[사건번호]조심2010중2262 (2013.05.09)

[세목]법인[결정유형]취소

[결정요지]OOO가 보유하고 있는 쟁점주식은 04.6.2. OOO 간에 주식양도서가 작성되었으며, 04.6.25. 쟁점주식의 명의가 OOO로 변경된 사실이 나타나, 쟁점주식은 행위시점인 04.6.29. OOO가 소유하고 있어 청구법인과 OOO는 특수관계에 해당된다는 점에 대해서는 달리 다툼의 여지가 없음

[관련법령] 법인세법 제52조

OOO세무서장이 2010.3.15. 청구법인에게 한2004사업연도법인세 OOO원(이 가운데 OOO원은 감액 경정되었고 감액후 잔여 법인세는 OOO원임)의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 테마형 쇼핑몰인 ‘OOO’를 공공-민간합동형 프로젝트 파이낸싱 방식으로 개발하기 위해 설립된 프로젝트 회사로서, 2004.6.2. 청구법인과 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다.)는 OOO 소재 토지 5,003.68㎡(이하 “쟁점토지”라 한다.)와 쟁점토지상의 지상1층·지하1층 건물 7,894.98평(26,099.11㎡)(이하 “쟁점건물”이라 하고, “쟁점토지”와 “쟁점건물”을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다.)을 본계약 체결조건 및 이행사항을 부가하여 매매대금 OOO원(분양가 OOO원, 부가가치세 OOO원)에 매매하기로 하는 매매예약(이하 “쟁점예약”이라 한다.)을 체결하면서 OOO는 예약금 OOO원을 납부하였고,2004.6.29.청구법인과 OOO는 쟁점부동산을 매매대금 OOO원(이하 “쟁점매매가액”이라 한다.)에 매매하기로 하는 내용의 매매계약(이하 “쟁점계약”이라 한다.)을 체결하였다

나. OOO지방국세청장은 2009.11.9～2010.1.5. 청구법인에 대하여 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점부동산을 특수관계자인 OOO에게 OOO원에 분양함에 있어 지상 1층 7,142.29㎡를 OOO원/㎡로 분양한 것은, 2004.3.23. 비특수관계자인 OOO 주식회사에게 OOO을 OOO원/㎡으로 분양한 것에 비해 저가 분양한 것으로 보아그 차액인OOO원에 대하여부당행위계산의 부인 규정을 적용하는 내용의세무조사결과를 2010.1.19. 청구법인에게 통지하였으며,

청구법인은 2010.2.19. 국세청장에게 과세전적부심사를 청구하였는데,OO세무서장(이하 “처분청”이라 한다.)은 2010.3.15.국세부과제척기간 도래가 임박한2004년 귀속분 법인세 OOO을 청구법인에게 고지하였으며,2010.5.18. 국세청장은 위 과세전 적부심사 결과 적정한 시가를 재조사할 것을 결정하였고,2010.7.26. OOO국세청장은 위 과세적부심사결정에 따른 재조사 결과 쟁점부동산에 적용할 매매가액의 시가를 OOO원(토지는 실제 매입가액으로, 건물은 공사원가를 기준으로 안분하여 산정)으로 결정하였고,

처분청은 그 결정에 따라 이미 고지한 2004년 귀속분 법인세를O,OOO,OOO,OOO원 감액 경정(감액후 잔여 법인세는 OOO원)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점부동산 매매예약서 제5조에서 예약금OOO의 성격을 위약금으로 규정하고, 제3조(본 계약 체결조건 및 이행사항)를 특별한 사유 없이 불이행 또는 지체한 경우 위약금을 벌하도록 약정되었는 바 이는 예약당시 당사자간의 계약관계를 확정적으로 구속시킨 계약이며 OOO가 계약조건을 모두 이행하여 매매예약 대로 본계약이 이루어졌으므로 매매예약일인 2004.6.2.를 계약의 성립일로 보아야 하며,

