상고를 모두 기각한다.

상고비용은 상고인들이 각자 부담한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 원고의 상고이유에 대하여

가. 상고이유 제1점 및 제2점 중 합병대가에 의한 양도차익 실현 관련 부분에 관하여 (1) 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제10호 가목은 법인세 과세대상인 외국법인의 국내원천소득의 하나로 ‘내국법인이 발행한 주식의 양도로 인하여 발생하는 소득’을 규정하고 있다.

한편 구 증권거래세법(2008. 1. 9. 법률 제8838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 본문은 ‘주권의 양도에 대하여 증권거래세를 부과한다’고 규정하면서, 제2조 제3항에서 ‘양도’의 의미를 ‘계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것’으로 정의하고 있다.

외국법인 사이의 합병에 따라 소멸하는 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인 발행주식을 합병 후 존속하는 합병법인에 이전하는 것이 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당하는지의 여부는 구 법인세법의 해석상 합병에 따른 위 주식의 이전을 계기로 위 주식에 내재된 가치증가분이 양도차익으로 실현되었다고 보아 이를 과세대상 소득으로 삼을 수 있는지에 따라 판단하여야 한다.

그런데 내국법인의 경우에 구 법인세법 제80조 제1항, 제4항, 제16조 제1항 제5호, 제2항, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 구 법인세법 제44조...