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취소
쟁점 건물의 신축에 따른 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정처분한 처분의 당부(취소)
조세심판원 조세심판 | 국심1994서1890 | 부가 | 1994-10-08
[사건번호]

국심1994서1890 (1994.10.08)

[세목]

부가

[결정유형]

취소

[결정요지]

사유서는 청구인이 매출을 무실적으로 신고한데 대한 사유와 무실적에 따른 사업자등록이 직권 말소되지 않도록 요청한 서류로 보는 것이 합당하고, 이를 적법한 과세특례포기신고로 인정하기에는 어렵다는 의견임.

[관련법령]

부가가치세법 제25조【간이과세 및 과세특례】 / 부가가치세법시행령 제74조【간이과세 및 과세특례의 범위】

[참조결정]

국심1994서0120

[주 문]

1. OOO세무서장이 1993.12.16 청구인에게 한 부가가치세 1992년 제2기분 76,773,370원과 1993년 제1기분 43,907,250원의 부가처분을 취소하고,

부가가치세 1993년 제2기 예정신고분 초과납부세액 65,121,630원과 제2기 확정신고분 초과납부세액 716,960원을 환급하는 것으로 하여 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분 개요

청구인은 서울특별시 OOO구 OOO동 OO OOOO 대지 1,367.59㎡와 동 지상건물 522.64㎡를 소유하고 1974.1.1부터 부동산 임대업을 영위하는 사업자로서 임차인들과 체결했던 임대차계약을 1991.10.31까지 모두 해지하고 위 건물을 1992.2.18 완전철거(멸실)한후 1992.3.5 새로운 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다. 지하3층 지상8층 연면적 6,852.33㎡의 업무시설 건물)을 착공하여 공사를 진행중에 있다.

처분청은 1993.12.16 청구인의 부동산 임대사업의 경우 1988년도 1역년의 공급가액이 30,634,516원으로서 공급대가가 36,000,000원 미만이므로 부가가치세법시행령 제74조의 규정에 의하여 1989.7.1부터 과세특례가 적용된다는 이유로 1989년 제2기분부터 1991년 제2기분까지에 대하여는 부가가치세 특례세율적용으로 인하여 발생된 초과납부세액 합계 4,162,730원을 환급한 한편, 1992년 제1기분부터 1993년 제1기분까지에 대하여 이미 환급했던 세액에 가산세를 합하여 합계 155,504,110원(1992년 제1기분 38,423,490원, 1992년 제2기분 76,773,370원, 1993년 제1기분 43,907,250원)을 추징고지하였고 1993년 제2기 예정분과 확정분에 대하여는 청구인이 신고한 초과납부세액 합계 65,838,590원(1993년 제2기 예정분 65,121,630원, 제2기 확정분 716,960원)에 대한 환급을 거부하였다.

청구인은 이에 불복하여 1994.1.24 심사청구를 하고 1994.3.11 심사결정서를 받은후 1994.3.29 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인이 1992.1.23 사업자등록증 검열신청 및 부가가치세 확정신고시 제출한 사유서를 과세특례포기신고로 보아야 할 것이고, 또 처분청이 청구인의 일반과세자용 사업자등록증을 계속검열해 왔으며, 청구인의 부가가치세 신고내용을 검토하여 계속적으로 일반과세자로 취급하여 쟁점건물의 신축에 따른 매입세액을 수기에 걸쳐 환급해 왔으며, 또한 일반적으로 과세특례적용이 배제되는 건설업(건물신축판매)을 업종에 추가하여 종전과 동일한 번호로 일반과세자용 사업자등록증을 1992.4.28 청구인에게 갱신교부까지 한바 있으면서 이제와서 청구인을 일반사업자가 아닌 과세특례자인 것으로 보아 기왕에 환급한 세액을 추징하고(가산세포함), 또 환급을 거부함은 신의성실원칙에 반하는 것으로써 부당하므로 본건 부과처분과 환급거부처분은 취소됨이 마땅하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

