조심2009중1683 (2010.10.27)

양도

경정

기존에 소유하던 토지도 신시설의 OOO 부지로 사용되었다면 그 토지의 가액도 신시설의 가액에 포함시키는 것이 타당하고, 신시설의 건축허가신청서 접수일을 기준으로 토지의 가액을 평가하는 것이 타당함

조세특례제한법 제83조【박물관 등의 이전에 대한 양도소득세의 면제】 / 조세특례제한법시행령 제78조【박물관 등의 이전에 대한 양도소득세의 면제】

OO세무서장이 2009.2.12. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 305,280,453원의경정청구에 대한 거부처분은 경기도 OOO OOO OOO OOOO외 2필지 소재 신시설의 건축허가신청 당시 같은 동 55-1전 1,780㎡, 55-4 전 3,330㎡의 기준시가를 신시설의 취득가액에 포함하여 「조세특례제한법」제83조의규정을 적용하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가.청구인은 1989.8.9.～1990.9.3. 기간중에 경기도 OOO OOO OOO OOOO 10필지(이하 “과세대상토지”라 한다)와 “이전 전 OOO(이하 ”구시설“이라 한다) 부지인 같은 동 221 외 6필지(이하 “감면대상토지”라 하고, “과세대상토지”와 합하여 “전체토지”라 한다)를 취득하여 한국토지공사에 2005.6.3. 협의양도(수용)하고 과세대상토지에 대하여는 2005.8.1. 양도소득세 예정신고 및 세액 376,618,170원을 자진납부하였으며, 「조세특례제한법」제83조(2006.12.30.삭제)규정에 의한 양도소득세 감면대상 토지에 대하여는 2008.6.2. OOO을 신축·개관한 후 2008.8.6. 이전완료보고서를 제출하고 양도소득과세표준 확정신고 및 세액 371,704,570원을 자진납부하였다.

나. 청구인은 2005년 귀속 양도소득과세표준 확정신고시 전체토지 양도 전에 이미 취득하여 별도 소유하던 토지인 같은 동 55-1 전 1,780㎡와 55-4 전 3,330㎡, 합계 5,110㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 같은 동 1101에 소재하는 “이전 후 OOO”(이하 “신시설”이라 한다)의 취득가액에 추가로 포함하여 감면비율을 재계산하고 쟁점토지에 대한 신시설 개관 당시의 기준시가 평가액을 신시설 취득가액에 포함하여 감면세액을 재계산한 결과, 감면세액 305,280,450원이 과소계상된 것으로 보고 처분청에2008.12.31.양도소득세 305,280,450원을 환급해 줄 것을 요구하는 경정청구서를 제출하였다.

다.처분청은위 경정청구에 대하여 기존소유 토지를 신시설 부지로 사용하고 개관 당시의 기준시가(개별공시지가)로 평가한 가액은 신시설의 취득가액에 해당하지 아니한다고 보아 청구인에게 2009.2.12. 경정거부통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.3.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 구시설 양도일로부터 약 15년 전에 취득한 쟁점토지를 구시설의 양도일로부터 3년 이내에 신축·개관한 OOO 부지로 사용하였음이 분명하므로 선 이전 후 양도의 경우에도 양도소득세의 면제규정을 적용하는 취지와 형평을 감안할 때, 신시설에 포함된 쟁점토지도 당연히 신시설 취득가액에 포함하여 감면비율을 재계산하여야 하며, 이에 대하여는 국세청 예규도 “소유하던 건물을 박물관 및 OOO 등의 문화시설로 개조하여 사용하는 것도 새로운 시설을 취득하여 개관하는 것”으로 해석하고 있다(재일 46070-78, 1997.1.16.).

또한 신시설의 고유목적사업용 재산에 해당하는 쟁점토지의 취득가액을 신시설 개관 당시의 기준시가(개별공시지가)로 산정하여야 하는 이유는 첫째, 관련규정에서 취득가액의 정의를 상세히 기술한 바가 없으며 그 취득가액을 “취득에 소요된 실지거래가액”으로 규정하고 있는 「소득세법」 제97조 규정을 적용하더라도 쟁점토지의 경우와 같이 실지거래가액이 불분명하거나 알 수 없는 경우에는 신시설 개관 당시의 기준시가에 의하여 평가한 가액을 취득가액으로 보아야 하고, 둘째, 법의 이념으로 보아 조세법을 포함한 행정법은 정의나 법적안정성보다 합목적성을 중요시하고 있음을 볼 때, 정책적 목적 실현에는 적합한 수단이 필요하며, 「박물관 등의 이전에 대한 양도소득세의 면제」 규정은 문화시설에 대한 투자를 확대하는 데 그 제정 취지와 목적이 있으므로 신시설의 고유목적사업용 재산인 쟁점토지의 취득가액을 투자가 완료된 시점인 신시설 개관 당시의 기준시가(개별공시지가)로 산정하는 것이 목적적합성과 유용성에 부합된다. 따라서 쟁점토지의 취득가액을 투자가 완료된 시점인 신시설 개관 당시의 기준시가(개별공시지가)로 평가하여 적용하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