OOO가 2004.6.2. OOO 주식회사(이하 OOO라 한다.)로부터 청구법인의 지분 10%(이하 “쟁점주식”이라 한다.)를 취득하기로 주식양수도계약을 하였다고 하더라도 2004.6.2. 매매예약서 제3조에 OOO가 보유한 쟁점주식을 OOO 책임으로 양수하는 것을 본계약 체결조건으로서 정하고 있으며, 사업협약서 제7조에 따라 OOO(이하 OOO라 한다.)로부터 출자지분 변경 승인을 받지 못하면 지분취득을 하지 못하는 것이므로 2004.6.2. 주식양수도계약은 조건부 계약이라 할 수 있고, OOO와 OOO 간의 주식양수도계약서 제2조(양수도 대금의 지급) 제2항에 의하면 “OOO는 주주명부 개서일에 OOO원을 OOO 또는 그가 지정하는 자에게 지급하며, 주주명부개서일은 본 계약체결일로부터 30일 이내로 한다”고 규정하고 있으며, 청구법인은 2004.6.2. OOO가 입점 및 출자지분포기와 함께 출자지분 양수인으로 OOO를 정하여 문서통지를 해 옴으로써 2006.6.7. OOO에 “출자자 및 출자지분 변경승인요청”을 하였고, OOO는 2004.6.11. OOO로의 출자지분 변경을 승인하였으며, 2004.6.25. 주주명부 변경이 완료되었는 바, 청구법인과 OOO간에 특수관계가 성립된 날은 명의개서일인 2004.6.25.로 보아야 한다.

부당행위계산의 부인 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래에 대하여 이를 적용하도록 규정하고 있으므로 그 행위 당시인 2004.6.2.에는 청구법인과 OOO 사이에는 특수관계가 없었으므로 부당행위부인규정을 적용할 수 없으며, 처분청이 주장하는 시가 OOO원에 의한다 하더라도 쟁점부동산의 양도가액 OOO원은 정상가액의 범위내에 있으므로 의제기부금에도 해당되지 아니한다.

(2) 부당행위계산 부인규정은 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 적용하는 것으로써 그 시가의 입증책임은 과세관청에 있는 것인데, 처분청이 단순히 쟁점부동산을 조성원가 이하로 분양한 것을 부당하다고 판단하여 조성원가를 쟁점부동산의 시가로 본 것은 그 산정근거를 찾기 어려운 추정에 불과한 것으로 부당하며,청구법인이 최초 제시한 OOO의 쟁점부동산의 분양가액과 이후 제시된OOO의 쟁점분양가액은 그 결정과정에 비추어 볼 때 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 보더라도 경제적 합리성을 갖춘 정상거래로서조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 거래에 해당하지 아니한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산 매매본계약 체결일은 2004.6.29.인바, 본계약 체결일을 거래확정시점으로 보아야 하며 본계약 체결일에 청구법인과 OOO는 특수관계에 있었으며, 설령 매매 예약일을 거래확정일로 본다 하더라도,청구법인이 2004.6.2.에 작성한 「A블럭할인점 매매예약체결방침」에‘할인점에 대한 주주우선권을 감안하여 주식회사OOO와 수의계약한다’고되어 있고,당초 OOO가 특수관계자의 지위에 있으면서 결정된 320억원을기준으로 분양가액을 결정하였고, OOO가 지분을 인수하는 조건성립과 동시에 매매예약이 성립되어 이미 주주의 지위를 실질적으로 확보한 상태에서 계약을 체결한 사실, 입점의향서를 제출한 타업체와협의 또는 입찰 절차 없이 OOO만을 상대로 하여 수의계약한사실 등으로 보아 매매예약일에 주주로서의 권한을 행사한 것이다.