과세특례포기 신고는 강행규정이라 할 것이므로 그 포기신고가 없는한 일반과세자로 과세표준을 신고하였거나 사업자등록증의 검열을 받은 사실만으로는 적법한 포기로 볼 수 없다 할 것인 바, 청구인의 경우 공급가액을 보면 1988년도 1역년의 공급가액이 30,634,000원으로 일반과세자기준 수입금액에 미달하고 과세특례포기신고를 한 사실이 없으며, 1990년(년간 부가가치세 과세표준: 30,604,000원), 1991년(동 7,423,000원)에도 각각 과세특례기준수입금액에 해당되고 1992년 1기부터는 매출실적이 없는 것으로 확인되고 있으므로 처분청이 청구인 사업에 대하여 과세특례 전환통지를 한 사실 유무에 불구하고 일반과세 기준금액에 미달한 년도(1988년)의 다음해의 제2과세기간(1989년 제2기분)부터 과세특례규정이 적용된다고 할 것이고, 한편 청구인은 부가가치세 신고시(1992.1.23, 1992.4.23) 처분청에 제출한 사유서를 과세특례포기 신고로 인정하여 달라고 주장하고 있으나 동 사유서는 청구인이 매출을 무실적으로 신고한데 대한 사유와 무실적에 따른 사업자등록이 직권 말소되지 않도록 요청한 서류로 보는 것이 합당하고, 이를 적법한 과세특례포기신고로 인정하기에는 어렵다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 사건은 청구인을 1989년 제2기부터 과세특례자로 전환된 것으로 보아 쟁점건물의 신축에 따른 매입세액을 공제하지 아니하여 부가가치세를 경정한 처분의 당부에 있다 하겠다.

가. 먼저 관련법규정에 대하여 본다.

부가가치세법 제25조동법 시행령 제74조에서는 신규로 사업을 개시한 개인사업자로서 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급이외의 경우 사업개시일로부터 그 과세기간 종료일 까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달하는 때에는 과세특례의 과세유형을 적용하도록 되어 있고, 또한 일반과세자로 사업자등록을 한 사업자가 과세특례기준에 해당된 경우 계속하여 일반과세자로 남기를 원하는 때에는 부가가치세법 제30조 제2항 및 동 시행령 제78조 제1항에 따라 과세특례포기신고서를 동 포기를 적용받고자 하는 과세기간개시 10일전까지 제출하도록 규정되어 있으며,

동법시행령 제74조의 2 제2항 및 제3항에는 과세특례자가 일반과세자로 과세유형전환시에는 당해사업자의 소관세무서장의 유형전환통지서를 요건으로 하나 일반과세자가 과세특례자로 전환될 때는 과세유형전환통지를 요하지 아니하는 것으로 규정되어 있다.

나. 다음으로 사실관계에 대하여 본다.

(1) 청구인은 1974.1.1 부동산임대업의 일반과세자로 개업하였으며 1988년도 1역년의 공급가액이 30,634,516원으로서 공급대가가 36,000,000원에 미달된 사실에 있어서는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인의 부동산임대업에 대하여 1989.7.1 사업자등록증을 양식변경으로 인하여 갱신교부함에 있어 과세특례자로 교부하지 아니하고 같은 등록번호의 일반과세자용으로 교부하였고, 또한 청구인이 1992.4.23 제출한 사업자등록 정정신고서에 의거 업태·종목(건설업, 건물신축판매)을 추가하여 1992.4.28 사업자등록증을 갱신교부함에 있어서도 같은번호의 일반과세자용 사업자등록증을 교부하였으며, 1989년부터 1993년까지 계속하여 9회나 위 일반과세자용 사업자등록증을 그대로 검열해 주었음이 위 각 교부된 사업자등록증등에 의하여 확인된다.

(3) 처분청은 청구인이 1989년 제2기 예정분부터 1993년 제1기 확정분까지 11회(예정, 확정분)에 걸쳐 일반과세자로 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고납부한 것을 그대로 인정하였으며, 특히 1992년 제1기 확정분부터 1993년 제1기 확정분까지에 대하여는 일반과세자인 경우에만 가능한 쟁점건물의 신축관련 매입세액을 검토, 공제하여 5회나 환급하였음이(1992년 제1기 확정분, 1992년 제2기 예정 및 확정분, 1993년 제1기 예정 및 확정분, 환급세액 합계 141,367,380원) 처분청의 과세기록에 의하여 확인된다.

(4) 청구인은 1992.1.23 사업자등록증 검열신청과 1991년 제2기 확정분 부가가치세 신고시 처분청에 다음과 같이 사유서를 제출하였고,

사 유 서

본인 소유의 서울 OOO동 OO OOO O 소재 세면부록조 스레트즙 평가건 공장(건평 150평) 임대업을 하던중 1991년 5월 7일부로 동소에 건축허가(별첨 사본)를 얻어 재개발건축을 하게되어, 임차인 OOO와는 1991년 3월 31일부로 임대차계약을 해지하고, 임차인 OOO은 1991년 10월 31일부로 임대차계약을 해지하였습니다.

정부에서 1991년 5월 20일부로 건축자재 수급조정상 착공을 연기하게 하였으나 1991년 10월에 해제됨으로써, 건축하게 되어 향후 준공시까지 매출은 발생하지 않고, 매입은 계속 발생할 것으로 사료되옵기에 사업자등록을 계속 유지하게 하여주시기를 바랍니다.

