1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 성남시 분당구 B 대 547㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 수원지방법원 성남지원 분당등기소(이하 ‘분당등기소’라고만 한다) 1988. 3. 24. 접수 제14479호로 1982. 12. 3. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 1994.초 이 사건 토지상에 알, 씨조 및 조적조 스라브지붕 3층 근린생활시설 지층 21.35㎡, 1층 100.87㎡, 2층 97.75㎡, 3층 97.75㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 합하여 지칭할 경우에는 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 신축하고, 분당등기소 1994. 1. 20. 접수 제4275호로 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 2009. 6. 12. C에게, 이 사건 부동산을 매도(이하 ‘이 사건 양도’라고 한다)하고, 이 사건 부동산에 관하여 분당등기소 2009. 6. 17. 접수 제49108호로 2009. 6. 12. 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마쳐 주었다. 라.

원고는 2009. 8. 26. 피고에게 이 사건 양도에 관한 양도소득과세표준을 신고함에 있어, 이 사건 건물의 2층과 3층을 주택으로 사용하였다고 주장하면서 이 사건 건물 전체를 1세대 1주택으로 보아{9억원을 초과하는 고가 주택 비율 690(1590-900)/1590(전체 양도가액)}, 과세표준 45,822,652원, 자진 납부할 세액 5,518,460원으로 신고(이하 ‘이 사건 신고’라고 한다) 및 납부하였다.

마. 피고는 이 사건 신고에 대해 2012. 4. 16.부터 2012. 4. 30.까지 실지조사를 한 다음, 이 사건 건물 중 3층은 주택으로, 2층은 식당영업을 위한 공간으로 사용한 것으로 판단하고, 이 사건 건물 중 3층 부분만 1세대 1주택으로 인한 비과세에 해당하는 것으로 보아, 2012. 8. 13. 원고에게, 2009년 귀속 양도소득세 228,254,690원 10원 미만 버림, 총결정세액 233,773,159원에서 이 사건 신고 납부세액 5...