부가가치세 면제 적용을 배제하여 과세한 처분이 소급과세금지원칙 또는 신의성실원칙에 위배되는 처분인지 여부

1. 처분개요 가. 청구법인은 2015.4.29.부터 2015.8.8.까지 OOO 소재 OOO. 등으로부터 수입신고번호 OOO호 외 2건으로 대기오염 측정장비인 OOO(이하 “쟁점물품”이라 한다)를 수입신고하면서, 「관세법」 제92조에 따라 “정부용품 등” 관세감면(감면율 : 100%)을, 「부가가치세법 시행규칙」 제39조에 따라 “과학용 등” 부가가치세 면제(100% 면세)를 신청하고, 처분청으로부터 이를 승인받았다. 나. 처분청은 2016.11.28. 관세청장으로부터 지방자치단체가 소관사무를 위해 수입한 물품은 부가가치세 면제대상이 아니라는 종합감사 결과를 통보받고, 2017.1.20. 청구법인에게 쟁점물품에 대하여 면제받은 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.10. 심판청구를 제기하였다.

청구인주장

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점물품은 국세청장이 종전의 해석과 상이한 새로운 해석을 한 날(2015.9.17.) 이전에 수입되었으므로 부가가치세 면제대상이다. (가) 「국세기본법」 기본통칙에 따라 새로운 세법 해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하여야 한다. (나) 국세청장은 종전에 국가와 지방자치단체에서 직무 수행을 위하여 시험ㆍ연구목적으로 수입하는 재화(이하 “과학용등 수입재화”라 한다)는 「부가가치세법 시행규칙」 제39조 제1항에 따라 부가가치세 면제대상이라고 유권해석OOO하였다. (다) 이후 기획재정부장관은 2014.5.14. 관세청장의 질의에 대하여 “「정부조직법」 제2조 또는 제3조에 따라 설치된 행정기관이 그 소관사무를 위해 수입하는 과학용등 수입재화는 부가가치세 과세대상”이라고 회신OOO하였고, 국세청장은 2015.9.17. OOO시장의 유권해석 의뢰에 대하여 종전의 세법 해석을 변경하여 지방자치단체가 수입하는 과학용등 수입재화는 부가가치세 과세대상이라고 회신OOO하였다. (라) 쟁점물품은 국세청장이 새로운 법령해석을 한 날(2015.9.17.) 이전에 수입되었으므로 부가가치세가 면제되어야 한다. (2) 처분청이 청구법인의 부가가치세 면제신청을 받아들여 수입신고수리한 후에 다시 과세한 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배되므로 취소되어야 한다. (가) 처분청은 종전 국세청장의 유권해석에 따라 지방자치단체가 수입하는 과학용등 수입재화에 대하여 부가가치세를 면제하였다가, 2014.5.23. 관세사 등에게 2014.5.23. 이후에 수입되는 과학용등 수입재화는 부가가치세 면제대상이 아니라고 통보하였음에도, 해당 공문 통보일 이후에 수입된 쟁점물품에 대하여 부가가치세 면제를 승인하였다. (나) 이에 청구법인은 처분청의 면제승인을 신뢰하여 2016.1.11. 국고보조금 잔액을 반납하고 사업을 완료하였음에도, 처분청이 이에 반하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.

처분청주장

나. 처분청 의견 (1) 쟁점물품은 기획재정부장관이 국세청장의 종전의 해석과 상이한 새로운 해석을 한 날(2014.5.14.) 이후에 수입되었으므로 부가가치세 과세대상이다. (가) 「정부조직법」 제3조에 따라 지방행정기관에 해당하는 청구법인이 수입한 쟁점물품은 「부가가치세법 시행규칙」 제39조 제1항에 따른 부가가치세 면제대상이 아니라는 데에는 청구법인도 이견이 없다. (나) 국세청장은 종전에 지방자치단체가 수입하는 과학용등 수입재화는 부가가치세 면제대상이라고 유권해석하였으나, 상위기관인 기획재정부장관은 2014.5.14. 행정기관이 소관사무를 수행하기 위하여 수입하는 과학용등 수입재화는 부가가치세 과세대상이라고 유권해석하였고, 국세청장은 2015.9.17. OOO시장의 유권해석 의뢰에 대하여 같은 취지로 회신하였다. (다) 청구법인은 2015.9.17.자 국세청장의 회신이 최종적인 새로운 세법 해석이므로 그 이후에 수입되는 과학용등 수입재화에 대해서만 부가가치세를 과세하여야 한다고 주장하나, 새로운 법령해석은 상위기관인 기획재정부장관이 유권해석한 날(2014.5.14.)에 이루어졌다고 봄이 타당하고, 2015.9.17.자 국세청장의 회신은 상위기관의 유권해석을 확인하는 정도에 불과하므로, 기획재정부장관의 유권해석일 이후에 수입된 쟁점물품은 부가가치세 과세대상이다. (2) 청구법인은 처분청이 쟁점물품 수입신고수리시 청구법인의 부가가치세 면제신청을 받아들였다가, 수입신고수리 후에 다시 과세한 이 건 처분은 신의성실원칙에 위배된다고 주장하나, 신고납부제도 하에서 수입신고에 대한 세관장의 수리행위는 단순한 사실행위에 불과할 뿐 어떠한 견해를 표명하였다고 할 수 없고OOO, 수입신고수리전 세액심사를 거쳐 관세감면을 적용하여 수입신고수리하였다는 이유만으로 해당 물품에 대하여 비과세하겠다는 과세관청의 암묵적 또는 명시적 견해표명이 있다고 볼 수도 없으므로OOO 이 건 처분이 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장은 이유 없다.