1992년 1월 23일

서울 OOO구 OOO동 OO OOO O

O O O (인)

OOO 세무서장 귀하

또 1992년 제1기 예정분 부가가치세를 1992.4.23 신고함에 있어서도 다음과 같은 사유서를 처분청에 제출하였음이 당심의 조회(국심 46830-3620, 1994.6.14)에 의하여 처분청이 제출한 심리자료(부가 46410-3620, 1994.6.15, 당심접수 1994.6.20 제3806호)등에 의하여 확인된다.

사 유 서

본인 소유의 서울 OOO동 OO OOO O 소재 세면부록조 스레트즙 평가건 공장(건평 150평) 임대업을 하던 중 재개발 건축을 하게 되어, 임차인 OOO는 1991년 3월 31일, 동 OOO은 동년 10월 31부로 각각 임대차계약을 해지하였습니다.

1992년 1월 23일 부가가치세 91년 2기 확정신고서에 사유서를 (별첨사본) 제출한 후 매출실적은 전혀 없습니다.

1992년 2월 18일 위 표시부동산 건물을 멸실하고 동년 3월 5일 건축을 착공하였습니다.

향후 준공시까지 매출은 발생치 않고 매입은 계속 발생하겠사오니 선처하여 주시기 바랍니다.

첨부서류 : 1. 1992년 1월 23일 제출한 사유서 사본 1통

2. 건축허가서 사본 1통

3. 건축착공계 발급확인서 사본 1통

4. 건축물 관리대장(멸실) 1통

1992년 4월 23일

서울 OOO구 OOO동 OO OOO O

사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO

O O O(인)

OOO세무서장 귀하

(5) 청구인은 위 사유서들을 당시 처분청의 부가가치세 담당직원의 납세지도에 의한 것이라고 주장하며, 당시 담당직원의 다음과 같은 확인서를 받아 제출하고 있는데 당심이 OOO세무서 총무과와 담당직원에 문의한 바에 의하면 동 담당직원은 1990.8.5부터 1992.8.5까지 OOO세무서 부가가치세과에 근무하였고 1994.7.19 동 사실확인서를 작성한 사실이 있음이 확인된다.

사 실 확 인 서

사업자등록번호 : OOOOOOOOOOOO

사업자 성명 : O O O

사업장 소재지 : 서울 OOO구 OOO동 OO OOOO

사업자 주소 : 과천 OO동 OOOO OOOOO OOOOOOOO

사 업 종 류 : 부동산 임대

본인이 1992년 1월, OOO세무서 부과세과에 재직중 위 사업자의 세무담당으로서 과세특례포기신고제도가 있는 것을 미처 생각치 못하고 별지 사유서를 제출하면 계속 사업자등록을 유지하며 2회에 걸쳐 별첨 사유서를 제출케 한 사실을 확인합니다.

1994년 7월 19일

OO세무서 부가2과

O O O (인)

O O O 귀하

다. 살피건대,

(1) 국세기본법 제15조의 규정에 의한 신의성실의 원칙은 “권리의 행사와 의무의 이행은 믿음과 의리에 따라 성실하게 이행하여야 한다.”는 것으로서 납세의무자 뿐만 아니라 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 신의성설의 원칙에 따라 행하여야 한다고 규정하여 세무공무원의 납세지도 및 법해석 등을 신뢰한 납세자의 이익이 침해되지 아니하고 보호되도록 하고 있고, 이경우 세무공무원의 범위는 국세기본법 제2조 제17호의 규정에 의하면 “세무공무원”이라 함은 국세청장, 지방국세청장, 세무서장 또는 그 소속공무원을 말한다 하였으므로 신의 성실의 원칙이 적용되기 위해서는 반드시 과세관청의 장의 언동이 아닐지라도 경우에 따라서는 담당세무공무원의 언동을 신뢰하고 이에 따라 행동한 자의 이익이 보호되어야 한다고 보아야 할 것이며(대법원 80누342, 1981.1.27), 일반적으로 신의성실의 원칙을 적용함에 있어서 과세관청이 어떤 행동을 하고 납세자가 이를 신뢰하여 이에따른 행동을 하였는데 처분청이 그후에 당초에 언동한것과 다른 처분을 하는 것이 허용되어서는 안된다는 일종의 금반언원칙과 같은 내용으로 이해하나 담당세무공무원을 신뢰한 것으로 인하여 불이익을 받은 납세자에 대하여도 법령이 허용하는 한 담당세무공무원을 신뢰한 것으로 인한 불이익이 발생하지 않도록 법령을 해석적용하는 것이 신의성실의 원칙에 부합하는 것이라 할 것이다.(국심 94서120, 1994.6.30 합동회의, 같은 취지임)

