매입세액으로 공제하여 달라는 경정청구의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 일부개정된 것)

제21조[납세의무의 성립시기] ① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

7. 부가가치세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때

제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

부칙 <법률 제12848호, 2014.12.23>

제1조[시행일] 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

제7조[경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등] ① 제45조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.

② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(2) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 일부개정되기 전의 것)

제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(3) 국세기본법 시행령

제10조의2[납세의무의 확정] 법 제22조 제1항에서 규정하는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다.

1. 소득세, 법인세, 부가가치세, 개별소비세, 주세, 증권거래세, 교육세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 : 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우는 제외한다.

2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우 : 그 결정하는 때

(4) 구 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 일부개정되기 전의 것)

제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다.

제17조[납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제18조[예정신고와 납부] ① 사업자는 각 과세기간 중 다음에 규정하는 기간(이하 "예정신고기간"이라 한다)이 끝난 후 25일(외국법인의 경우에는 50일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하거나 시작하려는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업 개시일 또는 제5조 제1항 단서에 따라 등록한 날부터 그 날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다.

제1기분 예정신고기간 : 1월 1일부터 3월 31일까지

제2기분 예정신고기간 : 7월 1일부터 9월 30일까지

② 사업장 관할 세무서장은 제1항에도 불구하고 개인사업자에 대하여는 각 예정신고기간마다 직전(直前) 과세기간에 대한 납부세액(제32조의2 제1항 또는 「조세특례제한법」 제104조의8 제2항에 따라 납부세액에서 공제하거나 경감한 세액이 있는 경우에는 그 세액을 뺀 금액으로 하고, 제21조에 따른 결정 또는 경정과 「국세기본법」 제45조 및 제45조의2에 따른 수정신고 및 경정청구에 따른 결정이 있는 경우에는 그 내용이 반영된 금액으로 한다)의 2분의 1에 해당하는 금액(1천원 미만의 단수가 있을 때에는 그 단수금액은 버린다)을 결정하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 예정신고기한까지 징수한다. 다만, 징수하여야 할 금액이 20만원 이하인 경우에는 이를 징수하지 아니하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 신고할 수 있다.

④ 사업자는 제1항 및 제2항 단서에 따른 신고(이하 "예정신고"라 한다)와 함께 그 예정신고기간의 납부세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부하여야 한다.

제19조[확정신고와 납부] ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간의 말일(제3조 제3항에 따라 폐업하는 경우에는 폐업일이 속한 달의 말일을 말한다)부터 25일(외국법인의 경우에는 50일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 "확정신고"라 한다)와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부하여야 한다.

제20조[세금계산서합계표의 제출] ① 사업자는 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따라 세금계산서를 발급하였거나 발급받은 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 매출처별 세금계산서합계표와 매입처별 세금계산서합계표(이하 "매출·매입처별 세금계산서합계표"라 한다)를 해당 예정신고 또는 확정신고(제18조 제2항 본문이 적용되는 경우에는 해당 과세기간의 확정신고)와 함께 제출하여야 한다. 다만, 제16조 제3항 및 제4항에 따라 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 거래기간

3. 작성 일자

4. 거래기간의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 제18조 제1항 및 제2항 단서에 따라 예정신고를 하는 사업자가 각 예정신고와 함께 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 못하는 경우에는 해당 예정신고기간이 속하는 과세기간에 확정신고와 함께 이를 제출할 수 있다.

(5) 구 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 일부 개정되기 전의 것)

제60조[매입세액의 범위] ② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항에 따른 사업자등록증발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우

4. 법 제16조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 처분청이 2014년 2월 작성한 부가가치세 환급신고 현지확인 조사보고서에 의하면, 청구법인은 2009.11.24. OOO과 콘도 및 부대시설공사계약을 체결하여 2011.7.15. 공사를 완료하고, 설계변경 등으로 인하여 증액된 공사대금 OOO에 대하여 관련 소송이 진행 중임을 사유로 세금계산서를 교부받지 않고 있다가 최종적으로 2013.12.31. 쟁점매입세금계산서를 교부받아 그 매입세액을 공제하여 신고하였으며, 쟁점용역의 공급시기는 공사대금에 대한 소송의 진행여부와 무관하게 역무의 제공이 완료된 2011.7.15.로 보는 것이 타당하므로 2013.12.31. 발행된 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 판단된다고 되어 있다.