신시설의 취득비용 중 일부토지의 실지취득가액이 확인되지 아니하는 경우, 신시설의 개관 당시 기준시가를 적용하여 감면비율을 산정하는 것은 근거가 없으며, 「조세특례제한법」 제83조 및 같은 법 시행령 제78조[박물관 등의 이전에 대한 양도소득세 감면] 규정에 의거 기존에 소유한 토지를 OOO 부지로 사용한 경우, 당해 토지의 실지취득가액을 입증하여야 하나, 청구인은 이에 대한 실지거래가액을 제출하지 못하면서 개관 당시의 기준시가로 평가한 가액을 신시설의 고유목적사업용 재산의 실지취득가액으로 보아야 한다고 주장하는 바, 청구인이 주장하는 기준시가에 의한 평가액은 실지거래가액이 아니므로, 청구인의 경정청구에 대하여 경정거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

OOO 부지가 한국토지공사에 수용되어 기존에 소유하던 쟁점토지를 포함한 신시설 부지에 OOO을 개관한 경우, 「조세특례제한법」제83조의 규정 적용시, OOO 개관 당시의 쟁점토지에 대한 기준시가 평가액을 신시설 취득가액에 포함하여 감면비율을 산정할 수 있는지 여부.

나.관련법령

(1) 조세특례제한법 제83조【박물관 등의 이전에 대한 양도소득세의 면제】(2001.12.29. 제목개정)① 거주자가 3년 이상 운영한 다음 각호의 1에 해당하는 시설을 이전하기 위하여 2006년 12월 31일 이전에 토지 등을 양도하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세를 면제한다. (2003.12.30. 개정)

2. 박물관 및OOO진흥법에 의하여 등록한 박물관 또는 OOO

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 때에는 그러하지 아니하다. (2001.12.29. 개정)

(2) 조세특례제한법 시행령 제78조【박물관 등의 이전에 대한 양도소득세의 면제】 (2001.12.31. 제목개정)① 법 제83조 제1항의 규정

에 의한 세액의 면제는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 법 제83조 제1항 각호에 규정하는 시설을 이전하여 새로운 시설(이하 이 조에서 “신시설”이라 한다)을 개관한 날부터 2년 이내에 종전시설을 양도하는 경우 (1998.12.31. 개정)

2.종전시설을 양도한 날부터 1년(신시설을 새로이 건설하는 경우에는 3년)이내에 신시설을 취득하여 개관하는 경우(1998.12.31. 개정)

②법 제83조 제1항의 규정에 의한 면제세액은 종전시설의 건물 및 그 부속토지의 양도차익에 상당하는 양도소득세의 산출세액에 신시설의 고유목적사업용 재산의 취득가액이 종전시설의 건물 및 그 부속토지를 양도하고 받은 대가에서 차지하는 비율(그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 이전계획서상의 신시설의 예정가액에 의한다.

⑤ 법 제83조 제4항의 규정에 의하여 면제신청을 하고자 하는 자는 종전시설의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서에 다음의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2000.1.10. 개정)

1. 제1항 제1호에 해당하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 이전완료보고서 (1998.12.31. 개정)

2. 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 제2항 후단의 규정에 의한 이전계획서 (1998.12.31. 개정)

⑥ 법 제83조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 제1항 제2호의 규정에 의하여 신시설을 취득하거나 준공하여 개관한 때에는 그 개관일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 이전완료보고서를 제출하여야 한다.

(3) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1.취득가액(2005.12.31. 개정)

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만,제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가(2005.12.31. 개정)

나. 가목 본문의 경우에 있어서취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액(2005.12.31. 개정)

(4) 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (1999.12.28. 개정)