(2) 쟁점부동산이 속한 A블럭 분양은 사전청약 등에서도 좋은 호응을 얻어 OOO(중간분양사 연합체)에 층별 일괄매각을 하는 등 100% 분양이 되었으며,쟁점부동산은 OOO 택지지구내 대형할인점이 입점할 유일한 상업시설로 당초 입점 의향자모집시국내 3대 대형할인점인 OOO가 모두 입점의향서를제출 하였으나, 청구법인이분양간접비, 토지대금에 대한 이자비용 등을 제외한순수 용지비와 건설공사비만을 합한 원가에도 못 미치는 가액으로특수관계자인 OOO와 수의계약으로 쟁점부동산을 분양한 가액을정상 시가로 볼 수 없으며, 청구법인은 집객효과를 감안하여 할인분양하였다고 주장하고 있으나,집객효과를 어떤 방법으로 계산하여 얼마가 되는지에 대한 객관적이고합리적인 계산근거를 제시하지 못하고 있으며,당초 조사시에 동일 건물의 동일 층을 분양받은 주식회사소재의 거래가액을시가로 결정하였으나, 과세전 적부심사 결정에 의한 재조사 결과 토지의취득가액과 건물 건축원가를 합한 금액을 시가로 하여 결정한 것인 바, 주식회사 소재와의 거래가액 이외에는시가로 볼 수 있는 유사사례가액을 발견할 수없고 본건 거래의시가가 불분명하여 토지는실제매입가액으로,건물은 골조마감 조건으로 신축 중에 있었으므로그 건설에 소요된 비용의 합계액으로 결정한 것은 보수적으로계산한 것으로서 시가에 해당한다고 볼 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①쟁점부동산 매매거래 당시 청구법인과 OOO가 특수관계에 있었는지 여부

②쟁점부동산의 시가가 불분명한 것으로 보아 보충적 평가방법을 적용하면서 쟁점토지는 매입가액으로, 쟁점건물은 건설소요비용으로 그 가액을 산정하고 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】① 법 제52조제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.

2. 주주등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

(3) 상속세 및 증여세법 제61조 [부동산등의 평가] ① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 토지

부동산가격공시및감정평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

2. 건물

건물의 신축가격·구조·용도·위치·신축년도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

(4) 상속세 및 증여세법 시행령 제50조 [부동산의 평가] ① 법 제61조제1항 제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 당해 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지관할세무서장(납세지관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장으로 한다)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2이상의 감정기관에 의뢰하여 당해 감정기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 지적법에 의한 신규등록토지

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 사건과 관련한 사실관계를 살펴본다.

(가) 먼저, 시점별 사실관계를 살펴본다.

2002.10. 토지공사는OOOOOOOO의 사업자선정을 위해 민간사업자 공모지침서(이하 “공모지침서”라 한다) 시행하였으며 공모지침서의 주요내용은 아래와 같다.

2002.10.22 OOO 주식회사와 OOO 주식회사(이하 OOO이라 한다.) 컨소시엄(이하 OOO이라 한다.)이 「테마형 쇼핑몰 개발계획」과 「사업성분석 및 관리운영계획」제출하였고, 2002.12.18. OOO이 합동 민간사업자로 선정되었으며, 2003.3.20. OOO(“을”)은 OOO(“갑”)와 사업협약을 체결하였는 바, 그 사업협약서의 주요내용은 아래와 같다.

2003.5.9. 위 사업협약에 따라 청구법인이 설립되었으며, 청구법인의 자본금과 지분율은 위 사업협약서 내용과 동일하다. 2003.11.1. 청구법인의 분양대행회사인 OOO 주식회사가 청구법인에게 아래 내용의 문서를 발송하였다.

2003.11.3. 청구법인의 제7회이사회가 개최되어 “A블럭 건축물 매매약정 승인(안)”이 의결되었는바, 그 주요의결내용은 아래와 같다.

2004.3.3. 청구법인은 OOO시장으로부터 A블럭 건축허가를 취득하였으며, 2004.3.15. 청구법인의 제17회 이사회에서는 아래의 내용이 의결되었다.

2004.3.15. 청구법인은 주주사인 토지공사, OOO 주식회사, OOO 주식회사, OOO에 동일한 내용의 OOO A블럭 건축물 분양계획(분양 및 임대조건등)”을 통지하였는바, 통지내용은 위 이사회 의결내용과 같다. 2004.4.26. OOO는 다음과 같은 이유로 OOO 할인점 사업참여 포기를 통지하였다.