(나) 처분청이 청구법인에게 2016.11.17. 한 경정청구에 대한 통지내용을 보면, “귀 법인이 우리 서에 접수한 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2 제1항규정에 해당하지 아니하여과세표준 및 세액을결정 또는 경정하거나 결정 또는 결정하여야 할 이유가 없음을 「국세기본법」 제45조의2 제3항 규정에 따라 통지한다”고 되어 있다.

(다) 청구법인은 주장사실을 입증하기 위한 증빙으로, 판결서, 2013.12.31.자 전자세금계산서(쟁점매입세금계산서), 현장확인결과통지, 경정청구서, 경정청구에 대한 통지서 사본, 대법원 2001.8.24. 선고 2000두8097 판결 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 우선, 쟁점①의 경우, 「국세기본법」 제21조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제10조의2 제1호에 따르면 부가가치세의 납세의무는 과세기간이 종료하는 때에 성립하고 그 과세표준과 세액의 확정은 납세의무자가 관할세무서장에 신고하는 때 확정된다 할 것이어서 부가가치세 확정신고에 납세의무의 성립 및 세액의 확정 효력이 있는 것이며, 예정신고는 납세의무의 확정을 위한 행위라기보다는 납세자의 부담을 분산시키고 정부로서는 세수를 조기에 확보하기 위한 일종의 조세행정협력의무에 불과한 것으로 보여지므로, 「국세기본법」 제45조의2 제1항의 경정청구기간의 기산일인 “법정신고기한”은 부가가치세의 확정신고기간의 마지막 날로 볼 수 있다 할 것이다.

한편, 2014.12.23. 「국세기본법」 제45조의2 제1항이 개정(2014.12.23. 법률 제12848호로 일부개정된 것)되어 경정청구기간이 3년에서 5년으로 연장되었고, 같은 법 부칙 제7조 제2항에서 경과규정을 두어 이 법 시행(2015.1.1.) 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 하고 있는바, 그렇다면 이 건의 경우 청구법인에 대한 경정청구기간의 기산일은 2011년 제2기 부가가치세의 확정신고기한 다음 날인 2012.1.26.이라 할 것이고, 2014.12.23. 개정된 「국세기본법」(2014.12.23. 법률 제12848호로 일부개정된 것)의 시행일인 2015.1.1.은 그로부터 3년이 경과되지 아니하였으므로, 이 건의 경우는 2014.12.23. 개정된 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따라 5년의 경정청구기간이 적용되어야 할 것이다.

그렇다면 청구법인은 2011년 제2기 부가가치세의 확정신고기한 다음 날인 2012.1.26.부터 5년 이내인 2016.9.28. 처분청에 경정청구를 하여 경정청구기간을 준수한 것으로 판단되며, 처분청의 2016.11.17.자 경정거부처분에 대한 이 건 심판청구 역시 적법한 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②의 경우, 구 「부가가치세법」(2011.12.31. 법률 제11129호로 일부개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 일부개정되기 전의 것) 제60조 제2항 제2호에 따르면 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우의 매입세액은 공제대상에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 세금계산서의 작성연월일이 사실과 다르게 기재된 경우라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하며, 그러한 경우에도 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제 가능하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고보아야 할 것이다.

따라서, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액 공제대상이 아니라 할 것인바, 청구법인이 OOO로부터 교부받은 쟁점매입세금계산서는 쟁점용역의 공급시기(2011.7.15.)가 속하는 과세기간이 지난 이후(2013.12.31.)에 작성된 것이므로, 처분청이 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.