다. 사실관계 및 판단

처분청은 청구인이 「조세특례제한법」 제83조 규정에 의한 박물관 등의 이전에 대한 양도소득세 감면규정에 의하여 기존에 소유하던 쟁점토지를 신시설의 부수토지로 사용하고 OOO 개관 당시의 기준시가로 평가한 가액을 신시설의 취득가액으로 보아 감면비율을 산정할 수 없다고 보아 청구인의 경정청구에 대해 거부처분하였으며, 이에 대하여 청구인은 기존에 소유하던 쟁점토지를 구시설의 양도일로부터 3년 이내에 신축·개관한 신시설의 부수토지로 사용하였으므로 쟁점토지의 개관당시의 평가액(기준시가)을 신시설의 취득가액에 포함하여 감면비율을 재계산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 청구인이 서울～OO간 고속도로 예정부지 서쪽에 위치한 청구인 소유의 구시설이 위 고속도로 건설로 인하여 2005.6.3. 한국토지공사에 수용됨에 따라 청구인은 기존에 소유하고 있던 위 고속도로의 동쪽에 위치한 쟁점토지와 청구인이 1,848,513,000원에 추가로 취득한 토지인 경기도 OOO OOO OOO OOOO 대지 1,519㎡(이하 “취득토지”라 한다)에 OOO 건물 1,583㎡를 신축하고 신축비 2,361,047,000원과 시설장치 등 256,965,000원, 합계 4,466,526,000원을 투자하여, 2008.6.2. 신시설(OOO)을 신축·개관한 후, 처분청에 2008.8.6. 이전완료보고서를 제출하고 양도소득과세표준 확정신고 및 자진납부하였다가, 신시설 취득가액에 쟁점토지의 기준시가에 의한 평가액을 추가로 포함하고 감면비율을 재계산하여 경정청구하였으며 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인이감면세액 계산시 신시설에 포함된 쟁점토지의 개관당시의 기준시가 4,175,520,000원을 신시설 가액에 추가로 포함하고 감면세액을 재계산하여 경정청구하였으나, 쟁점토지는 기존에 소유하고 있던 토지로서 실지취득가액이 확인되지 아니하므로 그 가액을 “0”으로 보고 청구인의 경정청구에 대해 거부처분하였으며, 이에 대하여 청구인은 「박물관 등의 이전에 대한 양도소득세의 면제」 규정은 문화시설에 대한 투자를 확대하는 데 그 제정 취지와 목적이 있고, OOO을 이전하기 위하여 구시설 양도에 대하여 양도소득세를 과세하게 되면, 원본이 침식되어 종전시설 이상의 신시설을 취득하기 어렵기 때문에 구시설 규모 이상의 신시설을 취득하는 경우에는 양도소득세를 면제한다는 취지이므로, 개관 당시 쟁점토지의 기준시가를 취득가액으로 보아 감면세액을 재계산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가)청구인이 2008.6.2. 신시설을 신축·개관 후, 처분청에2008.8.6. 제출한 이전완료보고서에 의하면, 아래 <표1>과 같이 신시설의 취득가액은 4,466,526,000원, 구시설의 양도가액은 6,735,064,000원으로서 당초 감면비율은 66.32%로 나타난다.

OOOOOOOOOO OOOOOOO OO

(OO O OO, O)

(나) 청구인은 위 신시설의 토지 취득가액에 신시설의 부지로 사용된 쟁점토지의 개관 당시의 기준시가 4,175,520,000원을 포함하여 감면비율을 산정하여야 한다는 주장인 바, 청구인의 주장과 같이 쟁점토지를 신시설 부지에 포함하여 취득가액을 산정하면, 아래 <표2>와 같이 구시설의 양도가액은 6,735,064,000원, 신시설의 취득가액은 8,642,045,000원으로 나타난다.

OOOOOOOOOO OOO OO OO OOOOOO OO(OOOO)

(OO O OO)

(다) 「조세특례제한법」 제83조 및 같은 법 시행령 제78조[박물관 등의 이전에 대한 양도소득세 감면]의 규정에 의거 OOO을 이전하기 위하여 2006.12.31. 이전에 토지 등을 양도하는 경우에는 양도소득세가 면제되며, 위 규정에서 2가지의 요건을 열거하고 있는 바, 제1호는 신시설로 먼저 이전한 후, 구시설을 양도하는 경우(선 이전 후 양도)로서 신시설을 개관한 날부터 2년 이내에 구시설을 양도하는 경우이고, 제2호는 구시설을 먼저 양도한 후 신시설로 이전하는 경우(선 양도 후 이전)로서 종전의 토지와 건물을 양도하고 양도일로부터 1년 이내에 신시설을 취득하거나 3년 이내에 신축·건설하여 개관하는 경우이며, 이 건의 경우는 제2항에 해당하여 선 양도 후, 신시설을 건설하는 경우에 해당하므로 구시설 양도일로부터 3년 이내에 신시설을 신축하여 개관하는 경우는 위 감면규정이 적용된다 하겠다.

