상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1, 2점에 대하여

가. 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제26조 제1항은 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 ‘대통령령이 정하는 투자를 한 금액’ 중 일정 금액에 상당하는 임시투자세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 특례를 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항은 ‘대통령령이 정하는 투자를 한 금액’이란 ‘광업 등 특정한 사업을 영위하는 내국인이 재정경제부령이 정하는 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다’고 규정하면서 임시투자세액이 공제되는 사업(이하 ‘임시투자세액 공제사업’이라 한다)을 열거하고 있는데, ‘의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업’(이하 ‘의료사업’이라 한다)은 2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제23조 제1항, 부칙 제8조에 의하여 비로소 임시투자세액 공제사업으로 지정되어 2004. 1. 1. 이후의 투자분부터 임시투자세액이 공제되었다.

그리고 구 조특법 제130조 제1항은 ‘내국인이 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 창업하는 경우(수도권 외의 지역에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우를 포함한다) 수도권 안에 소재하는 사업용 고정자산에 대하여는 제26조의 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하여 임시투자세액 공제사업의 사업용 자산에 투자를 하더라도 수도권 안에서 창업하는 등의 경우에는 그 공제를 배제하도록 규정하였는데, 2001. 12. 29. 법률...