2004.5.20.부터 2004.5.25.까지 OOO, OOO 주식회사, OOO 주식회사가 A블럭 할인점에 대한 입점의향서를 제출하였으며, 2004.6.2. OOO 「A블록 할인점 매매예약체결 방침」이란 제목으로 아래 내용의 청구법인 내부결재 문서가 작성되었다.

2004.6.2. OOO와 OOO는 아래 내용의 쟁점부동산 매매(분양)예약을 체결하였고 OOO는 예약금 OOO원을 납부하였다.

2004.6.2. OOO가 아래 내용으로 입점포기 및 청구법인 지분포기를 문서통지하였고 주식양도서가 작성되었다.

2004.6. OOO와 OOO간에 아래 내용으로 주식양수도계약이 체결되었다.

2004.6.7.청구법인이 사업협약서 제7조(출자자 및 출자지분변경)의 규정에 따라 출자지분변경승인을 OOO에 요청하였으며,2004.6.11. OOO는 출자지분변경 승인을 통지하였고, 2004.6.25. OOO 소유였던 청구법인 소유주식이 OOO로 명의개서 되었고, 2004.6.29. 청구법인과OOO는 수의계약방식으로 쟁점부동산 분양 본계약을 아래 내용으로 체결하였다.

(OO : O, O)

(나) 2010.5.17. 국세청장에 의한 과세전 적부심사결정서(P.23)에 의하면, 쟁점부동산이 포함된 A블럭의 분양 현황은 아래 표와 같다.

(다) 청구법인의 쟁점토지취득과 쟁점건물공사와 관련된 사실을 살펴본다.

청구법인은 2003.6.2. 토지공사와 아래 내용의 용지매매계약 체결하였다.

①용지의 표시

② 매매대금 : OOO원

2005.4.7. 청구법인과 토지공사는 아래 내용의 용지매매(변경)계약 을 체결하였다.

①용지의 표시 : 2003.6.2. 계약시와 동일

② 매매대금 : OOO원

(A블럭 : OOO원, B·C블럭 : OOO원)

한편,청구법인은 2003.12.12. OOO건설과 아래 내용의 A블럭 공사도급계약을 체결하였다.

① 착공및 준공예정연월일 : 2004.4.1., 2006.6.30.

② 도급금액 : OOO원(공급금액OOO+vat)

③ 계약면적 : 131,990.28㎡(39,927.06평)

2005.8.31. 청구법인과 OOO건설은 아래 내용의공사도급 변경계약체결을 체결하였으며 2006.9.22. A블럭 사용승인을 받았다.

① 착공및 준공예정연월일 : 2004.7.7, 2006.8.30

②도급금액 : OOO

③ 계약면적 : 133,952.52㎡(40,520.63평)

(라) 처분청이 제출한 재조사 종결보고서 내용에 따르면, 처분청은 과세전적부심의 재조사결정에 따른 재조사 결과 쟁점부동산은신축부동산으로서 당해거래 이외의 거래사실이 없으므로법인세법상 시가로 인정되는 거래가액은 존재하지 않으며,시가로 인정할 수 있는 매매사례가액이나 감정평가가액 등이 존재하지 않아,쟁점부동산의시가가 불분명하므로 「상속세 및 증여세법」제61조에 규정하는 방법(보충적 평가방법)에 의해 시가를 산정하여야 한다고 하면서,

쟁점토지는 택지개발등에 의해 토지 형질변경된 경우로서 평가기준일 현재 고시되어 있는 개별공시지가를 적용하는 것이 불합리하다고 인정되므로, 고시된 개별공시지가를 적용하여 평가한 보충적 평가액은 시가로 볼 수 없고, 「상속세 및 증여세법」기본통칙 61-50…1【개별공시지가가 없는 토지의 평가】에 따라, 쟁점토지의 평가를 청구법인이 OOO로부터 취득한 실제취득가액(2005.4.7. 변경 계약시 금액)을 면적비로 안분한 금액으로 쟁점토지의 보충적 평가액을 아래 내역과 같이 OOO원으로 산정하였다.