청구인의 이 건 부동산 임대사업에 대한 부가가치세 과세표준 결정내용에 의하면, 1988년 뿐만 아니라 그후 1989년, 1990년, 1991년에도 계속하여 3,600만원에 미달되었고, 한편 부가가치세법 시행령 제74조의 2 제2항에 의하면 과세특례가 적용되게되는 과세기간 개시 20일전까지 과세특례적용사실을 당해사업자에게 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시일 전일까지 교부하여야 한다고 되어 있는 바, 위 규정의 해석적용에 있어서 이를 비록 강행규정으로 보지 아니한다고 하더라도, 처분청이 위에서 본 사실을 간과한 채, 청구인에게 1989.7.1(양식변경) 및 1992.4.28(업종추가) 일반과세자용 사업자등록증을 갱신교부하였고 1989년부터 1993년까지 계속하여 동 일반과세자용 사업자등록증을 그대로 검열해 주었으며, 또한 1989년 제1기 예정분부터 1993년 제1기 확정분까지 11회나 일반과세자로 신고납부한것을 그대로 인정하였고 쟁점건물의 신축에 따른 매입세액을 공제하여 1992년 제1기 확정분부터 1993년 제1기 확정분까지 부가가치세를 5회나 환급하여 주었으며, 또 청구인이 처분청의 담당세무공무원에게 위 사유서까지 제출한 상황이었음에도 과세특례전환통지나 사업자등록증의 정정교부도 하지 아니하고 있다가 1993.12.16에 이르러서야 1988년도 1역년의 공급대가가 3,600만원에 미달되었으므로 1989년 제2기부터 과세특례가 적용된다고 하여 쟁점건물 신축 관련 매입세액을 공제배제하고 부가가치세를 경정, 본건 고지처분 하였음은 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 부합하는 것으로 보기 어렵고,

(2) 부가가치세법 시행규칙 제24조 제1항의 별지서식인 “과세특례포기신고서”에 의하면 사업자의 성명, 상호, 주소등 신고자의 인적사항과 신고일을 기본적으로 기재하고 신고내용란에는 “과세특례를 포기하고자 하는 과세기간: 제 ( )년 제( )기(19 . . 부터)”를 기재하게 되어 있는데 청구인이 1992.1.23 처분청에 제출한 사유서를 보면, 청구인의 성명, 주소등 인적사항과 사유서 작성일이 기재되어 있고 또한 쟁점건물을 착공하게되는 1991년 10월부터 그 준공시까지는 매출은 발생하지 않고 매입은 계속발생할 것으로 예상되기에 사업자등록증을 계속 유지하게 하여 주기 바란다는 내용이 기재되어 있음을 볼 때 위 청구인이 1992.1.23 처분청에 제출한 사유서는 비록 부가가치세법 시행규칙 제24조 제1항의 별지 서식인 “과세특례포기신고서”에 의한 것은 아니지만 동 포기신고서에 기재할 내용이 모두 포함되어 있고, 그 이전 여러 과세기간에 걸친 일반과세자로서의 신고납부 및 사업자등록증 갱신 및 교부상황등을 종합해서 볼 때, 1991년 제2기 확정분부터 과세특례를 포기하겠다는 뜻이 담겨져 있다고 봄이 타당하다 하겠으므로 청구인이 제출한 동 사유서로서 과세특례포기신고를 한 것으로 봄이 상당한 것으로 인정된다.

그러나 부가가치세법 제30조 제2항에 의하면 과세특례포기는 그 적용을 받고자 하는 과세기간개시 10일전까지 정부에 신고를 하게 되어 있는데 청구인은 위 사유서(과세특례신고서)를 1992.1.23에야 제출하였으므로 1992년 제2기분 부터만 과세특례포기가 적용된다고 봄이 적법한 것으로 인정된다.

따라서 위 심리내용을 종합하여 볼 때 처분청의 이 건 처분을 신의성실원칙에 부합되는 것으로 보기에는 어려운 점이 있고, 청구인의 이 건 부동산임대사업은 청구인의 위 사유서 제출로 1992년 제2기분부터는 과세특례적용이 포기된 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로 처분청이 이 건 1992년 제2기분과 그 이후 과세기간분에 대하여도 과세특례가 적용되는 것으로 보아 쟁점건물의 신축관련 매입세액을 공제배제하여 부가가치세를 경정하였음은 부당한 반면, 청구주장 일부이유있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부는 이유있고 나머지는 이유없으므로 국세기본법 제81조제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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