원고들의 청구를 모두 기각한다.

소송비용은 원고들이 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고 A은 2000. 10. 9. 서울 마포구 C 대 152.1㎡(이하 제1토지라 한다)를, 원고 B은 2001. 3. 15. 서울 마포구 D 대 82.9㎡(이하 제2토지라 한다)를 취득하였다.

원고들은 제1, 2토지 지상에 6층 근린생활시설 및 단독주택 건물(이하 이 사건 건물이라 하고, 제1, 2토지 및 이 사건 건물을 통칭하여 이 사건 부동산이라 한다)을 신축하여 2001. 11. 20. 원고들 각 1/2지분씩 공유하는 것으로 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 원고들은 2017. 12. 27. 이 사건 부동산을 E 등에게 5,430,000,000원에 양도(이하 이 사건 양도라 한다)한 후, 2018. 2. 28. 피고에게 이 사건 양도에 따른 2017년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

당시 원고들은 이 사건 건물의 취득가액을 환산가액인 606,593,254원, 즉 이 사건 건물 1/2 지분의 취득가액을 각각 303,296,627원(606,593,254원 ÷ 2)으로 산정한 후, 이 사건 건물 중 일부는 주택으로, 일부는 일반건물임을 전제로 주택 부분에 대하여 고가주택에 관한 1세대 1주택의 특례를 적용하여 원고 A은 482,103,600원, 원고 B은 288,594,430원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는 2018. 11. 1. 이 사건 양도 당시 이 사건 건물 4층이 공부상 주택으로 되어 있으나 실제로는 상가로 이용되어 고가주택에 대한 1세대 1주택 특례가 적용되지 않는다는 이유로 2017년 귀속 양도소득세로 원고 A에게 90,717,005원, 원고 B에게 55,686,883원을 결정ㆍ고지하였고, 원고들은 이를 납부하였다. 라.

원고들은 2019. 4. 25. 피고에게, 이 사건 건물의 신축공사대금을 지출한 증빙자료를 새롭게 발견하였다면서 이 사건 건물 1/2 지분의 실지취득가액을 각각 455,823,661원으로 인정하여야 한다고 주장하면서, 원고 A은 120,893,855원, 원고 B은 85,863,737원의 환급을 구하는 취지로 경정청구를...