한편, 처분청의 보충적 평가방법에 의한 건물가액 산정근거를 살펴보면, 쟁점건물은 건물의 기본완성에 미달하는 골조완성 조건이므로 신축중인 건물의 평가방법을 적용하여 평가한다고 하면서 A블럭 총공사비OOO를 면적비로 안분하여 쟁점건물의 가액을 산정하였는 바, 그 산정내역은 아래와 같다.

(마) 쟁점토지의 시점별 개별공시지가 및 지번 변동내역은 아래 표와 같다.

【공시지가 및 지번 변동】

(2) 쟁점①에대하여 살펴본다.

(가) 행위의 부당성 판단시점에 관하여, 청구법인은 쟁점부동산 매매예약서 제5조에서 예약금(OOO원)의 성격을 위약금으로 규정하고, 제3조(본 계약 체결조건 및 이행사항)를 특별한 사유 없이 불이행 또는 지체한 경우 위약금을 벌하도록 약정되었는바, 이는 예약당시 당사자간의 계약관계를 확정적으로 구속시킨 계약이며 OOO가 계약조건을 모두 이행하여 매매예약 대로 본계약이 이루어졌으므로 매매예약일인 2004.6.2.을 계약의 성립일로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(나) 살피건대, 부당행위계산의 부인은 일정한 특수관계자 사이의 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 이를 부인하고 합리적인 경제인의 행위 또는 계산으로 바꾸어 각 사업연도의 소득금액을 산정하는 제도이므로 그 거래가 정상적인 거래인가의 여부는 그 대금을 확정짓는 거래당시를 기준으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1999.01.29선고, 97누15821 참고).

쟁점예약 당시 부가된 ‘본계약 체결조건 및 이행사항’을 살펴보면,OOO가청구법인 지분 10%에 해당하는 추가출자금액을 본계약과 동시에 납부할 것과, 추후 변경되는 사항은 별도로 합의하기로 하며, 본계약 체결은 OOO로부터 출자지분변경 승인이 이루어지는 즉시 하되 상호합의로 조정하기로 하는 등의 미확정된 조건들이 설정되어 있는 바,

쟁점예약 당시에 비록 예약금이 납부되었다 하더라도 거래의 중요한 조건들이 쟁점예약 당시에 사실상 확정되어 있다고 보기는 어렵고, 쟁점계약시점인 2004.6.29.에 비로소 거래의 주요조건과 대금이 확정되었다고 보아야 할 것이므로 이 사건 거래의 행위시점은 2004.6.29.로 보아야 할 것으로 판단되며, 쟁점예약 당시를 특수관계여부를 판단하는 기준시점인 행위시점으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 이를 받아들이기 어렵다.

쟁점주식은 주권이 발행되지 아니한 주식회사의 주식으로서 2004.6.2. 청구법인과 OOO 간에 주식양도서가 작성되었으며 2004.6.11. OOO의 출자지분변경 승인통지가 있었고, 2004.6.25. 쟁점주식의 명의가 OOO로부터 OOO로 변경된 사실이 나타나는 점을 종합하여 보면, 쟁점주식은 행위 시점인 2004.6.29. 당시 OOO가 소유하고 있어 청구법인과 OOO는 특수관계에 해당된다는 점에 대해서는 달리 다툼의 여지가 없으므로 청구법인과 OOO는 행위 당시에 특수관계에 있지 아니하였다는 청구법인의 주장은 이를 받아들이기 어렵다 하겠다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 청구법인과 OOO가 쟁점부동산을 매매계약한 가액인 OOO원을 시가로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

청구법인은 일련의 사실관계흐름을 통해 확인되는 바와 같이 쟁점부동산의 가액은 당초 사업성 분석결과를 바탕으로 이미 OOO원에 분양하기로 내부결정되어 있었으며, OOO는 19%지분 보유자 및 용지공급자로서 사업진행에 직접 관여해온 바, OOO 주주에게 이익을 분여하기 위해 분양가액을 임의로 낮게 결정할 개연성이 전혀 없었고, OOO도 쟁점부동산 분양가액 OOO원이 비싸다고 판단하여 사업포기 선언까지 한 점으로 보아쟁점매매가액은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 보더라도 경제적 합리성을 갖춘 정상거래로서조세의 부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 거래에 해당하지 아니한다고 주장하고 있으나,

