1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울특별시 성동구청장으로부터 2006. 12. 22. 조합설립인가를, 2007. 8. 10. 사업시행인가를, 2008. 9. 10. 관리처분계획인가를 각 받은 도시 및 주거환경정비법상 주택재개발정비사업조합으로 서울 성동구 하왕십리 일대를 사업시행구역으로 하여 주택재개발정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진 중에 있다.

나. 원고는 2008년 제2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 이 사건 사업의 시행에 따른 총 매입세액 752,129,461원 중 토지 관련 매입세액 15,726,075원(소유권이전 및 대지조성 비용)을 제외한 시공사 등(설계회사 및 철거회사 포함)의 매출로 인한 공통매입세액 309,099,598원 위 시공사 등은 부가가치세 면세대상인 국민주택규모 이하의 주택과 관련한 매출에 대하여는 계산서를, 부가가치세 비과세대상(조합원 분양분)과 과세대상(일반분양분)이 혼재된 국민주택규모 초과의 주택과 상가와 관련한 매출에 대하여는 세금계산서를 발행하였다.

따라서 위 세금계산서상 매입세액 합계인 309,099,598원이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액이다.

및 기타 공통매입세액 427,303,788원에 대하여 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항, 제4항, 제61조의2 제2호에 따라 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 매입세액을 안분계산하여 공제되는 매입세액을 산정한 후 180,848,548원을 환급세액으로 신고하였다.

다. 그러나 피고는 위 토지 관련 매입세액 외에도 원고가 공통매입세액으로 신고한 철거비용, 감정평가수수료, 교통환경영향평가비용, 측량비용, 소송비용 등 이하 '이 사건 철거비...