부가가치세과-46(2012. 1. 12)

부가

지방공기업법에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체와 위·수탁 협약을 체결하고 부가가치세가 과세되는 사업을 대행하여 주면서 해당 지방공사의 명의로 세금계산서를 발급하거나 발급받는 경우, 해당 사업에 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 수탁받은 과세사업의 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

귀 질의의 경우 기존 유사 해석사례(부가-872, 2011.8.2)를 참조하시기 바람 ○ 부가-872, 2011.08.02지방공기업법에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체와 위·수탁 협약을 체결하고 부가가치세가 과세되는 사업을 같은 법 제71조제1항에 따라 대행하여 주면서 해당 지방공사의 명의로 세금계산서를 발급하거나 발급받는 경우, 해당 사업에 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조제1항제1호에 따라 수탁받은 과세사업의 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

부가가치세법제17조

〔검토조서〕

1. 사실관계

-평택·당진항 항만배후단지(자유뮤역지역)부지조성 사업은 항만법에 따른 비관리청항만공사로 국가 투자비 보전사업(조성된 부지는 국가 귀속)이며, ○○도는 항만법에 따른 항만시설관리권 설정을 통한 입주기업에 부지임대료 부과·징수권한을 획득하여 사업비를 회수함

* 항만시설관리권 :항만시설을 유지·관리하고 그 항만시설의 사용자로부터사용료를 받을 수 있는 권리로서 물권이며, 민법의 부동산으로서 ○○도 공유재산으로 등재됨

-한편 항만배후단지에 대해서는 국토해양부장관이 경기도를 관리기관으로 지정하고경기도는「경기도 사무위임 조례」에 따라 ·★★항만공사(지방공기업)에 항만배후단지 관리운영을 위·수탁함

- ·★★항만공사(지방공기업)는 경기도와 체결한「시설관리·운영업무위·수탁 협약서」에 따라 공동시설(도로, 가로등, 전기, 녹지 등), 통제시설(경계울타리, 감시종합상황실), 하수처리시설을 관리·운영하고 항만배후단지 부지조성사업의 투지비(부지임대료 부과·징수) 회수 업무를 하며, 공동시설의 유지비를 징수함

2. 쟁점

·★★항만공사가 도의 공유재산의 관리 및 운영업무를 수탁 받아 도의 과세사업을 대행하는 경우 ·★★항만공사명의로 임대료에 대한 세금계산서를 발급할 수 있는지와 관련 매입세액을 공제할 수 있는지 여부