쟁점부동산은 OOO시 택지지구내 대형할인점이 입점할 유일한 상업시설로 당초 입점 의향자모집시국내 3대 대형할인점인 OOO가 모두 입점의향서를제출한 것으로 나타나고 있어 그 정황상 청구법인이 분양가액을 주도적으로 결정할 수 있는 개연성이 높은 것으로 추정됨에도, 청구법인은분양간접비, 토지대금에 대한 이자비용 등을 제외한순수 용지비와 건설공사비만을 합한 원가에도 미치지 못하는 가액으로특수관계자인 OOO와 수의계약으로 쟁점부동산 분양계약을 체결한 점과 쟁점부동산 분양가액 산정 내역 및 관련 서류, 위 3개 업체의 입점의향서 응찰 관련 서류, 분양가액 결정과 관련한 이사회의사록 등 그 가액의 객관성을 입증할 수 있는 증빙의 제출이 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점부동산을 OOO에 분양계약한 가액을 쟁점부동산의 시가로 인정하기는 어려운 것으로 보인다 하겠다.

(나) 다음으로, 처분청은 보충적인 평가방법으로 쟁점부동산 가액을 산정하면서 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 각각 별도의 기준에 의해서 산정한 후 이를 합산하여 쟁점부동산의 가액을 산정하고 이를 시가의 범위에 포함되는 적정한 평가액이라 주장하고 있으나, 쟁점부동산 매매거래 당시 쟁점부동산에 대하여 국세청장이 일괄하여 산정·고시한 가격이 없는 바, 처분청이 쟁점부동산의 가액을 평가하면서 쟁점부동산을 쟁점토지와 쟁점건물로 나누어 그 각각에 대하여 시가의 범위에 해당된다고 본 가액을 산정한 방법은 타당한 것으로 판단되므로, 쟁점토지와 쟁점건물 각각에 대하여 처분청의 산정가액이 적정한 것인지 여부를 살펴본다.

1) 처분청이 산정한 쟁점토지의 가액이 적정한지에 대하여 살펴본다. 처분청은 위 사실관계에서 나타난 바와 같이 쟁점부동산의 시가가 불분명하므로 「상속세 및 증여세법」제61조에 규정하는 방법(보충적 평가방법)에 의해 시가를 산정하면서, 쟁점 토지는 택지개발등에 의해 토지 형질변경된 경우로서 평가기준일 현재 고시되어 있는 개별공시지가를 적용하는 것이 불합리하다고 인정되므로, 고시된 개별공시지가를 적용하여 평가한 보충적 평가액은 시가로 볼 수 없고, 「상속세 및 증여세법」기본통칙 61-50…1【개별공시지가가 없는 토지의 평가】에 따라, 쟁점토지의 평가를 청구법인이 OOO로부터 취득한 실제취득가액(2005.4.7. 변경 계약시 금액)을 면적비로 안분한 금액으로 쟁점토지의 보충적 평가액을 OOO원으로 산정하였으며, 이러한 산정은보수적인계산으로서 적법한 가액산정에 해당한다고 주장하고 있으나,

특수관계자에게 쟁점부동산을 저가로 양도하였는지 여부를 판단함에 있어 거래가액을 거래 당시의 시가라고 할 수 있기 위해서는 객관적으로 보아 그 거래가액이 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 사정이 있어야 하며(대법원 2008.11.27 선고, 2006두19457 참고), 판정의 기준이 되는 시가에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다 할 것인 바(대법원 1987.4.14 선고, 86누378 참고),