쟁점사항

3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 부가가치세 면제 적용을 배제하고 과세한 처분이 소급과세금지원칙 또는 신의성실원칙에 위배되는 처분이라는 청구주장의 당부

심리 및 판단

[쟁점물품설명] [사실관계및판단] 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 국세청장은 2012.1.27. 식품의약품안전청장이 「식품의약품안전청과 그 소속기관 직제 시행령」과 동 시행규칙에 따른 직무범위 내에서 수행하는 시험ㆍ연구업무에 사용하기 위하여 관세가 감면되는 물품을 수입하는 경우 당시 「부가가치세법 시행령」 제41조 제1호와 같은 법 시행규칙 제12조의2 제1항 제1호(현행 부가가치세법 시행령 제51조 제1호와 같은 법 시행규칙 제39조 제1항 제1호)에 따라 부가가치세가 면제된다고 유권해석OOO하였고, 2012.9.14. 「검찰청사무기구에 관한 규정」에 따른 대검찰청 과학수사기획관실이 범죄수사와 관련된 감정ㆍ감식 기법 및 과학수사분석기법에 관한 연구업무에 사용하는 물품으로서 관세가 감면되는 물품의 수입에 대하여 위 유권해석OOO을 참조하도록 유권해석OOO하였다. (나) 관세청장은 2013.5.2. 기획재정부장관에게 국가 및 지방자치단체가 수입하는 과학용등 수입재화의 부가가치세 면제대상 여부를 질의하였고, 기획재정부장관은 2014.5.14. 관세청장에게 “「정부조직법」 제2조 또는 제3조에 따라 설치된 행정기관이 그 소관사무를 위하여 과학용 등으로 수입하는 재화는 「부가가치세법 시행령」 제51조 제1호 및 같은 법 시행규칙 제39조 제1항 제1호의 규정이 적용되지 않는 것”이라고 회신OOO하였다. (다) 관세청장은 기획재정부장관의 유권해석에 따라 2014.5.21. 산하세관장에게 행정기관이 직접 그 소관업무로서 시험ㆍ연구장비를 수입하는 경우 통보일 이후 동 물품 수입시 부가가치세를 부과할 것을 지시OOO하였고, 처분청은 2014.5.23. 한국관세사회 및 관할구역내 통관 관세사에게 “행정기관의 과학ㆍ교육ㆍ문화용 수입재화에 대한 부가가치세 과세 알림”공문을 통보OOO하면서, 행정기관의 범위에 “국가와 지방자치단체를 포함한다”고 명시하였다. (라) 청구법인은 2015.4.29.부터 2015.8.8.까지 쟁점물품을 수입신고하면서 「관세법」 제92조에 따라 관세감면 신청을, 「부가가치세법 시행령」 제51조 제1호 및 같은 법 시행규칙 제39조 제1항 제1호에 따라 부가가치세 면제신청을 하여 처분청으로부터 이를 승인받았다. (마) 국세청장은 2015.9.17. OOO시장에게 “지방자치단체가 직접 그 소관업무로서 대기오염을 측정하는 장비를 수입하는 경우 해당 지방자치단체는「부가가치세법 시행규칙」 제39조 제1항 제1호에서 규정하는 ‘시험소, 연구소’에 해당하지 아니하는 것으로 해당 지방자치단체가 수입하는 장비에 대해서는 「부가가치세법」 제27조 및 같은 법 시행령 제51조가 적용되지 아니하는 것”으로 회신OOO하였다. (바) 관세청에서는 2016년 취약세관에 대한 종합감사를 실시한 결과, 2016.11.28. 처분청에 「부가가치세법 시행령」 제51조 제1호 및 같은 법 시행규칙 제39조 제1항 제1호의 규정에 따라 「정부조직법」 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 따라 설치된 기관이 운영하는 시험소, 연구소, 공공직업훈련원, 공공도서관, 동물원, 식물원 및 전시관에서 사용되는 물품에 한하여 부가가치세가 면제되므로 쟁점물품에 대한 부가가치세 면제승인을 시정할 것을 통보OOO하였다. (사) 처분청은 2017.1.20. 청구법인에게 쟁점물품에 대하여 면제한 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.10. 심판청구를 제기하였다. (아) 「국세기본법」 제18조 제3항에서 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있고, 같은 법 통칙 18-0…2[새로운 세법해석의 적용시점]에서 “새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 국세청장의 종전 세법 해석이 2015.9.17.자 국세청장의 OOO시장에 대한 질의회신일에 변경되었다는 전제 하에 이 건 과세처분이 소급과세금지 원칙을 위배하였고, 처분청이 청구법인의 부가가치세 면제신청을 받아들여 수입신고수리하였다가, 사후에 이를 과세한 처분은 신의성실원칙에 위배된다고 주장하나, 종전 국세청장의 세법 해석은 상위기관인 기획재정부장관의 2014.5.14.자 유권해석에 따라 새로운 세법 해석이 이루어진 것으로 보이는 점, 처분청이 2014.5.23. 통관대리인 등에게 기획재정부의 유권해석과 함께 해당 통보일 이후 국가 및 지방자치단체가 수입하는 과학용등 수입재화는 과세대상이라고 통보한 점, 국세청장의 2015.9.17.자 유권해석은 상위 기관인 기획재정부장관의 유권해석을 단순히 확인한 것에 불과한 점, 쟁점물품은 기획재정부장관의 새로운 세법 해석이 이루어진 이후에 수입된 점, 신고납부제도 하에서 수입신고수리행위는 단순한 사실행위에 불과하여 처분청이 청구법인의 신청을 받아들여 쟁점물품의 부가가치세를 면제하여 수입신고수리하였다는 이유만으로 쟁점물품에 대하여 비과세하겠다는 과세관청의 암묵적 또는 명시적 견해표명이 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 과세처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙을 위배한 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」 제131조와 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

유사 판례