서일46014-10072 (2003.01.21)

국기

허가를 받아 설립한 사단ㆍ재단 또는 단체로서 등기되지 아니한 것과 공익목적 출연재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 법인세법을 적용하는 것임.

귀 질의의 경우 우리청 기 질의회신문【징세46101- 1877 (1993.5.6), 재일46014-428(1996.2.14), 서이46012-10116(2002.1.18) 및 재일46014-428(1996.2.14)】내용을 참고하시기 바랍니다.※ 징세46101-1877, 1993.5.6주무관청의 허가를 받아 설립한 사단ㆍ재단 또는 단체로서 등기되지 아니한 것과 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보아 법인세법을 적용하는 것인 바, 귀 교회가 여기에 해당되는지의 여부는 사실에 따라 판단하여야 할 사항임.

국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

1. 질의내용 요약

2002.12.10일 ○○회 * *교회 명의의 주택 및 토지를 양도하는 경우 양도소득세가 과세되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체” 라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정) <☞ (주) 1, 2>

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정) <☞ (주) 3>

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994. 12. 22 개정)

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22 개정)

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (1994. 12. 22 개정)

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (1994. 12. 22 개정)

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. (1994. 12. 22 개정)

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체” 라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994. 12. 22 개정)

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1994. 12. 22 개정)

⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다. (1994. 12. 22 개정)

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22 개정)

○ 법인세법 제5장 토지 등 양도에 대한 특별부가세 (제99조 ~ 제108조) (삭제, 2001. 12. 31)

제1절 과세표준 및 계산 (제99조 ~ 제100조) (삭제, 2001. 12. 31)

제99조 <과세표준(삭제, 2001.12.31)>

제100조 <비과세(삭제, 2001.12.31)>

제2절 세액의 계산 (제101조) (삭제, 2001. 12. 31)

제101조 <세 율(삭제, 2001.12.31)>

제3절 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수(제102조 ~ 제104조) (삭제, 2001. 12. 31)

제102조 <신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수(삭제, 2001.12.31)>

제103조 <비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례(삭제, 2001.12.31)>

제104조 <비영리내국법인의 양도소득과세표준의 예정신고 등(삭제, 2001.12.31)>

제4절 내국법인의 국외토지등의 양도에 대한 특별부가세 (제105조 ~ 제108조) (삭제, 2001. 12. 31)

제105조 <과세표준(삭제, 2001.12.31)>

제106조 <세율(삭제, 2001.12.31)>

제107조 <외국납부세액공제 등(삭제, 2001.12.31)>

제108조 <준용규정(삭제, 2001.12.31)>

○ 법인세법 부칙(2001.12.31 법률 제6558호)

제1조 【시행일】이법은 2002.년 1월1일부터 시행한다. 이하생략

제2조 【일반적 적용례】이법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업년도부터 적용한다.

제23조【특별부가세 폐지에 따른 경과조치】

이법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

○ 구 법인세법기본통칙 7-3-18---59의3(1993.2.1삭제)

법인으로 보는 교회가 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 기본재산은 등기부상의 명의에 불구하고 이를 교회의 고유목적사업에 직접 사용하는 경우에는 고유목적용 기본재산으로 보아야 할 것이다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 징세46101-1877(1993.5.6)

【질의】

○○회에 소속된 ○○교회로써, 본회와 별개로 본회에 재산등록이 되어있지 않는 경우, 토지를 교회 명의로 매수하여, 교회부지로 사용코져 하였으나 적합치 않아 매도하고, 다른 부지를 매수하여, 매수한 토지에 교회건물을 건축하여, 목사개인의 명의로 소유권이전을 할 경우.

질의 1)비영리 법인으로 보아 법인세 및 특별부가세 과세여부.

질의 2)개인으로 보아 양도소득에 과세여부

【회신】

주무관청의 허가를 받아 설립한 사단ㆍ재단 또는 단체로서 등기되지 아니한 것과 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보아 법인세법을 적용하는 것인 바,귀 교회가 여기에 해당되는지의 여부는 사실에 따라 판단하여야 할 사항임.

○ 재일46014-428(1996.2.14)

【질의】

1985. 9. 25 교회건물을 약 50평 취득하는 과정에서 자금이 부족하여 본 사건 부동산을 개인명의로 이전등기하여 은행에서 담보대출을 받고 1개월 후인 1985. 10. 28 증여로 하여 교회명의로 이전등기하여 사용하여 오고 있음. 그 후 채무를 변제하지 못하고 있다가 1991. 6. 3 약 15평, 1992. 12. 14 약 12평을 양도한 바, 양도소득세가 과세되는지.

【회신】

공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법시행령 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인으로 보는 것으로,

교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임.

○ 서이46012-10116(2002.1.18)

2001. 12. 31 법률 제6558호의 개정법률에 따라 특별부가세에 관한 사항은 2002. 1. 1 양도분부터 폐지되었으며, 종전 규정에 의해 과세하였거나 과세할 특별부가세에 관하여는 종전 규정에 의함.

○ 재일46014-1177(1997.5.13)

【질의】

개인이 건물을 구입. 그 재산을 개인명의로 등기를 하고 사실상은 교회 등 종교관련 공익단체인 속칭 민법상의 준 사단법인에게 종교관련 예배 및 업무에 전용케 할 경우

사정에 의하여 동 재산을 매각하고 타처로 이전할 때와, 동 목적이 더 이상 필요가 없어 해산하고 소유주 개인이 매도할 때에 양도소득세의 면세 여부(해당 법규의 조항?)

【회신】

민법 제32조 규정에 의하여 설립된 종교법인, 국세기본법 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타 교화를 목적으로 사용하던 개인 소유의 토지ㆍ건물을 양도하는 경우 양도소득세가 부과되는 것임.