쟁점토지의 경우 택지개발로 형질이 변경된 경우에는 해당되나, 2003년 이후 매년 공시지가가 대폭 상향조정되어오고 있어 평가기준일 현재 고시되어 있는 개별공시지가를 적용하는 것이 불합리하다고 인정되는 경우에 해당된다고 보기 어려운 점, 개별공시지가가 없는 토지의 경우, 「상속세 및 증여세법 시행령」제50조에 따라 인근 토지를 표준지로 하고 비교표에 의하여 토지의 가액을 평가하는 절차를 거쳐 토지가액을 평가하여야 하나 처분청이 세법에 명시된 평가절차를 이행한 사실이 없이 OOO로부터의 토지취득가액을 보충적 평가방법으로 적용하여 절차적으로 부적법해 보이는 점,2003.6.2. 당시 토지매매가액은 OOO원이었으나 처분청은 분양시점인 2004.6.29.으로부터 약 9개월여 이후인 2005.4.7.의 변경계약가액(OOO원으로 당초 계약가액 대비 OOO원 증가됨)을 기준으로 토지가액을 산정하여 그 산정방법이 불합리해 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점토지의 가액을 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호 및 「상속세 및 증여세법」 제61조 제1호 단서에 따라 평가하면서도, 그 가액을 토지공사로부터의 취득가액을 면적비로 안분하여 산정한 것은 잘못된 것으로 보인다.

또한, 달리 쟁점토지의 시가로 볼만한 가액을 찾기 어려우므로 쟁점토지의 가액은 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호 및 「상속세 및 증여세법」 제61조 제1호 본문 규정에 따라 쟁점부동산의 매매계약일인 2004.6.29. 적용되는 쟁점토지의 개별공시지가에 의하여 산정(2004년 적용 개별공시지가(㎡당 OOO원)×분양면적( 5,003.68㎡)=OOO원)하여야 한다 할 것이다.

2) 다음으로, 처분청이 산정한 쟁점건물의 가액이 적정한지에 대하여 살펴본다. 처분청은 위 사실관계에서 나타난 바와 같이 쟁점부동산의 시가가 불분명하므로 「상속세 및 증여세법」제61조에 규정하는 방법(보충적 평가방법)에 의해 시가를 산정하면서, 쟁점건물은 건물의 기본완성에 미달하는 골조완성 조건이므로 신축중인 건물의 평가방법을 적용하여 평가하다고 하면서 A블럭의 실제 총공사비(OOO원)를 면적비로 안분하여 쟁점건물의 가액을OO,OOO,OOO,OOO원으로산정하였으며, 이러한 산정은보수적인계산으로서 적법한 가액산정에 해당한다고 주장하고 있다.

살피건대, 쟁점부동산 분양계약서 상 계약물건표시에 관한 세부내용에 의하면, 쟁점건물은 청구법인이 OOO에 골조마감조건으로 인도하기로 약정되어 있는 것으로 나타나고 있다. 국세청장이 고시한 건물의 기준시가는 통상 해당건물의 전부완성을 전제로 한 것임을 감안하면, 건물의 완성상태에 현저히 미치지 못하는 골조마감상태로 인도하기로 한 쟁점건물의 가액을 평가함에 있어 국세청장이 고시한 건물의 기준시가를 그대로 적용하기는 어려운 것으로 보이고, 처분청이 쟁점건물이 골조마감조건이라는 특수한 완공조건에 해당하는 점을 감안하여 쟁점건물의 공사소요원가를 기준으로 가액을 산정한 방법은 일응 타당해 보인다 할 것이나, 쟁점건물이 골조마감조건으로 OOO에 분양계약되었음에도 처분청은 A블럭 전체의 실제공사비인OOO,OOO,OOO,OOO원을 단순 면적비로만 환산하여 쟁점건물의 가액을 산정하였는 바, 그러한 안분산정방법이 적정한지 여부에 대하여는 더 나아가 살펴볼 필요가 있는 것으로 보인다.

쟁점건물은 OOO의 OOO의 사업장으로 사용된 건물로서, 쟁점건물을골조마감조건으로 인도하기로 약정한 청구법인과 OOO간의 쟁점부동산 매매계약서를 보면, 쟁점부동산 분양가액 중 쟁점건물분 가액은 OOO원으로 나타나고 있으나, OOO의 2006년도 사업보고서 상에 나타난 OOO의 건물 장부가액은 OOO원으로 쟁점건물 분양가액과의 차액은 취득세 등(취득가액의 4.8%)을 제외하고 추산해 보더라도 약 OOO원인 바, OOO는 쟁점건물을 청구법인으로부터 골조마감상태로 인수하여 자체공사비(추산액 약 OOO원)를 투입하여 자사의 OOO 용도에 적합하게 추가공사를 시행하여 완공한 것으로 보인다.