(라) 한편, 관련법령에서 신시설의 취득가액에 기존 소유 토지가 포함되는지 여부에 대하여는 명확히 규정하고 있지는 아니하나, 위 규정의 입법취지가미술관 등 문화시설 이전에 대하여 세제지원을 하기 위한 것이며, OOO을 이전하기 위한 구시설 양도에 대하여 양도소득세를 과세하게 되면, 원본이 침식되어 종전시설 이상의 신시설을 취득하기 어렵기 때문에 구시설 이상 규모의 시설을 취득하는 경우에는 면제한다는 취지이므로 (구재정경제원 개정세법 해설, 1996년 참조), 신시설이 기존에 취득·보유하던 토지인지 아니면, 새로 취득한 토지인지의 여부에 관련 없이 신시설에 포함된 토지, 건물에 대하여는 그 신시설 가액에 상응하는 구시설 양도에 대하여 감면규정을 적용하는 것이 타당하며, 이에 대하여는 국세청도 「박물관 및 OOO진흥법」에 의하여 등록한 박물관 또는 OOO을 3년 이상 운영한 거주자가 동 문화시설을 이전하기 위하여 종전시설 및 토지 등을 양도하고 그 양도일로부터 1년 이내에 새로운 시설을 취득하여 개관하는 경우에는 「조세감면규제법」 제74조의2 제1항 제2호의 규정에 따라 종전토지 등의 양도로 발생하는 양도소득세를 면제하는 것이며, 이 경우 소유하던 건물을 박물관 및 OOO 등의 문화시설로 개조하여 사용하는 것도 새로운 시설을 취득하여 개관하는 것으로 본다고 해석(국세청 재일 46070-78, 1997.1.16)하고 있는 사실이 확인된다.

(마) 다만, 국세청은 신시설의 취득가액 산정과 관련하여 위와 같이 기 소유하고 있던 토지로 박물관을 이전하는 경우에는 토지의 취득가액을 “0”으로 한다고 해석(서면4팀-479, 2005.3.30)한 바 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

1) 위 예규의 취지는 새로운 시설을 취득 또는 건설하는 경우 뿐만 아니라, 기존에 소유하던 건물을 OOO 등의 문화시설로 개조하여 사용하는 것도 새로운 시설을 취득하여 개관하는 것으로 보되, 기 소유하고 있던 토지로 박물관을 이전하는 경우로서 그 실지 취득가액이 확인되지 아니하는 경우, 그 토지의 취득가액은 “0”으로 보아야 한다는 의미로 해석된다.

2) 양도소득세 취득가액의 산정방법을 규정하고 있는 「소득세법」 제97조 제1항의 규정에 의하면, 거주자의 양도차익 계산에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 순에 의하여 취득가액을 산정한다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우와 같이 취득가액이 확인되지 아니하고 매매사례가액, 감정가액이 없는 경우에는 위 규정에 의한 기준시가에 의하여 취득가액을 산정하는 것이 타당하며, 그 평가시기는 토지의 투자가 완료된 시점으로 볼 수 있는 신시설의 건축허가신청서 접수일로 보는 것이 합리적인 것으로 보인다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 관련법령에 의거 OOO을 이전하기 위하여 2006.12.31. 이전에 토지 등을 양도하는 경우로서 종전의 토지 또는 건물을 양도하고 양도일로부터 1년 이내에 신시설을 취득하거나 3년 이내에 신축·건설하여 개관하는 경우(선 양도 후 이전)에는 구시설 양도에 대한양도소득세의 산출세액에서 신시설의 고유목적사업용 재산의 취득가액이 구시설을 양도하고 받은 대가에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 감면하는 것인 바,위 규정의 입법취지가 OOO 등 문화시설 이전에 대하여 세제지원을 하기 위한 것으로, OOO을 이전하기 위한 구시설 양도에 대하여 양도소득세를 과세하게 되면, 원본이 침식되어 구시설 이상의 신시설을 취득하기 어렵기 때문에 구시설 규모 이상의 시설을 취득하는 경우에는 면제한다는 취지이므로, 신시설 가액의 범위에는 실질적인 구시설 양도일로부터 3년 이내의 기간까지 시설투자를 완료하여 OOO업에 공하고 있는 신시설의 토지로서 새로이 취득하는 토지 뿐만 아니라, 기존에 소유하던 토지도 신시설의 OOO 부지로 사용되었다면, 그 토지의 가액도 신시설의 가액에 포함시키는 것이 타당하고, 이 경우, 그 실지거래가액이 확인되지 아니하는 경우는 「소득세법」 제97조 규정에 의한 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 순에 의하여 취득가액을 산정하여야 할 것이며, 그 평가시기에 있어서는 토지가 확보되어야 건축이 가능하므로 토지의 투자가 완료된 것으로 볼 수 있는 신시설의 건축허가신청서 접수일을 기준으로 토지의 가액을 평가하는 것이 타당한 것으로 보인다.

따라서 이 건의 경우는 신시설에 대한 건축허가신청서 접수일 당시 쟁점토지의 기준시가를 신시설 가액에 포함하여 감면비율을 재계산하는 것이 타당하므로 쟁점토지의 가액을 신시설의 취득가액에 포함하지 아니하고 감면비율을 산정하여 경정거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.