한편, 청구법인과 OOO간에 체결된 A블럭공사 도급계약서 상 총도급가액OOO을건물의 총연면적(131,990.28㎡)로 환산하면 ㎡당 건축비가 OOO원으로서 통상 골조마감조건의 공사비로는 산정될 수 없는 과다한 금액인 점과, 과세전 적부심사 결정서(P.23)에서 나타난 A블럭 분양내역을 보면 총 9층의 입점업체 가운데 5층(스포츠센터; 5,761.81㎡), 7층·8층(OOO;8,794.46㎡)과 청구법인이 입점한 1층과 지하1층(26,099.11㎡)을 제외한나머지 입점업체들에게는 기본마감조건으로 분양된 것으로 나타나고【골조마감조건 분양면적의 합계(40,655.38㎡)/ A블럭전체 분양면적(131,990.28㎡)=30.8%】골조마감조건인 5층·7층·8층의㎡당 분양가는 각 OOO원 및 OOO원으로서 청구법인이 분양받은 ㎡당 분양가 OOO원은 물론 기본마감조건으로 분양된 타층의 분양가에 비하여 현저히 낮은 점 등을 감안해 볼 때,

처분청은 쟁점건물의 가액을 산정함에 있어 이를 고려하여 골조마감상태로 OOO에 분양한 쟁점건물의 가액을 산정함에 있어 적정한 금액을 차감하였어야 했으나, 이를 감안하지 아니하고 A블럭 총공사원가를 단순면적비로 안분하여 쟁점건물의 가액을 산정함으로써, 결과적으로 쟁점건물의 가액을 과다 산정한 잘못이 있다 할 것이며 그 과다 산정액은 최소한 OOO원 이상이 되는 것은 분명해 보인다.

3) 마지막으로, 위의 판단내용을 종합하여 처분청이 쟁점부동산의 시가의 범위에 해당되는 가액으로 산정한 OOO원이 적정한지 여부를 살펴본다.위에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지의 가액은 2004년 기준 개별공시지가에 의해 산정하여야 하는 바, 그 개별공시지가는 약 OOO원이고, 처분청이 산정한 쟁점토지의 평가액은 OOO원이므로 처분청은 쟁점토지의 가액을 약 OOO원 과다산정하였으므로 쟁점부동산의 적정가액을 산정함에 있어 동액을 차감하여야 할 것이고, 처분청은 쟁점부동산 전체 가액을 OOO으로 산정하였고 청구법인은 이를 OOO원으로 신고하여 약 OOO 정도 과소 신고한 것으로 본 점을 감안하면, 쟁점토지가액만을 차감경정한 후의 쟁점부동산의 적정한 평가액은 약 OOO원이 되어 청구법인이 쟁점부동산을 OOO원에 OOO에 양도한 것이 약 OOO원 정도 저가 양도한 것에 불과한 것으로 나타난다.

한편, 처분청이 건물공사비로 산정한 금액인 OOO을 골조완성조건으로 환산하여 가액기준으로 재산정할 경우, 쟁점건물의 경우 골조완성조건 공사비는 기본마감공사비 대비 80% 미만으로 추정되어 이를 반영하여 적정한 쟁점건물의 가액을 재산정할 경우 어떠한 방식으로 쟁점건물의 가액을 재산정하든지 관계없이 처분청이 산정한 쟁점건물의 가액인 OOO원 대비, 최소 OOO원 이상을 차감하여야 할 것은 분명해 보이고, 그 결과 쟁점부동산의 시가의 범위에 포함되는 가액으로 볼 수 있는 적정한 평가액 또한 OOO원 미만이 되게 되므로 청구법인이 OOO원에 쟁점부동산을 특수관계자인 OOO에게 분양한 것은 저가분양이라 보기는 어려움에도, 처분청이 쟁점부동산을 특수관계자인 OOO에게 저가 분양한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못된 것이라 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다